DrugDiscovery@Home alpha, российский биомедицинский проект Налаштування

[ReMMeR]

Проект "DrugDiscovery@Home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальный сайт проекта
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.04.2009 Капитан - ReMMeR
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.drugdiscoveryathome.com/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Новичкам: статья со скриншотами, как поставить и настроить BOINC-менеджер
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же Именем и EMAIL. если при регистрации в проекте указать другой e-mail , BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! В этом случае рекомендуется зайти во все ваши аккаунты и во все проекты и где надо поменять емейл на нужный. Через некоторое время ваши аккаунты сольются в один с одним cross-project-id.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:

Drug Discovery at Home (в пер. с англ., найди лекарство дома) — российский биомедицинский проект распределенных вычислений, основанный на платформе BOINC. Научные цели проекта DrugDiscovery@Home (DD@Home) связаны с исследованиями фолдинга белков, рака, старения, стволовых клеток, а также с поиском новых лекарственных средств от ряда заболеваний. Проект пока не имеет формальных отношений ни с одной фармацевтической компанией или академическим учреждением, а развивается на энтузиазме и за счет смешанной российско-американской группы разработчиков.

В настоящий момент проводится предварительное альфа-тестирование серверной части проекта и расчетного клиента DrugDiscovery@Home, основанного на таких известных пакетах специализированного ПО как GROMACS (симуляция молекулярной динамики биологических молекул) и Autodock (молекулярный докинг). Желающие принять участие в альфа-тестировании или помочь в техническом развитии проекта, могут обратиться лично к Андрею Воронкову — научному сотруднику МГУ и главному куратору DrugDiscovery@Home.

Ссылки по теме:

Текст взят из : Вики © Arbalet

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 12 2010, 20:53

[bestdrug]

пригласил Андрея сюда.

надо уточнить какой объём трудозатрат потребуется и есть ли принципиальное согласие Рема, Рила и Эла ))))

На данный момент в рабочий процесс внедрены следующие расчетные программы: GROMACS, Autodock.
Текущие ключевые задачи:
1. Нужно внедрить дополнительно две утилиты – фильтрацию баз соединений по физико химическим и фрагментным параметрам (это надо для отбрасывания заведомо токсичных соединений и тп). Софт с открытым кодом наиболее интересный подобран. Надо сделать кросс платформенную компиляцию, но ключевой момент – внедрить в рабочий процесс (чекпойнты там сделать и тп) и отловить как можно больше багов приводящих к сбоям на стороне клеинтов.
2. Из-за проблем с дисковым прсотранством, а также наверное каких то технический проблем (мы должны это обсудить с Джеком, но он ушел в подполье...просто дисковое пространство то вроде увеличили..) GROMACS сохраняет только последний фрагмент траектории. Т.ее. допустим считаем молекулярную динамику в течении 1 наносекунды, делим на 10 частей, каждая например по 100 пикосекунд. Надо решить проблему записи файлов на локальный диск
3. Внедрение в рабочий процесс скрипта MM PBSA для GROMACS. Здесь мне еще надо потестировать скрипт оффлайн тк он еще вообще в принципе не доработан. Было бы неплохо конечно подклчить программиста разбирающегося еще и в молекулярной динамике сюда.
Два первых пункта ключевые для того чтобы сделать первый полноценный испытания проекта с возможностью опубликования. Дальше публикацию надо использоавть для получения грантов. Третий пункт значительно уркасит рабочий процесс и может способствовать увеличению точности расчетов. Собственно Джек почти что доделал до конца первые два пункта , но после потери работы у него отношение к волонтерской деятельности сильно изменилось и хотя доделать осталось немного пока не очень получается его подключить.
4. Внедрение GPU версий. Над этим Джек сейчас работает.
5. Внедрение разных мелких и занятных вспомогательных утилит – типа распознавания структур в патентах с целью создания открытой базы патнетов с химическим поиском (аналог freepatents online, который сейчас стал платным к сожалению).
6. Внедрение софта для прогнощирования свойств ADME.
7. Софт для генерации новых структур лигандов методом de novo с пропусканием их потом через фильтры ADME, а также фармакофорные модели.
8. Свободный софт для адекватного создания фармакофорных моделей- такой найти надо сначала.


Исправление багов и увеличение количества усешных посчитанны