Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
DrugDiscovery@Home alpha
Розподілені обчислення в Україні > Завершені проекти > Медико-біологічні (завершені проекти)
1, 2, 3
ReMMeR
Apr 22 2009, 16:28

Проект "DrugDiscovery@Home"

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.04.2009 Капитан - ReMMeR
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.drugdiscoveryathome.com/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Новичкам: статья со скриншотами, как поставить и настроить BOINC-менеджер
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же Именем и EMAIL. если при регистрации в проекте указать другой e-mail , BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! В этом случае рекомендуется зайти во все ваши аккаунты и во все проекты и где надо поменять емейл на нужный. Через некоторое время ваши аккаунты сольются в один с одним cross-project-id.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:

Drug Discovery at Home (в пер. с англ., найди лекарство дома) — российский биомедицинский проект распределенных вычислений, основанный на платформе BOINC. Научные цели проекта DrugDiscovery@Home (DD@Home) связаны с исследованиями фолдинга белков, рака, старения, стволовых клеток, а также с поиском новых лекарственных средств от ряда заболеваний. Проект пока не имеет формальных отношений ни с одной фармацевтической компанией или академическим учреждением, а развивается на энтузиазме и за счет смешанной российско-американской группы разработчиков.

В настоящий момент проводится предварительное альфа-тестирование серверной части проекта и расчетного клиента DrugDiscovery@Home, основанного на таких известных пакетах специализированного ПО как GROMACS (симуляция молекулярной динамики биологических молекул) и Autodock (молекулярный докинг). Желающие принять участие в альфа-тестировании или помочь в техническом развитии проекта, могут обратиться лично к Андрею Воронкову — научному сотруднику МГУ и главному куратору DrugDiscovery@Home.

Ссылки по теме:

Текст взят из : Вики © Arbalet
ReMMeR
Apr 22 2009, 16:35
Пока что только по инвайтам, тозже обещают полный паблик.
kornq
Apr 22 2009, 22:28
Тут есть на русском про проэкт - distributed.ru
Rilian
Apr 22 2009, 22:37
дайте инвайтеexcl.gif!!
Rilian
Apr 22 2009, 22:46
послал емейл админу проекта, чтобы выдал инвайте
-=Vzhik=-
Apr 23 2009, 05:36
Да-да, мне бы тоже инвайт, чтобы с Ralph@Home уйти. пока ферма живая.
Rilian
Apr 23 2009, 07:09
методом перебора (с первого раза) нашел инвайте. пишите, выдам в личке smile.gif
Rilian
Apr 23 2009, 07:21
User of the day
Profile rilian
I crunch for Ukraine

на маках И linux x64 пока считать нельзя

Thu 23 Apr 08:21:22 2009 DrugDiscovery [error] File autodock_1.302_i686-apple-darwin has wrong size: expected 125168, got 425376
Thu 23 Apr 08:21:22 2009 DrugDiscovery [error] Checksum or signature error for autodock_1.302_i686-apple-darwin
Rilian
Apr 23 2009, 09:26
На винде тоже не считается

QUOTE
23.04.2009 10:23:36 DrugDiscovery [error] Can't rename output file fzd2_25450_chemdiv_5408-3417_1240444995_1_0 to projects/boinc.drugdiscoveryathome.com/fzd2_25450_chemdiv_5408-3417_1240444995_1_0: Error 2
23.04.2009 10:23:36 DrugDiscovery Computation for task fzd2_25450_chemdiv_5408-3417_1240444995_1 finished
Death
Apr 23 2009, 09:59
+1

я UoD )))))
(_KoDAk_)
Apr 23 2009, 11:09
я тепер Я

+ этого проекта нет еще на фришниках)
YuRi
Apr 23 2009, 11:18
Rilian, Death, (_KoDAk_), Они каждого вновь зарегистрированного юзера делают UoD (до регистрации следующего smile.gif)
Rilian, Это такая серия заданий с ашыпками (fzd2_25450_chemdiv_бла_бла_бла). Есть другая (ХХХХ_1zd2_бла_бла_бла), та считается нормально.
На Е4400 ~4-5 минут, дают 0,7-1 очко за задание.
Death
Apr 23 2009, 11:58
БоКу отписал. на фришниках должна скоро появиться.
(_KoDAk_)
Apr 23 2009, 13:49
23.04.2009 14:47:59 DrugDiscovery [error] Can't rename output file fzd2_5_1240453555_1_0 to projects/boinc.drugdiscoveryathome.com/fzd2_5_1240453555_1_0: Error 2
Rilian
Apr 23 2009, 15:00
QUOTE(YuRi @ Apr 23 2009, 12:18) *

Rilian, Death, (_KoDAk_), Они каждого вновь зарегистрированного юзера делают UoD (до регистрации следующего smile.gif)
Rilian, Это такая серия заданий с ашыпками (fzd2_25450_chemdiv_бла_бла_бла). Есть другая (ХХХХ_1zd2_бла_бла_бла), та считается нормально.
На Е4400 ~4-5 минут, дают 0,7-1 очко за задание.

скока жаб fdz2 надо убить чтобы начали выдаваться 1zd2 ? amo006.gif
(_KoDAk_)
Apr 23 2009, 18:15
кучу всего он закачивает
Rilian
Apr 23 2009, 18:24
QUOTE(Rilian @ Apr 23 2009, 16:00) *


скока жаб fdz2 надо убить чтобы начали выдаваться 1zd2 ? amo006.gif

выдалось несколько штук
(_KoDAk_)
Apr 23 2009, 19:52
убил уже много fdz2 но без толку (
и что-то на квад они неохотно лезут а на одноядерник налетают как мухи (
YuRi
Apr 23 2009, 20:51
(Rilian @ Apr 23 2009, 16:00) *
(YuRi @ Apr 23 2009, 12:18) *
Rilian, Это такая серия заданий с ашыпками (fzd2_25450_chemdiv_бла_бла_бла). Есть другая (ХХХХ_1zd2_бла_бла_бла), та считается нормально.
На Е4400 ~4-5 минут, дают 0,7-1 очко за задание.
скока жаб fdz2 надо убить чтобы начали выдаваться 1zd2?
А ХЗ!
У мну вчера вечером как пошлО качать эти fdz2... Штук 200 накачало, пока не запретил прием. Утром глянул - все с ошибками на первой же секунде и среди них штук 5-6 нормально посчитанных 1zd2.
(_KoDAk_)
Apr 24 2009, 00:13
автар проекта сказал что через пару дней поймет вчем порблема
Rilian
Apr 27 2009, 09:41
http://stats.free-dc.org/stats.php?page=proj&proj=ddh

Украина на 2м месте

2 российских команды в Топ-4

ура! smile.gif
T0lsty
Apr 27 2009, 10:32
и заданий нет
Rilian
Apr 27 2009, 11:30
Скорее всего раздали очки за прошлые error-нутые ВЮ
Death
Apr 27 2009, 11:34
http://stats.free-dc.org/stats.php?page=proj&proj=ddh

Overall
Team Total Credit
1. Russia 5,528
2. Ukraine 2,331

Хм. Давайте приколемся ))))))))
Rilian
Apr 28 2009, 10:27
кому инвайте? пишите сюда
Death
Apr 28 2009, 10:46
28.04.2009 11:22:26 DrugDiscovery Starting fzd2_78_ga10_1240897818_3
28.04.2009 11:22:47 DrugDiscovery Starting task fzd2_78_ga10_1240897818_3 using autodock_mgl version 103
28.04.2009 11:40:44 DrugDiscovery [error] Can't rename output file fzd2_78_ga10_1240897818_3_0 to projects/boinc.drugdiscoveryathome.com/fzd2_78_ga10_1240897818_3_0: Error 2
28.04.2009 11:41:00 DrugDiscovery Computation for task fzd2_78_ga10_1240897818_3 finished
28.04.2009 11:41:42 DrugDiscovery Sending scheduler request: To fetch work.
28.04.2009 11:41:42 DrugDiscovery Reporting 1 completed tasks, requesting new tasks
28.04.2009 11:41:46 DrugDiscovery Scheduler request completed: got 0 new tasks
28.04.2009 11:41:46 DrugDiscovery Message from server: (Project has no jobs available)

сцуко 18 минут в *опу.

CODE

23.04.2009  11:22            10 564 AD4_parameters_1.001_windows_intelx86.dat
28.04.2009  03:57            10 564 AD4_parameters_1.003_windows_intelx86.dat
23.04.2009  10:55           448 321 autodock_1.001_windows_intelx86.exe
23.04.2009  10:55           487 424 autodock_1.002_windows_intelx86.exe
28.04.2009  03:58           448 321 autodock_1.003_windows_intelx86.exe
28.04.2009  03:57           487 424 autodock_mgl_1.003_windows_intelx86.exe
23.04.2009  11:22           476 425 autogrid_1.001_windows_intelx86.exe
28.04.2009  03:57           476 425 autogrid_1.003_windows_intelx86.exe
23.04.2009  10:55           591 360 cygblas_1.001_windows_intelx86.dll
28.04.2009  03:57           591 360 cygblas_1.003_windows_intelx86.dll
23.04.2009  11:21         5 003 776 cyglapack_1.001_windows_intelx86.dll
28.04.2009  03:58         5 003 776 cyglapack_1.003_windows_intelx86.dll
23.04.2009  10:57         1 873 811 cygwin1_1.001_windows_intelx86.dll
28.04.2009  03:57         1 873 811 cygwin1_1.003_windows_intelx86.dll
28.04.2009  11:45             3 012 job.xml=1240908289
28.04.2009  11:45             2 639 ligand.mol2=1240908289
28.04.2009  03:57             1 079 make_sitecustomize_1.003_windows_intelx86.py
28.04.2009  04:00        21 495 334 MGLToolsPckgs_1.003_windows_intelx86.zip
23.04.2009  11:10        11 369 719 prepare_dpf4_1.001_windows_intelx86.exe
23.04.2009  11:51        12 621 281 prepare_flexreceptor4_1.001_windows_intelx86.exe
23.04.2009  11:34        11 365 182 prepare_gpf4_1.001_windows_intelx86.exe
23.04.2009  11:15        11 383 289 prepare_ligand4_1.001_windows_intelx86.exe
23.04.2009  11:24        11 385 964 prepare_receptor4_1.001_windows_intelx86.exe
28.04.2009  03:57         2 117 632 python25_1.003_windows_intelx86.dll
28.04.2009  11:45           157 055 receptor.pdb=1240908289
23.04.2009  11:36        11 445 740 summarize_results4_1.001_windows_intelx86.exe
23.04.2009  10:54           167 936 unzip_1.001_windows_intelx86.exe
28.04.2009  03:58           167 936 unzip_1.003_windows_intelx86.exe
23.04.2009  11:47        11 408 466 write_all_complexes_1.001_windows_intelx86.exe
23.04.2009  10:54           135 168 zip_1.001_windows_intelx86.exe
28.04.2009  03:58           135 168 zip_1.003_windows_intelx86.exe
              32 файлов    123 145 962 байт


123 метра.
Rilian
Apr 28 2009, 10:48
За еррорнутые ВЮ тоже пока выдают очки, так что не переживай. Тем более как бе альфа-тест. Все ок
Death
Apr 28 2009, 12:00
да я собственно пофиксил его.


28.04.2009 11:54:16    DrugDiscovery    Starting fzd2_623_ga10_1240908289_0
28.04.2009 11:54:22    DrugDiscovery    Starting task fzd2_623_ga10_1240908289_0 using autodock_mgl version 103
28.04.2009 12:08:13    DrugDiscovery    Restarting task fzd2_623_ga10_1240908289_0 using autodock_mgl version 103
28.04.2009 12:27:33    DrugDiscovery    Restarting task fzd2_623_ga10_1240908289_0 using autodock_mgl version 103
28.04.2009 12:58:25    DrugDiscovery    Computation for task fzd2_623_ga10_1240908289_0 finished
28.04.2009 12:58:39    DrugDiscovery    Sending scheduler request: To fetch work.
28.04.2009 12:58:39    DrugDiscovery    Requesting new tasks
28.04.2009 12:58:41    DrugDiscovery    Started upload of fzd2_623_ga10_1240908289_0_0
28.04.2009 12:58:49    DrugDiscovery    Finished upload of fzd2_623_ga10_1240908289_0_0
28.04.2009 12:58:51    DrugDiscovery    Scheduler request completed: got 0 new tasks
28.04.2009 12:58:51    DrugDiscovery    Message from server: (Project has no jobs available)


хуле переживать-то )))))))
Death
Apr 28 2009, 15:02

Task ID
click for details
Show names    Work unit ID
click for details    Sent    Time reported
or deadline
explain    Status    CPU time (sec)    claimed credit    granted credit
45215    12274    28 Apr 2009 12:23:58 UTC    5 May 2009 12:23:58 UTC    In progress    ---    ---    ---
45156    12227    28 Apr 2009 11:10:32 UTC    28 Apr 2009 12:19:28 UTC    Completed and validated    827.28    0.88    0.72
45141    12258    28 Apr 2009 10:54:16 UTC    28 Apr 2009 11:10:32 UTC    Completed and validated    682.19    0.73    0.73
45055    12235    28 Apr 2009 8:45:06 UTC    28 Apr 2009 9:59:25 UTC    Completed and validated    851.63    0.91    0.81
44872    12189    28 Apr 2009 5:55:10 UTC    28 Apr 2009 8:41:35 UTC    Error while computing    124.02    0.13    ---
44653    12129    28 Apr 2009 2:06:18 UTC    28 Apr 2009 5:31:47 UTC    Completed and validated    688.58    0.73    0.73
44594    12116    28 Apr 2009 0:56:43 UTC    28 Apr 2009 5:30:28 UTC    Completed and validated    689.06    0.73    0.73
44328    12066    27 Apr 2009 21:51:46 UTC    28 Apr 2009 0:56:43 UTC    Error while computing    24.17    0.03    ---
43953    12001    27 Apr 2009 18:27:53 UTC    27 Apr 2009 21:31:13 UTC    Error while computing    0.00    0.00    ---
43650    11951    27 Apr 2009 14:58:09 UTC    27 Apr 2009 18:26:37 UTC    Error while computing    0.00    0.00    ---
43177    11873    27 Apr 2009 11:30:48 UTC    27 Apr 2009 14:58:09 UTC    Error while computing    0.00    0.00    ---
42999    11842    27 Apr 2009 9:39:34 UTC    27 Apr 2009 11:29:30 UTC    Error while computing    0.00    0.00    ---
31568    9624    24 Apr 2009 14:30:39 UTC    25 Apr 2009 14:46:27 UTC    Error while computing    1.11    0.00    ---
31298    9580    24 Apr 2009 13:38:08 UTC    24 Apr 2009 14:30:39 UTC    Error while computing    1.16    0.00    ---
31071    8779    24 Apr 2009 3:39:24 UTC    24 Apr 2009 6:07:56 UTC    Error while computing    1.39    0.00    ---
30916    9522    23 Apr 2009 21:06:42 UTC    24 Apr 2009 0:20:04 UTC    Error while computing    0.59    0.00    ---
30460    9437    23 Apr 2009 17:59:05 UTC    23 Apr 2009 21:06:41 UTC    Error while computing    0.42    0.00    ---
29417    9415    23 Apr 2009 14:54:12 UTC    23 Apr 2009 17:59:05 UTC    Error while computing    0.44    0.00    ---
27449    9351    23 Apr 2009 10:25:04 UTC    23 Apr 2009 14:54:12 UTC    Error while computing    1.13    0.00    ---
27272    9295    23 Apr 2009 9:16:31 UTC    23 Apr 2009 9:18:01 UTC    Error while computing    1.06    0.00    ---


шото мало очей. голиме селероне.
Death
Apr 28 2009, 15:11
ладно, потроллил и хватит.
http://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum...&nowrap=true#43

скучно. больше щитать не буду. да и очков мало.

http://boinc.drugdiscoveryathome.com/profi...&vote=recommend

ВСЕ ЗАХОДИМ!
Death
Apr 29 2009, 21:41
http://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum_thread.php?id=4

проект уже начинает доставлять.
юсовец не знает олбанского а туда же...
Rilian
May 2 2009, 12:37
Обращайтесь в личку, выдам инвайт rtfm.gif

кстати на mac os уже работает без ошибок
Rilian
May 2 2009, 12:43
@death нафига троллить на проектном форуме?
Rilian
May 2 2009, 12:49
QUOTE
My collaborator asked that we start docking analysis on a protein used by the new strain of influenza H1N1.
Currently we are running some screening on both a proprietary database and the open NCI Plated compounds of some 600K compounds. At the moment I cannot comment on the advantages of running these simulations. At the very least we can use these benchmarks to compare with other analysis.

Here is a link to the current protein we are analyzing.
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3B7E


Проект начал анализировать докинг белка который встречается в штамме "свиного гриппа" H1N1
(_KoDAk_)
May 2 2009, 16:02
так вот оно что, это эпидемия всего лиШш промо акция для этого проекта) excl.gif
Rilian
May 3 2009, 20:58
QUOTE
from Воронков андрей <*****@yandex.ru>
to Rilian <*****@gmail.com>
date Sun, May 3, 2009 at 7:10 PM
subject Re: DrugDiscovery@Home

Пока временно не принимаем новых тестеров. Теперь ждите открытого бета теста.
Death
May 3 2009, 21:03
Rilian, а где ж троллить-то???

ВУ нету (((
T0lsty
May 4 2009, 10:43
какието задния большие . на c2q 3.4 уже 10 часов считается.. 75 % ровно и не двигается .
T0lsty
May 4 2009, 20:22
пля уже 18 часов .. и теже 75 % ...
Rilian
May 5 2009, 09:55
QUOTE(T0lsty @ May 4 2009, 21:22) *

пля уже 18 часов .. и теже 75 % ...

http://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum_thread.php?id=2

пишут что все что больше часа недосчитывается можно прерывать
Rilian
May 7 2009, 23:43
У меня снова есть инвайт код dance.gif

пишите в личку
(_KoDAk_)
May 10 2009, 16:06
1 SETI.USA 9 2,347 33,299 United States None
2 SETI.Germany 13 1,559 18,565 Germany None
3 Free-DC 2 1,481 18,191 International None
4 Ukraine 6 951 15,864 Ukraine None
5 Russia 14 725 14,882 Russia National
6 The Planetary Society 1 1,081 13,990 International None
Rilian
May 12 2009, 12:26
Database/file status
State #
Results ready to send 167,692
Results in progress 104,433

каждое задание по 30 сек

пишите в личку, есть инвайт!
(_KoDAk_)
May 12 2009, 18:41
а сколько балов за это 30сек заданияе ?
Rilian
May 12 2009, 23:39
QUOTE((_KoDAk_) @ May 12 2009, 19:41) *

а сколько балов за это 30сек заданияе ?


по разному

http://boinc.drugdiscoveryathome.com/resul...names=0&state=3

KOZAK
May 13 2009, 01:43
(Rilian @ May 12 2009, 12:26) *



каждое задание по 30 сек



12 sec cool2.gif
Death
May 13 2009, 10:21
13.05.2009 11:19:50 DrugDiscovery Reporting 343 completed tasks, not requesting new tasks
Rilian
May 28 2009, 16:31
ояебу результаты проекта Gromacs 0.07 - по 55МБ!
YuRi
May 28 2009, 21:26
У мну - 61,27. smile.gif
Уже третий день не могу отправить то что посчиталось. Остальные абортированы сервером.
Пожалуй, я на этот проект забью. Жалко только потерянные сутки... ((
Rilian
May 28 2009, 21:30
да, одмины пишут чтобы сделали тем вю аборт
.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.