MolDynGrid, Virtual Laboratory Налаштування

[Alien]

MolDynGrid Virtual Laboratory

Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування.
http://moldyngrid.org

публикации 2010 года:

(Show/Hide)

1. А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.
2. А.О.Сальников, О.О.Судаков, О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MolDynGrid ДЛЯ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІОПОЛІМЕРІВ.
Медична інформатика та інженерія - Т. 3, № 1, c.24 - 32, (2010).
3. S.O. Yesylevskyy, O.V. Savytskyi, K.A. Odynets, A.I. Kornelyuk.
"Interdomain compactization in human tyrosyl-tRNA synthetase studied by the hierarchical rotations technique".
Submitted to Biophys. Chem.
4. O. Savytskyi, R. Nikolaenko and A. Kornelyuk,
"Molecular dynamics simulation of mutant tyrosyl-tRNA synthetase accociated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy reveals the stabilization of enzyme dimer interface,"
Proceedings of Workshop Physical Chemistry of Biointerfaces, CIC biomaGUNE, 19-24 July 2010, Donostia - San Sebastian, Spain, p. 21.
5. Корнелюк О.І.
ГРІД-ТЕХНОЛОГІЇ І КОМП’ЮТЕРНИЙ ДИЗАЙН НОВИХ ЛІКАРСЬКИХ ПРЕПАРАТІВ.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.151.
6. О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ПІДВИЩЕННЯ ЕФЕКТИВНОСТІ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІЛКІВ В ГРІД-СЕРЕДОВИЩІ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MOLDYNGRID.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.152.
7. Є.А. Слюсар, Ю.В. Бойко.
Підсистема зберігання даних у відкритій інтероперабельній грід-інфраструктурі для біомедичних досліджень.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.153.
8. А.О. Сальніков, Ю.В. Бойко.
Методики інтеграції віртуальної лабораторії MolDynGrid в грід-інфраструктуру НАН України.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.154.

публикации 2009 года:

(Show/Hide)

9. А.О. Сальніков, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ З ВЕЛИКИМИ ОБ'ЄМАМИ ДАНИХ В ГРІД.
Медична інформатика та інженерія - Т. 1, № 3, c.22-30 (2009).
10. A.O. Salnikov, I.A. Sliusar, O.O. Sudakov, O.V. Savytskyi, A.I. Kornelyuk.
MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure.
Proceedings of the 5-th IEEE Workshop IDAACS 2009, 21-23 September 2009, Rende (Cosenza), Italy, pp. 237-240.

(Show/Hide)

[Rilian]

http://gpuscience.com/articles/integrated-...ual-laboratory/

Integrated tools for molecular dynamics simulation data analysis in the MolDynGrid virtual laboratory
19 December, 2011

Existing molecular modeling software and different techniques of molecular dynamics trajectories analysis were evaluated in terms of subsequent integration into the MolDynGrid virtual laboratory services. GROMACS 4 molecular dynamics package contains the most comprehensive set of analytical programs, thus the standard analytical tools in MolDynGrid were based on this software. G_correlation tool was ported to GPU which dramatically increased its productivity. Scripting capabilities of VMD software were used for certain non-standard analysis techniques, while complex and computationally intensive techniques were implemented using Pteros molecular modeling library. Parallel execution of analytical programs was implemented in MolDynGrid by a set of internally developed scripts.

CONCLUSIONS
MolDynGrid virtual laboratory has grown into the unique service complex for performing MD simulations in Grid environment. It provides powerful facilities for running the resource-intensive biomolecular simulations and performing state-of-the-art analysis of MD trajectories. Analytical capabilities currently include the full set of standard GROMACS tools as well as selfdeveloped scripts, i.e. contacts analysis script (CAS) executed in VMD, the framework for recourse-intensive non-standard analysis based on the Pteros library and distributed parallel execution of analytical jobs by means of DAS. Currently MolDynGrid participates in the GPU Test Drive project providing the porting of g_correlation tool into CUDA.


Savytskyi, O. V.; Sliusar, I. A.; Yesylevskyy, S. O.; Stirenko, S. G.; Kornelyuk, A. I.; , ”Integrated tools for molecular dynamics simulation data analysis in the MolDynGrid virtual laboratory,” Intelligent Data Acquisition and Advanced Computing Systems (IDAACS), 2011 IEEE 6th International Conference on , vol.1, no., pp.208-211, 15-17 Sept. 2011

[doi: 10.1109/IDAACS.2011.6072742]

Tags: CUDA, distributed computing, featured, grid computing, Molecular Dynamics

[Alien]

Ага, сегодня ночью заметил, что нас в новость кто-то добавил)
хотя может бот, но картинка та выбрана не просто так из всех.. человек явно добавлял.

[Rilian]

@alien чи є якісь апдейти або можливість доєднати свої компи ?