Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Alien]

Мы можем обеспечить "серверную" поддержку (аптайм, поддержка англоязычных юзеров на форуме, итд), но биологических знаний у нас недостаточно.

Если у вас есть команда которая разбирается в молекулярном ПО, которая знает как делать и изучать ВЮ, то давайте

ну если так, то больших проблем не должно возникнуть..
Мои предложения и уточнения:
1.1- сервер на виндовс? есть ли возможность для линукса ибо для виндовс версия устаревшая и редко обновляется http://www.gromacs.org/index.php?title=Dow...686//MS_Windows
1.2- важно ли какая ос на сервере и у клиента? она должна быть одинакова или все равно?
2.1- из темы про молдингрид, мы уже знаем, что для громакса, для хорошей параллелизации необходимы минимальные задержки, как думаете какой прирост производительности будет с добавление еще одного юзера? К примеру у обоих Q6600 задержка между пользователями и сервером 10-20 мс.
2.2- от сюда целесообразность, какова статистика у F@H по вопросу эффективности относительно серверного решения?
3- можно пока сконцентрироваться на громаксе ибо он сейчас самый популярный в расчетах. Еще гауссиан, но он платный, а это проблемы с лицензией.
4- есть плагин для ГПУ акселерации, но боюсь пока непрактичен для нас. Хотя не перепроверяли на последних версиях.
5- в идеале для такого решения подойдет программа для докинга Autodock 4, но мы пока редко используем этот метод... (для одной задачи - тысячи проектов по 1ядру, которые технически независимы) Сейчас сконцентрированы на МД.
6- постановка задачи в громакс состоит из ~12 шагов, сама МД на последнем и занимает 95% времени, вот последний шаг (mdrun) можно и адаптировать под клиент, чтоб не заниматься лишней работой.
7- какие технические требования к серверу?
8- что такое ВЮ? =)

[Rilian]

Мы можем обеспечить "серверную" поддержку (аптайм, поддержка англоязычных юзеров на форуме, итд), но биологических знаний у нас недостаточно.

Если у вас есть команда которая разбирается в молекулярном ПО, которая знает как делать и изучать ВЮ, то давайте

ну если так, то больших проблем не должно возникнуть..
Мои предложения и уточнения:
1.1- сервер на виндовс? есть ли возможность для линукса ибо для виндовс версия устаревшая и редко обновляется http://www.gromacs.org/index.php?title=Dow...686//MS_Windows
1.2- важно ли какая ос на сервере и у клиента? она должна быть одинакова или все равно?
2.1- из темы про молдингрид, мы уже знаем, что для громакса, для хорошей параллелизации необходимы минимальные задержки, как думаете какой прирост производительности будет с добавление еще одного юзера? К примеру у обоих Q6600 задержка между пользователями и сервером 10-20 мс.
2.2- от сюда целесообразность, какова статистика у F@H по вопросу эффективности относительно серверного решения?
3- можно пока сконцентрироваться на громаксе ибо он сейчас самый популярный в расчетах. Еще гауссиан, но он платный, а это проблемы с лицензией.
4- есть плагин для ГПУ акселерации, но боюсь пока непрактичен для нас. Хотя не перепроверяли на последних версиях.
5- в идеале для такого решения подойдет программа для докинга Autodock 4, но мы пока редко используем этот метод... (для одной задачи - тысячи проектов по 1ядру, которые технически независимы) Сейчас сконцентрированы на МД.
6- постановка задачи в громакс состоит из ~12 шагов, сама МД на последнем и занимает 95% времени, вот последний шаг (mdrun) можно и адаптировать под клиент, чтоб не заниматься лишней работой.
7- какие технические требования к серверу?
8- что такое ВЮ? =)

1) есть мощный сервер на debian. + небольшой опыт установки BOINC-сервера
какая ось у клиента не важно, ибо ВЮ хранятся в унифицированном формате, а рассчетные ядра высылаются юзеру в зависимости от его ОС

2) нужно будет разбивать задание на много кусков и установить приемлемый дедлайн. Этим должна заниматься команда биологов которые разбираются в громаксе итд...

3) --//--

4) --//--

5) тысячи проектов по одному ядру - как раз для этого и нужны РВ. Думаю наша команда сможет без проблем обеспечить 1000 компьютеров, а в мире еще есть несколько миллионов кранчеров

7) требования к серверу - не падать под большой нагрузкой. в данное время у нас сервер "оттестирован" на 2000000 хитов в день (2MB/sec траффика) (надо было подержать в рабочем состоянии канал TNT в турции). Короче - можно не переживать по этому поводу.

8) ВЮ = work unit, задача, которая отсылается для рассчетов на компьютер юзера