Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Waldhausen |
Mar 3 2006, 17:54
Пост
#1
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол |
Проект "Simap" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap https://distributed.ru/wiki/pro:simap |
Rilian |
Dec 8 2014, 12:03
Пост
#346
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Final workunits for SIMAP: about 5 days remaining
The last workunits for SIMAP are currently distributed. We assume about 5 days of work distribution left. Beyond these, there will be no more work in this project. Thanks to all of you for crunching protein similarities. http://boincsimap.org/boincsimap/old_news.php -------------------- |
Vzik |
Dec 8 2014, 15:04
Пост
#347
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 377 З нами з: 26-April 13 З: Київ, Святошин Користувач №: 3 232 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи. |
Отаке, навіть змагання (на 2 тижні) не добіжить до кінця з такими новинами.
-------------------- |
dimus8210 |
Dec 8 2014, 15:40
Пост
#348
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 700 З нами з: 24-November 13 З: Київ Користувач №: 3 348 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Ryzen 5900X, 32Gb озу, RTX3060, Ubuntu 20.04; E5-2680x2, 32Gb озу, GT1030, Ubuntu 20.04 |
Отаке, навіть змагання (на 2 тижні) не добіжить до кінця з такими новинами. Електроенергію зекономимо -------------------- Science knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is the torch which illuminates the world. Science is the highest personification of the nation because that nation will remain the first which carries the furthest the works of thought and intelligence. Louis Pasteur
|
Vzik |
Dec 10 2014, 23:23
Пост
#349
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 377 З нами з: 26-April 13 З: Київ, Святошин Користувач №: 3 232 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи. |
Схоже 17 грудня це край змагань. Дораховую ще 2 години на серверах і більше не йдуть завдання.
-------------------- |
re_SET |
Dec 11 2014, 10:42
Пост
#350
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Схоже 17 грудня це край змагань. Дораховую ще 2 години на серверах і більше не йдуть завдання. Завдання йтимуть ще близько доби! Я в будь-якому випадку до кінця. Для мене це пріоритетний проект, про який невдовзі будемо говорити в минулому часі.. -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Rilian |
Dec 12 2014, 17:17
Пост
#351
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Project status: no work
Project is closing. No more work to be calculated. http://boincsimap.org/boincsimap/ -------------------- |
re_SET |
Dec 12 2014, 22:30
Пост
#352
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Project status: no work Project is closing. No more work to be calculated. http://boincsimap.org/boincsimap/ Усім дякую! Це був чудовий проект!.. -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Vzik |
Dec 13 2014, 20:51
Пост
#353
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 377 З нами з: 26-April 13 З: Київ, Святошин Користувач №: 3 232 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи. |
Так, проект був корисний.
Проте надходять залишки (з кінцевим терміном 15.12) кимось недораховані. Можливо все. Вражаючі бали у лідерів змагань: або обладнання сучасне, або кількість учасників в команді велика. -------------------- |
dimus8210 |
Dec 13 2014, 21:48
Пост
#354
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 700 З нами з: 24-November 13 З: Київ Користувач №: 3 348 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Ryzen 5900X, 32Gb озу, RTX3060, Ubuntu 20.04; E5-2680x2, 32Gb озу, GT1030, Ubuntu 20.04 |
Так, проект був корисний. Проте надходять залишки (з кінцевим терміном 15.12) кимось недораховані. Можливо все. Вражаючі бали у лідерів змагань: або обладнання сучасне, або кількість учасників в команді велика. Деякі лідери не приховують своїх систем, у zombie67 з SETI.USA 75 систем з оптеронами та і7, займає 3-тю позицію. -------------------- Science knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is the torch which illuminates the world. Science is the highest personification of the nation because that nation will remain the first which carries the furthest the works of thought and intelligence. Louis Pasteur
|
Yura12 |
Dec 20 2014, 16:34
Пост
#355
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 8 З нами з: 13-February 13 З: Петрозаводск Користувач №: 3 169 Стать: Чол |
Вот и завершился самый знаменитый забег по SIMAP.
Сейчас в проекте осталось досчитать менее 1500 заданий. Если бы не это долгое, 14 дневное соревнование, то точно не успели бы тогда досчитать проект SIMAP до начала 2015 года. А так ровно к сроку можно считать успели. Вот так завершается один из самых старых и популярных проектов. |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 19th October 2024 - 20:38 |