Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2, Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2, Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза |
Rilian |
Dec 21 2008, 04:23
Пост
#1
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза / Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2 Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid
Введение В 1986 году был идентифицирован первый ген (dystrophin gene), вовлеченный в дистрофию Дюшена, самую общую форму мышечной дистрофии. Благодаря генетическим исследованиям сегодня известно более 200 генов, вызывающих нервно-мышечные болезни. Однако, до сих пор знания о функциях и взаимодействии между собой белков, закодированных этими генами, остаются крайне незначительными. Раскрытие механизмов возникновения и развития нервно-мышечных заболеваний (патогенез), учитывая большое количество вовлеченных в него генов и кодируемых ими белков, становится все более сложной задачей по мере увеличения наших знаний в этой области. Все клетки содержат одинаковую генетическую информацию в виде ДНК, которая в целом образует геном организма. Процесс экспрессии генов (у человека найдено более 20 тысяч генов), содержащихся в геноме, приводит к образованию белков (более 45 тысяч, т.е. в среднем один ген кодирует 1,6 белков), без которых невозможно функционирование клеток, в том числе специфических, например, мышечных. Некоторые их этих белков являются ферментами, другие - сигнальными молекулами, а могут быть и рецепторами, специфически связывающиеся с другими молекулами (лигандами); а также - структурными белками. Конформация (геометрическая форма, которую принимает органическая молекула) белка в пространстве (3D-структура) определяет его природные функции. Функционирование мышц зависит от многих белков. Эти белки локализованы и работают на различных уровнях - в оболочке клетки, ее протопласте (внутреннем содержимом) или в аксоне двигательного нерва, который соединяет нерв с мышечной тканью и передает команды нервной системы. Большинство нервно-мышечных болезней возникает под действием генетических изменений (мутации в определенных генах вызывают изменения в трехмерной структуре кодируемого ими белка), приводящих к утрате белками полностью или частично их первоначальных функций или к прекращению синтезирования белка как такового. Нервно-мышечные заболевания можно классифицировать по белкам или участкам белков, видоизменившихся под действием мутации генов. Поэтому, чтобы разобраться в природе того или иного нервно-мышечного заболевания, исследователи стремятся связать их с нарушением функциональности определенных белков. Необходимо более точное понимание взаимодействий и функций белков, вовлеченных в патогенез той или иной мышечной дистрофии. Невозможно переоценить значимость данной информации в разработке терапевтических процедур и инновационных методов лечения большого количества нервно-мышечных заболеваний. Цель проекта В Help Cure Muscular Dystrophy прибегают к помощи World Community Grid в определении белок-белковых взаимодействий более 2 200 безызбыточных белков с известной структурой, информация о которых содержится в Белковом Банке данных (www.rcsb.org/pdb). Исследоваться будут также белки, которые синтезируются в результате экспрессии мутировавших генов. Целью проекта является создание новой базы данных с информацией о функционально взаимодействующих белках. Дальнейшие исследования будут связаны с изучением участков белков, вовлеченных во взаимодействия лигандов (например, лекарств) с ДНК. Эта тема представляет значительный медицинский интерес, хотя сейчас упор делается на проектировании малых молекул (лигандов), которые нарушают (ингибируют) или улучшают работу определенных белков, намного сложнее определить, как та же самая малая молекула может прямо или косвенно влиять на другие взаимодействия белков. Исследовательский подход В этом проекте используется подход, в котором скомбинирована информация об эволюции (как развитие изменило белки и определило их функции) и молекулярное моделирование (вычислительное определение относительного положения двух взаимодействующих белковых партнеров), чтобы идентифицировать потенциальные взаимодействия. Молекулярное моделирование объединяет теоретические методы и вычислительные способы для моделирования поведения биологических молекул. Эти методы и способы применяются для исследования структуры биологических систем, таких как свернувшиеся белки, или при идентификации белков-лигандов, связывающихся с небольшими химическими системами, крупными биомолекулами и белковыми комплексами. Докинг (стыковка) белок-лиганд - молекулярная техника моделирования, которая прогнозирует положение и ориентацию (трехмерную структуру) белка относительно лиганда (который может быть другим белком, ДНК или лекарственным средством). Методы молекулярного докинга основаны исключительно на физических принципах — даже белки с неизвестными или слабо изученными функциями могут быть исследованы на предмет стыковки с различными лигандами. Единственным обязательным условием является знание трехмерной структуры белков, полученное теоретическими методами или в ходе экспериментального исследования. При использовании молекулярного докинга производится перебор известных молекул из баз данных с целью поиска вариантов, обнаруживающих сродство, т.е. хорошо связывающихся друг с другом. Степень сродства определяется с помощью оценочной функции по геометрическим и химическим параметрам полученного соединения. Геометрия оценивается по тому, насколько хорошо сочетаются трехмерные структуры белка и лиганда (должны быть подогнаны как рука под перчатку). С химической точки зрения оценивается сила межатомных взаимодействий между белком и лигандом. Для таких сложных структур как белки (наименьшие из которых содержат сотни атомов) исследования белок-белковых взаимодействий могут потребовать значительных вычислительных ресурсов. Без World Community Grid вычисления, необходимые для моделирования молекулярного докинга, были бы слишком трудоёмкими. Для первых 168 белков, изучавшихся еще в первой фазе проекта, привлеченное с помощью WCG процессорное время составило 8 000 лет. Во второй фазе проекта, где будут исследоваться уже 2 246 белков, предполагаемое время расчетов достигнет 91 680 лет. Преодолеть этот вычислительный барьер поможет информация об эволюции белков, позволяющая предсказывать взаимодействующие участки белков. Этот предварительный анализ уменьшает предполагаемое время вычислений в 100 раз, тем самым увеличивая количество исследуемых белков. Тем не менее, без помощи World Community Grid запланированные вычисления окажутся невыполнимыми. Добровольцы, жертвующие свободные вычислительные ресурсы World Community Grid, высвободят мощности для других исследований, проводимых AFM, CNRS, INSERM и пр. научными игроками, направленных на развитие научных инструментов, которые увеличивают наши знания о природе и методах лечения редких заболеваний. Исследователи Вычислительная биология: * Dr. Alessandra Carbone, Analytical Genomics, FRE3214 CNRS-UPMC, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. * Yann Ponty, Department of Computer Science, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. ГРИД-технологии: * Jean-Marie Chesneaux team, Computer Science Laboratory of Paris 6 (LIP6), CNRS Laboratory UMR 7606, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. Миопатия (заболевание мышц): * Pascale Guicheney team, INSERM Laboratory U582, Myology Institut, "Pitiй-Salpetriиre" Hospital, Paris. Молекулярное моделирование: * Richard Lavery, Institut de Biologie et Chimie des Protйines, CNRS UMR 5086, Universitй de Lyon. * Sophie Sacquin-Mora, Laboratory of theoretical biochemistry, CNRS Laboratory UPR9080, "Institut de Biologie Physico-Chimique", Paris. Вопросы и ответы по проекту: (Show/Hide) Скриншот графического клиента График производительности проекта: Це повідомлення відредагував Rilian: Dec 11 2010, 14:10 |
Rilian |
Oct 4 2012, 23:58
Пост
#121
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
затарился около 500 ВЮ
хочу набрать 4 года в проекте, щяс 3 года 270 дней -------------------- |
Rilian |
Oct 11 2012, 14:39
Пост
#122
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
пофиксили проблему с даунлоадом некоторых ВЮ (при этом комп не запрашивал новые задания)
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...59_lastpage,yes -------------------- |
Rilian |
Nov 12 2012, 15:02
Пост
#123
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Тасков уже нет и вчера не было посчитано ни одного. Думаю скоро объявят что проект завершен
-------------------- |
Rilian |
Nov 18 2012, 12:46
Пост
#124
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Задания подсчитаны, но админы ВЦГ общаются с учеными проекта по поводу уточнения что никакие результаты не пропущены и ученые получили все вычисления. Если что-то будет пропущено, эти задания будут обработаны еще раз
когда все выяснится, объявят о завершении проекта -------------------- |
Rilian |
Dec 2 2012, 10:04
Пост
#125
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
QUOTE We are going through all of the project data and checking to see if anything is missing, which turns out to be more time consuming than expected. Hopefully we have not missed anything and don't have to run any more work units. Then we will make sure the researchers have all of this data on their site. After that comes the process of analyzing the results and publishing a paper about them.... which can take many months. Thanks for all of your support to this project. -- Victors WCG Tech -------------------- |
Rilian |
Dec 11 2012, 15:47
Пост
#126
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Есть ВЮ
-------------------- |
Rilian |
Jan 12 2013, 14:34
Пост
#127
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Статья в ISGTW - International Science GRID this week
Desktop power helps map protein dance The project came to an end ahead of schedule in September 2012 after only two and half years. Volunteer computers had racked up over 114 million results using nearly 53,000 CPU-years of computing power. HCMD2 expect to publish their results, methods, scientific tools and interaction data in a number of public databases, along with descriptive papers, later this year. The resulting database will potentially help drug developers design molecules to inhibit or enhance binding of particular macromolecules, hopefully leading to better treatments for muscular dystrophy and other neuromuscular diseases. The unique methodology used by the researchers in their analysis could also be applied to future studies of other disease areas. -------------------- |
Rilian |
Mar 22 2013, 20:10
Пост
#128
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Re: Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2 project near completion
QUOTE We have finished running the last of the work units for this project. We are now doing some work to finish putting the results on the researcher's server. Hopefully we won't find anything else missing, otherwise we might have to run a few more work units. The researchers have received 4 years of funding and a new post-doc will be helping them soon, so analysis of the results should proceed well. Thanks go to all of the members who generously contributed to this project! QUOTE Мы закончили рассчеты последних ворк юнитов и щяс отправляем результаты ученым. Ученые получили грант на 4 года исследований, и им будет помогать проводить анализ еще один научный сотрудник (post-doc), так что обработка результатов должна проходить хорошо. Спасибо всем участникам, которые щедро пожертвовали вычислительные ресурсы на проект https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ad?thread=33566 -------------------- |
Rilian |
May 29 2013, 10:04
Пост
#129
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Re: Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2 project near completion
We have finished going through all of the results data (there was a very large amount of it) for the Help Cure Muscular Dystrophy - phase 2 project and have verified that it has all been assembled correctly. We did have to run a few work units to fill in some small gaps that were missed somehow, but now it is all there and ready for the next steps in their research. Thanks again to all of the members for contributing to this project. -------------------- |
Arbalet |
Dec 9 2014, 23:00
Пост
#130
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
От моделирования к прогнозированию: прогресс в понимании белков
Д-р Карбоне, координатор проекта Help Cure Muscular Dystrophy, недавно выложила обновление с информацией о текущих исследованиях, посвященных моделированию сложных белок-белковых взаимодействий. В частности, исследовательница раскрывает основную суть нескольких методов, которые она и ее коллеги исследуют с целью улучшения процесса моделирования и прогнозирования взаимодействия белков. Этот новый подход в моделировании сделает будущие исследования более быстрыми и откроет совершенно новые возможности для исследования белок-белковых взаимодействий на основе геномных данных, в которых закодированы функции белков. В конце концов, лучшее понимание белковых взаимодействий может помочь исследователям разработать более эффективные методы лечения нервно-мышечных заболеваний, таких как мышечная дистрофия. В очередной раз убеждаемся, что закрытие проекта для участия в нем участников распределенных вычислений вовсе не означает остановку самих исследований, которые могут продолжаться еще долгие годы, вооруженные полученными с нашей помощью данными. По материалам World Community Grid: From simulation to prediction: advances in understanding proteins -------------------- (Show/Hide) |
Rilian |
Aug 11 2016, 10:48
Пост
#131
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
http://zdravoe.com/101/p17934/index.html
Результатом четырехлетнего проекта команды из Университета штата Вашингтон и Института сердца и диабета стал новый терапевтический подход, основанный на генной терапии. Атрофия мышц может быть последствием хронической инфекции, мышечной дистрофии, недоедания или старости. Около половины людей, которые страдают от рака, фактически умирают от кахексии, по сути, от той же атрофии мышц. Она также является последствием мышечной дистрофии Дюшенна, неизлечимой, смертельной болезни, которая может пораает своих жертв еще в подростковом возрасте. При этом многих людей убивает не потеря массы скелетных мышц, а дистрофия миокарда, то есть сердечной мышцы: сердце буквально усыхает в размерах, а это провоцирует развитие сердечной недостаточности. Ученые уже давно пытались остановить или хотя бы замедлить этот процесс, но не смогли до сих пор найти безопасный способ. Дело в том, что гормоны миостатины, которые вызывают атрофию, нельзя блокировать – они играют важную роль в других функциях организма. Исследователям из Соединенных Штатов и Австралии смогли блокировать миостатин выборочно, только в мышцах. Они использовали в качестве носителя аденоассоциированный вирус – доброкачественны микроорганизм, который специально ориентировали на доставку сигнального белка Smad7 в клетки миокарда и скелетных мышц. Smad7, ингибируя активность гормонов, останавливает разрушение мышц. Авторам нового метода терапии уже удалось восстановить мышцы у здоровых мышей и предотвратить потерю скелетных мышц и миокарда у мышей со злокачественными опухолями. -------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th September 2024 - 00:55 |