MolDynGrid, Virtual Laboratory Налаштування

[Alien]

MolDynGrid Virtual Laboratory

Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування.
http://moldyngrid.org

публикации 2010 года:

(Show/Hide)

1. А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.
2. А.О.Сальников, О.О.Судаков, О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MolDynGrid ДЛЯ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІОПОЛІМЕРІВ.
Медична інформатика та інженерія - Т. 3, № 1, c.24 - 32, (2010).
3. S.O. Yesylevskyy, O.V. Savytskyi, K.A. Odynets, A.I. Kornelyuk.
"Interdomain compactization in human tyrosyl-tRNA synthetase studied by the hierarchical rotations technique".
Submitted to Biophys. Chem.
4. O. Savytskyi, R. Nikolaenko and A. Kornelyuk,
"Molecular dynamics simulation of mutant tyrosyl-tRNA synthetase accociated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy reveals the stabilization of enzyme dimer interface,"
Proceedings of Workshop Physical Chemistry of Biointerfaces, CIC biomaGUNE, 19-24 July 2010, Donostia - San Sebastian, Spain, p. 21.
5. Корнелюк О.І.
ГРІД-ТЕХНОЛОГІЇ І КОМП’ЮТЕРНИЙ ДИЗАЙН НОВИХ ЛІКАРСЬКИХ ПРЕПАРАТІВ.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.151.
6. О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ПІДВИЩЕННЯ ЕФЕКТИВНОСТІ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІЛКІВ В ГРІД-СЕРЕДОВИЩІ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MOLDYNGRID.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.152.
7. Є.А. Слюсар, Ю.В. Бойко.
Підсистема зберігання даних у відкритій інтероперабельній грід-інфраструктурі для біомедичних досліджень.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.153.
8. А.О. Сальніков, Ю.В. Бойко.
Методики інтеграції віртуальної лабораторії MolDynGrid в грід-інфраструктуру НАН України.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.154.

публикации 2009 года:

(Show/Hide)

9. А.О. Сальніков, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ З ВЕЛИКИМИ ОБ'ЄМАМИ ДАНИХ В ГРІД.
Медична інформатика та інженерія - Т. 1, № 3, c.22-30 (2009).
10. A.O. Salnikov, I.A. Sliusar, O.O. Sudakov, O.V. Savytskyi, A.I. Kornelyuk.
MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure.
Proceedings of the 5-th IEEE Workshop IDAACS 2009, 21-23 September 2009, Rende (Cosenza), Italy, pp. 237-240.

(Show/Hide)

[Alien]

То есть военные также считают докинг (в своих добрых целях) ?

не понимаю что могут считать военные кроме оружия? не лекарство же от гриппа?

еще раз повторю, что я не знаю чтоб кто-то из военных считал докинг, но это вполне вероятно, особенно зарубежом. И как правило не военные считают, а делают заказ в НИИ, по какому-то направлению, а вся мозаика исследований уже может находится у тех же военных, как у заказчиков.
Хотя стоит заметить, что специалистов достаточно мало в направлении докинга, тем более в нашей стране. Причин несколько, сложновато оствоить химикам\физикам\биологам комьютерные\информационные технологии + нужны большие мощностя, чтоб обработать базу данных лигандов состоящая из 8 млн. структур. это нужно подобрать к хотя бы 50 рецепторам (целевой фермент).
Сложно уместить текст в пару строчек, при том что не знаю ваших знаний в этой области.. Возможно вы бы тезисно написали о том, что знаете\поняли, а я бы рассказал на базе этого весь процесс производства попорядку на понятном языке.

Tamagoch, лучше или удалить или перенести в другой топик. Будет неочень хорошо, если на непонятки с военными выйдут через MolDynGrid )

[Alien]

Привет всем.

Не хочется выделять в отдельную тему, хоть и было бы более логично.
Поскольку не получит большой популярности и касается нас непосредственно - выложу сюда.
Написана статья, коллегами зарубежом.
Хочется отметить, что Украина участвует в этом проекте, представляет ее 2 человека, оба сотрудники нашего отдела, включая меня. =)
Похвастаться научными результатами с ними пока не можем, недавно получили доступ, зато успели в статистику войти и Украину попипарить в престижной публикации.


P.S. Обращаю так же внимание, что главный автор статьи Nuno Loureiro-Ferreira, является участником нашей виртуальной лаборатории MolDynGrid.

Я́дерный магни́тный резона́нс (ЯМР) — резонансное поглощение электромагнитной энергии веществом, содержащим ядра с ненулевым спином во внешнем магнитном поле, обусловленное переориентацией магнитных моментов ядер

[Death]

дай ссылку на архив

[Alien]

могу дать тебе, но не для общественности пока ибо мне ее дали как участнику их лаборатории на комментарий перед печатью.
Пишите в ЛС.

[Alien]

Выложу пару видео своей 100 нс динамики фермента тирозил-тРНК синтетазы (контакт 2-го С-модуля с поверхностью 2х N-модулей) и его линкера (образование альфа-спирали).

[huangdi]

И на чем вся эта красота была посчитана? На теслах?

[Gelo]

И на чем вся эта красота была посчитана? На теслах?

в столбик

[Alien]

И на чем вся эта красота была посчитана? На теслах?

не, на ЦПУ. ГПУ пока нельзя использовать для серьезный расчетов (в моем случае)... Точнее ПО пока не дописано нормально. Вопрос времени.
Считалось месяц на 36 ядрах, при условии наличия инфинибенда. Такого типа траекторий у меня около 30 штук, уже частично проанализировал. Скоро статьи будут публиковаться.
Статистика большая, до этого считались по одной траектории до 10 нс. Распределенные вычисление решают много проблем.

[Alien]

У нас вышла новая статья

А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.
ftp://ftp.univ.kiev.ua/incoming/upload/Al...GRID_VL_CIS.rar

Часть публикаций я выложил за 2010 год в шапке темы. Постепенно буду пополнять, включая прошлые года.

[Death]

http://arxiv.org/find/all/1/all:+MOLDYNGRID/0/1/0/all/0/1

No matches were found for your search: all:MOLDYNGRID

а чо так?

[Alien]

наверное потому что журналы платные и бумажные.
в скопусе индексируется.

[Rilian]

Вы в таком участвуете ?

http://www.google.com/events/sciencefair/how.html

[Alien]

там вроде до 18 лет =(

[Rilian]

Alien, посмотри, возможно вам будет такое интересно

http://www.hpcwire.com/offthewire/DEGISCO-...-115283274.html

BUDAPEST, Feb. 4 -- The EU-funded DEGISCO project aimed at setting up Desktop Grids for International Scientific Collaboration, has released the first version of a Desktop Grids for eScience Road Map on January 31, 2011.

The document, produced for the International Desktop Grid Federation (IDGF) is comprised of two parts. The first part constitutes a bird view of all the relevant topics to be considered when setting up a Desktop Grid infrastructure. This management part is addressed to political stakeholders and the general public. The second part offers a detailed and step-by-step description in five chapters of all the challenges and issues to be solved including relevant links to background information and practical examples. This technical part is aimed at Desktop Grid operators, scientific users, the academic user community, legal experts, and volunteer computing organisations.

DEGISCO is a two-year project that was launched on June 1, 2010. The main objective is to expand European Distributed Computing Infrastructures into ICPC countries by supporting the creation of new Desktop Grids for e-Science in those countries and in Europe and by interconnecting them using the EDGeS bridge technology. DEGISCO will support applications on this expanded infrastructure, and disseminate, promote and provide training about this expanded infrastructure and its usage.

One of the dissemination tasks in the project is the production of a Road Map for parties that want to set up a Desktop Grid infrastructure. The newly issued first version of this Road Map will serve as a basis for a consultation round among the interested parties and stakeholders. The DEGISCO project partners expect to collect a large amount of useful feedback through the answers to the questions of the survey that accompanies the first Road Map version. This will help the project team to produce a revised second version of the Road Map by June 2011. As such, the Road Map document should be seen as a process that will amount to a real guide for setting up a Desktop Grid infrastructure in a diverse range of environments.

The chosen procedure will guarantee that all stakeholders and interested parties are continuously and actively involved in the evolution of the DEGISCO Road Map process. The interaction between the Road Map editors and readers will provide a fruitful basis for permanent collaboration in order to create a realistic and comprehensive guide for Desktop Grid Computing to help eScience. The ultimate goal indeed is to support eScience research and projects with a sustainable, economic, high-performance but environment-friendly computing infrastructure.

About DEGISCO

The DEGISCO project is a European project led by MTA SZTAKI. DEGISCO is supported by a Grant from the European Commission's FP7 IST Capacities Programme under grant agreement RI-261561.

-----

Source: DEGISCO

[Alien]

Rilian, пока что малоактуально, но спасибо.

Вышла в свет наша первая научная публикация в хорошем журнале (Biophysical Chemistry, Impact Factor: 2.276 ).
Имеется ввиду биоинформатика используя молдингрид.
ftp://ftp.univ.kiev.ua/incoming/upload/Al...s_technique.pdf

Сейчас пишем продолжение, исследование методом мол. динамики в громаксе.