Drug Search for Leishmaniasis, поиск лекарств от Лейшманиоза Налаштування

[Dromage]

Ну посчитай сам:

(356*2-193)/6=86,5 реальных суток

[MAGADAN]

Усё COMPLETE

[Rilian]

Dear WCG members.

For us it is a pleasure to let you know that the computational process of the DSFL project has ended. We want to thanks all people for helping us to develop the project providing computational time and effort, and to the WCG team for the professional support to carry out this task. As I have mentioned before, without your help this project had been impossible to conduct in Colombia and probable in many countries all over the world.

Beside the initial 53 Leishmania proteins, we added a few more proteins that will be analyzed along with the first batch.

But I am sure one of your probable question is: and now what is next?:

There are several steps we have to travel through, and these are:

1. To identify the best ranked compounds in term of the docking score. Autodock Vina rank protein-compound interaction based in the energy of interaction and assign a score. The results of the project were organized in a large database built in MySQL language by Rodrigo Ochoa, one of the PECET team. The amount of information we already have in our NAS is about 6 terabytes, so it is not an easy task to look into such amount of data, which are the best candidates. In order to identify the best candidates, a script was created and it is currently running. We hope at the end this year or before, to have the complete list of potential anti-leishmanial compounds or molecules.

2. Depending on the number of potential compounds predicted with promising score, we have probably to filter them based on several parameters, like costs, administration route (oral, injected, topic), toxicity, human use approval for other diseases, etc.

3. Those filtered compounds will be evaluated in in vitro assays and those passing the in vitro phase will be tested in vivo.

4. Finally those passing in vitro and in vivo tests, will be evaluated in human clinical trials.


How long can it take??.

Probably years, To get an effective and safe drug, is not an easy task, but we hope to get one among the 600.000 you tested in your computers. We will let you know if we get any.

Best wishes and thanks again.

[Rilian]

End of the Drug Search for Leishmaniasis Phase 1

Summary
A big thank-you from the research team as the Drug Search for Leishmaniasis project analyzes the results from grid computations.

A successful collaboration
For the past two years, World Community Grid members have been helping a research team from the University of Antioquia in Medellí­n, Colombia, simulate chemical compounds to see which ones might bind to key proteins in the Leishmania parasite. This is a crucial first step in developing a better treatment for this neglected tropical disease, which affects millions of people each year but gets very little research attention.

Thanks to the computing power you provided, the chemical binding simulations were completed earlier this year. The researchers have already started combing through the 7 TB of raw data provided by World Community Grid volunteers, to determine which of the potential molecules might become the basis for practical treatments. As Dr. Carlos Muskus explained in his recent forum posts, the analysis of the raw data has already revealed several promising compounds, and the next step is to complete the analysis phase and secure funding for in-vitro testing. Therefore, we can officially close Phase 1 of the Drug Search for Leishmaniasis project on World Community Grid.

The researchers send their thanks to the over 120,000 World Community Grid members who participated in this project. Together, you donated over 37,000 years of computing time and carried out almost 60 million calculations for this project. With your help, the researchers were able to analyze their original proteins, add several new proteins to the list of targets, and still cut the required completion time by more than 100-fold. Depending on the results of their work over the next several months, a second phase of the project may be started next year.

http://www.worldcommunitygrid.org/about_us...o?articleId=326

[Arbalet]

Обработка результатов проекта Drug Search for Leishmaniasis в самом разгаре

Автор: Доктор Карлос Мускус Лопес (Carlos Muskus López), координатор проекта Drug Search for Leishmaniasis из Программы по изучению и борьбе с тропическими болезнями (PECET), Университет Антиохии (University of Antioquia)

Активная фаза проекта распределенных вычислений «Поиск лекарства от лейшманиоза» (Drug Search for Leishmaniasis, DSFL) под эгидой World Community Grid закончилась год назад, и с тех пор команда проекта обрабатывала полученные результаты, ранжировала и выбирала соединения, которые имеют наибольший потенциал оказаться кандидатами на эффективное лекарство от этой тяжелой тропической болезни.


Слева направо: Карлос Мускус Лопес из PECET; Фабио Кастелланос, менеджер IBM; Иван Велес, директор PECET

На данный момент обработано примерно 96% полученных данных, остальное должно быть завершено в ближайшие 2-3 недели. Исследователи практически завершили статью по итогам этой фазы работы, которая должна быть представлена в международных научных журналах до конца года. Для этого необходимо дождаться полных результатов обработки и фильтрации данных.

В прошлом году предварительные результаты проекта DSFL уже были представлены на различных местных, национальных и международных научных мероприятиях, в том числе на WorldLeish5 в Бразилии, Международном конгрессе паразитологии в Мехико и на XII-м Международном конгрессе по микробиологии в Картахене (Колумбия). Команда проекта DSFL также помогает с организацией III-го конгресса Колумбии по вычислительной биологии и биоинформатике, который состоится в сентябре 2015 г. в Медельине. Это будет прекрасная возможность представить результаты проекта DSFL в развернутом формате и способствовать дальнейшему продвижению World Community Grid в научной среде.

Планируется второй этап проекта, который будет ориентирован на исследования взаимодействия между лигандом (потенциальной лекарственной молекулой) и рецептором (ключевыми белками-целями, критичными для развития лейшманиоза). Сила этого взаимодействия может быть определена с помощью программы Метод анализа распределения энергии (Binding Energy Distribution Analysis Method, BEDAM) или другой аналогичной программы.

Волонтеры World Community Grid помогли в обработке в общей сложности 4 Тб данных, состоящих из более 1,5 миллиардов записей, которые хранят информацию об энергии взаимодействия между множеством белков лейшманиоза и библиотекой из 600 тысяч химических соединений. Воспоследовавшая перекомпиляция результатов расчетов была необходима для фильтрации и отбора наиболее релевантных данных. Полученная база данных была построена с информацией о целевых показателях математических моделей белков, полученной в ходе молекулярно-динамического моделирования их взаимодействия с молекулами лигандов, с оценкой энергии взаимодействия между участвующими молекулами. Целью этого первого этапа было ранжирование и отбор лучших кандидатов на основе мета-анализов, которые могли бы определить наиболее подходящие лиганды для последующих экспериментальных подтверждений.

Исследователи идентифицировали несколько критичных для лейшманиоза белков, которые и были широко изучены в качестве потенциальных молекулярных мишеней. Некоторые из них продемонстрировали в ходе имитационных расчетов высокие свободные энергии взаимодействия (ок. -13 ккал/моль) с перспективными лигандами (см. оригинальную статью). Предварительные результаты показывают, что возможно найдены потенциально эффективные кандидатные лекарственные соединения от лейшманиоза, которые могут быть улучшены в ходе дополнительных вычислительных и экспериментальных подтверждений.

Исследователи готовятся ко второй стадии проекта, которая включает в себя дополнительный фильтр отбора с использованием улучшенного ПО для молекулярно-динамического моделирования, чтобы избежать ложных срабатываний и, следовательно, обнаружить кандидатные соединения с более высокими шансами на дальнейшее превращение в лекарственные препараты. Задача минимум стоит в подтверждении, по крайней мере, одной эффективной лекарственной молекулы, способной бороться с лейшманиозом без серьезных побочных эффектов для организма.

Теперь, когда почти закончен анализ результатов моделирования потенциальных соединений, должен состояться переход к реальному тестированию для подтверждения прогнозных оценок. Это требует больших финансовых затрат на лабораторные исследования и материалы. К сожалению, исследователи столкнулись с трудностями обеспечения финансирования этих работ, несмотря на многочисленные заявки в международные научные фонды. На сегодняшний день они не увенчались успехом, поэтому от идеи провести тестирование всех перспективных соединений пришлось отказаться. Однако, главное колумбийское агентство по финансированию научных разработок (Colombian funding agency – Colciencias) утвердило выделение средств для тестирования от 10 до 20 соединений. Десять из наиболее перспективных соединений уже приобретены и проходят испытания в нашей лаборатории. Лучшие из них пройдут испытания на животных перед клинической фазой испытаний на людях.

Доктор Карлос Лопес от лица коллектива проекта DSFL выражает особую благодарность команде объединения World Community Grid за оказываемую помощь, а также всем участникам распределенных вычислений, которые предоставили свои вычислительные ресурсы для проекта. До новых встреч!

28 ноября 2014

Подготовлено distributed.org.ua по материалам World Community Grid: Finding new solutions for a neglected tropical disease

[re_SET]

От лица себя любимого, и (я надеюсь команда не против) всех кранчеров нашей дружной команды хочу выразить благодарность нашему кранчеру ("Арбалет") за хорошо проведенную работу по поиску и переводу статьи выше . Спасибо Тебе большое, друже!

[Arbalet]

re_SET
Да как-то сам не ожидал от себя такой прыти - в руках все горит, как в старые-добрые времена
Будем надеяться, что исследователи из проекта DSFL доведут работу до конца и все-таки получат новое лекарство от этой вредной болячки!