DrugDiscovery@Home alpha, российский биомедицинский проект Налаштування

[ReMMeR]

Проект "DrugDiscovery@Home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальный сайт проекта
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.04.2009 Капитан - ReMMeR
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.drugdiscoveryathome.com/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Новичкам: статья со скриншотами, как поставить и настроить BOINC-менеджер
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же Именем и EMAIL. если при регистрации в проекте указать другой e-mail , BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! В этом случае рекомендуется зайти во все ваши аккаунты и во все проекты и где надо поменять емейл на нужный. Через некоторое время ваши аккаунты сольются в один с одним cross-project-id.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:

Drug Discovery at Home (в пер. с англ., найди лекарство дома) — российский биомедицинский проект распределенных вычислений, основанный на платформе BOINC. Научные цели проекта DrugDiscovery@Home (DD@Home) связаны с исследованиями фолдинга белков, рака, старения, стволовых клеток, а также с поиском новых лекарственных средств от ряда заболеваний. Проект пока не имеет формальных отношений ни с одной фармацевтической компанией или академическим учреждением, а развивается на энтузиазме и за счет смешанной российско-американской группы разработчиков.

В настоящий момент проводится предварительное альфа-тестирование серверной части проекта и расчетного клиента DrugDiscovery@Home, основанного на таких известных пакетах специализированного ПО как GROMACS (симуляция молекулярной динамики биологических молекул) и Autodock (молекулярный докинг). Желающие принять участие в альфа-тестировании или помочь в техническом развитии проекта, могут обратиться лично к Андрею Воронкову — научному сотруднику МГУ и главному куратору DrugDiscovery@Home.

Ссылки по теме:

Текст взят из : Вики © Arbalet

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 12 2010, 20:53

[Alien]

бгалодарен за детальные ответы. попробую прокомментировать и помочь.

1- "Другой вопрос в том сколько времени моделируемого - длины траектории понадобится в разных случаях. Это можно обсудить отдельно."
Это достаточно сложный и очень важный момент. Конечно все зависит от процентного количества гибких участков в макромолекуле, но стоит рассматривать релаксационный период более 50 нс, в эквиваленте силового поля громос, ориентировочно для белка массой ~60-120 кДа. К примеру по исследованиям 5 годичной давности, когда проводили динамику тирРС человека, считалось, что релаксация наступает уже на 5 нс, но когда я начал использовать грид-инфраструктуру и мощные кластера, выяснилось то, о чем писал выше.

Исходя из этих данных, подготавливать проект и создавать кластер лучше локально на мощном кластере, ибо принцип лейки (1-2 ядра на задачу от волонтера) будет неприемлем из-за низкой скорости выполнения проекта.
Касательно воды, тоже согласен, очень важно и проблематично. Ведь много реакций катализа в активном центре происходит при участии молекул воды и от куда брать их координаты. В мире пока ориентируются на связи экспериментальных данных и проводят докинг направленно.
Но тут далеко не всем везет.
Исходя из того, что ресурсов много, можно использовать более точные оценочные функции, по идее, энергетика несильно долго считается.

2- "1 млрд соединений" это с учетом по сотне конформаций для каждого лиганда? То их вроде всего 8 млн.
по моим данным, лучше связки OMEGA + catalyst, пока что не придумали =). Есть ряд успешных проектов, которые были подтверждены экспериментально, базируясь на этом методе. Видел еще альтернативу, но нужно поискать в статьях, они заведомо хуже.
"с неадекватными трехмерными структурами докинг начинать не хочется, а использование omega2 в проекте невозможно долгосрочно, только если 1 раз для статьи чисто академической и то если лицензию дадут."
полностью согласен, сперва нужно убедиться что со структурой все ок. касательно лицензии, ну может на разные отделы или НИИ оформлять? =)) Не будет же сотни публикаций, в которых будет фигурировать ОМЕГА, можно и ссылаться, что было посчитано в рамках предыдущего.

3- Речь не про шаг записи, который вообще в фемтосекундах, а про куски траектории, т.к. по 1 наносекунде мы пользователям не посылаем.
эм, есть шаг расчета динамики, а есть там же и шаг записи хтс и трр, ниже. возможно кто-то удалил строчку, которой регулируют.
1 микросекунду на 1-2 ядра - это самоубийство считать методами БОИНК =))). Лучше использовать мощные кластера Норвегии, которых достаточно.
мы тут с ребятами как-то обсуждали и пришли к выводу, что задачи ФХ то может и интересно считать в БОИНК, но в докинге то рецепторы побольше будут и проводить расчеты более 1 нс, я сомневаюсь что есть смысл. ведь тут следующий фрейм зависит от предыдущего.

6- возможно с целью докинга, ограничения незначительны, но тут частично описано http://www.gromacs.org/Downloads/Installat...s?highlight=gpu
Просто коллеги биофизики экспериментировали с опенмм по расчету энергии, результаты удивили даже разработчиков, которые так и не дали внятных ответов и просили ждать дальнейшего развития. Вот и мы у себя считаем, нужно чуть подождать, нормального кода. Такие расчеты только еще дальше в дебри уведут. Но мы работаем с гпу акселерацией, в применении для анализа траекторий. Там сильно сложной математики нет и переживать не стоит.

7- из того что я знаю, фармакофорную модель строят за принципом суперпозиции к РСА или ЯМР, с кат-офом не более 2.5 А.

В целом очень рад, у вас действительно серьезный подход, только буду рад, в случае вашего активного развития. =))