Help Conquer Cancer, исследование структуры белков в раковых клетках Налаштування

[Rilian]

Читайте статьи о проекте на нашем сайте:
* Официальная статистика
* FAQ по проекту help conquer cancer
* Help Conquer Cancer
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, январь 2008
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, май 2008 (в переводе) :onpc:
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, октябрь 2008 (в переводе) :onpc:
* Сайт Института Рака в Онтарио

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

WCG запускает новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада. Перейти на официальную страницу



Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья).
Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака.

Миссия
Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять.

Важность проекта
Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику

Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака.

С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни.

С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений.
По данным на 30 июня 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 115 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 230 млн заданий.
По уточненным данным на 20 октября 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.

Более 560 (на 1 января 2011) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования.

(Show/Hide)

Help Conquer Cancer project announcement:

World Community Grid takes great pleasure in announcing its newest research project: Help Conquer Cancer, sponsored by the Ontario Cancer Institute in Canada. The mission of Help Conquer Cancer is to improve the results of protein X-ray crystallography, which helps researchers not only annotate parts of the human proteome, but importantly improves their understanding of cancer initiation, progression, and treatment. For more information about this research project, click here. For additional announcement information about this project, please click here.

Help Conquer Cancer runs only on the BOINC client. For more information about BOINC see the last article in this newsletter.

Other Research Projects:

The Help Conquer Cancer project is the fifth research project that is currently active on World Community Grid. The other four projects include: Human Proteome Folding - Phase II, FightAIDS@Home, Discovering Dengue Drugs - Together, and AfricanClimate@Home. We hope that you are participating in one or more of these projects. For more information about all five projects, please click here.

Time to Go BOINC!

In the October 2007 newsletter, World Community Grid announced that it was migrating entirely to BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), a software platform for volunteer computing and desktop grid computing. The move is being made to provide a better experience for all our members.

This is a reminder to all users of the United Devices client that you must migrate to the BOINC client before it sunsets in 2008 by visiting the website and downloading and installing the BOINC client. The BOINC installer will detect if a computer is running the UD client and if it is found, will help you uninstall it. Details on downloading and installing the BOINC agent for Windows may be found here.

To determine whether you are currently on the BOINC or UD client, double click on the World Community Grid icon in your system tray. If you are running the BOINC client, you will see "BOINC Client" at the top of the information panel. If you are running the United Devices client it will say United Devices in the lower right hand corner.

More details about the migration are available in the member news forum.

Are you active?

As we start this new project, the World Community Grid team wants to make sure that everyone who has signed up is actively contributing. To check out if you are actively contributing, sign in on the website and go to My Grid. In the middle of that page you will see a field for "Last Results Returned". If the last time you returned a result was more than 30 days ago, you are probably not active. The easiest way to become active again is to check that the software is installed and running properly.

To see if the software is installed, check for the World Community Grid logo in your system tray. Here is an example of what the logo looks like in the system tray:

Double-clicking on the logo will bring up the client. If the client does not appear to be running correctly (i.e., the numbers for Task Run Time or Elapsed Time are not increasing, examples below), please use the Contact Us feature on the bottom of most pages of the World Community Grid website, and a World Community Grid team member will help you to figure out how to become active again.

If the World Community Grid logo is not in your system tray, you will need to install the software. For instructions, click here. If you have any questions about this, please ask in the forums or send an email via Contact Us.

------------------------------

Для большей скорости (прирост 40%) используйте 64-битную ОС!

график проекта


видео о проекте


Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 6 2011, 09:26

[Brodyaga]

То ли все ломанулись за заданиями и мне не хватило, то ли на серваке проблемы какие-то, но сегодня вместо НСС мне на второй машине выдало задание HPF. А машина медленная, да и работает не всегда, сутки чистой работы ей на это задание (а реального времени так дня три)

[Rilian]

Посчитано 49.35% - 80,718,658 заданий из 84000000 ВЮ (с кворумом в 2 задания на ВЮ), и осталось досчитать 87300000 заданий

Вчерашняя скорость 271000 заданий в день, с такой скоростью проект завершится через 322 дня

[Rilian]

За вчера посчитано 300,067 заданий. Это новый рекорд!

[Gelo]

Вот если бы они забабахали GPU-клиент - рекорды были бы другие

[Rilian]

ПОСЧИТАНО БОЛЕЕ 50% ПРОЕКТА

Посчитано 50.32% - 82,012,992 заданий из 84000000 ВЮ (с кворумом в 2 задания на ВЮ), и осталось досчитать 85987008 заданий

Вчерашняя скорость 278000 заданий в день, с такой скоростью проект завершится через 309 дней

[Gelo]

вобсчето 82012992 заданий из 168000000 будет 48,83%

ЗЫ: в два ночи надо спать

[Rilian]

Gelo, 50.32% это инсайдерская информация

[Rilian]

World Community Grid project automates tedious process to determine if protein samples are ready for x-ray examination.

Using World Community Grid, the Help Conquer Cancer project scientists have devised a way to automate and accelerate a manual, complex process that enables researchers to more easily discover the structure of cancer-related proteins, and, eventually, formulate cancer cures. This new, automated approach may also help the exploration of other diseases and food-related research.

To read more about this exciting announcement, please click here:

http://www-03.ibm.com/press/us/en/pressrelease/31902.wss

[Rilian]

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,29243

Исходное кол-во картинок для обработки увеличено с 85млн до 115млн

Это добавляет примерно 6-7 месяцев к рассчетам этой фазы проекта

на текущий момент обработано 37% проекта

Yes - when we started the project we had about 85 million images; we have over 115 million images now. We regularly transfer images to WCG servers for processing, and download results from WCG. Old/processed images are archived on LTO4 tapes.

thank you all for contributing to HCC and other projects.

sincerely,
Igor
Help Conquer Cancer Scientist

[Rilian]

ПОСЧИТАНО БОЛЕЕ 37% ПРОЕКТА

Посчитано 37.45% - 87,054,663 заданий из 115000000 ВЮ (с кворумом в 2 задания на ВЮ), и осталось досчитать 142,945,337 заданий

Вчерашняя скорость 264000 заданий в день, с такой скоростью проект завершится через 541 день



на core2duo 2.1ghz 64-bit за день считается 20 заданий

[SlavaAltus]

То 50% то 37%.... как копирование группы файлов в винде.... то 10сек - то - 14 мин...

[gladiator_maximus]

Rilian,
на моем атлоне задание считается 4 часа,т.е. на двух ядрах за сутки считается 12 заданий, частота 2,6, ОС 32 бита, неужели ОСь64 бита дает такой прирост скорости?

[Rilian]

Rilian,
на моем атлоне задание считается 4 часа,т.е. на двух ядрах за сутки считается 12 заданий, частота 2,6, ОС 32 бита, неужели ОСь64 бита дает такой прирост скорости?

да, все дело в использовании памяти. Если возможно, рекомендую переходить на 64-бит

у меня на той же машине на 32-бит задания считаются за 3.5 часа

[gladiator_maximus]

Нифига себе! На том же самом железе но при разных ОСях производительность может достигать 40%!
Буду думать.

[Tamagoch]

2 часа 20 минут на разогнанном до 3.3 ГГц ядре Атлона 240 и ХР 64-бит
на "32-битных" машинах нет разгона и нагрузка периодическая, не могу сравнить, но где-то видел 2ч 40м
вроде пропорционально частоте ядра....