Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 [intermittent], Поиска лекарств от лихорадки Денге и сопутствующих болезней |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 [intermittent], Поиска лекарств от лихорадки Денге и сопутствующих болезней |
kornq |
Feb 20 2010, 16:36
Пост
#1
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 107 З нами з: 10-April 09 З: Киев Користувач №: 991 Стать: Чол Парк машин: Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB |
(логотип не у нас!)
Поиск Лекарств от Лихорадки Денге, 2 фаза / Discovering Dengue Drugs - Together, Phase 2 17.02.2010 Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid
Организаторы системы распределенных вычислений World Community Grid объявили о начале проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2, в котором продолжится поиск новых лекарств от опасных заболеваний, вызываемых флавивирусами (Flaviviridae). Проект поддерживается Медицинским отделением Техасского университета (University of Texas Medical Branch, UTMB) в Галвестоне и Университетом Чикаго (University of Chicago) в Иллинойсе, США. Проект призван обнаружить потенциальные лекарственные соединения, которые блокируют размножение в организме человека вирусов семейства Flaviviridae. К ним относятся вирусы, вызывающие такие опасные заболевания, как лихорадка Денге, желтая лихорадка, лихорадка Западного Нила, гепатит С и пр. Около 40% населения Земли проживают в регионах, где высока вероятность заразиться одним из перечисленных вирусов. Ежегодно более 1,5 млн людей лечат от лихорадки Денге. По некоторым оценкам, гепатитом С в мире заражено до 2% населения. Большой вред развивающимся странам наносят желтая лихорадка и лихорадка Западного Нила. К сожалению, эффективных препаратов для лечения этих заболеваний не существует, а паллиативная терапия обходится слишком дорого и при этом способна лишь ненамного снизить показатели летальности среди больных. В рамках проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 ученые сделали ставку на поиск ингибиторов вирусной протеазы NS3. QUOTE Ингибиторами (лат. inhibere – сдерживать, останавливать) называют вещества, замедляющее или предотвращающее развитие какого-либо процесса или химической реакции. Протеаза NS3 – фермент, играющий ключевую роль в репликации (размножении) вируса в организме человека. Последовательность аминокислот и атомная структура NS3 практически одинаковы для всех флавивирусов. К тому же строение протеазы прекрасно известно, поэтому исследователи надеются с помощью вычислительных методов найти эффективные лекарственные средства – химические соединения, блокирующие работу NS3. Ученые из UTMB и Чикагского университета уже обнаружили вещества, замедляющие в клеточных культурах работу протеазы вирусов, вызывающих лихорадки Денге и Западного Нила. Однако необходим дополнительный поиск перспективных лекарственных средств, к которым флавивирусы имеют минимальную резистентность. В этом вопросе ученые активно сотрудничают с сообществом World Community Grid, многотысячная армия участников которого предоставляет вычислительные ресурсы своих компьютеров для проведения научных исследований. В августе 2009 года закончилась первая фаза проекта. Вычисления производились с помощью специализированной программы для молекулярного докинга – AutoDock, разработанной доктором Олсоном (Olson) и его сотрудниками из Научно-исследовательского института Скриппса). QUOTE Молекулярный докинг (стыковка) – метод компьютерного моделирования, который позволяет предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и положение одной молекулы по отношению к другой, в т.ч. для комплексов низкомолекулярных соединений и активных центров белковых молекул. В ходе вычислений было произведено моделирование взаимодействия с протеазой NS3 около 3 млн потенциально эффективных малых молекул, из которых было отобрано несколько тысяч самых перспективных. К сожалению, чаще всего до 90-95% соединений, отобранных на первом этапе виртуального (”in silico”) скрининга веществ-кандидатов, оказываются бесполезными при лабораторных исследованиях. Поэтому до начала тестирования in vitro необходимо выбрать из найденных молекул наиболее эффективные. Для этого и предназначена вторая фаза проекта. (Впрочем, в UTMB уже приступили к «пробирочным» испытаниям некоторых из найденных веществ, показавших высокую активность в биохимических тестах.) В ходе работы Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 планируется отсеять ложноположительные соединения, найденные в первой фазе проекта, с помощью еще одной программы для молекулярного докинга – CHARMM, разработанной Мартином Карплюсом (Martin Karplus) и его сотрудниками в Гарварде. По итогам вычислений будут отобраны молекулы, показывающие наибольшее сродство с протеазой флавивирусов. Именно по результатам второй фазы проекта в лабораторию UTMB попадут химические соединения, которым суждено со временем стать новыми лекарствами от смертельно опасных лихорадок. Для контроля качества вычисленій будут проведены исследования на таких целях: The naming conventions for our quality control systems are: ts01 = HIV protease and its known binders/non-binders ts02 = trypsin and its known binders/non-binders ts03 = HIV reverse transcriptase and its known binders/non-binders ts04 = influenza virus neuraminidase and its known binders/non-binders ts05 = human estrogen receptor and its known binders/non-binders ts06 = lysozyme and a small set of known binders/non-binders - Mar 22, 2010 (this is a control set to compare with some supercomputer runs) Плюс еще будет 18 "реальных" целей проекта Как получить больше рассчетных заданий В проекте редко бывают задания и необходимо набирать их в кэш БОИНКа. как это сделать: 1) сделайте новый профиль тут в Device Profiles 2) Выберите DDDT2 и уберите галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project." 3) Выставьте этот новый профиль для нужной машины открыв Device Manager, и выбрав там нужный хост. 4) Выставьте в БОИНК-менеджере на машине кэш на 9 дней. Удачного улова и рассчетов Карта распространения болезней Информация В проекте надо посчитать 22,108,000 заданий (кворум 2), что примерно равно 6,500 процессорных лет! График проекта Скриншот проекта Полезные ссылки * Распределенные вычисления: поиск лекарств от лихорадки и гепатита Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 12 2011, 17:36 |
corsar83 |
Apr 3 2010, 13:35
Пост
#31
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
А мне чото за эти пару недель не одной не перепало . Говорит заданий нет и шлёт другие проекты.
-------------------- |
Rilian |
Apr 3 2010, 14:28
Пост
#32
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
А мне чото за эти пару недель не одной не перепало . Говорит заданий нет и шлёт другие проекты. аналогично. заданий пока еще очень мало, и новые порции успевают разобраться 400000 юзерами за несколько минут -------------------- |
Rilian |
Apr 16 2010, 00:52
Пост
#33
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
проект официально переведен из "Активного" в "Работающий с перерывами" (то есть задания будут выдаваться периодически). Поэтому если у вас выбран только DDDT2, рекомендую поставить галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."
-------------------- |
tiss |
Aug 12 2010, 17:08
Пост
#34
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 640 З нами з: 28-February 09 Користувач №: 952 Стать: Чол Free-DC_CPID |
08/12/10 17:57:44 World Community Grid Starting task ts05_a091_pqb010_1 using dddt2 version 617
Поймал целых 7 заданий! -------------------- |
Rilian |
Aug 12 2010, 21:59
Пост
#35
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
08/12/10 17:57:44 World Community Grid Starting task ts05_a091_pqb010_1 using dddt2 version 617 Поймал целых 7 заданий! угу. я тоже штук 5-10 и даже парочку CEP2 -------------------- |
corsar83 |
Aug 14 2010, 12:06
Пост
#36
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Уряя, и мне одно перепало
-------------------- |
Brodyaga |
Sep 20 2010, 16:01
Пост
#37
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 401 З нами з: 16-March 10 З: Севастополь Користувач №: 1 348 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 1: Intel Core 2 Duo CPU E4600 @ 2.40GHz, Ubuntu 10.04 x64. 2: Intel Pentium 4 CPU 2.40GHz, Ubuntu 10.04 x86. 3: Пара вспомогательных компьютеров, Ubuntu 10.04 x86. |
Похоже, пора править карту распространения болезней:
Во Франции зарегистрированы первые в Европе случаи заражения лихорадкой Денге QUOTE Два случая заражения лихорадкой Денге зарегистрированы в окрестностях Ниццы (департамент Приморские Альпы, Франция). Об этом сообщает AFP со ссылкой на пресс-службу французского Минздрава. Как подчеркивается в сообщении Минздрава Франции, выявленные случаи являются первыми не завозными случаями инфекции в Европе. Тем не менее, риск дальнейшего распространения лихорадки денге на территории станы оценивается как незначительный, поскольку очаг инфекции находился в географически изолированном районе. -------------------- Делай что должен и будь что будет.
(Show/Hide) |
corsar83 |
Sep 20 2010, 16:13
Пост
#38
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Похоже, пора править карту распространения болезней: Во Франции зарегистрированы первые в Европе случаи заражения лихорадкой Денге Два случая заражения лихорадкой Денге зарегистрированы в окрестностях Ниццы (департамент Приморские Альпы, Франция). Об этом сообщает AFP со ссылкой на пресс-службу французского Минздрава. Как подчеркивается в сообщении Минздрава Франции, выявленные случаи являются первыми не завозными случаями инфекции в Европе. Тем не менее, риск дальнейшего распространения лихорадки денге на территории станы оценивается как незначительный, поскольку очаг инфекции находился в географически изолированном районе. На нашей карте как раз в том месте есть точечка . А вобще зараза всякая бегает уже где попало, глобализация млин -------------------- |
Rilian |
Sep 20 2010, 16:25
Пост
#39
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Во Францию едет много народа из северной и западной Африки. Не думаю что оно распространится по европе, учитывая что уже начинается осень и похолодание.
-------------------- |
Rilian |
Nov 19 2010, 00:36
Пост
#40
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Обещают 4000 ВЮ завтра выдать ...
-------------------- |
Salmonella |
Nov 19 2010, 13:52
Пост
#41
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 38 З нами з: 10-June 10 Користувач №: 1 414 Стать: Чол |
Во Францию едет много народа из северной и западной Африки. Не думаю что оно распространится по европе, учитывая что уже начинается осень и похолодание. А что нам Франция в этом году, например, в Волгограде была вспышка Лихорадки Западного Нила. Переносчик наш родной живучий комар Кулекс. И в 1999 году тоже была вспышка. Всех комаров не перебьёшь. Лекарств, вакцин нет. Такие дела. http://34.rospotrebnadzor.ru/epidemiologic_situation/32496/ |
Rilian |
Nov 19 2010, 23:02
Пост
#42
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Отримав 1 ВЮ, під Linux
-------------------- |
Brodyaga |
Dec 16 2010, 15:48
Пост
#43
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 401 З нами з: 16-March 10 З: Севастополь Користувач №: 1 348 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 1: Intel Core 2 Duo CPU E4600 @ 2.40GHz, Ubuntu 10.04 x64. 2: Intel Pentium 4 CPU 2.40GHz, Ubuntu 10.04 x86. 3: Пара вспомогательных компьютеров, Ubuntu 10.04 x86. |
Есть задания!
-------------------- Делай что должен и будь что будет.
(Show/Hide) |
Rilian |
Dec 16 2010, 15:59
Пост
#44
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Thu Dec 16 15:58:34 2010 World Community Grid Message from server: Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 needs 750.00 MB RAM but only 696.32 MB is available for use.
Накачал 6 ВЮх -------------------- |
Rilian |
Dec 22 2010, 20:06
Пост
#45
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
последние дни идут стабильно задания под все системы. чтобы набрать кэш:
1) сделайте новый профиль тут в Device Profiles 2) Выберите DDDT2 и уберите галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project." 3) Выставьте этот новый профиль для нужной машины открыв Device Manager, и выбрав там нужный хост. 4) Выставьте в БОИНК-менеджере на машине кэш на 9 дней. Удачного улова и рассчетов -------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 19th October 2024 - 17:34 |