FightMalaria@Home Налаштування

[nikelong]

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Сайт проекта в BOINC
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
  
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках команды Украина
  
• Официальный форум
• Новости по проекту

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 19 Июля 2012 Капитан - Rilian
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.ucd.ie/fmah/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
О проекте: FightMalaria@Home
Цель:
Открытие новых соединений для противомалярийных препаратов.

К сведению:
Каждые 45 секунд от малярии, в мире умирает один ребенок. Это заболевание наиболее распространено в бедных странах, где оно заражает 216 миллионов людей и убивает 650 тысяч каждый год, в основном африканских детей в возрасте до 5 лет. Малярия и дальше продолжает развивать устойчивость к доступным медикаментам. Поэтому нам нужно срочное открытие новых препаратов, для замены существующих. Важно, что эти новые лекарства должны быть ориентированы на новые белки у паразита. Проект FightMalaria@Home направлен на поиск новых соединений.

Возможности:
Геном малярии был упорядочен, в следствии чего была выявлена протеома. Экспрессия белка была подтверждена на различных этапах жизненного цикла этой структуры. Многочисленные кристаллические структуры целевых белков также доступны, а остаток был смоделирован, используя доступные структурные шаблоны. Большие научно-исследовательские организации GSK, Novartis уже опробовали миллионы соединений и обнаружили около 19 000 хитов(кандидатов), которые выглядят многообещающе в перспективности лечения малярии. Но они не знают, какой целевой белок ингибирует эти соединения.
Изучение и разработка новых лекарств будут существенно ускоренны, зная целевой белок для каждого из этих хитов.

Проблема:
Мы планируем закрепить каждую из 18924 хитов в структуры каждой из 5363 белков малярийного паразита. Вычислительная мощность, необходима огромная.

Решение:
Мы стремимся использовать добровольно пожертвованные вычислительные мощности персональных компьютеров в мире. Большинство компьютеров используют только малую часть доступной мощности процессора для ежедневной работы. Мы запустили сервер BOINC, который позволяет распределять задания между волонтерами. Обработка заданий будет осуществляться в фоновом режиме. При подключении 1000 компьютеров таким образом, мы сможем достичь мощности эквивалентной суперкомпьютерам.

Различия между проектами GO Fight Against Malaria(WCG) и FightMalaria@Home

Проект GO Fight Against Malaria во главе с Алексом Перрименом(Alex Perryman) из института Скриппса, направлен на поиск новых низкомолекулярных ингибиторов известных белковых соединений. Их замысел состоит в том, чтобы сосредоточиться на мутациях, которые были уже найдены в установленных соединениях для препаратов от малярии. Для этого проекта GFAM необходимо закрепить миллионы мелких молекул в нескольких белковых структурах рецептора.

Мы делаем нечто совсем другое. Мы берем небольшие составные хиты соединения, которые уже были найдены и которые могут убить малярию, и пытаемся выяснить, с какими белками эти соединения нужно связывать. Крупные фармацевтические компании обработали более 3 млн. соединений и обнаружили 18924(хитов) которые эффективны против малярии. Но выяснить, где эти соединения связываются с паразитом или как они работают, будет сложно. Мы надеемся сделать это, состыковывая каждый хит(18924) с каждой структурой белка(5363).

Главное преимущество, которое мы имеем перед проекту GFAM, состоит в том, что мы ЗНАЕМ, что соединения которые мы используем, уже работают против малярии. Если мы выясним, какой белок они подавляют, то это откроет целую область исследований:
- что белок делает (биохимия)?
- на что это похоже (кристаллография рентгена)?
- мы можем найти лучшие ингибиторы (лекарственная химия)?
- или одного лидерство достаточно, что бы вылечить болезнь(клиническая фармакология)?

Основным недостатком является то, что мы никогда не сможем охватить весь протеом. Некоторые белки естественно не упорядочены и останутся непрозрачными к кристаллографии или моделированию. Но мы постараемся сделать лучшую попытку. У нас уже есть структуры(рентгеновские или моделированные) для 1426 из 5363 белков (26%), и мы будем продолжать делать моделирования более сложных белков. Если бы мы пробовали это только с одной частью соединений(1426), то мы имели бы шансы на успех 1:4. Но поскольку мы попробуем это почти 19 000 раз, у нас должны быть довольно хорошие шансы на успех.

Я был бы рад, если бы нам удалось найти хотя бы одну новую цель в борьбе с малярией, так как это может быть Ахиллесова пята для болезни и путем её излечения. Новые препараты, разработанные из этого проекта открытой науки, будут направлены на новые цели, для того что бы у паразита не было возможности адаптироваться к препаратам. Как и все лекарства, они также в конечном счете потерпят неудачу, но по крайней мере мы попытаемся найти новые препараты быстрее, чем паразит сможет развить сопротивление. Борьба продолжается...

Промежуточные результаты

(Show/Hide)

We have collected the experiments into groups, each aimed at a separate paper to be submitted to an open-access journal in the near future.
A - Docking of MalariaBox compounds against the P. fal. proteome (MMV_400) - Exp=A,Ap,1p,2p,4p,6p
B - Using vHTS to find the malarial targets of repurposed drugs (NPC) - Exp=8p-11p
C - FightMalaria@Home – using vHTS to find targets for hit compounds (MMV_full) - Exp=B,Bp,3p,5p,7p,12p-15p
D - FightMalaria@Home update – the effect of flexible active sites on vHTS (all) - Exp=16p-44p
E - Using BOINC to identify novel antimalarial compounds (ZINC, CycloPs) - Exp=45p-47p

Progress report - over 20 million results so far:
A - 61% - 1,328,976 results
B - 60% - 9,002,545 results
C - 7% - 10,111,084 results
D - 0%
E - 0%

20,442,605 results in total!

Progress has slowed as we're now docking larger molecules with more rotatable bonds. (2 Oct 2012)
-
This is lower than previous % completions as we've added 950 models (18% of the proteome) to the list of receptors we're searching against. We now cover 44% of the proteome in 3D, which is quite substantial. (30 Nov 2012)

[LSA]

15 Hardware Canucks 2 5,769 243,714 Canada Computer type
16 Team Starfire World BOINC 3 4,842 243,258 International None
17 Ukraine 12 9,220 243,164 Ukraine National
гарно пливем

[Bel]

Уже на 15 месте!

[Bel]

We have collected the experiments into groups, each aimed at a separate paper to be submitted to an open-access journal in the near future.
A - Docking of MalariaBox compounds against the P. fal. proteome (MMV_400) - Exp=A,Ap,1p,2p,4p,6p
B - Using vHTS to find the malarial targets of repurposed drugs (NPC) - Exp=8p-11p
C - FightMalaria@Home – using vHTS to find targets for hit compounds (MMV_full) - Exp=B,Bp,3p,5p,7p,12p-15p
D - FightMalaria@Home update – the effect of flexible active sites on vHTS (all) - Exp=16p-44p
E - Using BOINC to identify novel antimalarial compounds (ZINC, CycloPs) - Exp=45p-47p

We have over 4 million results thus far, and % completion is as follows:
A - 78%
B - 20%
C - 1%
D - 0%
E - 0%

Progress has slowed as we're now docking larger molecules with more rotatable bonds.

[Rilian]

інтересно!

если бы я не боролся с малярией на ВЦГ, то я бы подключился сюда

[Bel]

Fight Malaria @ Home - interview with Dr Ant Chubb and Kevin O'Brien

[Bel]

Команда на 13 месте!
Polish National Team - единоличные лидеры проекта. Сливают просто фантастически, как для такого проекта, порядка ~ 1-2 млн. очей в день.
Сервер уже почистили, задания стали поступать. LSA, Woldemar Olesk, go закранчивать проект обратно и тянуть команду на высшие позиции!

[re_SET]

Ну я спецом один фен пока выделю...

[Bel]

Hi everyone,
We are currently working on a new credit system which will ensure that everyone is awarded a fair amount of credit. The current system is failing as some users are receiving far more credits than others for the same amount of work.

To fix this we will predefine the amount of credit for each workunit. The amount will be based on a multiple regression of previous results from my own trusted hosts. It will likely be ready early next week.
Thanks to everyone who has pointed out these problems.
Kevin
------------
Работают сейчас над новой системой начисления очей...

[wolka]

Команда на 13 месте!
Polish National Team - единоличные лидеры проекта. Сливают просто фантастически, как для такого проекта, порядка ~ 1-2 млн. очей в день.
Сервер уже почистили, задания стали поступать. LSA, Woldemar Olesk, go закранчивать проект обратно и тянуть команду на высшие позиции!

Были и на 12-й позии, но круглосуточная работа меня укатала.

был бы клиент под солярис и спарки, я бы укатал всех )

[Bel]

Вчера прекратили выдачу заданий. Временно! Обещают скоро запустить сервер.

[Bel]

Сервер работает. Есть задания.
-----------------------------------------------------
"Мы вернулись в онлайн. Теперь, мы используем дополнительный сервер для базы данных результатов, который должен повысить производительность основного сервера."

[Bel]

Progress report - over 20 million results so far:
A - 61% - 1,328,976 results
B - 60% - 9,002,545 results
C - 7% - 10,111,084 results
D - 0%
E - 0%

20,442,605 results in total!

This is lower than previous % completions as we've added 950 models (18% of the proteome) to the list of receptors we're searching against. We now cover 44% of the proteome in 3D, which is quite substantial.

[Bel]

В течении ближайших 5 дней, админы попытаются прикрутить счётчик процента завершения проекта.

[tiss]

Ну как - прикрутили? Мне заданий хватит на первое место выйти?

[Bel]

tiss, пока еще не прикрутили. Ждемс...
В среднем на серваке находится готовых к отправке ~ 55 000 вью. В обработке находится в среднем ~ 170 000 - 180 000. Выгребай что есть
-----
Из новостей: сейчас считается эксперимент №5 из этого списка http://www.fight-malaria.org/index.php?opt...d=99&Itemid=108. Таблица будет обновлятся в ходе дальнейших исследований. Появилась некоторая избыточность в рассчетах, поэтому о финише говорить пока рано. Также Кевин(один из организаторов проекта) сообщает, что уже скоро можно будет ожидать первый промежуточный доклад о результатах проделанной работы.