GPUGRID.net силами NVIDIA, биомолекулярное моделирование силами видеокарт NVIDIA Налаштування

[Некто]

Проект "Gpugrid.net"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• @gpugrid twitter-аккаунт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Приложения
• Постер

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 21.08.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
0. Настоятельно рекомендуем ЗАГРУЗИТЬ последнюю версию драйверов для Вашей видеокарты .(не устанавливайте 29*.** серию драйверов, в них есть ошибка, которая приводит к краху задания)
1. Очень важно на Vista нужно отключить 'protected mode' в процессе установки клиента BOINC.
VERY IMPORTANT, on Vista is required that you disable 'protected mode' from the advanced tab during installation of BOINC!
если уже стоит 6.3.23 удаляем и устанавливаем его заново (не забываем отключить "protected mode") (задания и проекты останутся нетронутыми).
новые версии вних галочка "protected mode" по умолчанию не стоит )
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://www.gpugrid.net
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.

(Show/Hide)

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
О проекте:
Проект использует видеокарты NVIDIA для биомолекулярного моделирования и оптимизирован для работы на графических процессорах с поддержкой CUDA .

Видео как присоединится у проекту

Видеокарты ДОЛЖНЫ потдерживать Cuda 2.0 и выше.

Всем владельцам карт, уровня 560GTX и выше, настоятельно рекомендуем в вашей учетной записи поставить галочки ТОЛЬКО на против бета заданий и очень долгих заданий для топовых карт 8-12 часов, это даст Вам возможность нарастить ППД в 2 раза. среднее время расчета 8-24 часа

Рекомендуемые карты по соотношению цена-производительность 560Ti (448 cores), 470GTX, 570GTX среднее время расчета 4-12 часов(в зависимости от задания)

Видеокарты уровня 450GTS и ниже использовать нецелесообразно, не будете по дедлайну успевать и бонус за 24 часа не получите. (имеются в виду задания серии Long 8-12 hours)

Не используйте драйвера под видеокарту 29*-серии, у них проблема, когда монитор уходит в режим сна,задание вылетает. Последняя стабильная версия 301. whql

Всім, всім, всім Обновіть драйвера до самої останньої версії. Разом з підтримкоу КУДИ 4,2 отримаєте приріст у ППД від 20 до 60%

Під даний проект бажано в проца одне ядро, або поток лишати вільним, оскільки досить сильно скаче крива навантаження на карту.

ППД карт уровня:

CUDA 3.1

560GTX ~ 65.000
570GTX ~ 150.000
480GTX ~ 150.000

CUDA 4.2

570GTX - 170.000-200.000
680GTX - 450,000-500.000



Ссылки по теме:

• CUDA on Ubuntu

Ps3grid.net

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

https://twitter.com/gpugrid

Це повідомлення відредагував vitalidze1: Jul 5 2012, 15:59

[Rilian]

http://www.imim.es/news/view.php?ID=159

Прорыв в симуляции развития вируса СПИДа - впервые симулировано на компьютере

Crucial step in AIDS virus maturation simulated for first time

Using computational techniques, researchers have shown how a protein responsible for the maturation of the virus releases itself to initiate infection

HIV proteasa cutting the poly-protein chain. Source: IMIM

Bioinformaticians at IMIM (Hospital del Mar Medical Research Institute) and UPF (Pompeu Fabra University) have used molecular simulation techniques to explain a specific step in the maturation of the HIV virions, i.e., how newly formed inert virus particles become infectious, which is essential in understanding how the virus replicates. These results, which have been published in the latest edition of PNAS, could be crucial to the design of future antiretrovirals.

HIV virions mature and become infectious as a result of the action of a protein called HIV protease. This protein acts like a pair of scissors, cutting the long chain of connected proteins that form HIV into individual proteins that will form the infectious structure of new virions. According to the researchers of the IMIM-UPF computational biophysics group, “One of the most intriguing aspects of the whole HIV maturation process is how free HIV protease, i.e. the ‘scissors protein,’ appears for the first time, since it is also initially part of the long poly-protein chains that make up new HIV virions."

Using ACEMD a software for molecular simulations and a technology known as GPUGRID.net, Gianni De Fabritiis’ group has demonstrated that the first “scissors proteins” can cut themselves out from within the middle of these poly-protein chains. They do this by binding one of their connected ends (the N-terminus) to their own active site and then cutting the chemical bond that connects them to the rest of the chain. This is the initial step of the whole HIV maturation process. If the HIV protease can be stopped during the maturation process, it will prevent viral particles, or virions, from reaching maturity and, therefore, from becoming infectious.

This work was performed using GPUGRID.net, a voluntary distributed computing platform that harnesses the processing power of thousands of NVIDIA GPU accelerators from household computers made available by the public for research purposes. It’s akin to accessing a virtual supercomputer. One of the benefits of GPU acceleration is that it provides computing power that is around 10 times higher than that generated by computers based on CPUs alone. It reduces research costs accordingly by providing a level computational power that previously was only available on dedicated, multi-million dollar supercomputers.

Researchers use this computing power to process large numbers of data and generate highly complex molecular simulations. In this specific case, thousands of computer simulations have been carried out, each for hundreds of nanoseconds (billionths of a second) for a total of almost a millisecond.

According to researchers, this discovery in the HIV maturation process provides an alternative approach in the design of future pharmaceutical products based on the use of these new molecular mechanisms. For now, this work provides a greater understanding of a crucial step in the life cycle of HIV, a virus that directly attacks and weakens the human immune system, making it vulnerable to a wide range of infections, and which affects millions of people around the world.

Reference:

“Kinetic characterization of the critical step in HIV-1 protease maturation”. S Kashif Sadiq, Frank Noe and Gianni De Fabritiis. PNAS. DOI:10.1073/pnas.1210983109. http://www.pnas.org/content/early/2012/11/...a2-c68194eff067

Follow GPUGRID.net at: http://facebook.com/gpugrid