![]() |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
![]() |
Alien |
![]()
Пост
#1
|
![]() Разработчик MolDynGrid ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb ![]() |
Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?
-------------------- |
![]() ![]() |
Death |
![]()
Пост
#91
|
![]() <script ///> ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com ![]() |
боинк это не кластер и не грид.
рассчитывайте 1 юзер - 1 задание. рассчитывайте на то, что 50% юзеров посчитают одно задание, отправят результат на сервер и больше никогда не вернутся. исходя из этого и надо делать проект. я не в курсе как считается динамика для таких процессов. может быть надо считать статику - один юзер щитает при т=0, Т=100 градусов, второй т=0.1 мс, Т=100 градусов и теде, а потом сервер уже склеивает эти "картинки" и получается "фильм". как-то так... -------------------- |
Alien |
![]()
Пост
#92
|
![]() Разработчик MolDynGrid ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb ![]() |
хеллоу ребята, мне удалось запустить проект в громаксе на ГПУ Тесла 1060.
Я получил доступ на полигоне МГУ, кластер у них очень большой.. Так что благодарю их за возможность протестировать проект. Очень долго этого ждал ибо годами были проблемы с запуском.. То было мало памяти на видеокарте, то еще что-то.. В общем с моими настройками параметров симуляции, у меня получился прирост в 6 раз больше, чем одно ядро AMD Opteron™ 270 2GHz процессора. Как бы я ожидал большего, но все зависит от параметров.. собственно на сайте нвидиа это заметно, при использовании разных алгоритмов расчета для параллелизации. ![]() ![]() Death, все верно, но тут Algon сделал классное предложение. исходя из того чтоб жизнь задачи было около двух суток, значит нужно просто одно длинное время поделить на много маленьких кусочков, а потом сшить в одну траекторию. да, разные температурные режимы нас тоже интересуют... а так же определение энергетического ландшафта свободной энергии Гиббса, для чего необходимо запускать много реплик. Собственно вся разница лишь в подготовке проекта и боинк особо для них адаптировать не придеться.. -------------------- |
Alien |
![]()
Пост
#93
|
![]() Разработчик MolDynGrid ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb ![]() |
на самом деле можно начать с простых вещей и программ.. которые немение актуальны.
мне кажется когда получим маленькую победу, более сложная проблема с громаксом сможет активней решаться. к примеру, как уже писал есть программа Modeller - http://www.salilab.org/modeller/download_installation.html чуть позже могу расписать как и что нужно сделать, с примерами. Это тот случай когда для одгой структуры нужно лишь одно ядро и расчет модели происходит за минуту. С боинком можно получить сотни тысяч структур и отобрать при этом лучшую. -------------------- |
Algon |
![]()
Пост
#94
|
![]() Ambulance ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 878 З нами з: 11-November 08 З: Бердянск, СИЗО ГУВД :) Користувач №: 862 Стать: Чол Парк машин: QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420. ![]() |
Извиняюсь за длительное отсутствие, навалилась куча работы
![]() Запустил сборку openmpi-1.4.2, потом займусь Gromacs-MPI. Если все пройдет без ошибок, ближе к вечеру запущу пробный расчет. Кластер стоит наготове ![]() To Alien: нужно ли попытаться собрать GROMACS Double-Precision With OpenMPI? Или вы его не используете? To Rilian: Возможна сборка всех этих пакетов под OSX, сможешь попробовать при возможности? -------------------- (Show/Hide) |
Alien |
![]()
Пост
#95
|
![]() Разработчик MolDynGrid ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb ![]() |
хэллоу,
ничего страшного, что задержался.. Double-Precision мы не используем, хотя бывали редкие случаи, когда двойная математическая точность спасала от проблем в нестабильных расчетах. 64 битная ОС и компиляции, наверное компенсирует.. -------------------- |
Algon |
![]()
Пост
#96
|
![]() Ambulance ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 878 З нами з: 11-November 08 З: Бердянск, СИЗО ГУВД :) Користувач №: 862 Стать: Чол Парк машин: QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420. ![]() |
Пока результаты негативные, похоже начались настоящие проблемы
![]() Буду по возможности ковыряться дальше, рано или поздно что-нибудь получится. Может действительно имеет смысл пока переключиться на Modeller, поскольку он обещает более быстрое получение результатов в виде рабочего модуля? А затем можно будет и Gromacs довести. -------------------- (Show/Hide) |
Alien |
![]()
Пост
#97
|
![]() Разработчик MolDynGrid ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb ![]() |
давай с моделлера...
самое главное что теперь однозначно знаем какие проблемы у громакса и пути их решения.. а после тестов с гпу, я понять не могу что там F@H считает, с такими ограничениями)) все надежды на выход 4.5 громакса, с нативной поддержкой гпу. чуть позже напишу список того, что нужно. -------------------- |
Alien |
![]()
Пост
#98
|
![]() Разработчик MolDynGrid ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb ![]() |
сорри, ребята..немного пропал.. готовился к выступлению на рабочем съезде по медицинской информатике, который прошел 23-26 июня..
еще сделаю пару отчетов и буду более свободен. -------------------- |
Rilian |
![]()
Пост
#99
|
![]() interstellar ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Team member Повідомлень: 16 995 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера ![]() |
Обязанности: организация диагностики пациентов, составление "карты здоровья", взаимодействие с медицинскими учреждениями, лабораториями диагностики, научно-исследовательскими центрами. В том числе, организация сотрудничества с исследовательскими группами работающими в области биоинформатики, драг-дизайна, математического и компьютерного моделирования биологических процессов, определения биомаркеров здоровья. В том числе c: www.23andme.com, www.rayandterry.com, www.google.com/health/
Требования: К.М.Н., 25-35 лет, энергичность, компетентность, знание английского. Резюме на почту: mi20022@ya.ru Зарплата 100000 рублей. http://m-batin.livejournal.com/68981.html ![]() ps: умный человек, подписывайтесь на rss ![]() -------------------- |
Alien |
![]()
Пост
#100
|
![]() Разработчик MolDynGrid ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb ![]() |
спасибо, пока в другое место устраиваться не хочу... сейчас планы на развитие науки в нашей стране..
-------------------- |
Finansist |
![]()
Пост
#101
|
Трохи обжився ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 18 З нами з: 12-December 11 Користувач №: 2 870 Стать: Чол Парк машин: Ноут AMD Athlon II x2 P340 ![]() |
Аж интересно, чем все закончилось?
ЗЫ: прочитал все от корки до корки, уж очень хочется понять окончание этого проекта. |
Alien |
![]()
Пост
#102
|
![]() Разработчик MolDynGrid ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb ![]() |
ничем))
нет человека который бы занялся техническим решением данной проблемы, адаптации боинка под данные задачи по аналогии других проектов (F@H, etc). -------------------- |
smilesvua |
![]()
Пост
#103
|
![]() кранчер з фермою ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 857 З нами з: 5-January 11 З: Львов Користувач №: 1 573 Стать: Чол Парк машин: Core i7 2600K@4.5/32gb/HD7950@1000 + MBP 13" 2015. ![]() |
Может выложить на относительно общедоступное обозрение проблему и коллективное бессознательное поможет?
-------------------- Все будет хорошо.
![]() ![]() ![]() |
![]() ![]() |
![]() |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 15th June 2024 - 03:32 |