Docking@home, Изучаем механизм взаемодействия лиганда с белком Налаштування

[nikelong]

Проект "Docking@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
  
• Статус серверов проекта

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 30.06.2008 Капитан - (_KoDAk_)
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://docking.cis.udel.edu/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:
Docking@home - совместный проект, который стремится решить проблемы как информатики, так и биологической науки. С точки зрения биологической науки, целью проекта является дальнейшее расширение знаний об атомных деталях взаимодействий лиганда белка и, изучая это, возможные поиски и открытие новых фармацевтических препаратов. С точки зрения информатики, этот проект стремится расширить круг добровольных вычислений, чтобы помочь адаптивному моделированию мультимасштабных приложений: различные модели, которые представляют природные явления с различным уровнем точности и требований к ресурсам, будут выбраны для выполнения, основанного на результатах, разработанных пока для характеристик комплекса лиганда белка. Docking@home вовлекает сотрудничество среди Университета Техаса - Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии - Беркли и включен BOINC. Docking@home - часть проекта DAPLDS (или Динамически Адаптивный проект Системы Стыковки Лиганда белка) и поддержан Национальным Фондом Науки (национальный научный фонд).



Docking@Home привлекает к сотрудничеству Университет Техаса – Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии – Беркли и использует для вычислений программное обеспечение с открытым исходным кодом – BOINC. Docking@Home – часть проекта DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project или Динамически Адаптивный проект Системы Взаимодействия Белок-Лиганд) и поддержан Национальным Научным Фондом США (National Science Foundation).

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://www.boinc-af.org/content/view/245/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Dockingathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Docking%40home/en

http://www.polarseti.ru/page.php?23

https://distributed.ru/wiki/pro:docking

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 18 2010, 19:59

[Rilian]

Bel, почему не вызывает?

автодок используется в ОЧЕНЬ большом кол-ве проектов

[Bel]

Bel, почему не вызывает?

автодок используется в ОЧЕНЬ большом кол-ве проектов

К Autodock претензий нет
К примеру уже 3 года раздел история проекта не ведется. http://docking.cis.udel.edu/about/project/history.php.
Значимых достижений пока не замечено.

[Rilian]

ну докинг никогда насколько я помню не отличался скоростью постинга новостей ...... А вообще проект полезный!

[Rilian]

Abort 0% progress
October 11, 2012 13:11 EST

Due to the problem with the space in D@H some workunits were sent with an incomplete input file and are not progressing. Please abort workunits with 0% progress. We are so sorry for the inconvenience!!

Админ проекта сказал все задания которые не могут посчитаться - Аборт.

[Bel]

Добро пожаловать в команду!
Хотелось бы узнать, как услышали о РВ?

[Bel]

=) Кстати, пользуясь случаем, хочу сагитировать за проект https://distributed.org.ua/forum/index.php?...opic=5227&st=30. Или WCG на выбор.

[Bel]

Дякую за запрошення. Проте виникли сумніви щодо фундаментальності даних обчислювань.
Фармацептичний бізнес є 3-ий у рангу прибутковості в світі. Чи не занадто їм буде задля розрахунку дії нових препаратів використовувати волонтерські потужності?

Поправка. Сейчас "они" используют выч. мощности вообще для обнаружения "того"(лиганд белка, или определенной третичной структуры и т.д.) из чего в дальнейшем можно будет синтезировать препарат для лечения определенной заразы. Тестированием потенциальных препаратов, занимаются уже мед. организации и лаборатории, после определения нужных кандитатов. Как поведет себя препарат на испытаниях уже не зависит от кранчеров.
Теперь пример: Проект WCG за текущий год имел мощность приблизительно 300-350TFlops. Если откинуть полтора последние месяца, когда начали использоваться GPU в расчетах. Это учитывая что за это время досчиталось только несколько проектов - C4SW, HCMD! CFSW посчитали полностью с нуля, и HFCC постоянно подкидывают новые этапы, после успешно просчитанных) Если прикинуть с ценами на облачных ресурсах, то можно охуеть сколько понадобится бабла для аренды n-ого количества серверов общей мощностью хотя бы 300 Трфлоп, на 1 год. Один сервер на 32 ядра по США в среднем стоит 500$ в месяц. http://nkvd.pro/servers/usa/

[Rilian]

Ламер, дело не в скидке и цене, а в существовании лекарств. Когда они тебе понадобятся ты бы предпочел чтобы они существовали, по любой цене, не так ли?

[Rilian]

Ламер, щяс те лекарства дорогие. позже когда технология будет доступна всем (а это кстати одна из особенностей РВ - ты можешь самостоятельно изучать результаты и делать лекарства) они будут дешевыми и доступными

Уже сейчас можно по почте получить разные белки и образцы ДНК, 20 лет назад такое не снилось самым лучшим лабораториям

[vadik_ua]

Перестали приходити нові завдання:

05.12.2013 11:30:35 | Docking | update requested by user
05.12.2013 11:30:36 | Docking | Sending scheduler request: Requested by user.
05.12.2013 11:30:36 | Docking | Not requesting tasks: don't need
05.12.2013 11:30:39 | Docking | Scheduler request completed



Поки перейшов на WCG.

UPD: Станом на 6 грудня знову пішли завдання.

[astronom2003]

Случайно наткнулся на такое :
April 07, 2014 17:05 EST
With a heavy heart, we are announcing the retirement of the Docking@Home project. Unfortunately, we no longer have the resources to maintain the project. Starting on April 30, 2014 Docking@Home will no longer be distributing new jobs but will continue to collect results. On May 23, 2014 the server will stop accepting results as the project enters retirement. We hope that you can use this time to point your workers to new VC projects. (here is a link to active BOINC projects).

Over the past 9 years we’ve had 98,512 Volunteers contribute computing power from 264,535 hosts. We have granted a total of 5,422,290,917 credits, which means our volunteers contributed roughly 159,398,584 Hours (18,196 years!) of computation. Back in Jan we made all of the result data public and we will keep that interface active. Thank you to everyone that made Docking@home a success over the years. It’s been fun! Please join us on the forums to share your best and worst story from the project.

Over the past few months we’ve been working on bringing the ExSciTecH project to life. We hope that you will join us in our adventure on this new project. Feel free to stop by the ExSciTecH forums and say “Hi”!.

Thanks for your support over the years!
The Docking@Home Team

Скрепя сердце, сообщаем о прекращении проекта Docking@Home. К сожалению, у нас нет достаточно ресурсов, чтобы дальше поддерживать проект. Начиная с 30 апреля 2014 Docking@Home больше не будет выдавать новые задания, но будет продолжать принимать результаты. 23-го мая 2014 сервер перестанет принимать результаты, т.к. проект будет завершен.
Ну и дальше перечисляют сколько было за время существования проекта мемберов, хостов и т.д.
Вобщем скоро проект в "Retired Projects"
Кто чего ещё считает - досчитывайте.

[Arbalet]

Ну и дальше перечисляют сколько было за время существования проекта мемберов, хостов и т.д.

А они там не написали, сколько полезных и перспективных лекарственных молекул нашли? Или развили какие-то новые способы докинга? Что полезного то добились?

[vadik_ua]

А они там не написали, сколько полезных и перспективных лекарственных молекул нашли? Или развили какие-то новые способы докинга? Что полезного то добились?

Похоже, особых достижений нет. Но хоть выложили для скачивания всем желающим базу данных лигандов, сгенерированных с помощью проекта.