Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2, Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2, Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза |
Rilian |
Dec 21 2008, 04:23
Пост
#1
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Помоги вылечить мускульную дистрофию, 2 фаза / Help Cure Muscular Dystrophy, Phase 2 Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid
Введение В 1986 году был идентифицирован первый ген (dystrophin gene), вовлеченный в дистрофию Дюшена, самую общую форму мышечной дистрофии. Благодаря генетическим исследованиям сегодня известно более 200 генов, вызывающих нервно-мышечные болезни. Однако, до сих пор знания о функциях и взаимодействии между собой белков, закодированных этими генами, остаются крайне незначительными. Раскрытие механизмов возникновения и развития нервно-мышечных заболеваний (патогенез), учитывая большое количество вовлеченных в него генов и кодируемых ими белков, становится все более сложной задачей по мере увеличения наших знаний в этой области. Все клетки содержат одинаковую генетическую информацию в виде ДНК, которая в целом образует геном организма. Процесс экспрессии генов (у человека найдено более 20 тысяч генов), содержащихся в геноме, приводит к образованию белков (более 45 тысяч, т.е. в среднем один ген кодирует 1,6 белков), без которых невозможно функционирование клеток, в том числе специфических, например, мышечных. Некоторые их этих белков являются ферментами, другие - сигнальными молекулами, а могут быть и рецепторами, специфически связывающиеся с другими молекулами (лигандами); а также - структурными белками. Конформация (геометрическая форма, которую принимает органическая молекула) белка в пространстве (3D-структура) определяет его природные функции. Функционирование мышц зависит от многих белков. Эти белки локализованы и работают на различных уровнях - в оболочке клетки, ее протопласте (внутреннем содержимом) или в аксоне двигательного нерва, который соединяет нерв с мышечной тканью и передает команды нервной системы. Большинство нервно-мышечных болезней возникает под действием генетических изменений (мутации в определенных генах вызывают изменения в трехмерной структуре кодируемого ими белка), приводящих к утрате белками полностью или частично их первоначальных функций или к прекращению синтезирования белка как такового. Нервно-мышечные заболевания можно классифицировать по белкам или участкам белков, видоизменившихся под действием мутации генов. Поэтому, чтобы разобраться в природе того или иного нервно-мышечного заболевания, исследователи стремятся связать их с нарушением функциональности определенных белков. Необходимо более точное понимание взаимодействий и функций белков, вовлеченных в патогенез той или иной мышечной дистрофии. Невозможно переоценить значимость данной информации в разработке терапевтических процедур и инновационных методов лечения большого количества нервно-мышечных заболеваний. Цель проекта В Help Cure Muscular Dystrophy прибегают к помощи World Community Grid в определении белок-белковых взаимодействий более 2 200 безызбыточных белков с известной структурой, информация о которых содержится в Белковом Банке данных (www.rcsb.org/pdb). Исследоваться будут также белки, которые синтезируются в результате экспрессии мутировавших генов. Целью проекта является создание новой базы данных с информацией о функционально взаимодействующих белках. Дальнейшие исследования будут связаны с изучением участков белков, вовлеченных во взаимодействия лигандов (например, лекарств) с ДНК. Эта тема представляет значительный медицинский интерес, хотя сейчас упор делается на проектировании малых молекул (лигандов), которые нарушают (ингибируют) или улучшают работу определенных белков, намного сложнее определить, как та же самая малая молекула может прямо или косвенно влиять на другие взаимодействия белков. Исследовательский подход В этом проекте используется подход, в котором скомбинирована информация об эволюции (как развитие изменило белки и определило их функции) и молекулярное моделирование (вычислительное определение относительного положения двух взаимодействующих белковых партнеров), чтобы идентифицировать потенциальные взаимодействия. Молекулярное моделирование объединяет теоретические методы и вычислительные способы для моделирования поведения биологических молекул. Эти методы и способы применяются для исследования структуры биологических систем, таких как свернувшиеся белки, или при идентификации белков-лигандов, связывающихся с небольшими химическими системами, крупными биомолекулами и белковыми комплексами. Докинг (стыковка) белок-лиганд - молекулярная техника моделирования, которая прогнозирует положение и ориентацию (трехмерную структуру) белка относительно лиганда (который может быть другим белком, ДНК или лекарственным средством). Методы молекулярного докинга основаны исключительно на физических принципах — даже белки с неизвестными или слабо изученными функциями могут быть исследованы на предмет стыковки с различными лигандами. Единственным обязательным условием является знание трехмерной структуры белков, полученное теоретическими методами или в ходе экспериментального исследования. При использовании молекулярного докинга производится перебор известных молекул из баз данных с целью поиска вариантов, обнаруживающих сродство, т.е. хорошо связывающихся друг с другом. Степень сродства определяется с помощью оценочной функции по геометрическим и химическим параметрам полученного соединения. Геометрия оценивается по тому, насколько хорошо сочетаются трехмерные структуры белка и лиганда (должны быть подогнаны как рука под перчатку). С химической точки зрения оценивается сила межатомных взаимодействий между белком и лигандом. Для таких сложных структур как белки (наименьшие из которых содержат сотни атомов) исследования белок-белковых взаимодействий могут потребовать значительных вычислительных ресурсов. Без World Community Grid вычисления, необходимые для моделирования молекулярного докинга, были бы слишком трудоёмкими. Для первых 168 белков, изучавшихся еще в первой фазе проекта, привлеченное с помощью WCG процессорное время составило 8 000 лет. Во второй фазе проекта, где будут исследоваться уже 2 246 белков, предполагаемое время расчетов достигнет 91 680 лет. Преодолеть этот вычислительный барьер поможет информация об эволюции белков, позволяющая предсказывать взаимодействующие участки белков. Этот предварительный анализ уменьшает предполагаемое время вычислений в 100 раз, тем самым увеличивая количество исследуемых белков. Тем не менее, без помощи World Community Grid запланированные вычисления окажутся невыполнимыми. Добровольцы, жертвующие свободные вычислительные ресурсы World Community Grid, высвободят мощности для других исследований, проводимых AFM, CNRS, INSERM и пр. научными игроками, направленных на развитие научных инструментов, которые увеличивают наши знания о природе и методах лечения редких заболеваний. Исследователи Вычислительная биология: * Dr. Alessandra Carbone, Analytical Genomics, FRE3214 CNRS-UPMC, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. * Yann Ponty, Department of Computer Science, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. ГРИД-технологии: * Jean-Marie Chesneaux team, Computer Science Laboratory of Paris 6 (LIP6), CNRS Laboratory UMR 7606, Universitй Pierre et Marie Curie, Paris. Миопатия (заболевание мышц): * Pascale Guicheney team, INSERM Laboratory U582, Myology Institut, "Pitiй-Salpetriиre" Hospital, Paris. Молекулярное моделирование: * Richard Lavery, Institut de Biologie et Chimie des Protйines, CNRS UMR 5086, Universitй de Lyon. * Sophie Sacquin-Mora, Laboratory of theoretical biochemistry, CNRS Laboratory UPR9080, "Institut de Biologie Physico-Chimique", Paris. Вопросы и ответы по проекту: (Show/Hide) Скриншот графического клиента График производительности проекта: Це повідомлення відредагував Rilian: Dec 11 2010, 14:10 |
Rilian |
May 18 2009, 10:41
Пост
#16
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Получил медаль за 45 процессорных дней
-------------------- |
Rilian |
May 21 2009, 16:12
Пост
#17
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
У меня
-------------------- |
Rilian |
Oct 31 2009, 21:33
Пост
#18
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
Rilian |
Apr 8 2010, 20:12
Пост
#19
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
This is a video of an interview with Dr. Alessandra Carbone, the Principal Investigator for the Help Cure Muscular Dystrophy Project, while attending Techfest 2010 in India in January of 2010.
Видео интервью с одной из организаторов проекта http://www.youtube.com/watch?v=bXm8JupuhN4 -------------------- |
Rilian |
May 3 2010, 22:50
Пост
#20
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Доктору Александре Карбоне, координатору проекта Помоги Вылечить Мускульную Дистрофию, недавно было присвоено звание "Женщина-ученый года"
Dr. Alessandra Carbone, Principal Investigator for the Help Cure Muscular Dystrophy project, was recently honored as "Woman Scientist of the Year". Dr. Alessandra Carbone, professor at Universitй Pierre et Marie Curie (UPMC) and Principal Investigator for the Help Cure Muscular Dystrophy project, was recently honored as "Woman Scientist of the Year" by the jury of the 9th Irиne Joliot-Curie Prize from the French Department of Higher Education and Research. To read more about this great award, click here for the English version. -------------------- |
Rilian |
Aug 1 2010, 03:03
Пост
#21
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Пресс-релиз на 31 июля 2010
вот тут вообще подробная информация на английском: http://www.ihes.fr/~carbone/HCMDproject.htm UPDATES for the project July 31, 2010 Hi to all! Thought to try to explain what we are doing right now before you take some vacation, like the scientists here. Hope it will help to feel that things are improving and that the project is very active from this side!! Actually, someone new will join the group on september, Anne Lopes. Anne is assistant professor in structural bioinformatics and has a background in physical-chemistry. She is very interested in working on the protein partnership problem with the numerical approach we developed and on the data analysis of the huge amount of information you are producing! The state of the art here is the following. In the paper [S. Sacquin-Mora, A. Carbone and R. Lavery (2008), Identification of protein interaction partners and protein-protein interaction sites, J. Mol. Biol. 382, p1276-1289] we developed a numerical method to detect protein partners. The method was presented and tested on a small quantity of known protein complexes. As you can imagine, as soon as the data from HCMD Phase 1 arrived (THANKS TO YOUR CONTRIBUTION!!) we retested the approach to verify whether we could confirm the results on a larger dataset. This is indeed the case, the method works, and we can distinguish protein partners within the about 150 proteins tested. We observed that the signal is much less sharp when we work with 150 proteins than with 12 proteins (like in the paper) though and that some extra work should be done to improve the numerical method. Remember that for HCMD Phase 2 we shall search for partners among about 2200 proteins. At the moment, we have improved the formula introduced in the paper and we are developing an "intelligent" approach to arrive fast and surely to identify a small number of potential partners for any protein. Let me give you an insight on the complexity underlying the problem. It has something to do with the understanding of protein population. This is an important point to assimilate, if you like to understand a bit more of our analysis. When we consider a protein, we do not just study one protein (that is, its geometry and its physico-chemical properties: this is already taken into account in the docking algorithm running on your computers and into JET, the program that allowed us to predict protein binding sites) but we rather study its behaviour with the population of proteins that are around it (in the cell; for the HCMD phase 2, population means the 2200 proteins analyzed in your computers). In other words, when we look at a protein we hope to get a signal on its partnership by looking at her way to interact with all other proteins in the population. This means that we hope to learn from bad interactions as well as from good interactions. The information that YOU are giving us provides to us some insight on what is bad and what is good! but this is not enough and we shall use also some extra observation on the interaction of the protein within a population. Some proteins are slippery, meaning that they do not seem to glue to any partner. Some others are gluing, meaning that they do glue to essentially everybody. Then there are many other proteins (about a half) that seem to stick on the right place with some specificity. They are the easiest to study. When we use, in our calculations, contributions coming from the entire population, one should think that these contributions come, in principle, from slippery proteins, gluing proteins and many other proteins whose behaviour is less sharply characterizable. "Noise" might enter into the calculation and we wish to reduce it. Learning from the whole set of interactions of a protein, means to learn to which group the protein belongs to. Once this is determined, the numerical criteria that we developed could be adjusted to accurately predict a partner or a small set of potential partners, whenever possible. The understanding of the whole set of behaviours that we need to take into account to know how to correctly evaluate the data coming from WCG is our goal today. There are a few other concerns that are present in our analysis, and they have something to do with : 1. the algorithmic aspects concerning the handling of large amount of information to be combined for the "learning" approach I mentioned above. 2. the fact that on HCMD phase 2 data analysis, we use JET predictions of protein interaction in our numerical criteria instead of actual real interfaces as done in the paper cited above. This implies a loss of precision that we should consider in our numerical evaluations of the interactions. These informations should give you some insight on the complexity of the question we face today. Hope that everyone will be feeling that we are advancing, together, for a project that runs alive and hopefully will reserve exciting surprises to all. We expect it. Have a good summer! Alessandra -------------------- |
Rilian |
Sep 17 2010, 16:31
Пост
#22
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Посчитано 25000 процессорных лет, при прогнозе проекта в 96000 лет. То есть около 27%
-------------------- |
corsar83 |
Sep 17 2010, 17:35
Пост
#23
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Посчитано 25000 процессорных лет, при прогнозе проекта в 96000 лет. То есть около 27% Даааа. Такие мощности большие используются и не только в этом, но и в других проектах, и так долго всё считается, годами. Эххх -------------------- |
Rilian |
Oct 21 2010, 13:33
Пост
#24
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
В шапку добавлены ссылки:На сегодня такие результаты:
Currently we have received results from 26212695 workunits. This is 53,387,857,304 positions of 137,652,178,995 (38.78%) судя по логам, мы идем 33% в год, то есть до завершения осталось 2 года -------------------- |
Rilian |
Nov 2 2010, 20:16
Пост
#25
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
<-- Saphire!
перехожу на Clean Water, а потом, собрав везде где можно сапфиры, обратно на HCC PS: Statistics updated on 2010 October 29th : 41.19% Statistics updated on 2010 October 22nd : 40.7% делаем 0.5% в неделю, то есть до завершения фазы при такой скорости остается 823 дня о_О -------------------- |
Rilian |
Dec 11 2010, 14:08
Пост
#26
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Statistics updated on 2010 December 10th : 47.2%
Statistics updated on 2010 November 26th : 44.32% Statistics updated on 2010 November 10th : 41.97% http://graal.ens-lyon.fr/~nbard/WCGStats/ получается 5.2% в месяц, еще осталось 10.2 месяца = 311 дней -------------------- |
Rilian |
Jan 12 2011, 17:46
Пост
#27
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
50% проекта посчитано!
-------------------- |
Rilian |
Feb 3 2011, 11:44
Пост
#28
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
На оф форуме спросили про другие формы мускульных заболеваний (например Паркинсон или дистония) которые могут быть связаны с этим проектом, и предложили уточнить название проекта
QUOTE I noticed the description of Neuromuscular disease on the description page to include the following phrase and would like to question whether it is entirely accurate: QUOTE These chronic diseases lead to a decrease in muscle strength, causing serious disabilities in motor functions (moving, breathing etc.). While I agree this is true of Muscular Dystrophy, which is among the most debilitating spectrum of Neuromuscular diseases, I believe there are neuromuscular diseases that are characterized by excessive involuntary muscle movement as opposed to atrophic or dystrophic muscle activity. Take Parkinsons or Dystonia for instance; diseases that are characterized by spasticity or in some cases hypertonacity. Botulin toxin (Botox) can be used to temporarily induce paralysis or in more successful cases help permanently break the cycle of spasm, but it is not a sure fire cure nor does it attack the root problems directly. In any case, I was looking for some validation from the scientific community as to whether a tweak to the description page is warranted to address these other neuromuscular diseases and am curious whether this research project is expected to be of benefit neuromuscular diseases characterized by spasticity in addition to those characterized by dystrophy? http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,30785 Вот что ответила ученая из проекта: Hi to all, the HCMD project considers 2200 proteins and a bit more than 200 of them are known to be involved in muscular dystrophy. all remaining 2000 proteins exist in the cells but are unknown to interact (yet) with the 200 and/or to be involved in muscular dystrophy. The project will end up to point out all possible interactions of the 2200 proteins, even those that do not have something to do with MD. Hopefully the results will be of biological and medical interest to many researchers and will help the understanding of several forms of neuromuscular diseases. With best regards, Alessandra -------------------- |
Rilian |
Feb 4 2011, 10:22
Пост
#29
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
QUOTE We have completed a beta test that fixes a minor graphics display issue. Since this was successful we have moved this version up to 6.15 for HCMD2. бета-тест был удачным. исправлена незначительная ошибка в графике ВЮ., и версия 6.15 запущена в рассчеты -------------------- |
KING100N |
Feb 4 2011, 14:13
Пост
#30
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 747 З нами з: 17-October 08 Користувач №: 847 Стать: Чол |
Обновление статистики - посчитано 56.83%
-------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 24th September 2024 - 07:29 |