Распределенные вычисления помогли найти новое лекарство от СПИДа!, да, мы наконец-то сделали это :) Налаштування

[Arbalet]

Распределенные вычисления помогли найти новое лекарство от СПИДа!

Ученые из Исследовательского института Скриппса (Scripps Research Institute) в Ла-Джолле (Калифорния) объявили об обнаружении двух химических соединений, которые воздействуют на неизвестные ранее участки фермента протеазы ВИЧ (вируса иммунодефицита человека), вызывающего развитие СПИДа (синдрома приобретенного иммунодефицита). Открытие позволит разработать новые антивирусные препараты, которые повысят эффективность лечения штаммов ВИЧ, резистентных (устойчивых) к существующим лекарственным средствам, а также замедлят распространение резистентных форм вируса среди больных.

Соединения, идентифицированные учеными из института Скриппса, связаны с протеазой ВИЧ, являющейся основой жизненного цикла этого смертельного вируса. Препараты, которые блокируют протеазу ВИЧ, называют «ингибиторами протеазы» и в настоящее время являются главным компонентом лекарств для профилактики СПИДа, применяющихся в современной схеме его лечения с помощью очень активной антиретровиральной терапии (Highly Active Anti-Retroviral Therapy, HAART).

По сравнению с уже одобренными Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) девятью ингибиторами протеазы ВИЧ, найденные вещества являются небольшими химическими соединениями, воздействующими на два неизвестных ранее участка молекулы протеазы ВИЧ.

Об открытии рассказывает Алекс Перриман (Alex L. Perryman), сотрудник лаборатории профессора Артура Олсона (Arthur Olson’s) из института Скриппса: «Проведенные эксперименты подтвердили мою гипотезу, основанную на результатах вычислительного моделирования, что на поверхности протеазы ВИЧ, кроме активного центра, есть еще другие участки, которые могут избирательно связываться с ингибиторами. Найденные лекарственные вещества будут использованы для усиления одобренных FDA ингибиторов активного центра протеазы ВИЧ и восстановления их эффективности против резистентных штаммов ВИЧ. Наша стратегия вовлечения неактивных участков биологических мишеней может оказаться полезной в поиске лекарств и от других болезней, особенно когда имеет место их устойчивость к известным лекарственным средствам».

Перриман и его коллеги из лаборатории Олсона при компьютерном моделировании использовали возможности проекта распределенных вычислений FightAIDS@Home, входящего в состав группы проектов под управлением объединения World Community Grid. Поэтому частники проекта FightAIDS@Home могут с полным правом внести себя в список соавторов открытия нового класса анти-ВИЧ препаратов.

В мире в настоящее время около 33 млн человек живут с ВИЧ-инфекцией. Согласно статистике Всемирной организации здравохранения только в 2008 году ВИЧ заразились 2,7 млн человек. Хотя терапия HAART увеличила продолжительность и улучшила качество жизни больных СПИДом, наблюдается активное распространение устойчивых к лекарствам штаммов ВИЧ-инфекции.

Исследование новых ингибиторов протеазы ВИЧ учеными из института Скриппса было поддержано грантом Национальных институтов здоровья США (National Institutes of Health). Подробные результаты исследований появятся в мартовском номере журнала Chemical Biology & Drug Design.

Научно-популярный блог «Просто о науке» http://prostonauka.com

[Rilian]

Ура, FightAIDS@home рулит

[Arbalet]

Да я сам в шоке!

[Rilian]

Arbalet, а можешь дать ссылку на оригинал новости? на форуме fightAIDS ничего нету по этому поводу. Там есть недавняя новость что они получили высококачественную 3-D структуру одного из нужных белков и собираются ставить на ней эксперименты

[Arbalet]

Arbalet, а можешь дать ссылку на оригинал новости?

Ну конечно - вот. Я не все там перевел - выхватил только основное.

[Rilian]

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...18_lastpage,yes

ждем официального ответа

[Rilian]

Перриман ответил на форуме WCG!
https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ad_thread,28418


Hi Everybody,

You all found this news quickly! I was waiting until the press release was posted on the TSRI homepage before commenting here. Well, now it's ready at:

http://www.scripps.edu/newsandviews/i_20100208/hiv.html
There's a nice image at the above link that shows exactly where these two new "allosteric fragments" bind to HIV protease (i.e., look at the little green and cyan molecules). Since this is an experimental paper on crystallographic results (i.e., not a paper about computational docking results), further confirmation is not really needed. What we are focusing on now is extending these results, in order to try to turn these tiny, weakly-binding fragments into much larger, more complex, actual protease inhibitors.

You can also find a short news story about this paper at:
http://www.kpbs.org/news/2010/feb/04/disco...ass-aids-drugs/


These links describe our new HIV protease paper, which will be the cover of the March, 2010, issue of "Chemical Biology & Drug Design."

Our new HIV protease paper describes the "X-ray crystallographic structures" that were produced by our innovative new strategy for fragment-based crystallographic screening. Thus, this paper describes the generation of the structures that we have been using as docking targets for virtual screens performed on FightAIDS@Home (but it does not present any of the docking results, which are not ready yet). Since I was part of this research, I was able to get permission from Assoc. Prof. C. David Stout at TSRI to use these new fragment-bound crystal structures of HIV protease as targets on FightAIDS@Home, long before this paper was approved for publication in a peer-reviewed journal.

We have been screening compounds against these new fragment-induced crystal structures since 03/03/2009 (see FAAH Experiments 25, 26, 27, 28, 30, and 31). We have been trying to find new allosteric fragments that bind to these two allosteric sites (see the images on pages 1, 4, and 6 of volume 8 of the FAAH Newsletter). In addition, we have been searching for new fragments that bind near these sites, so that we can try to attach them to the two fragments described in this paper (and, thus, try to make a larger, more potent allosteric compound). But let me be very clear--this protease paper does NOT present any new computational data from the WCG. This paper is all about experimental results that laid the foundation for previous, current, and future FAAH calculations.

This paper acknowledges FightAIDS@Home and the World Community Grid, since the WCG provides massive resources that enable, inspire, and motivate the entire multi-target, multi-lab, multi-year HIV collaboration. Having the WCG's resources helped Prof. Art Olson get funding from the NIH for a "program project grant" focused on drug-resistant HIV. This multi-lab program project grant provided the funding that allowed the crystallographic research described in this new paper to occur. This program project grant is also the reason why Assoc. Prof. C. David Stout and I started collaborating.

The HIV protease research described in this new paper was done to support and to extend the scope of the virtual screens we perform on the WCG. Because of these new fragment-bound crystal structures, we now know which particular conformations of HIV protease we should use as docking targets in these virtual screens. And we have been using these new fragment-bound crystal structures as docking targets on FightAIDS@Home for almost a year. Thus, although no WCG-generated data are presented in these papers, this paper describes new crystal structures of HIV protease that have allowed us to perform new types of virtual screens that should (hopefully) be much more fruitful, novel, and significant than our previous experiments on FightAIDS@Home.

Thank you all very much for your help and for your interest,
Alex L. Perryman, Ph.D.


PS--the crystallographic results described in this paper are the reason why we can now call these two surface regions of HIV protease actual "allosteric sites." We used to have to call them "putative allosteric sites" or "potential allosteric sites," but this paper presents the experimental proof that these two specific regions of HIV protease are in fact allosteric binding sites.

[kornq]

Отличная новость, побольше таких. WCG +

[Death]

кто разошлёт по украинским новостнім сайтам со ссілкой сюда?

[Rilian]

Для тех кто не знает английского:

В рамках одного гранта, выделенного лаборатории Олсена, с помощью рентгеновской кристаллографии нашли 2 ингибитора (белки которые не дают нормально работать) протеазы ВИЧ, это означает что дополнительно подтверждать эксперименты на компах не нужно. Эти белки также изучаются в FightAIDS@home с марта 2009. Перриман подчеркивает, то что 2 белка являются ингибиторами было исследовано не на FightAIDS@home, но под одним грантом и в рамках одних и тех же исследований, которые бы не осуществлялись без FightAIDS@home.

вроде так, если неправильно перевел, поправьте меня.

[Arbalet]

Рильян я бы лучше так перевел:

В рамках гранта, выданного сетью Национальных институтов здоровья США, в лаборатории Олсена с помощью рентгеновской кристаллографии нашли два ингибитора (химические соединения блокирующие работу биологических мишеней - белков) протеазы ВИЧ. Таким образом, открытие ингибиторов теперь подтверждено в лабораторных условиях. Заслугой участников проекта FightAIDS@home является вычислительная поддержка, которую они оказали данному исследованию на стадии предварительного компьютерного моделирования.

Мы, как участники проекта FightAIDS@home, и не смогли бы подтвердить с помощью рентгеновской кристаллографии эффективность этих двух ингибиторов, так как это сугубо лабораторная стадия исследований. Но вот, то, что наши ресурсы задействовались на стадии компьютерных симуляций - это однозначно!

[SpellChecker]

Может я не очень силен в языке, но судя по сообщению от Перримана, WCG к результатам имеет только косвенное отношение, а именно: грант, в рамках которого были получены результаты кристаллографии был выделен в т.ч. и на FightAIDS@home, и именно благодаря этому проекту авторы открытия встретились. И ВСЁ. Результаты моделирования, как я понял, не принимали непосредственного участия в открытии. Просто, теперь доктора знают, что именно им надо моделировать в WCG.

[Arbalet]

Может я не очень силен в языке, но судя по сообщению от Перримана, WCG к результатам имеет только косвенное отношение, а именно: грант, в рамках которого были получены результаты кристаллографии был выделен в т.ч. и на FightAIDS@home, и именно благодаря этому проекту авторы открытия встретились. И ВСЁ. Результаты моделирования, как я понял, не принимали непосредственного участия в открытии. Просто, теперь доктора знают, что именно им надо моделировать в WCG.

Но как в таком случае прикажешь трактовать этот кусок текста из первоначальной новости?

Perryman and his colleagues in the Olson lab have been using FightAIDS@Home, a computer modeling project dedicated to finding new AIDS therapies in the face of evolving drug resistance, to extend the work. FightAIDS@Home uses the massive computational power of IBM’s “World Community Grid,” a global community of Internet users who donate unused time on their personal computers for projects that benefit humanity.

Тут вроде ясно сказано, что Перриман и его коллеги из лаборатории Олсона используют FightAIDS@Home для компьютерного моделирования в исследованиях, посвященных поиску новых методов лечения СПИДа в условиях развития устойчивых к лекарствам его разновидностей.

Или вот этот кусок текста из уже последнего сообщения Перримана, полученного на пост Рильяна на оф.форуме WCG:

Our new HIV protease paper describes the "X-ray crystallographic structures" that were produced by our innovative new strategy for fragment-based crystallographic screening. Thus, this paper describes the generation of the structures that we have been using as docking targets for virtual screens performed on FightAIDS@Home (but it does not present any of the docking results, which are not ready yet). Since I was part of this research, I was able to get permission from Assoc. Prof. C. David Stout at TSRI to use these new fragment-bound crystal structures of HIV protease as targets on FightAIDS@Home, long before this paper was approved for publication in a peer-reviewed journal.

Тут он что-то говорит о том, что проводился виртуальный докинг новых структур с помощью FightAIDS@Home.

Короче, как бы Перриман ни открещивался потом от FightAIDS@Home, но так или иначе он использовал в своих исследованиях либо предыдущие наработки проекта, либо проверял с помощью проекта полученные результаты, либо будет еще использовать FightAIDS@Home в дальнейшем. Поэтому связывать FightAIDS@Home с открытием ингибиторов вполне уместно, ИМХО.

[Rilian]

But let me be very clear--this protease paper does NOT present any new computational data from the WCG. This paper is all about experimental results that laid the foundation for previous, current, and future FAAH calculations.

В статье о протеазе нет никаких новых данных, полученных с WCG. Это статья об экспериментальных результатах, которые заложили основу для предыдущих, текущих и будущих расчетов FAAH.

Короче, как бы Перриман ни открещивался потом от FightAIDS@Home, но так или иначе он использовал либо предыдущие наработки проекта, либо будет еще использовать FightAIDS@Home в дальнейших исследованиях.

ну да, он же написал что они на тех структурах моделируют и другие эксперименты

[Arbalet]

В статье о протеазе нет никаких новых данных, полученных с WCG. Это статья об экспериментальных результатах, которые заложили основу для предыдущих, текущих и будущих расчетов FAAH.

Короче, как всегда нам - вершки, а докторам - корешки.

Получается мы и не помогли никаких лекарств новых найти - тема закрыта.

P.S.: Но я по прежнему буду считать, что некая доля в этом открытии принадлежит участникам распределенных вычислений. А как будут думать остальные - это их неотчуждаемое суверенное право свободно мыслящих людей.