|  ГЛАВНАЯ

ПРО ПРОЕКТ  |  СТАТИСТИКА  |  ФОРУМ  |  НОВОСТИ  |  ЛИНКИ  |  ПРИСОЕДИНИТЬСЯ!  | | УКРАЇНСЬКОЮ >

THINK - СТРАНИЦА ГРАФИКИ АГЕНТА UD

1. THINK (To Have Information aNd Knowledge - Обладать информацией и знаниями). THINK - это программа по моделированию лекарственных средств. Она анализирует каждую из сотен миллионов молекул, чтобы определить те из них, которые вероятно смогут взаимодействовать с целевым протеином. THINK вычисляет и изучает все формы или варианты конформационной структуры, которые может принимать молекула для того, чтобы взаимодействовать с протеином. Этот процесс называется виртуальным отбором молекул.

2. Конформационные варианты структуры (Conformers).THINK исследует трехмерные формы, которые может принимать молекула. Каждая новая форма молекулы может помочь нужным частям молекулы достичь взаимодействия с целевым протеином. THINK делает это очень быстро - так быстро, что Ваш монитор не может показать каждую молекулу или каждый вариант структуры. Вот почему числа вариантов структуры так быстро изменяются. Общее количество вариантов изменяется от молекулы к молекуле. Некоторые молекулы могут иметь большее число связей или обладать большей гибкостью, поэтому и вариантов структуры у них будет больше.

3. Текущая молекула (Current Molecule). Трехмерные картинки слева являются представлением реальных молекул. Молекулы состоят из различных атомов и связей, которые изображены как цветные шарики, соединенные прутиками. Прутики изображают связи между атомами. Шарики изображают различные атомы, которые составляют молекулу, разный цвет шариков соответсвует разным химическим элементам.

4. Наименование молекулы (Molecular name). В этом проекте анализируются сотни миллионов молекул. Их так много, что для того, чтобы различать их, используются идентификаторы, а не имена. Символы, которые следуют за словами "current molecule" определяют молекулу, кторую в данный момент анализирует THINK.

5. Текущая протеиновая цель (Current Protein Target). Изображение в правой части экрана представляет собой протеин, с которым может взаимодействовать исследуемая молекула. Этот протеин уже был определен в предыдущих исследованиях в качестве подходящей цели для атаки при лечении рака. Он явялется одним из немногих протеинов, взаимодействие с которыми в этом проекте исследуется у сотен миллионов молекул, так что один и тот же протеин будет показываться в Агенте достаточно долго.

6. Легенда атомов (Atomic legend). Какие элементы составляют каждую молекулу? Вы можете определить химические элементы используя легенду, представляющую цветовую кодировку атомов. Существует несколько основных атомов, составляющих органические молекулы, которые Вы можете определить используя легенду в скринсейвере: углерод, кислород, водрод, азот и сера.

7. Гетеро-атомы (Hetero Atoms). "Гетеро" - означает "разный". Несколько основных атомов составляют большинство элементов в органических молекулах, но иногда молекула также содержит атомы, которые не входят в обычный перечень. Гетеро-атом означает любой другой атом, который не входит в список атомов, представленных в легенде. Например, это может быть хлор, или другой элемент. То есть, "гетеро-атом", означает любой другой атом, который не входит в перечень обычных пяти атомов, которые составляют большинство живого.

8. Попадания (Hits). Если произошло соединение молекулы с протеином и это дало начало взаимодействию, то регистрируется "попадание". Попадания обладают разной силой взаимодействия, но любое из них может, в конечном итоге, привести к созданию лекарства. Все попадания регистрируются, ранжируются по силе взаимодействия и сохраняются для последующей стадии проекта.

9. Структуры de novo (De novo structures). Иногда, если молекулу немного изменить, то она может получить дополнительные возможности для взаимодействия с протеином. В этом случае THINK может рассмотреть небольшие изменения или замены атомов, чтобы увеличить количество молекул, которые исследуются. Новые структуры, полученные из оригинальной молекулы, называются "de novo" производными, количество которых также показывается в Агенте.

10. Индикатор прогресса (Progress bar). Шкала под изображением молекулы показывает насколько продвинулся Ваш компьютер в обработке блока молекул. Каждый блок состоит из ста молекул. Молекулы могут сильно различаться как по размерам, так и по количеству вариантов структуры, при этом более гибкие молекулы требуют большего времени на их анализ. Эти отличия между молекулами и объясняют разницу во времени, затраченном на обработку разных блоков.

11. Кнопки (Buttons). Кнопки позволяют посмотреть дополнительную информацию о проекте и задании, которое в данный момент выполняет Ваш компьютер. Также, можно сравнить Ваш компьютер с другими, посмотреть Ваши настройки Agent'а и т.п.

12. Версия THINK. Показывает версию программы THINK.

Описание страницы с информацией клиента THINK...

  Сделано в perelom.com © 2001 | Главная | Про проект | Статистика | Форум | Новости | Линки | Присоединиться! |