Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[Vladus]

А еще было бы неплохо не только объединить украинские команды, но и попросить присоединиться тех, кто еще ни в одной команде не состоит. Таких тоже много

А также существуют.... непатриотичные юзеры, как, например, (_KoDAk_):
второе место среди украинцев,
но считает за команду "TSC! Russia".
Товарисч довольно активно пишет на форуме
Погуглить действительно иногда полезно:
Профиль 1
Профиль 2
Ну а здесь вообще его мыло есть.
А здесь в последнем его посте есть другое мыло и даже телефон.

Похоже, что это все один человек....

И еще раз призываю помочь команде Ukraine, бо давно уже ближайшими перед нами в рейтинге находятся команды "IBM" и.... "Gay USA".

[Oleg82]

а чувак и недогадывается что гдето на него папочку завели похлеще интерпола

[uNiUs]

А также существуют.... непатриотичные юзеры, как, например, (_KoDAk_):
второе место среди украинцев,
но считает за команду "TSC! Russia".
Товарисч довольно активно пишет на форуме
Погуглить действительно иногда полезно:
Профиль 1
Профиль 2
Ну а здесь вообще его мыло есть.
А здесь в последнем его посте есть другое мыло и даже телефон.

Похоже, что это все один человек....

И еще раз призываю помочь команде Ukraine, бо давно уже ближайшими перед нами в рейтинге находятся команды "IBM" и.... "Gay USA".

Браво! Целое досье завел!
Жаль только, что он не хочет бросать TSC! Russia. Я с ним уже беседовал по этому поводу по аське еще где-то месяца три назад. А так помощь была бы очень даже кстати... А действительно за Украину обидно. (Особенно глядя на "Gay USA" )

[Vladus]

а чувак и недогадывается что гдето на нето папочку завели похлеще интерпола

Дык, вся информация открытая, в свободном инетном доступе.

Жаль только, что он не хочет бросать TSC! Russia. Я с ним уже беседовал по этому поводу по аське еще где-то месяца три назад. А так помощь была бы очень даже кстати...

Да, жаль.... Но есть еще несознательные/непроинформированные считающие. Хотя, подобное "досье" можно собрать только на активно пишущих в инете...

[Rilian]

Что означают красные точки на графике?
http://i19.tinypic.com/6cs0ope.png

Минимальные состояния с предыдущих моделей ?
(За 24 часа предсказаний мой клиент успевает рассмотреть около 120 моделей)

[uNiUs]

Что означают красные точки на графике?
http://i19.tinypic.com/6cs0ope.png

Минимальные состояния с предыдущих моделей ?
(За 24 часа предсказаний мой клиент успевает рассмотреть около 120 моделей)

Это цитата из официального FAQ по розетте:
Последнее поле, в правом нижнем углу, составляет график энергии и RMSD каждого принятого перемещения. Они - тот же самый вид графиков, который показан на странице лучших предсказаний. Но в отличие от этого, Вы видите их для каждого *принятого* перемещения в течение траектории. Графики на странице лучших предсказаний составлены только из сворачиваний с низкой энергией от каждой траектории.

Думаю, красными точками обозначены действительно минимальные состояния энергии. Хотя у меня таковых нет - только зеленые. Может, красными обозначены только наиболее удачные с точки зрения Розетты?

P.S: На моем древнем домашнем AthlonXP за 24 часа считается около 75 моделей. Хотя это еще зависит от количества шагов(step) обсчета, так что ориентироваться на эту величину как на показатель производительности не стоит.

[Rilian]

у меня почти всегда когда я смотрю на графическое представление при подсчете Розетты, видны по несколько красных точек.

Допустим это минимальные значения. Надо только понять, это мин значения среди рассмотренных в данной ВЮ моделей, или среди всех ? Я спрашиваю, потому что иногда у меня зеленые точки "заходят" под красные, то есть находится меньшая энергия

[uNiUs]

Сложно сказать. Попробуй посмотреть, не меняются ли расположение красных точек при переходе на следующую модель обсчета - и тогда все станет ясно. А вообще, теоретически, чем ниже и левее находится конкретная точка, тем лучше.

[Rilian]

Вот пример, когда красные точки "выше" зеленых:

http://i16.tinypic.com/52c7jfr.png

[Rilian]

Вышла новая версия клиента 5.70beta, которую мой БОИНК менеджер успешно скачал (2.85МБ) и установил

[Rilian]

uNiUs, ты можешь объединить украинские команды?

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_loo...r&search=Search

при просмотре команд есть кнопка Initiate transfer

[uNiUs]

uNiUs, ты можешь объединить украинские команды?

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_loo...r&search=Search

при просмотре команд есть кнопка Initiate transfer

У тебя во всех командах активна эта функция?
У меня везде активно только Join this team. А Initiate transfer - это смена капитана команды, а не объединение команд. Наскалько мне известно, команды нельзя объединять, даже если являешься капитаном обоих.

[Rilian]

По ходу трансфер внутри команды возможен только если ты не капитан, а участник команды.

Но капитан может отсылать емейл всем участником. Поэтому надо сделать N ников, вступить во все маленькие команды и связаться с капитанами

[uNiUs]

По ходу трансфер внутри команды возможен только если ты не капитан, а участник команды.

Но капитан может отсылать емейл всем участником. Поэтому надо сделать N ников, вступить во все маленькие команды и связаться с капитанами

Каким образом связаться с капитанами? Через трансфер? Очень оригинальный способ. Только написать таким образом ничего нельзя - можно только послать запрос на его мыло, которое так и останется неизвестным. Нет никаких гарантий, что трансфер молча будет отклонен без всяких вопросов.
Вообще не думаю, что над этим стоит ломать голову. Из всех перечиленных тобой команд хоть что-то представляет собой только BOINC@Ukraine, и то там сейчас активность близка к нулю.

[uNiUs]

Это по поводу использования результатов Розетты проектом WCG (Хотя это итак известно )
Только не совсем понятно насчет версии. В Розетте сейчас 5.68-5.73. А WCG использует 5.18.