Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[(_KoDAk_)]

итак вынашиваются планы по выполнению расчетов на Xbox 360.
ветка обсуждений данной возможности
и научные аспекты

[(_KoDAk_)]

[nikelong]

Да сам видел Results ready to send 5,608
Но как бы эта цифра еще с прошлого года не висела ... ?

http://www.boinc-af.org/content/view/816/303/

http://www.pnas.org/content/104/37/14664.full.pdf

http://www.boinc-af.org/content/view/767/303/

http://www.boinc-af.org/content/view/247/282/

http://www.boinc-af.org/content/view/26/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Scilinc

http://www.dp.by/wiki/Projects/Rosettaathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Rosetta%40home/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...110-rosettahome

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_about.php

[(_KoDAk_)]

February 16, 2009
A fileserver/SAN hiccup caused the entire project to pause for a number of hours. Sorry for the outage. -KEL

[Rilian]

Немного перефразирую свой 2 вопрос.
В проэкте Rosetta мне за одно выполненое задание начисляют от 20-35 очков. Посмотрев статистику других участников я увидел что им начисляется до 60 очков. От чего это зависит?

Нужно выставить длину задания в максимум, например 1 день.

Target CPU run time
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project

[Rilian]

Недавно Дэвид Бэйкер сообщил что его команда пишет аж 7 статей о том что они проделали за последнее время

Вообще, можно оч много интересного почитать в его журнале

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177

[(_KoDAk_)]

September 10, 2009
The validator and scheduler servers are currently slowly processing a large work unit. We have reprioritized the WU after finding that it is causing server problem. However, it will take a while for the existing jobs to clean out. Meanwhile, server lags are expected.

кароче ожидаются тормоза с сервером

[Arbalet]

В проекте Rosetta@home добрались до больших белков и свиного гриппа

Проект распределенных вычислений Rosetta@home продолжает оправдывать вложенные в него вычислительные мощности добровольцев. От руководителя проекта Дэвида Бэйкера стало известно о публикации научной статьи в Science magazine, посвященной вычислительным методам, которые позволяют определять трехмерные структуры белков размером до 200 аминокислот. Кроме того, научный сотрудник лаборатории Бэйкера сообщил об успехах в поиске ингибиторов вирусного белка гемагглютинина, ответственного за заражение клеток организма вирусом гриппа.

Кому интересны подробности - вэлкам!

[Death]

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_th...wrap=true#65045

Hi all,

my name is Tim Whitehead and I've been a postdoc in the Baker lab for about a year. My projects deal with the prediction and design of protein-protein interfaces. In this thread, Sarel has explained the design problem for protein-protein interfaces. Progress in this area can drive the next generation of treatments against pathogens like Mycobacterium tuberculosis or Influenza.

I have been working with Sarel on the design and experimental characterization of designs that target disparate proteins on both pathogens. We have a couple of successes thus far, which we are extremely excited about, but need to have better and better designs to show the validity of our design approach.

In this thread, Sarel has explained why and how we are targeting Influenza by designing a protein inhibitor of a protein that is displayed on the surface of the virus.

For Tuberculosis, our task is slightly more difficult. TB is caused by a bacterium called Mycobacterium tuberculosis. The bacteria is encased in a waxy coating of mycolic acid, which hurts our body's ability to expell the bacterium (for more information, see http://en.wikipedia.org/wiki/Mycobacterium_tuberculosis).
Instead of designing an enzyme that could degrade the coating, we are targeting a protein that is involved in the `synthesis` of mycolic acid. You may have already seen BOINC descriptions that say "docking of designs against 2CGQ" - 2CGQ is the protein that we are trying to inhibit. I am hoping that your contribution from ROSETTA@HOME will give us the increased quality of our designs that we need. Thanks for the help!


strauch


Message 65126 - Posted 27 Jan 2010 6:34:38 UTC
My name is Eva-Maria Strauch and I am one of the post-docs in the Baker lab working on the design of protein-protein interactions. I am very excited about having the possibility to run on R@H, thanks to your generous contributions! Protein design requires a lot of sampling since there are so many many different possibilities to be considered carefully. This will work out now faster with your help!

I am currently designing proteins to bind to a model system which we use to calibrate our computational protocols. This particular target is the back end of a human immune-system antibody (Fc fragment, which is what you will see under the work unit descriptions http://en.wikipedia.org/wiki/Fc_region). The cool thing about Fc is that nature provides us with several proteins that bind to it, hence it taught us very important lessons on how to design possible binding proteins to it. We now want to see whether we've figured this one out and can mimic nature's ability to come up with binders towards this target. Success will further contribute to the optimization of our protocols to generate several protein-based inhibitors to attack cancer and infectious diseases. Questions we want to answere with this design project are: How well do we perform in comparison with nature? and if we understood all the information we got out of those native interactions, are we able to produce several de novo binding proteins that mimic the atomic interactions seen with native interaction Fc has with different proteins? This project will contribute to our understanding of how proteins recognize one another. Promising designs will be experimentally verified and also further characterized to see how well we performed, and what was possibly missing that we should include into our computational design protocol.
Thanks again for your contribution!

[Rilian]

ооо, надо вернуться в этот проект, пока в WCG IADS-1 находится в стадии обработки результатов

[corsar83]

Перестал BOINC вчера запрашивать задания для проца, только для видеокарты, которых нет. У всех так или это у меня чото.

[Gelo]

Новости

Apr 12, 2010
The minirosetta application has been updated to version 2.10. For details and to report bugs, go to this thread

[re_SET]

Ребята! а ГПУ-клиент имеется на розетке?

[Rilian]

Ребята! а ГПУ-клиент имеется на розетке?

нет

[Algon]

15.05.2010 14:54:10 rosetta@home Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 84116 seconds of work, reporting 1 completed tasks
15.05.2010 14:54:15 rosetta@home Scheduler request completed: got 0 new tasks

Задания на сервере есть, кеш на сутки (задание считается меньше 3 часов).
Почему может быть?