 Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак) |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Розподілені обчислення в Україні > Великі проекти розподілених обчислень > World Community Grid > Завершені проекти WCG
| Rilian |
  Mar 8 2009, 00:08
Пост
#1
|
 interstellar  Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера  |
  Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid 
В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid. Часто задаваемые вопросы по проекту: Что такое нейробластома? Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком. Что вызывает нейробластому? Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны. Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer? Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии. Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer? Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы. Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid? На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года! Что изображено на скринсейвере? Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.  Скриншот графического клиента Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте? Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми: * "Лев"  * "Розовые семена"  * "Упражнения по радио"  График производительности проекта:  Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20 |
   |
 
|
|
  |
Відповідей(75 - 89)
| Rilian |
Mar 15 2010, 01:57
Пост
#76
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Еще полтора дня до гонки, и намечается серьезная конкуренция (не только мы знаем как выбирать нужный проект в настройках WCG
 )-------------------- |
|
|
|
| SlavaAltus |
Mar 15 2010, 11:21
Пост
#77
|
 кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 389 З нами з: 9-February 10 З: Украина, Киев Користувач №: 1 302 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 8-10 cores 24/7 (up to 30-40 cores some times) |
Ничё, прорвёмся
 -------------------- (Show/Hide)   Водку на работе пить не дают!, дома не дают драть обои... чё за фигня ваще((.. ?! |
|
|
|
| Rilian |
 Mar 18 2010, 02:23
Пост
#78
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
 Вышла новая версия приложения HFCC 6.11в ней исправлен критический баг, "Powerd by IBM" -> "Powered by IBM"  -------------------- |
|
|
|
| vitalidze1 |
Mar 18 2010, 10:08
Пост
#79
|
 ЮЗЕР Група: Trusted Members Повідомлень: 1 367 З нами з: 17-May 09 З: Вінниця Користувач №: 1 029 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ~15-20 компліхтерів. |
Нада було не 6,11 робити а одрузу сьому версію лупити. Ці зміни не еволюційні а революційні . Ура товаріщі
--------------------    |
|
|
|
| mzhelo |
Mar 19 2010, 14:41
Пост
#80
|
 кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 284 З нами з: 15-April 09 З: Днепропетровск Користувач №: 997 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Intel(R) Celeron(R) CPU 2.66GHz; Intel(R) Core2 Duo 6320 CPU 1.86GH; Intel(R) Core(TM) i7 CPU 930 @ 2.80GHz + GTX275; Intel(R) Core(TM) i5 CPU U 520 @ 1.07GHz |
Люди, нужна подсказка!
Слетает уже третье подряд задание HFCC_s2 - ошибка вычислений! Кто-нибудь встречался с подобной проблемой? В Праймгриде, OGR-27, Yoyo/ECM и Help Conquer Cancer - никаких проблем. Комп работает стабильно... Комп такой (отчет из EVEREST v5.02.1765): Тип ЦП Intel Celeron D 330, Prescott-256, CPU 2.66GHz Частота ЦП 3319.7 MHz (исходное: 2667 MHz, overclock: 24%) CPU FSB 166.0 MHz (исходное: 133 MHz, overclock: 25%) Шина памяти 207.5 MHz; Соотношение DRAM:FSB - 5:4 Чипсет системной платы Intel Springdale i865PE Тайминги памяти 2.5-4-4-8 (CL-RCD-RP-RAS) DIMM1: 512 Мб PC3200 DDR SDRAM (3.0-4-4-8 @ 200 МГц) DIMM2: 256 Мб PC3200 DDR SDRAM (2.5-4-4-8 @ 200 МГц) DIMM3: 512 Мб PC3200 DDR SDRAM (3.0-4-4-8 @ 200 МГц) - в скобках "парспортные". Может я с таймингами накосячил?  --------------------  (Show/Hide) |
|
|
|
| vitalidze1 |
Mar 19 2010, 15:13
Пост
#81
|
|
ЮЗЕР Група: Trusted Members Повідомлень: 1 367 З нами з: 17-May 09 З: Вінниця Користувач №: 1 029 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ~15-20 компліхтерів. |
mzhelo,
В мене на феноміII 920, також декілька збоїв було на дуже довгих завданнях 20 годин і вище. -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
Mar 19 2010, 15:17
Пост
#82
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Пишите плиз конкретный лог ошибки в задании. Если что-то важное и связано с проектом, я отправлю на оф форум
-------------------- |
|
|
|
| mzhelo |
Mar 19 2010, 15:24
Пост
#83
|
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 284 З нами з: 15-April 09 З: Днепропетровск Користувач №: 997 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Intel(R) Celeron(R) CPU 2.66GHz; Intel(R) Core2 Duo 6320 CPU 1.86GH; Intel(R) Core(TM) i7 CPU 930 @ 2.80GHz + GTX275; Intel(R) Core(TM) i5 CPU U 520 @ 1.07GHz |
(Rilian @ Mar 19 2010, 14:56)  Какая именно ошибка вычислений? Пиши конкретнее, ошибки разные бывают Примерно в районе 10% выполнения задания (вкладка BOINC "Задания") прогресс сразу становится 100%, в поле "Состояние" появляется надпись "Ошибка вычислений". И запускается следующее задание. Соответственно, на вкладке "Сообщения" вот такая запись: 19.03.2010 13:45:50 World Community Grid Computation for task HFCC_s2_00762278_s2_0000_0 finished (Rilian @ Mar 19 2010, 15:17) Пишите плиз конкретный лог ошибки в задании. Если что-то важное и связано с проектом, я отправлю на оф форум Где смотреть, я не нашел? -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| KarLaeda |
Mar 19 2010, 15:31
Пост
#84
|
 Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 6 З нами з: 26-February 10 Користувач №: 1 329 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: i7-920 GTX260 W7x64, AMD64X2-5800+ XP32 (пока 5, пробую получить ещё 3) |
У себе в лозі найшов такі стрічки:
18/03/2010 14:24:40 World Community Grid Output file HFCC_s2_00632482_s2_0001_0_1 for task HFCC_s2_00632482_s2_0001_0 exceeds size limit. 18/03/2010 14:24:40 World Community Grid File size: 11285369.000000 bytes. Limit: 10485760.000000 bytes Збільшив максимальний розмір з 10 до 20 гб - вроді "полёт нормальный" Глянь, може і в тебе щось подібне пише? --------------------    |
|
|
|
| Rilian |
Mar 19 2010, 15:32
Пост
#85
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
QUOTE(mzhelo @ Mar 19 2010, 15:24) QUOTE(Rilian @ Mar 19 2010, 15:17) Пишите плиз конкретный лог ошибки в задании. Если что-то важное и связано с проектом, я отправлю на оф форум Где смотреть, я не нашел? https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/vi...tTime&pageNum=1 в колонке Status находишь "Error" и нажимаешь на ссылку. Дальше будет написано что-то вроде CODE <core_client_version>6.10.32</core_client_version> <![CDATA[ <message> BLAH BLAH </message> <stderr_txt> </stderr_txt> ]]> вот это и пришли сюда, записав внутри тегов [cоde][/cоde] -------------------- |
|
|
|
| mzhelo |
Mar 19 2010, 15:41
Пост
#86
|
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 284 З нами з: 15-April 09 З: Днепропетровск Користувач №: 997 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Intel(R) Celeron(R) CPU 2.66GHz; Intel(R) Core2 Duo 6320 CPU 1.86GH; Intel(R) Core(TM) i7 CPU 930 @ 2.80GHz + GTX275; Intel(R) Core(TM) i5 CPU U 520 @ 1.07GHz |
Вот этот самый лог:
(Show/Hide) -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| Rilian |
Mar 19 2010, 15:50
Пост
#87
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
|
|
|
| mzhelo |
Mar 19 2010, 16:34
Пост
#88
|
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 284 З нами з: 15-April 09 З: Днепропетровск Користувач №: 997 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Intel(R) Celeron(R) CPU 2.66GHz; Intel(R) Core2 Duo 6320 CPU 1.86GH; Intel(R) Core(TM) i7 CPU 930 @ 2.80GHz + GTX275; Intel(R) Core(TM) i5 CPU U 520 @ 1.07GHz |
(Rilian @ Mar 19 2010, 15:50) OK! "Будем искать". KarLaeda, спасибо, но это не оно. -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| mzhelo |
Mar 20 2010, 21:05
Пост
#89
|
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 284 З нами з: 15-April 09 З: Днепропетровск Користувач №: 997 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Intel(R) Celeron(R) CPU 2.66GHz; Intel(R) Core2 Duo 6320 CPU 1.86GH; Intel(R) Core(TM) i7 CPU 930 @ 2.80GHz + GTX275; Intel(R) Core(TM) i5 CPU U 520 @ 1.07GHz |
С проблемой разобрался - таки переразгон памяти.
Устранено небольшим доразгоном процессора  -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| Rilian |
Mar 20 2010, 21:43
Пост
#90
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
QUOTE(mzhelo @ Mar 20 2010, 21:05) С проблемой разобрался - таки переразгон памяти. Устранено небольшим доразгоном процессора    -------------------- |
|
|
|
|
|
|
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 14th June 2024 - 08:15 |