DENIS@home, исследования в области сердечной электрофизиологии Налаштування

[Arbalet]

DENIS@home



Организаторы проекта DENIS@home:

Университет Сан-Хорхе в Сарагосе, Испания

Официальный сайт проекта - http://denis.usj.es/denisathome/index.php

DENIS@home - научно-исследовательский проект, который использует вычислительные ресурсы компьютеров участников-добровольцев для исследований с помощью компьютерного моделирования в области электрофизиологии сердца. Проект официально стартовал 20 марта 2015 г.

В аббревиатуре названия DENIS зашифрованы основные направления исследований проекта и пути их технической реализации:
Distributed computing - распределенные вычисления
Electrophysiological models - электрофизиологические модели
Networking collaboration - сетевое сотрудничество (коллаборация)
In silico research - исследования "в кремнии", т.е. компьютерное моделирование
Sharing knowledge - обмен знаниями

Добавить проект в BOINC-менеджере можно по ссылке - http://denis.usj.es/denisathome/

Ссылка на команду Ukraine в статистике проекта DENIS@home - http://denis.usj.es/denisathome/team_display.php?teamid=14

Расчетные приложения существуют под операционные системы: Windows, Linux, Mac OS X

Командный сертификат: http://denis.usj.es/denisathome/cert_team.php

Бейджики проекта DENIS@home:

(Show/Hide)

- настоящее сердце - Real heart - за 3 млрд. кредитов (число ударов сердца человека за целую жизнь);


- силиконовое сердце - Silicon heart - за 300 млн. кредитов;


- бриллиантовое сердце - Diamond heart - за 30 млн. кредитов;


- платиновое сердце - Platinum heart - за 3 млн. кредитов;


- золотое сердце - Gold heart - за 300 тыс. кредитов;


- серебряное сердце - Silver heart - за 30 тыс. кредитов;


- бронзовое сердце - Bronze heart - за 3 тыс. кредитов;


- кристальное сердце - Crystal heart - за 300 кредитов;


- марафон - Marathon - за 42 195 кредитов (по числу метров в дистанции марафона);


- Эверест - Everest - за 885 тыс. кредитов (высота высочайшей горы мира в сантиметрах ).

Це повідомлення відредагував Arbalet: Jul 22 2015, 10:18

[Rilian]

оновлення від адміна:

Hi,
We are close to finishing the current simulations, in the next few days, which will be calmer as the course is already over, I will prepare a post indicating how we are doing and what will come.

Best,
Jesús.Jesús Carro
Universidad San Jorge

[Rilian]

Dear volunteers,
First of all, please excuse me because I wanted to send this message a week ago, but I was not able to do so. As you have seen these days, just like last year, we are entering the summer period, and the rate of sending simulations will be affected. We hope that it does not stop completely, but the sent tasks will be reduced.

I take this opportunity to update the results of the last months: you have been optimizing one of the most used human ventricle models: the O'Hara and Rudy model. We have tested several optimization configurations and have obtained a new adjustment for the model that improves its behavior in relation to a large number of markers reported in the scientific literature. There is still a configurations that has not been finished, but we are already beginning to prepare a scientific publication that summarizes our results. As soon as it is finished and published (it is a long process), we will share it with you and explain it.

In the coming months we will begin to optimize a version of this widely used model, which is the basis of a new model we are developing to study heart failure. We will take advantage of this change in model to automate some things, so the slow pace of summer may be a little longer at the beginning of the school year, but with the objective that the pace will not slow down afterwards.

Thank you all very much for your understanding

Best regards,
Jesus.

Шановні волонтери!
Перш за все, вибачте, тому що я хотів надіслати це повідомлення тиждень тому, але не зміг цього зробити. Як ви бачили цими днями, як і минулого року, ми вступаємо в літній період, і це вплине на швидкість надсилання симуляцій. Сподіваємося, що він не припиниться повністю, але надіслані завдання будуть зменшені.

Я користуюся цією нагодою, щоб оновити результати останніх місяців: ви оптимізували одну з найбільш використовуваних моделей шлуночка людини: модель О'Хара та Руді. Ми перевірили кілька конфігурацій оптимізації та отримали нове коригування для моделі, яке покращує її поведінку щодо великої кількості маркерів, про які повідомляється в науковій літературі. Ще є конфігурації, які не завершені, але ми вже починаємо готувати наукову публікацію, яка узагальнює наші результати. Як тільки він буде завершений і опублікований (це тривалий процес), ми поділимося ним з вами та пояснимо.

У найближчі місяці ми почнемо оптимізувати версію цієї широко використовуваної моделі, яка є основою нової моделі, яку ми розробляємо для вивчення серцевої недостатності. Ми скористаємося цією зміною в моделі, щоб автоматизувати деякі речі, тому повільний темп літа може тривати трохи довше на початку навчального року, але з метою, щоб темп не сповільнився після цього.

Дуже дякую всім за розуміння

З найкращими побажаннями,
Ісус.

[Rilian]

If nothing goes wrong, in 2 or 3 weeks we should restart sending work.

Якщо нічого не піде не так, через 2-3 тижні ми маємо відновити надсилання роботи.

[Rilian]

Статус проєкту // Стан проєкту
Шановні волонтери,

Як ви могли помітити, пауза в завданнях затягнулася довше, ніж ми очікували. Вибачаюся, що не написав раніше, адже сподівався, що ми зможемо запустити щось раніше. Однак, враховуючи наше поточне робоче навантаження та необхідні кроки для нових симуляцій, нових завдань не буде принаймні до кінця лютого.

Вибачаюся за зниження активності; ми повернемося, як тільки зможемо.

З повагою,
Хесус.

[Rilian]

Шановні волонтери,

Ми повернулися! Очікування було довшим, ніж нам би хотілося, але, на диво, те, що ми вам приносимо, з’явилося швидше, ніж ми очікували. Іван Ройо цього семестру працював над 1D-версією DENIS (denis-fiber), і у нас вже є перша версія для тестування. Це доволі просунутий варіант фінальної версії (поки що без контрольних точок), але на цьому етапі він дуже корисний для перевірки роботи та доопрацювання останніх деталей.

Завдяки гранту від Міністерства Іван досліджує, як клітинні відмінності (міжпацієнтські варіації) впливають на поширення електричного імпульсу в серці, і для цього нам потрібно масштабуватися. Якщо тести пройдуть успішно, ми почнемо проводити симуляції в межах цього нового проєкту. Наразі всі тести є функціональними. Ми розпочнемо з керованих за розміром симуляцій і поступово збільшуватимемо їхню кількість залежно від реакції сервера та наших можливостей обробки даних.

Оптимізація моделей також залишається у списку завдань, сподіваюся, що ми зможемо незабаром до неї повернутися.

З найкращими побажаннями,
Хесус.

[Rilian]

треба вмикнути Run test applications
https://denis.usj.es/denisathome/prefs.php?subset=project


в мене поки що так

113784: 26-Mar-2025 11:13:16 (low) [DENIS@home] update requested by user
113785: 26-Mar-2025 11:13:17 (low) [DENIS@home] Fetching scheduler list
113786: 26-Mar-2025 11:13:19 (low) [DENIS@home] Scheduler list fetch from https://denis.usj.es/denisathome/ failed: permanent HTTP error

[Rilian]

пишуть що десь у них в мережі стоїть фаєрвол, і не пропускає ніякі реквести з Linux

[Rilian]

Виявилось що проблема з доступом пов'язана якось з BOINC версією або сетифікатами в системі

Оновлення BOINC на Linux до 8.0.4 вирішило проблему!

https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

[Rilian]

🇺🇦 тут підняли важливу тему, в DENIS@home змінили фаєрвол, то тепер наче українські IP не заблоковані. Можете перевірити?

В мене 1 комп з України отримує завдання вже декілька днів

[Rilian]

Є WU!

[Rilian]

Шановні волонтери,

Протягом останніх кількох тижнів ми тестували сервер і нову програму, розроблену Іваном. Після перевірки стабільної роботи програми та отримання загального уявлення про обмеження сервера для цієї програми, ми щойно запустили нову версію. Ця версія містить контрольні точки (checkpoints), що дозволяє запускати довші симуляції без проблем, пов’язаних із перезапуском. Налагодження контрольних точок завжди було одним із найскладніших аспектів при розробці нових версій, тому ми поступово спостерігатимемо за перебігом процесу. Вона залишатиметься у бета-режимі, тож просимо поставитися з розумінням, якщо це спричинить задачі, які не будуть валідовані, або інші проблеми. Один із ризиків на цьому етапі полягає в тому, що якщо симуляція не відновиться коректно з контрольної точки, вона пошкоджується, і результати не збігатимуться з тими, що надсилають інші волонтери.

Щиро дякуємо всім, хто виконує нашу бета-версію. Без вашої допомоги було б неможливо рухатись уперед у створенні кращих симуляцій.