Rosetta@home, проектирование новых белков |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Rosetta@home, проектирование новых белков |
Dimych |
May 29 2007, 12:12
Пост
#1
|
Так, я створив профіль! Група: New Members Повідомлень: 2 З нами з: 29-May 07 Користувач №: 522 Стать: Чол |
Проект "Rosetta@home" ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Официальный сайт Официальная статистика по команде "Ukraine" ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- BOINC 6 Versions Change Log ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua Чтобы подключиться: 0) установите BOINC 1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\ 2) в файл поместите текст CODE <account> <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url> <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator> <project_name>rosetta@home</project_name> </account> 3) перезагрузите BOINC ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Описание проекта: Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote] взято отсюда PROMO VIDEO new! Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день. Для этого: 1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project 2. выберите Target CPU run time = 1 day 3. нажмите Update 4. откройте БОИНК менеджер 5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View 6. выберите первую вкладку 7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева 8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию) Статья в журнале LiveScience.com Мини FAQ Исследование болезней Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ? Rosetta@Home FAQ Описание структур и методов моделирования белков Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений Реферат по Росетте Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) Марка по теме проекта: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12 |
Asket |
May 10 2014, 11:12
Пост
#241
|
Трохи обжився Група: Trusted Members Повідомлень: 27 З нами з: 25-June 13 Користувач №: 3 256 Стать: bot |
Rilian, понял, спасибо.
-------------------- (Show/Hide) |
Arbalet |
Jan 9 2015, 17:31
Пост
#242
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Изложили краткие результаты эксперимента CASP11, считают его успешным, благодарят участников за неоценимую помощь в исследованиях и поздравляют с Новым Годом.
-------------------- (Show/Hide) |
Arbalet |
Mar 24 2015, 23:25
Пост
#243
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Поделились видео с выступлением Дэвида Бейкера (руководитель проекта) на съезде Американской ассоциации содействия развитию науки (American Association for the Advancement of Science - AAAS), где он рассказывает об исследованиях в своей лаборатории и в проекте.
-------------------- (Show/Hide) |
Arbalet |
Sep 8 2016, 00:27
Пост
#244
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
А вы вообще в курсе, что в Rosetta@home достигли больших результатов в проектировании белковых структур? Говорят чуть ли не о революции в фолдинге белков! Обложка журнала Science во весь разворот посвящена этому событию Надо переводом заняться
-------------------- (Show/Hide) |
Rilian |
Sep 14 2016, 23:31
Пост
#245
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Не в курсе) Присылай ссылки на любом языке!
-------------------- |
langolierra |
Nov 3 2016, 12:01
Пост
#246
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 4 З нами з: 4-October 07 Користувач №: 588 Стать: Чол |
Пишуть, що программа достатньо точно обчислює лише малі білки у яких менше 100 амінокислот в ланцюжку. З більшими не все так просто і засновник, наскільки я зрозумів, сумнівається чи взагалі можливо . http://www.sciencemag.org/news/2016/07/pro...s-and-materials
-------------------- |
gladiator_maximus |
Mar 23 2020, 08:37
Пост
#247
|
Все буде Україна! Група: Moderators Повідомлень: 1 010 З нами з: 29-January 10 З: 47°52'N,35°03'E Користувач №: 1 284 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ЦП-AMD FX 8300 3.6 GHz, ГП-Radeon RX 480 4 Gb; ОЗУ- DDR3 24 GB (1600MHz); SSD Iridium 256 Gb; HDD- Toshiba 2Tb+4Tb; / Intel® Xeon® CPU E5-2640 2.80GHz/16Gb DDR3 1333/RX 480 8 Gb/SSD 120 Gb |
-------------------- |
ale4316 |
Mar 26 2020, 11:25
Пост
#248
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 316 З нами з: 30-September 15 З: Ромни Користувач №: 3 554 Стать: Чол Парк машин: AMD 486 dx4 100 |
Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.
|
dimus8210 |
Mar 26 2020, 13:55
Пост
#249
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 699 З нами з: 24-November 13 З: Київ Користувач №: 3 348 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Ryzen 5900X, 32Gb озу, RTX3060, Ubuntu 20.04; E5-2680x2, 32Gb озу, GT1030, Ubuntu 20.04 |
Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание. не звернув увагу що мізків жере 1.5Гб, в результаті повісило систему наглухо вижравши всі 16Гб при 16 потоках, довелось виставити 50% цп. на 2-х xeon 2680 боюсь запускати бо озу 12Гб, будуть ядра простоювати. треба розкошелитись хоча б на 32Гб, блін -------------------- Science knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is the torch which illuminates the world. Science is the highest personification of the nation because that nation will remain the first which carries the furthest the works of thought and intelligence. Louis Pasteur
|
Arbalet |
Mar 26 2020, 14:20
Пост
#250
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание. Переключаю ЦПУ на Розетку, все равно F@h какие-то левые проекты в основном гонит на проце. -------------------- (Show/Hide) |
5erg |
Mar 28 2020, 09:21
Пост
#251
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 11 З нами з: 1-June 12 З: Киев Користувач №: 3 037 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 2*XEON E5-2660, Phenom II X6 1090T, Phenom II X3, 2xPhenom II X6 1075T. |
Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание. не звернув увагу що мізків жере 1.5Гб, в результаті повісило систему наглухо вижравши всі 16Гб при 16 потоках, довелось виставити 50% цп. на 2-х xeon 2680 боюсь запускати бо озу 12Гб, будуть ядра простоювати. треба розкошелитись хоча б на 32Гб, блін Давай я с оперативкой помогу? drop_table_password в телеге |
Arbalet |
Apr 3 2020, 13:40
Пост
#252
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Розетта здорового человека:
(Show/Hide) -------------------- (Show/Hide) |
gladiator_maximus |
Apr 3 2020, 13:55
Пост
#253
|
Все буде Україна! Група: Moderators Повідомлень: 1 010 З нами з: 29-January 10 З: 47°52'N,35°03'E Користувач №: 1 284 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ЦП-AMD FX 8300 3.6 GHz, ГП-Radeon RX 480 4 Gb; ОЗУ- DDR3 24 GB (1600MHz); SSD Iridium 256 Gb; HDD- Toshiba 2Tb+4Tb; / Intel® Xeon® CPU E5-2640 2.80GHz/16Gb DDR3 1333/RX 480 8 Gb/SSD 120 Gb |
В связи с недавней вспышкой COVID-19 R@h использовался для прогнозирования структуры белков, важных для заболевания, а также для производства новых стабильных мини-белков, которые можно использовать в качестве потенциальной терапии и диагностики, таких как показанный выше, который связан с частью белка шипа COVID-19. Чтобы помочь нашим исследованиям, мы рады объявить о новом обновлении приложения, и благодаря помощи сообщества разработчиков Arm, включая Рекса Сент-Джона, Дмитрия Москальчука, Дэвида Тишлера, Ллойда Уоттса и Сахаджарупа, мы рады также включить платформу Linux-ARM. В этом обновлении мы продолжим делать белковые связующие для COVID-19 и связанных с ними задания с использованием новейшего источника Rosetta. Спасибо волонтерам R@h за постоянную поддержку этого проекта. Часы вашего процессора используются не только для точного моделирования структур важных белков, но и для разработки новых. Давайте объединимся и сразимся с COVID-19! Основным способом взаимодействия белков друг с другом является прилипание друг к другу. Как вы могли видеть из графического приложения R@h, белки бывают разных форм и размеров. По этой причине большинство белков не прилипают случайным образом друг к другу, а скорее прилипают очень специфично к горстке других белков. Например, вирусный спайковый белок COVID-19 прилипает к человеческому белку ACE2, благодаря которому вирус попадает в клетку. IPD усердно работает над улучшением способности создавать такие связывающие взаимодействия. Этот процесс начинается с создания набора каркасных белков, которые не имеют иной цели, кроме точного сворачивания в атомную структуру. Эти строительные леса затем закрепляются на целевом белке, представляющем интерес, и их поверхности предназначены для идеального дополнения цели. Наконец, проекты оцениваются, фильтруются и тестируются на связывание в лаборатории. Теперь мы будем использовать R@h, чтобы выполнить этап проектирования поверхности. Стыковка и фильтрация выполняются быстро, но на самом деле разработка белка происходит медленно. Мы будем использовать огромное количество вычислительной мощности, доступной на R@h, для выборки каждой аминокислоты в каждой позиции на границе раздела. Затем мы выберем лучшие комбинации аминокислот с использованием имитации отжига и Монте-Карло. Выборка является ключевой для этого процесса, и поэтому мы обращаемся к R@h. Итак, присоединяйтесь к нам в ближайшие недели, когда мы создадим связующие вещества для COVID-19 и родственных белков. Мы все еще будем делать предсказание структуры и проектирование скаффолдов, поскольку они также крайне важны для белковой науки. Но обратите внимание на случаи разработки интерфейса, потому что кто-то может разрабатывать следующее лекарство от COVID-19. И, надеюсь, вы останетесь, как только пандемия закончится. Мы можем создавать такие связующие только потому, что много лет работали над этой проблемой. Впрочем, впереди еще долгий путь. Совершенствование науки требует времени и вычислений, поэтому мы надеемся, что вы присоединитесь к нам в этой увлекательной поездке. - Брайан Ковентри -------------------- |
dimus8210 |
Apr 7 2020, 21:40
Пост
#254
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 699 З нами з: 24-November 13 З: Київ Користувач №: 3 348 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Ryzen 5900X, 32Gb озу, RTX3060, Ubuntu 20.04; E5-2680x2, 32Gb озу, GT1030, Ubuntu 20.04 |
вже деякі завдання з'їдають по 2.3Гб оп
-------------------- Science knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is the torch which illuminates the world. Science is the highest personification of the nation because that nation will remain the first which carries the furthest the works of thought and intelligence. Louis Pasteur
|
Dmitro |
Apr 24 2020, 21:45
Пост
#255
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 39 З нами з: 28-October 08 З: Харьков Користувач №: 857 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Были всякие Годзилы в команде, но и Титаны заглядывают.
Лям в сутки https://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_use...p?userid=191322 http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_mem...y=expavg_credit Це повідомлення відредагував Dmitro: Apr 24 2020, 21:59 -------------------- F@H e5440/8GB/2x1063+p106-090
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 14th June 2024 - 16:57 |