Биологический проект |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Биологический проект |
Alien |
Jan 31 2010, 15:26
Пост
#1
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?
-------------------- |
Death |
Jun 7 2010, 15:46
Пост
#91
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
боинк это не кластер и не грид.
рассчитывайте 1 юзер - 1 задание. рассчитывайте на то, что 50% юзеров посчитают одно задание, отправят результат на сервер и больше никогда не вернутся. исходя из этого и надо делать проект. я не в курсе как считается динамика для таких процессов. может быть надо считать статику - один юзер щитает при т=0, Т=100 градусов, второй т=0.1 мс, Т=100 градусов и теде, а потом сервер уже склеивает эти "картинки" и получается "фильм". как-то так... -------------------- |
Alien |
Jun 12 2010, 21:37
Пост
#92
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
хеллоу ребята, мне удалось запустить проект в громаксе на ГПУ Тесла 1060.
Я получил доступ на полигоне МГУ, кластер у них очень большой.. Так что благодарю их за возможность протестировать проект. Очень долго этого ждал ибо годами были проблемы с запуском.. То было мало памяти на видеокарте, то еще что-то.. В общем с моими настройками параметров симуляции, у меня получился прирост в 6 раз больше, чем одно ядро AMD Opteron™ 270 2GHz процессора. Как бы я ожидал большего, но все зависит от параметров.. собственно на сайте нвидиа это заметно, при использовании разных алгоритмов расчета для параллелизации. Death, все верно, но тут Algon сделал классное предложение. исходя из того чтоб жизнь задачи было около двух суток, значит нужно просто одно длинное время поделить на много маленьких кусочков, а потом сшить в одну траекторию. да, разные температурные режимы нас тоже интересуют... а так же определение энергетического ландшафта свободной энергии Гиббса, для чего необходимо запускать много реплик. Собственно вся разница лишь в подготовке проекта и боинк особо для них адаптировать не придеться.. -------------------- |
Alien |
Jun 12 2010, 21:51
Пост
#93
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
на самом деле можно начать с простых вещей и программ.. которые немение актуальны.
мне кажется когда получим маленькую победу, более сложная проблема с громаксом сможет активней решаться. к примеру, как уже писал есть программа Modeller - http://www.salilab.org/modeller/download_installation.html чуть позже могу расписать как и что нужно сделать, с примерами. Это тот случай когда для одгой структуры нужно лишь одно ядро и расчет модели происходит за минуту. С боинком можно получить сотни тысяч структур и отобрать при этом лучшую. -------------------- |
Algon |
Jun 13 2010, 12:58
Пост
#94
|
Ambulance Група: Trusted Members Повідомлень: 878 З нами з: 11-November 08 З: Бердянск, СИЗО ГУВД :) Користувач №: 862 Стать: Чол Парк машин: QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420. |
Извиняюсь за длительное отсутствие, навалилась куча работы
Запустил сборку openmpi-1.4.2, потом займусь Gromacs-MPI. Если все пройдет без ошибок, ближе к вечеру запущу пробный расчет. Кластер стоит наготове To Alien: нужно ли попытаться собрать GROMACS Double-Precision With OpenMPI? Или вы его не используете? To Rilian: Возможна сборка всех этих пакетов под OSX, сможешь попробовать при возможности? -------------------- (Show/Hide) |
Alien |
Jun 13 2010, 20:17
Пост
#95
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
хэллоу,
ничего страшного, что задержался.. Double-Precision мы не используем, хотя бывали редкие случаи, когда двойная математическая точность спасала от проблем в нестабильных расчетах. 64 битная ОС и компиляции, наверное компенсирует.. -------------------- |
Algon |
Jun 13 2010, 21:14
Пост
#96
|
Ambulance Група: Trusted Members Повідомлень: 878 З нами з: 11-November 08 З: Бердянск, СИЗО ГУВД :) Користувач №: 862 Стать: Чол Парк машин: QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420. |
Пока результаты негативные, похоже начались настоящие проблемы
Буду по возможности ковыряться дальше, рано или поздно что-нибудь получится. Может действительно имеет смысл пока переключиться на Modeller, поскольку он обещает более быстрое получение результатов в виде рабочего модуля? А затем можно будет и Gromacs довести. -------------------- (Show/Hide) |
Alien |
Jun 13 2010, 21:49
Пост
#97
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
давай с моделлера...
самое главное что теперь однозначно знаем какие проблемы у громакса и пути их решения.. а после тестов с гпу, я понять не могу что там F@H считает, с такими ограничениями)) все надежды на выход 4.5 громакса, с нативной поддержкой гпу. чуть позже напишу список того, что нужно. -------------------- |
Alien |
Jun 28 2010, 03:39
Пост
#98
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
сорри, ребята..немного пропал.. готовился к выступлению на рабочем съезде по медицинской информатике, который прошел 23-26 июня..
еще сделаю пару отчетов и буду более свободен. -------------------- |
Rilian |
Jun 28 2010, 17:15
Пост
#99
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Обязанности: организация диагностики пациентов, составление "карты здоровья", взаимодействие с медицинскими учреждениями, лабораториями диагностики, научно-исследовательскими центрами. В том числе, организация сотрудничества с исследовательскими группами работающими в области биоинформатики, драг-дизайна, математического и компьютерного моделирования биологических процессов, определения биомаркеров здоровья. В том числе c: www.23andme.com, www.rayandterry.com, www.google.com/health/
Требования: К.М.Н., 25-35 лет, энергичность, компетентность, знание английского. Резюме на почту: mi20022@ya.ru Зарплата 100000 рублей. http://m-batin.livejournal.com/68981.html ps: умный человек, подписывайтесь на rss -------------------- |
Alien |
Aug 27 2010, 15:35
Пост
#100
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
спасибо, пока в другое место устраиваться не хочу... сейчас планы на развитие науки в нашей стране..
-------------------- |
Finansist |
Dec 12 2011, 04:23
Пост
#101
|
Трохи обжився Група: Trusted Members Повідомлень: 18 З нами з: 12-December 11 Користувач №: 2 870 Стать: Чол Парк машин: Ноут AMD Athlon II x2 P340 |
Аж интересно, чем все закончилось?
ЗЫ: прочитал все от корки до корки, уж очень хочется понять окончание этого проекта. |
Alien |
Dec 12 2011, 15:56
Пост
#102
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
ничем))
нет человека который бы занялся техническим решением данной проблемы, адаптации боинка под данные задачи по аналогии других проектов (F@H, etc). -------------------- |
smilesvua |
Dec 13 2011, 00:42
Пост
#103
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 857 З нами з: 5-January 11 З: Львов Користувач №: 1 573 Стать: Чол Парк машин: Core i7 2600K@4.5/32gb/HD7950@1000 + MBP 13" 2015. |
Может выложить на относительно общедоступное обозрение проблему и коллективное бессознательное поможет?
-------------------- Все будет хорошо.
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 24th September 2024 - 09:23 |