Poem@home, Моделирование структуры белка |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Poem@home, Моделирование структуры белка |
nikelong |
Dec 25 2007, 18:59
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Проект "Poem@home" ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Официальный сайт Статистика по команде "Ukraine" Статистика на фришниках Статистика на фришниках по команде "Ukraine" ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Описание проекта: Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков. Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?" (Show/Hide) Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок (не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?" (Show/Hide) Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить? (Show/Hide) Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток, а также для того, чтобы проектировать новые белки. (Show/Hide) Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17 |
corsar83 |
Sep 21 2010, 15:29
Пост
#46
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Sep 21 , 2010 - First Windows Clients released
English: Finally, two hours after the proposed release date the first windows release of poem++ could be uploaded. Also thanks to your loyal support the first bug in the linux version could be spotted, which is already fixed in the windows client (updated linux clients will come very soon). Thanks for your support! -------------------- |
Gelo |
Sep 21 2010, 21:13
Пост
#47
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
хотел щас попробовать , а оно говорит шо сервер в дауне
-------------------- (Show/Hide) |
corsar83 |
Sep 22 2010, 09:42
Пост
#48
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
хотел щас попробовать , а оно говорит шо сервер в дауне Sep 22 , 2010 - Current Outage English: The current outage is over - sorry for the about 1 day of outage. It was an admin mistake from the BOINC server not resuming after an upgrade. -------------------- |
Gelo |
Sep 23 2010, 21:34
Пост
#49
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
словил 2 ВЮ POEM++ v0.03 оба дойдя до 4.52% застопорились - грохнул обоих.
после на сайте появилось новость QUOTE Sep 23 , 2010 - Still numerical problems English: As we are still facing problems (infinite loops), we have now pulled all poem++ workunits from POEM@HOME. We are deeply sorry that this happened and are working to resolve the bugs. Первые блины комом. -------------------- (Show/Hide) |
corsar83 |
Sep 27 2010, 11:33
Пост
#50
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
словил 2 ВЮ POEM++ v0.03 оба дойдя до 4.52% застопорились - грохнул обоих. после на сайте появилось новость Sep 23 , 2010 - Still numerical problems English: As we are still facing problems (infinite loops), we have now pulled all poem++ workunits from POEM@HOME. We are deeply sorry that this happened and are working to resolve the bugs. Первые блины комом. Кстати эти новые задания они все для проца токо? Вроде как там и под видеокарту должны быть. Обещали вроде. -------------------- |
Gelo |
Sep 27 2010, 14:39
Пост
#51
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
Кстати эти новые задания они все для проца токо? Вроде как там и под видеокарту должны быть. Обещали вроде. Обещали выпустить ГПУ клиент после успешного старта ЦПУ клиента -------------------- (Show/Hide) |
corsar83 |
Oct 22 2010, 20:11
Пост
#52
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Oct 22 , 2010 - POEM++ still alive
English: To keep you in the loop: We and POEM++ are still alive. The problem we are debugging now for a long time was/is in the Surface calculation code of the POEM++ package. During this debugging time we changed the way we debug quite significantly to test using multiple clusters with 5000 debugging workunits. Hopefully the next iteration of POEM++ should be more a lot more stable therefore. The current bug (last one, which we found) sadly causes deadlocks although very rarely and needs to be fixed before release. -------------------- |
Gelo |
Nov 18 2010, 19:57
Пост
#53
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
Nov 18 , 2010 - POEM++ - new client release
English: After a long period of debugging and resolving numerical errors, we will run a last Windows test today in the afternoon. In case everything goes alright, we will release a new version of POEM++ for Win32 and Linux64 tomorrow. Thanks for your patience! -------------------- (Show/Hide) |
corsar83 |
Nov 19 2010, 21:18
Пост
#54
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Nov 19 , 2010 - POEM++ - new client release cont.
English: As always there will be a short delay until Monday. This is however not, because POEM++ proved to be unstable again, but because we ran into some compilation constraints. Monday will be release day now. Thanks for your patience. -------------------- |
Gelo |
Nov 23 2010, 22:02
Пост
#55
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
Nov 23 , 2010 - POEM++ - 0.04 released
English: The new executable and 5000 POEM++ Jobs are now up. If everything works out, we will soon ramp up the POEM++ workunits and starve the -oldpoem- ones. Словил 40 ВУ POEM++ v0.04 . ВУ у меня считается за ~ 3000 секунд, начисляют ~ 0.006 очков/с. -------------------- (Show/Hide) |
corsar83 |
Dec 18 2010, 12:36
Пост
#56
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Dec 17 , 2010 - POEM++ - Credits, new jobs, new projectpage soon
English: Today we release new jobs modeling an anti-cancer peptide of currently unknown structure Link. The Jobs will run on P++ under the cancerpeptide workunit series and start from extended conformations. The PDB files, which will be generated here, will also be downloadable (and watchable) after. However we need some time to adjust the site for that. I suspect it to be done on Tuesday. Apart from that the Credits were a bit low in comparison with the old POEM executable. They were raised just now. Thanks for informing us about that! -------------------- |
Salmonella |
Jan 9 2011, 08:14
Пост
#57
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 38 З нами з: 10-June 10 Користувач №: 1 414 Стать: Чол |
V.O.M. - 40-й результат, Aleksey - 99 рез-т в антираковопептидном проекте!
|
DarkWater |
Oct 20 2011, 08:04
Пост
#58
|
Трохи обжився Група: Trusted Members Повідомлень: 18 З нами з: 27-September 11 З: Киев Користувач №: 1 999 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Разнится и не все могут постоянно считать. В целом 3 машины. |
Вот и я к вам присоеденился
|
Rilian |
Oct 30 2011, 13:01
Пост
#59
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Oct 28 , 2011 - New Client release, Server upgrade
We will release a new client by the end of next week. This client will be incompatible with the current client. Therefore we will starve the server of workunits the next week. Starting Monday no new workunits will be generated. We will then take the server offline on Friday to do a server upgrade to enable GPU client compatibility. This release will still be without GPU support. We expect the GPU support to be ready hopefully one week after. Sorry for the inconvenience. Oct 11 , 2011 - Preparing new drug screen workunits Hi everybody. Currently the workunit queue is down a bit as we do now have enough work to send out. The reason is that with the new POEM we got the possibility to search for (medical) drug compounds and we are preparing these workunits. The next POEM++ release will have this functionality and so we are preparing this one, too. Please be patient for a while. The drought should be over soon. обещают GPU задания к середине ноября 2011 -------------------- |
DarkWater |
Nov 2 2011, 15:27
Пост
#60
|
Трохи обжився Група: Trusted Members Повідомлень: 18 З нами з: 27-September 11 З: Киев Користувач №: 1 999 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Разнится и не все могут постоянно считать. В целом 3 машины. |
И что за облом? Я то считать хочу
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 20th September 2024 - 16:26 |