Nutritious Rice For The World [complete], рассчет популяции нового, более питательного риса Налаштування

[Rilian]

Nutritious Rice for the World

проект стартовал 12 мая 2008

Полезные ссылки:

• Интервью с Dr. Ram Samudrala, координатором проекта

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

Изучается строение протеинов риса, чтобы потом, не используя генeтические модификации, а просто за счет скрещивания, выводить новые виды. :flowers:

Mission
The objective of this project is to predict the structure of proteins of major strains of rice. The intent is to help farmers breed better rice strains with higher crop yields, promote greater disease and pest resistance, and utilize a full range of bioavailable nutrients that can benefit people around the world, especially in regions where hunger is a critical concern.

Determining the structure of proteins is an extremely difficult and expensive process. However, it is possible to computationally predict a protein's structure from its corresponding DNA sequence. The Computational Biology Research Group at the University of Washington has developed state of the art software to accomplish this. The difficulty is, there are thousands of distinct proteins found in rice. This presents a computational challenge that a single computer cannot solve within a reasonable timeframe. Therefore, volunteers of World Community Grid are invited to assist in this daunting task. Through collaboration with agricultural researchers and farmers, the hope is to eventually improve global rice yields and quality.

Significance
Hunger and malnutrition are the top risks to health worldwide. Nearly 30 percent of the world's population suffers from some form of malnutrition [1]. Every year, 10 million people die of hunger and hunger-related diseases. In fact, more people die from hunger and malnutrition annually than from AIDS, malaria, and tuberculosis combined [2].

Rice is the main food staple of more than half the world's population. 20 percent of the total food energy intake for every man, woman, and child in the world comes from rice. In Asia alone, more than 2 billion people get up to 70 percent of their daily dietary energy from rice and its by-products [3].

Improving strains of rice to yield larger, more resilient, and nutritionally-optimized harvests will positively impact the lives of billions of people.

Approach
Making better strains of rice has traditionally been accomplished through cross breeding of strains to produce hybrids with the best features. However, this is limited to crossing strains with easily observable traits.

Complex traits (such as high yield, disease resistance, or nutrient content) come from complex biochemical interactions of individual component proteins. Identifying such proteins and understanding their properties and interactions gives farmers the opportunity to affect these traits in a refined manner by choosing more subtle candidates for cross breeding. Predicting the structure of proteins can provide insight into the roles they play in the biochemistry of these traits.

Как работает рассчетное ядро
ВЮ содержит некоторые исходные параметры состояния белков. Каждое новое вычисление берет исходные параметры и генерирует новые значения в пределах некоторой нормы, и каждое такое состояние считается примерно 2 минуты на среднем по мощности компьютере. После каждого рассчета ВЮ сохраняется (чекпоинт) и проверяет, превышен ли интервал в 6 часов. Если да - ВЮ отправляется на сервер. Иначе - считается дальше. Таким образом мощные компьютеры могут посчитать примерно 500 состояний за ВЮ, а слабые компьютеры около 200. Соответственно, мощные компьютеры получают больше очков за то же самое время.



График проекта


Це повідомлення відредагував Rilian: May 20 2010, 20:26

[Tamagoch]

возможно, для очень быстрых процессоров будет выгоднее по очкам, чем медицинские субпроекты WCG, поскольку поощрение идет за количество найденных вариантов рисовых белков (или чего-то там) за 8 часов вычислений...

у меня AMD 2.4 ГГц, все-таки в пересчете на час работы, за рис давали меньше, чем FAAH

к тому же, одно и тоже задание рассылается 19 раз и раздаются очки только после того, как вернется минимум 14 результатов по этому заданию - предполагается, что у всех они будут отличаться, так что это не дубли, а скорее "всеми пальцами в небо"

[Burzum]

к тому же, одно и тоже задание рассылается 19 раз и раздаются очки только после того, как вернется минимум 14 результатов по этому заданию - предполагается, что у всех они будут отличаться, так что это не дубли, а скорее "всеми пальцами в небо"

[nikelong]

Вопрос: зачем считать задание (одно!!) целых 19 раз, если можна для проверки посчитать три раза?

Тупой проект.

[(_KoDAk_)]

недоверчивые или ждут чудес

[Dmitrio]

На самом деле проект очень хорошо для старых машин:
1. Очень поднимается статистика кол-ва сданых WU.
2. Даже при очень небольшом времени на кранч машина успеет выполнить WU, потому что считает всегда 8 часов реального времени.


А что касается большого лимита WU, так лучше перестраховаться в начале проекта, чем потом иметь возможно неверные результаты. Также, может быть, там используются вычисления/моделирования, которые не всегда дают один и тот же ответ (например вероятность чего-то учитывается). Тогда только при достаточно большом количестве результатов можно указать на правильный ответ.

[Rilian]

Вот как примерно выглядит графика в проекте

[Death]

каша

[Rilian]

Молекула вертится, типа как в розетте

[Dmitrio]

каша

Ага, причем рисовая!

[Rilian]

Посчитал 100 процессорных дней

[Rilian]

С этого дня вю Nutritious Rice for the World считаются по 6 часов (были по 10)

[Rilian]

В шапке добавлен раздел "Как работает рассчетное ядро"

[cosmo_vk]

а золотую медальку за сколько дней дают?
у меня уже 77 процессорных дней на проекте просчитано, а так до сих пор серебрянная, хотя на других проектах уже была бы золотая точно.

[Rilian]

90 дней - стандартный срок