TN-Grid Налаштування

[Rilian]

TN-Grid

TN-Grid is based at the Research Area of Trento of the National Research Council of Italy (CNR) and currently hosted by the University of Trento (UNITN).
The first project we host is:

gene@home, in collaboration with Fondazione Edmund Mach (FEM) and the Department of Information Engineering and Computer Science (DISI) of UNITN. http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php - тут написано про всі задачі

http://gene.disi.unitn.it/test/team_display.php?teamid=32 - сторінка команди Ukraine

Це платформа для хостінгу інших проектів але за весь час вони обробляли тільки один проект gene@home

[Rilian]

New experiment on Spinal muscular atrophy (SMA) from Mus musculus
We just started two experiments (gene expansion) on two different datasets (rnaseq, riboseq). There will be a total of about 140k workunits (2x tasks), each one relatively fast, distributed in batches.
If interested please follow the discussion here: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=384


--


сьогодні в проекті було близько 3500 завдань

ще рахуються, тому в вас є шанс перехватити помилкові або вбиті в когось

Обіцяють в майбутньому ще завдань

[Rilian]

знов є WU

[Rilian]

martina
Project scientist
19 Apr 2024, 12:59:32 UTC

Hello, again! We are still processing results from the previous expansion.. In the meanwhile, new sets are going to be expanded, also from data obtained in the disease condition, to compare gene network expansion on the transcriptome and on the translatome in the disease context.

[Rilian]

http://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php

M. musculus 'OneGenE' (RIBOSEQ_SMA dataset) завершено на 92%

з'явилось 3 нових підпроекта, в кожному по 7892 таска:

M. musculus 'OneGenE' (RIBOSEQ_WT dataset)
M. musculus 'OneGenE' (RNASEQ_SMA dataset)
M. musculus 'OneGenE' (RNASEQ_WT dataset)

[Rilian]

http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=394

Just a ping to state that the project is alive and running.
The last year I was way too optimistic in forecasting that a big new experiment would have started soon. I was wrong, in the last months just a handful of workunits were distributed. Anyway, even in this strange and hot summer, the scientists are working, and the project is making progress, although we cannot say when new job will be available.
BTW, if you want to check something we did recently, although still in beta stage, just go to https://onegene-causality-weaver.disi.unitn.it/

Просто пінг, щоб підтвердити, що проект живий і працює.

Минулого року я був надто оптимістичним, прогнозуючи, що незабаром розпочнеться новий великий експеримент. Я помилявся, за останні місяці було роздано лише декілька робочих одиниць. У будь-якому разі, навіть у це дивне та спекотне літо вчені працюють, і проект просувається, хоча ми не можемо сказати, коли з’явиться нова робота.

До речі, якщо ви хочете перевірити те, що ми зробили нещодавно, хоча все ще на стадії бета-тестування, просто перейдіть на сторінку https://onegene-causality-weaver.disi.unitn.it/

The service aims to show the results of OneGenE researches on two main fields: Vitis and Human.

The OneGenE Causality Weaver is a web server that allows dissecting genome-wide causal relationships. As input, users select a set of genes of interest (the seeders of the network) and define the threshold of relative frequency. The resulting network is a graph where vertices correspond to genes and edges correspond to Pearson’s correlations (undirected graph) and OneGene Relative Frequency causal associations (directed graph).

Сервіс має на меті показати результати досліджень OneGenE у двох основних областях: Vitis і Human.

OneGenE Causality Weaver — це веб-сервер, який дозволяє аналізувати причинно-наслідкові зв’язки по всьому геному. Як вхідні дані користувачі вибирають набір цікавих генів (засівники мережі) і визначають поріг відносної частоти. Отримана мережа є графом, де вершини відповідають генам, а ребра відповідають кореляції Пірсона (неорієнтований граф) і причинно-наслідковим асоціаціям OneGene Relative Frequency (орієнтований граф).