Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2, Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2, Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза |
Rilian |
Dec 21 2008, 04:23
Пост
#1
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза / Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2 Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid
Введение В 1986 году был идентифицирован первый ген (dystrophin gene), вовлеченный в дистрофию Дюшена, самую общую форму мышечной дистрофии. Благодаря генетическим исследованиям сегодня известно более 200 генов, вызывающих нервно-мышечные болезни. Однако, до сих пор знания о функциях и взаимодействии между собой белков, закодированных этими генами, остаются крайне незначительными. Раскрытие механизмов возникновения и развития нервно-мышечных заболеваний (патогенез), учитывая большое количество вовлеченных в него генов и кодируемых ими белков, становится все более сложной задачей по мере увеличения наших знаний в этой области. Все клетки содержат одинаковую генетическую информацию в виде ДНК, которая в целом образует геном организма. Процесс экспрессии генов (у человека найдено более 20 тысяч генов), содержащихся в геноме, приводит к образованию белков (более 45 тысяч, т.е. в среднем один ген кодирует 1,6 белков), без которых невозможно функционирование клеток, в том числе специфических, например, мышечных. Некоторые их этих белков являются ферментами, другие - сигнальными молекулами, а могут быть и рецепторами, специфически связывающиеся с другими молекулами (лигандами); а также - структурными белками. Конформация (геометрическая форма, которую принимает органическая молекула) белка в пространстве (3D-структура) определяет его природные функции. Функционирование мышц зависит от многих белков. Эти белки локализованы и работают на различных уровнях - в оболочке клетки, ее протопласте (внутреннем содержимом) или в аксоне двигательного нерва, который соединяет нерв с мышечной тканью и передает команды нервной системы. Большинство нервно-мышечных болезней возникает под действием генетических изменений (мутации в определенных генах вызывают изменения в трехмерной структуре кодируемого ими белка), приводящих к утрате белками полностью или частично их первоначальных функций или к прекращению синтезирования белка как такового. Нервно-мышечные заболевания можно классифицировать по белкам или участкам белков, видоизменившихся под действием мутации генов. Поэтому, чтобы разобраться в природе того или иного нервно-мышечного заболевания, исследователи стремятся связать их с нарушением функциональности определенных белков. Необходимо более точное понимание взаимодействий и функций белков, вовлеченных в патогенез той или иной мышечной дистрофии. Невозможно переоценить значимость данной информации в разработке терапевтических процедур и инновационных методов лечения большого количества нервно-мышечных заболеваний. Цель проекта В Help Cure Muscular Dystrophy прибегают к помощи World Community Grid в определении белок-белковых взаимодействий более 2 200 безызбыточных белков с известной структурой, информация о которых содержится в Белковом Банке данных (www.rcsb.org/pdb). Исследоваться будут также белки, которые синтезируются в результате экспрессии мутировавших генов. Целью проекта является создание новой базы данных с информацией о функционально взаимодействующих белках. Дальнейшие исследования будут связаны с изучением участков белков, вовлеченных во взаимодействия лигандов (например, лекарств) с ДНК. Эта тема представляет значительный медицинский интерес, хотя сейчас упор делается на проектировании малых молекул (лигандов), которые нарушают (ингибируют) или улучшают работу определенных белков, намного сложнее определить, как та же самая малая молекула может прямо или косвенно влиять на другие взаимодействия белков. Исследовательский подход В этом проекте используется подход, в котором скомбинирована информация об эволюции (как развитие изменило белки и определило их функции) и молекулярное моделирование (вычислительное определение относительного положения двух взаимодействующих белковых партнеров), чтобы идентифицировать потенциальные взаимодействия. Молекулярное моделирование объединяет теоретические методы и вычислительные способы для моделирования поведения биологических молекул. Эти методы и способы применяются для исследования структуры биологических систем, таких как свернувшиеся белки, или при идентификации белков-лигандов, связывающихся с небольшими химическими системами, крупными биомолекулами и белковыми комплексами. Докинг (стыковка) белок-лиганд - молекулярная техника моделирования, которая прогнозирует положение и ориентацию (трехмерную структуру) белка относительно лиганда (который может быть другим белком, ДНК или лекарственным средством). Методы молекулярного докинга основаны исключительно на физических принципах — даже белки с неизвестными или слабо изученными функциями могут быть исследованы на предмет стыковки с различными лигандами. Единственным обязательным условием является знание трехмерной структуры белков, полученное теоретическими методами или в ходе экспериментального исследования. При использовании молекулярного докинга производится перебор известных молекул из баз данных с целью поиска вариантов, обнаруживающих сродство, т.е. хорошо связывающихся друг с другом. Степень сродства определяется с помощью оценочной функции по геометрическим и химическим параметрам полученного соединения. Геометрия оценивается по тому, насколько хорошо сочетаются трехмерные структуры белка и лиганда (должны быть подогнаны как рука под перчатку). С химической точки зрения оценивается сила межатомных взаимодействий между белком и лигандом. Для таких сложных структур как белки (наименьшие из которых содержат сотни атомов) исследования белок-белковых взаимодействий могут потребовать значительных вычислительных ресурсов. Без World Community Grid вычисления, необходимые для моделирования молекулярного докинга, были бы слишком трудоёмкими. Для первых 168 белков, изучавшихся еще в первой фазе проекта, привлеченное с помощью WCG процессорное время составило 8 000 лет. Во второй фазе проекта, где будут исследоваться уже 2 246 белков, предполагаемое время расчетов достигнет 91 680 лет. Преодолеть этот вычислительный барьер поможет информация об эволюции белков, позволяющая предсказывать взаимодействующие участки белков. Этот предварительный анализ уменьшает предполагаемое время вычислений в 100 раз, тем самым увеличивая количество исследуемых белков. Тем не менее, без помощи World Community Grid запланированные вычисления окажутся невыполнимыми. Добровольцы, жертвующие свободные вычислительные ресурсы World Community Grid, высвободят мощности для других исследований, проводимых AFM, CNRS, INSERM и пр. научными игроками, направленных на развитие научных инструментов, которые увеличивают наши знания о природе и методах лечения редких заболеваний. Исследователи Вычислительная биология: * Dr. Alessandra Carbone, Analytical Genomics, FRE3214 CNRS-UPMC, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. * Yann Ponty, Department of Computer Science, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. ГРИД-технологии: * Jean-Marie Chesneaux team, Computer Science Laboratory of Paris 6 (LIP6), CNRS Laboratory UMR 7606, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. Миопатия (заболевание мышц): * Pascale Guicheney team, INSERM Laboratory U582, Myology Institut, "Pitiй-Salpetriиre" Hospital, Paris. Молекулярное моделирование: * Richard Lavery, Institut de Biologie et Chimie des Protйines, CNRS UMR 5086, Universitй de Lyon. * Sophie Sacquin-Mora, Laboratory of theoretical biochemistry, CNRS Laboratory UPR9080, "Institut de Biologie Physico-Chimique", Paris. Вопросы и ответы по проекту: (Show/Hide) Скриншот графического клиента График производительности проекта: Це повідомлення відредагував Rilian: Dec 11 2010, 14:10 |
MAGADAN |
Mar 21 2012, 16:33
Пост
#61
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 274 З нами з: 20-January 12 Користувач №: 2 890 Стать: Чол Парк машин: Парк из ОДНОГО ПиСиБотА Разбежалась ферма :( |
Набил так сказать
А вот золото интересно успею -------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Я видел такое, что вам людям и не снилось! Атакующие корабли,пылающие над Орионом! Лучи СИ , разрезающие мрак у ворот Тангейзера! Все эти мгновения затеряются во времени,как слёзы в дожде! Пришло врёмя умирать! Мне жаль небосвод этот синий, Жаль землю и жизни осколки, Мне страшно,что сытые свиньи, Страшней,чем голодные волки. История МОИХ побед : (Show/Hide) |
MAGADAN |
Mar 29 2012, 13:49
Пост
#62
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 274 З нами з: 20-January 12 Користувач №: 2 890 Стать: Чол Парк машин: Парк из ОДНОГО ПиСиБотА Разбежалась ферма :( |
Кто еще считает данный проект ?
Как у вас дела с заданиями ? Сыпет как бешенный, причем очень маленькие по времени выполнения . Это хорошо или плохо ? -------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Я видел такое, что вам людям и не снилось! Атакующие корабли,пылающие над Орионом! Лучи СИ , разрезающие мрак у ворот Тангейзера! Все эти мгновения затеряются во времени,как слёзы в дожде! Пришло врёмя умирать! Мне жаль небосвод этот синий, Жаль землю и жизни осколки, Мне страшно,что сытые свиньи, Страшней,чем голодные волки. История МОИХ побед : (Show/Hide) |
vitalidze1 |
Mar 29 2012, 13:59
Пост
#63
|
ЮЗЕР Група: Trusted Members Повідомлень: 1 367 З нами з: 17-May 09 З: Вінниця Користувач №: 1 029 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ~15-20 компліхтерів. |
я тоже прозріваю)))
-------------------- |
Rilian |
Mar 29 2012, 14:32
Пост
#64
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Кто еще считает данный проект ? Как у вас дела с заданиями ? Сыпет как бешенный, причем очень маленькие по времени выполнения . Это хорошо или плохо ? да у меня тоже все задания на 10 минут хорошо для поднятия рейтинга по посчитанным заданиям -------------------- |
MAGADAN |
Mar 29 2012, 14:33
Пост
#65
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 274 З нами з: 20-January 12 Користувач №: 2 890 Стать: Чол Парк машин: Парк из ОДНОГО ПиСиБотА Разбежалась ферма :( |
Да это есть такое
Я тока благодяря этому проекту можно сказать влетел в сотню по количеству заданий 03/29/2012 0:003:18:32:47 22,384 459 И это только обед еще 03/28/2012 0:005:05:45:44 22,975 586 03/27/2012 0:006:06:46:47 30,122 294 03/26/2012 0:008:00:40:48 42,760 260 Ну вот как раз и золотонасчитал -------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Я видел такое, что вам людям и не снилось! Атакующие корабли,пылающие над Орионом! Лучи СИ , разрезающие мрак у ворот Тангейзера! Все эти мгновения затеряются во времени,как слёзы в дожде! Пришло врёмя умирать! Мне жаль небосвод этот синий, Жаль землю и жизни осколки, Мне страшно,что сытые свиньи, Страшней,чем голодные волки. История МОИХ побед : (Show/Hide) |
Dromage |
Mar 29 2012, 15:47
Пост
#66
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 095 З нами з: 6-March 12 З: Кривий Ріг Користувач №: 2 942 Стать: Чол Парк машин: домашня конячка: i5-4690K, домашній ішачок: pentium B970 |
Вот жеж... Я тоже счас стараюсь кранчить эти 5-10-минутные задания. Но мне их на комп обязательно за день пришлют до 10 штук, а потом барахла разного из других проектов насыпят (( Хоть в проектах у меня ток дистрофия отмечена.
Короче, я еще и на бронзу никак не набью... Как вы там это золото получаете... -------------------- |
Khvastov Maxim |
Mar 29 2012, 15:59
Пост
#67
|
Система раннього сповiщення Група: Trusted Members Повідомлень: 1 008 З нами з: 29-January 09 З: Донецьк Користувач №: 915 Стать: Чол |
Вот жеж... Я тоже счас стараюсь кранчить эти 5-10-минутные задания. Но мне их на комп обязательно за день пришлют до 10 штук, а потом барахла разного из других проектов насыпят (( Хоть в проектах у меня ток дистрофия отмечена. В Device Profiles в профиле проверь пункт "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project", это после Intermittent Projects таблички. |
Dromage |
Mar 29 2012, 16:06
Пост
#68
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 095 З нами з: 6-March 12 З: Кривий Ріг Користувач №: 2 942 Стать: Чол Парк машин: домашня конячка: i5-4690K, домашній ішачок: pentium B970 |
Та я уже убрал оттудова галочку сегодня... Поглядим как оно далее будет.
-------------------- |
MAGADAN |
Apr 5 2012, 16:46
Пост
#69
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 274 З нами з: 20-January 12 Користувач №: 2 890 Стать: Чол Парк машин: Парк из ОДНОГО ПиСиБотА Разбежалась ферма :( |
У кого есть проблемы с соединением с их серверами
807 World Community Grid 05.04.2012 17:43:39 [error] Error reported by file upload server: Maintenance underway: file uploads are temporarily disabled. Ни получить новые ни скинуть отработаные блин штук 500 висит -------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Я видел такое, что вам людям и не снилось! Атакующие корабли,пылающие над Орионом! Лучи СИ , разрезающие мрак у ворот Тангейзера! Все эти мгновения затеряются во времени,как слёзы в дожде! Пришло врёмя умирать! Мне жаль небосвод этот синий, Жаль землю и жизни осколки, Мне страшно,что сытые свиньи, Страшней,чем голодные волки. История МОИХ побед : (Show/Hide) |
Dromage |
Apr 5 2012, 16:51
Пост
#70
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 095 З нами з: 6-March 12 З: Кривий Ріг Користувач №: 2 942 Стать: Чол Парк машин: домашня конячка: i5-4690K, домашній ішачок: pentium B970 |
Я и вчера еще такое наблюдал. Он периодически всплывает)
-------------------- |
vitalidze1 |
Apr 5 2012, 16:55
Пост
#71
|
ЮЗЕР Група: Trusted Members Повідомлень: 1 367 З нами з: 17-May 09 З: Вінниця Користувач №: 1 029 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ~15-20 компліхтерів. |
ВЦГ останнім часом глючить, то нема доступу до сайту, то валідацію робить хрен знати скільки часу, в мене стабільно по 28 сторінок в валідації висить, страшно подумати скільки в Алексуса
-------------------- |
Bel |
Apr 5 2012, 18:46
Пост
#72
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
We will be installing the latest updates for the IBM General Parallel File System software that we use. During this time, the World Community Grid (BOINC) clients will not be able to upload or download files nor will they be able to report completed results or fetch new work.
The website and forums will be available during this work. We apologize for the disruption. ---------------- We have moved this change to next Thursday - March 15th. ---------------- This outage has been postponed until April 5th . ---------------- This change is starting now. We are stopping the scheduler (which will prevent the software clients from getting new work or reporting completed work) and we are stopping file uploads for the duration of the change. Всё ок, у них там обновление ПО идет. |
Dromage |
Apr 5 2012, 21:20
Пост
#73
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 095 З нами з: 6-March 12 З: Кривий Ріг Користувач №: 2 942 Стать: Чол Парк машин: домашня конячка: i5-4690K, домашній ішачок: pentium B970 |
-------------------- |
MAGADAN |
Apr 5 2012, 22:33
Пост
#74
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 274 З нами з: 20-January 12 Користувач №: 2 890 Стать: Чол Парк машин: Парк из ОДНОГО ПиСиБотА Разбежалась ферма :( |
-------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Я видел такое, что вам людям и не снилось! Атакующие корабли,пылающие над Орионом! Лучи СИ , разрезающие мрак у ворот Тангейзера! Все эти мгновения затеряются во времени,как слёзы в дожде! Пришло врёмя умирать! Мне жаль небосвод этот синий, Жаль землю и жизни осколки, Мне страшно,что сытые свиньи, Страшней,чем голодные волки. История МОИХ побед : (Show/Hide) |
Dromage |
Apr 8 2012, 10:19
Пост
#75
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 095 З нами з: 6-March 12 З: Кривий Ріг Користувач №: 2 942 Стать: Чол Парк машин: домашня конячка: i5-4690K, домашній ішачок: pentium B970 |
04/07/2012 0:002:20:27:33 12,964 699
-------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 23rd September 2024 - 13:42 |