Docking@home, Изучаем механизм взаемодействия лиганда с белком |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Docking@home, Изучаем механизм взаемодействия лиганда с белком |
nikelong |
Aug 9 2007, 21:42
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Проект "Docking@home" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 30.06.2008 Капитан - (_KoDAk_) ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://docking.cis.udel.edu/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: Docking@home - совместный проект, который стремится решить проблемы как информатики, так и биологической науки. С точки зрения биологической науки, целью проекта является дальнейшее расширение знаний об атомных деталях взаимодействий лиганда белка и, изучая это, возможные поиски и открытие новых фармацевтических препаратов. С точки зрения информатики, этот проект стремится расширить круг добровольных вычислений, чтобы помочь адаптивному моделированию мультимасштабных приложений: различные модели, которые представляют природные явления с различным уровнем точности и требований к ресурсам, будут выбраны для выполнения, основанного на результатах, разработанных пока для характеристик комплекса лиганда белка. Docking@home вовлекает сотрудничество среди Университета Техаса - Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии - Беркли и включен BOINC. Docking@home - часть проекта DAPLDS (или Динамически Адаптивный проект Системы Стыковки Лиганда белка) и поддержан Национальным Фондом Науки (национальный научный фонд). Docking@Home привлекает к сотрудничеству Университет Техаса – Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии – Беркли и использует для вычислений программное обеспечение с открытым исходным кодом – BOINC. Docking@Home – часть проекта DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project или Динамически Адаптивный проект Системы Взаимодействия Белок-Лиганд) и поддержан Национальным Научным Фондом США (National Science Foundation). График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: http://www.boinc-af.org/content/view/245/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Dockingathome http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Docking%40home/en http://www.polarseti.ru/page.php?23 https://distributed.ru/wiki/pro:docking Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 18 2010, 19:59 |
(_KoDAk_) |
Feb 18 2009, 21:33
Пост
#31
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
February 17, 2009 10:26 EST
This week we will resume some short tests with trypsin. We will test: 1c1r, 1c2d, 1c5t, and 1ce5. The model has been changed and the workunits should be more stable. -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
(_KoDAk_) |
Mar 15 2009, 12:04
Пост
#32
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
March 13, 2009 18:42 EST
We are ready to distribute new computation with a new, more accurate model of the docking process. More about the new model can be found in the forum. QUOTE Dear D@H Volunteers, We are ready to submit new docking simulations with a new computation model (i.e., algorithm for the simulation of the docking process). This time we have improved the way we represent the effect of the solvent in the docking process. We know that ligands and proteins interact immersed in a solvent (water) and the solvent can affect the docking process. This new model should be more accurate because the solvent representation and its effect on the docking process are more accurately represented. Unfortunately the model is also more time demanding. So for example, given a job comprising a protein and a ligand, in preliminary tests 40 docking attempts take approximately: - 2.3 to 2.6 hrs - GenuineIntel Intel® Core 2 Extreme CPU Q6800 @ 2.93GHz - 3.0 to 3.5 hrs - GenuineIntel Intel® Core 2 CPU 6600 @ 2.40GHz - 7.0 to 7.2 hrs - GenuineIntel Intel® Pentium 4 CPU @ 3.00GHz We tested the model extensively in the past two weeks but, as usual, testing is never enough. Please help us to tune the new model and address any issue. The distribution will start next week. The jobs will have the tag "mod0014" in the name. We will also post further news before to start distributing. Thanks, Michela Новая модель в бОльшей степени учитывает влияние внешней среды (воды) при докинге 2 молекул. Также новый алгоритм требует бОльших вычислений, и это примерно составит - 2.3 до 2.6 часов - GenuineIntel Intel® Core 2 Extreme CPU Q6800 @ 2.93GHz - 3.0 до 3.5 часов - GenuineIntel Intel® Core 2 CPU 6600 @ 2.40GHz - 7.0 до 7.2 часов - GenuineIntel Intel® Pentium 4 CPU @ 3.00GHz Разработчики просят обо всех ошибках и замечаниях сообщать на форуме. ВЮ с новой моделью называются mod0014_* Це повідомлення відредагував Rilian: Mar 15 2009, 12:33 -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
(_KoDAk_) |
Mar 18 2009, 01:06
Пост
#33
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
вот ток а меня настораживает лимит в 72 результата вдень(
это даунизм какой-то -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
(_KoDAk_) |
Mar 21 2009, 23:36
Пост
#34
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
ладно задания пошли толстые 140 минут на 3300Mhz квада
так что заданий на день хватает сголовой тепере так что пока буду кочегарить -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
(_KoDAk_) |
Apr 19 2009, 19:48
Пост
#35
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
50к рубеж взять
команда 215к 41 место -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
(_KoDAk_) |
May 1 2009, 19:21
Пост
#36
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
Dear Volunteers,
There is a problem with the workunits currently distributed. Please abort ALL 1hpv workunits you might have received. Those workunits were sent with a corrupted input file which is preventing the timely execution of them. We are really sorry for the inconvenience. Thank you for your understanding. The Docking@Home Team To opt out of future emails from Docking@Home, please edit your project preferences at http://docking.cis.udel.edu/prefs.php?subset=project -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
Arbalet |
Jun 24 2009, 18:37
Пост
#37
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
В научной базе Newswis опубликована статья о проекте Docking@home
Аннотация: Знаете ли вы о том, что сегодня можно предоставить свободные вычислительные ресурсы своего компьютера для помощи ультрасовременному биомедицинскому научно-исследовательскому проекту, нацеленному на обнаружение лекарств от ВИЧ, болезни Паркинсона, артрита и рака молочной железы. Этим занимаются специалисты из Университета Делавэра в рамках проекта распределенных вычислений Docking@Home, который получил поддержку Национального научного фонда США. Более 6 тысяч добровольцев во всем мире с азартом участвуют в этом проекте, ускоряя научные вычислительные эксперименты, способные сделать прорыв в лечении тяжелых заболеваний. -------------------- (Show/Hide) |
(_KoDAk_) |
Jun 24 2009, 21:32
Пост
#38
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
а что дает поддержка Национального научного фонда США ?
-------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
(_KoDAk_) |
Aug 8 2009, 09:39
Пост
#39
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
обновились расчетные модули)
-------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
(_KoDAk_) |
Aug 26 2009, 23:17
Пост
#40
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
D@H third phase
August 26, 2009 11:58 EST Since we started tesing HIV1 we expect that the workunits will be shorter than our previous batch. We have also detected download errors in some machines, we are investigating if this issue has something to do with the new complexes or are more a BOINC-related issue. D@H third phase August 26, 2009 11:45 EST Today D@H starts its 3rd phase of validation. This time we will dock HIV1 protease, Trypsin, and P38alpha proteins using ligands with very different initial conformations than those in the crystal complexes. With these experiments we expect to prove that by combining our prostprocessing with our sampling capabilities, D@H is able to find near-native structures even if the initial conditions are not favorable. -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
(_KoDAk_) |
Oct 20 2009, 02:01
Пост
#41
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
D@H third phase: Trypsin
October 19, 2009 18:07 EST We are starting the distribution of trypsin complexes using initial configurations that are at least 5A away from the crystal structure. With this set of experiments we expect to prove that our preprocessing algorithm can find native-like docking structures despite the initial conditions of the docking. -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
pavlan |
Jan 27 2010, 21:05
Пост
#42
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 4 З нами з: 24-January 10 Користувач №: 1 277 Стать: Чол Парк машин: 1 штука) DC E5300@3.7GHZ 3GB озу 4850 1гб видюшка Ж.Д. 500гб |
нмогу зарегениться((
после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данные! что за дела!? |
Rilian |
Jan 27 2010, 23:53
Пост
#43
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
нмогу зарегениться(( после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данные! что за дела!? попробуй через BOINC там добавишь проект (URL) и выберешь "новый юзер" А дальше оно само тебя зарегистрирует. Останется только зайти в аккаунт, вступить в команду Ukraine и настроить все под себя Если выкидывает со страницы выбора никнейма, то попробуй в другом браузере. Может у тебя какие-то левые плагины стоят? -------------------- |
corsar83 |
Jan 28 2010, 11:52
Пост
#44
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите.
-------------------- |
Rilian |
Jan 28 2010, 12:32
Пост
#45
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите. Привет. судя по статусу серверов там все ОК http://docking.cis.udel.edu/status/ А что конкретно пишет BOINC? Можешь скопировать и вставить сюда текст из Messages? -------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 20th September 2024 - 23:19 |