Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2, Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза
Rilian
Dec 21 2008, 04:23
Пост #1


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



IPB Image

Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза / Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gifIPB Image

Введение
В 1986 году был идентифицирован первый ген (dystrophin gene), вовлеченный в дистрофию Дюшена, самую общую форму мышечной дистрофии. Благодаря генетическим исследованиям сегодня известно более 200 генов, вызывающих нервно-мышечные болезни. Однако, до сих пор знания о функциях и взаимодействии между собой белков, закодированных этими генами, остаются крайне незначительными. Раскрытие механизмов возникновения и развития нервно-мышечных заболеваний (патогенез), учитывая большое количество вовлеченных в него генов и кодируемых ими белков, становится все более сложной задачей по мере увеличения наших знаний в этой области.

Все клетки содержат одинаковую генетическую информацию в виде ДНК, которая в целом образует геном организма. Процесс экспрессии генов (у человека найдено более 20 тысяч генов), содержащихся в геноме, приводит к образованию белков (более 45 тысяч, т.е. в среднем один ген кодирует 1,6 белков), без которых невозможно функционирование клеток, в том числе специфических, например, мышечных. Некоторые их этих белков являются ферментами, другие - сигнальными молекулами, а могут быть и рецепторами, специфически связывающиеся с другими молекулами (лигандами); а также - структурными белками. Конформация (геометрическая форма, которую принимает органическая молекула) белка в пространстве (3D-структура) определяет его природные функции.

Функционирование мышц зависит от многих белков. Эти белки локализованы и работают на различных уровнях - в оболочке клетки, ее протопласте (внутреннем содержимом) или в аксоне двигательного нерва, который соединяет нерв с мышечной тканью и передает команды нервной системы.

Большинство нервно-мышечных болезней возникает под действием генетических изменений (мутации в определенных генах вызывают изменения в трехмерной структуре кодируемого ими белка), приводящих к утрате белками полностью или частично их первоначальных функций или к прекращению синтезирования белка как такового. Нервно-мышечные заболевания можно классифицировать по белкам или участкам белков, видоизменившихся под действием мутации генов.

Поэтому, чтобы разобраться в природе того или иного нервно-мышечного заболевания, исследователи стремятся связать их с нарушением функциональности определенных белков. Необходимо более точное понимание взаимодействий и функций белков, вовлеченных в патогенез той или иной мышечной дистрофии.

Невозможно переоценить значимость данной информации в разработке терапевтических процедур и инновационных методов лечения большого количества нервно-мышечных заболеваний.

Цель проекта
В Help Cure Muscular Dystrophy прибегают к помощи World Community Grid в определении белок-белковых взаимодействий более 2 200 безызбыточных белков с известной структурой, информация о которых содержится в Белковом Банке данных (www.rcsb.org/pdb). Исследоваться будут также белки, которые синтезируются в результате экспрессии мутировавших генов.

Целью проекта является создание новой базы данных с информацией о функционально взаимодействующих белках. Дальнейшие исследования будут связаны с изучением участков белков, вовлеченных во взаимодействия лигандов (например, лекарств) с ДНК. Эта тема представляет значительный медицинский интерес, хотя сейчас упор делается на проектировании малых молекул (лигандов), которые нарушают (ингибируют) или улучшают работу определенных белков, намного сложнее определить, как та же самая малая молекула может прямо или косвенно влиять на другие взаимодействия белков.

Исследовательский подход
В этом проекте используется подход, в котором скомбинирована информация об эволюции (как развитие изменило белки и определило их функции) и молекулярное моделирование (вычислительное определение относительного положения двух взаимодействующих белковых партнеров), чтобы идентифицировать потенциальные взаимодействия.

Молекулярное моделирование объединяет теоретические методы и вычислительные способы для моделирования поведения биологических молекул. Эти методы и способы применяются для исследования структуры биологических систем, таких как свернувшиеся белки, или при идентификации белков-лигандов, связывающихся с небольшими химическими системами, крупными биомолекулами и белковыми комплексами.

Докинг (стыковка) белок-лиганд - молекулярная техника моделирования, которая прогнозирует положение и ориентацию (трехмерную структуру) белка относительно лиганда (который может быть другим белком, ДНК или лекарственным средством). Методы молекулярного докинга основаны исключительно на физических принципах — даже белки с неизвестными или слабо изученными функциями могут быть исследованы на предмет стыковки с различными лигандами. Единственным обязательным условием является знание трехмерной структуры белков, полученное теоретическими методами или в ходе экспериментального исследования.

При использовании молекулярного докинга производится перебор известных молекул из баз данных с целью поиска вариантов, обнаруживающих сродство, т.е. хорошо связывающихся друг с другом. Степень сродства определяется с помощью оценочной функции по геометрическим и химическим параметрам полученного соединения. Геометрия оценивается по тому, насколько хорошо сочетаются трехмерные структуры белка и лиганда (должны быть подогнаны как рука под перчатку). С химической точки зрения оценивается сила межатомных взаимодействий между белком и лигандом.

Для таких сложных структур как белки (наименьшие из которых содержат сотни атомов) исследования белок-белковых взаимодействий могут потребовать значительных вычислительных ресурсов. Без World Community Grid вычисления, необходимые для моделирования молекулярного докинга, были бы слишком трудоёмкими. Для первых 168 белков, изучавшихся еще в первой фазе проекта, привлеченное с помощью WCG процессорное время составило 8 000 лет. Во второй фазе проекта, где будут исследоваться уже 2 246 белков, предполагаемое время расчетов достигнет 91 680 лет.

Преодолеть этот вычислительный барьер поможет информация об эволюции белков, позволяющая предсказывать взаимодействующие участки белков. Этот предварительный анализ уменьшает предполагаемое время вычислений в 100 раз, тем самым увеличивая количество исследуемых белков. Тем не менее, без помощи World Community Grid запланированные вычисления окажутся невыполнимыми.

Добровольцы, жертвующие свободные вычислительные ресурсы World Community Grid, высвободят мощности для других исследований, проводимых AFM, CNRS, INSERM и пр. научными игроками, направленных на развитие научных инструментов, которые увеличивают наши знания о природе и методах лечения редких заболеваний.

Исследователи
Вычислительная биология:
* Dr. Alessandra Carbone, Analytical Genomics, FRE3214 CNRS-UPMC, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris.
* Yann Ponty, Department of Computer Science, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris.

ГРИД-технологии:
* Jean-Marie Chesneaux team, Computer Science Laboratory of Paris 6 (LIP6), CNRS Laboratory UMR 7606, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris.

Миопатия (заболевание мышц):
* Pascale Guicheney team, INSERM Laboratory U582, Myology Institut, "Pitiй-Salpetriиre" Hospital, Paris.

Молекулярное моделирование:
* Richard Lavery, Institut de Biologie et Chimie des Protйines, CNRS UMR 5086, Universitй de Lyon.
* Sophie Sacquin-Mora, Laboratory of theoretical biochemistry, CNRS Laboratory UPR9080, "Institut de Biologie Physico-Chimique", Paris.

Вопросы и ответы по проекту:
(Show/Hide)



What is the Decrypthon Program?

The Decrypthon Program is a collaboration launched by AFM (French Muscular Dystrophy Association), CNRS (French National Center for Scientific Research) and IBM in May 2004 (www.decrypthon.fr). This partnership is a technical platform for grid computing which includes technical, financial, and human resources in which RENATER (French National Communication for Research and Network), Universities, and individual Internet users participate.

The goal of this program is to provide to research groups very high capacity of grid computing resources and technical facilities for shared calculation, in order to facilitate and accelerate the development of research programmes in the field of biology, and in particular in the context of neuromuscular disorders. This program also includes technical support from IBM and CNRS for selected groups for the validation, porting, and gridification of their project, and financial support from AFM to support the project.

What are protein functions?

Proteins are the basis of how biology gets things done:

* They are the biological elements that catalyze all of the biochemical reactions which make cells work (i.e. the enzymes).
* They are the main structural elements that constitute our bones, muscles, blood vessels, etc.

Since proteins play such fundamental roles in biology, scientists have sequenced the human genome, which is a "blueprint" for these proteins. It contains the DNA code which specifies the sequence of the amino acids, i.e. the elementary bricks that constitute the protein.

The challenge of modern biology is to understand what these proteins do and how they work in cells.

What is a protein structure?

Proteins are large molecules made of long chains of basic units: the amino acids. Proteins do not remain as simple amino acids chains, but fold into a more compact and specific shape (3D-structure) that specifies the protein function within the body.

Indeed, the knowledge of the amino acid sequence tells us little about what the protein does and how it does it. In order to perform its function, it must take on a particular shape, also known as a "fold." Thus, to do their work proteins assemble themselves. This self-assembly is called "folding." The process of protein folding, while critical and fundamental to virtually all of biology, in many ways remains a mystery.

The number of shapes that proteins can fold into is enormous in theory, but only one structure corresponds to the proper protein fold found in the human body. Human cells have developed mechanisms to help proteins to fold properly to carry out specific functions within the human body.

Moreover, when proteins do not fold correctly (i.e. "misfold"), they can lead to serious consequences, including many well known diseases such as Alzheimer's, Huntington's, Parkinson's disease, many cancers syndromes, etc.

Information obtained on the structure of those complexes is important not only for identifying functionally important partners, but also for determining how such interactions will be perturbed by natural or engineered site mutations in either of the interacting partners, or as the result of drugs.

What is molecular modeling?

Molecular modeling refers to theoretical methods and computational techniques to model or mimic the behavior of molecules. Molecular modeling methods are used to investigate the structure of biological systems such as protein folding or molecular recognition of protein- ligand binding, ranging from small chemical systems to large biological molecules and material assemblies (protein complexes).

The common feature of molecular modeling techniques is the atomistic level description of the molecular systems; the lowest level of information is individual atoms (or a small group of atoms).

The interactions between neighboring atoms (atoms are the smallest units that form the matter) can be drawn by spring-like interactions (representing chemical bonds). A complex mathematical model which takes into account the sum of potential energies (forces) describes these atomic interactions.

Indeed, for complex structures like proteins (composed of hundred of atoms for the smallest), it takes CPU time to model their 3D-structure.

What is protein-ligand docking?

For most of the proteins known to date, their biological role is incompletely understood. Even proteins which participate in a well-understood biological process may have interaction partners or functions which are unrelated to that process.

Moreover, vast numbers of "hypothetical" proteins have been discovered during the human genome sequence program, for which there is no information at all, apart from their amino acid sequence.

Indeed, for any protein, scientists attempt to answer the questions: does the protein bind in vivo? If it does, what is the 3D-structure of the complex and how strong/weak are the protein-ligand interactions?

Protein-ligand docking is a molecular modeling technique to predict the position and orientation (the 3D-structure) of a protein in relation to a ligand (another protein, DNA, drug, etc.).

Docking methods are based on purely physical principles; even proteins of unknown function (or which have been studied relatively little) may be docked. The only prerequisite is that their 3D-structure has been either determined experimentally, or can be estimated by some theoretical technique.

Docking techniques could be used for a variety of purposes, most notably in the virtual screening of large databases of available chemicals in order to select drug candidates.

Screen saver/Graphics: When I look at the screen saver image, what is my computer working on?

Your computer is working on a specific protein-protein interactions from the many proteins whose structures are known, with particular focus on those proteins that play a role in neuromuscular diseases. The database of information produced will help researchers design molecules to inhibit or enhance binding of particular macromolecules, hopefully leading to better treatments for muscular dystrophy and other neuromuscular diseases.

Screen saver/Graphics: Why are there two color molecules?

This is to represent the two different proteins that are being calculated for interactions. The positions they are in represent how they are being calculated against each other throughout the work unit.

Screen saver/Graphics: What does the Progress Bar represent?

The Progress Bar represents your computers progress on the specific work unit running on your computer.

Screen saver/Graphics: What do the Erelec and Etmin mean in the circle at the upper left of the graphics window?

The aim of the docking process is to find the best way to associate 2 proteins in order to form a protein-protein complex (and see whether these two proteins are likely to interact, should they ever meet in the "real world", i.e. in a biological system). The quality of the protein-protein interaction can be evaluated via an interaction energy Etmin (expressed in kcal/mol). Erelec is the electrostatic contribution of the interaction energy, which depends on the electric charges that are located all over the protein. The more negative the Etmin is, the stronger the protein-protein interaction.

Please see the following reference for more details on how the interaction energy between two protein is calculated : M. Zacharias, Protein-protein docking with a reduced protein model accounting for side-chain flexibility, Protein Science 12,1271 (2003) http://protsci.highwire.org/cgi/content/abstract/12/6/1271

Screen saver/Graphics: What do the two names in the bottom left circle represent?

These are the names of the two molecules that are rotating in the large circle on the screen saver. These two molecules are what your machine is currently calculating.

Screen saver/Graphics: What is UPMC?

UPMC stands for University Pierre et Marie Curie (http://www.upmc.fr). For more information about how UPMC is involved in this project, please click here.

Screen saver/Graphics: What does the number 2 behind the name Help Cure Muscular Dystrophy represent?

This indicates that we are currently running Phase 2 of he Help Cure Muscular Dystrophy project. For information about Phase 2, please click here.

Screen saver/Graphics: Who are the people pictured in the slideshow image in the World Community Grid client when Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2 is running?

From left to right:

* Yann Ponty - Postdoc at Laboratoire d'Informatique de Paris 6, CNRS-UPMC, Postdoc AFM/CNRS in 2008, Analysis of data from phase 1, interface between JET and MAXDo and criteria for protein partnership prediction
* Dr. Alessandra Carbone, Analytical Genomics, FRE3214 CNRS-UPMC, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris
* Stefan Engelen - IR Genoscope, Evry, Postdoc AFM in 2006-2008, Prediction of protein binding sites and development of JET
* Sophie Sacquin-Mora, Laboratory of theoretical biochemistry, CNRS Laboratory UPR9080, "Institut de Biologie Physico-Chimique", Paris



Скриншот графического клиента
IPB Image


График производительности проекта:
IPB Image

IPB Image

Це повідомлення відредагував Rilian: Dec 11 2010, 14:10
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
9 Сторінки V « < 7 8 9  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(120 - 130)
Rilian
Oct 4 2012, 23:58
Пост #121


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



затарился около 500 ВЮ icon_trollface.png

хочу набрать 4 года в проекте, щяс 3 года 270 дней


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Oct 11 2012, 14:39
Пост #122


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



пофиксили проблему с даунлоадом некоторых ВЮ (при этом комп не запрашивал новые задания)
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...59_lastpage,yes


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 12 2012, 15:02
Пост #123


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Тасков уже нет и вчера не было посчитано ни одного. Думаю скоро объявят что проект завершен smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 18 2012, 12:46
Пост #124


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Задания подсчитаны, но админы ВЦГ общаются с учеными проекта по поводу уточнения что никакие результаты не пропущены и ученые получили все вычисления. link.gif Если что-то будет пропущено, эти задания будут обработаны еще раз

когда все выяснится, объявят о завершении проекта drinks2.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Dec 2 2012, 10:04
Пост #125


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE

We are going through all of the project data and checking to see if anything is missing, which turns out to be more time consuming than expected. Hopefully we have not missed anything and don't have to run any more work units. Then we will make sure the researchers have all of this data on their site. After that comes the process of analyzing the results and publishing a paper about them.... which can take many months. Thanks for all of your support to this project.


--
Victors
WCG Tech


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Dec 11 2012, 15:47
Пост #126


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Есть ВЮ



--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 12 2013, 14:34
Пост #127


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Статья в ISGTW - International Science GRID this week

Desktop power helps map protein dance

IPB Image

The project came to an end ahead of schedule in September 2012 after only two and half years. Volunteer computers had racked up over 114 million results using nearly 53,000 CPU-years of computing power.

HCMD2 expect to publish their results, methods, scientific tools and interaction data in a number of public databases, along with descriptive papers, later this year. The resulting database will potentially help drug developers design molecules to inhibit or enhance binding of particular macromolecules, hopefully leading to better treatments for muscular dystrophy and other neuromuscular diseases. The unique methodology used by the researchers in their analysis could also be applied to future studies of other disease areas.

link.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 22 2013, 20:10
Пост #128


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Re: Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2 project near completion

QUOTE
We have finished running the last of the work units for this project. We are now doing some work to finish putting the results on the researcher's server. Hopefully we won't find anything else missing, otherwise we might have to run a few more work units. The researchers have received 4 years of funding and a new post-doc will be helping them soon, so analysis of the results should proceed well. Thanks go to all of the members who generously contributed to this project!


QUOTE
Мы закончили рассчеты последних ворк юнитов и щяс отправляем результаты ученым.

Ученые получили грант на 4 года исследований, и им будет помогать проводить анализ еще один научный сотрудник (post-doc), так что обработка результатов должна проходить хорошо.

Спасибо всем участникам, которые щедро пожертвовали вычислительные ресурсы на проект


https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ad?thread=33566


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
May 29 2013, 10:04
Пост #129


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Re: Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2 project near completion
We have finished going through all of the results data (there was a very large amount of it) for the Help Cure Muscular Dystrophy - phase 2 project and have verified that it has all been assembled correctly. We did have to run a few work units to fill in some small gaps that were missed somehow, but now it is all there and ready for the next steps in their research. Thanks again to all of the members for contributing to this project.

koc.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Dec 9 2014, 23:00
Пост #130


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 656
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
Расово верная продукция AMD & ATI: FX-8320 + Phenom II X6 1090T + HD5870 + HD5770



От моделирования к прогнозированию: прогресс в понимании белков

Д-р Карбоне, координатор проекта Help Cure Muscular Dystrophy, недавно выложила обновление с информацией о текущих исследованиях, посвященных моделированию сложных белок-белковых взаимодействий. В частности, исследовательница раскрывает основную суть нескольких методов, которые она и ее коллеги исследуют с целью улучшения процесса моделирования и прогнозирования взаимодействия белков. Этот новый подход в моделировании сделает будущие исследования более быстрыми и откроет совершенно новые возможности для исследования белок-белковых взаимодействий на основе геномных данных, в которых закодированы функции белков. В конце концов, лучшее понимание белковых взаимодействий может помочь исследователям разработать более эффективные методы лечения нервно-мышечных заболеваний, таких как мышечная дистрофия.

В очередной раз убеждаемся, что закрытие проекта для участия в нем участников распределенных вычислений вовсе не означает остановку самих исследований, которые могут продолжаться еще долгие годы, вооруженные полученными с нашей помощью данными. smile.gif

По материалам World Community Grid: From simulation to prediction: advances in understanding proteins


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Aug 11 2016, 10:48
Пост #131


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



http://zdravoe.com/101/p17934/index.html

Результатом четырехлетнего проекта команды из Университета штата Вашингтон и Института сердца и диабета стал новый терапевтический подход, основанный на генной терапии.

Атрофия мышц может быть последствием хронической инфекции, мышечной дистрофии, недоедания или старости. Около половины людей, которые страдают от рака, фактически умирают от кахексии, по сути, от той же атрофии мышц. Она также является последствием мышечной дистрофии Дюшенна, неизлечимой, смертельной болезни, которая может пораает своих жертв еще в подростковом возрасте. При этом многих людей убивает не потеря массы скелетных мышц, а дистрофия миокарда, то есть сердечной мышцы: сердце буквально усыхает в размерах, а это провоцирует развитие сердечной недостаточности.

Ученые уже давно пытались остановить или хотя бы замедлить этот процесс, но не смогли до сих пор найти безопасный способ. Дело в том, что гормоны миостатины, которые вызывают атрофию, нельзя блокировать – они играют важную роль в других функциях организма.

Исследователям из Соединенных Штатов и Австралии смогли блокировать миостатин выборочно, только в мышцах. Они использовали в качестве носителя аденоассоциированный вирус – доброкачественны микроорганизм, который специально ориентировали на доставку сигнального белка Smad7 в клетки миокарда и скелетных мышц. Smad7, ингибируя активность гормонов, останавливает разрушение мышц. Авторам нового метода терапии уже удалось восстановить мышцы у здоровых мышей и предотвратить потерю скелетных мышц и миокарда у мышей со злокачественными опухолями.


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

9 Сторінки V « < 7 8 9
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 15th September 2019 - 22:55

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.