Poem@home, Моделирование структуры белка |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Poem@home, Моделирование структуры белка |
nikelong |
Dec 25 2007, 18:59
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Проект "Poem@home" ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Официальный сайт Статистика по команде "Ukraine" Статистика на фришниках Статистика на фришниках по команде "Ukraine" ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Описание проекта: Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков. Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?" (Show/Hide) Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок (не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?" (Show/Hide) Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить? (Show/Hide) Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток, а также для того, чтобы проектировать новые белки. (Show/Hide) Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17 |
mysterix |
Aug 12 2012, 22:36
Пост
#271
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 52 З нами з: 12-July 07 З: Кривой Рог Користувач №: 555 Стать: Чол Парк машин: PIV 3ГГц (630), 3ГБ ОЗУ DDR2, ATI HD5450 512МБ DDR2 |
можно попробовать добавить что-нибудь типа gpu-grid, я на этом проекте 9600 спалил, причём чужую, причём на первом же задании; а мог бы на Poem поставить - уже тогда Nvidia нормально на нём шла...
|
Bel |
Aug 13 2012, 22:29
Пост
#272
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
News:
Hi again, just to avoid misunderstandings: As I said, the current simulations of Pentacene are useful for OLED development. These simulations are almost done now. The Gpucrystal application however was designed for multiple purposes, including biomechanical systems, for example Amyloid Fibrils. I can't give you a fixed date for such simulations, as this is a work in progress, but there will be GPU jobs with a medical background in the future. Additionally our CPU jobs are all protein simulations which benefit medical researches. Unfortunately the system sizes of these jobs are in a range where GPU porting is not worthwhile. Best regards Thomas --------------------- В двух словах о том, что сейчас считается на GPU. Конечно когда узнал, был немного удивлен Сейчас идет процесс моделирование кристаллизации Пентацена, который имеет неплохие шансы в будущем использоваться в OLED-дисплеях. Это моделирование почти завершено. Без указания точной даты сообщают, что в стадии разработки уже находятся проекты медицинского уклона на GPU. Ну а пока что только цпу занимаются предсказанием структуры белка. |
netphil |
Aug 14 2012, 09:31
Пост
#273
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 110 З нами з: 7-April 12 Користувач №: 2 992 Стать: Чол |
Bel,
откуда инфа? офигеть медицинский проект..... тобиш все что мы считаем это для ТВ и смартфонов....нет слов. Надо перебиратся на другой проект. |
Rilian |
Aug 14 2012, 11:39
Пост
#274
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 963 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Bel, ссылку на новость укажи. не могу найти
-------------------- |
Bel |
Aug 14 2012, 17:12
Пост
#275
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Вот топик форума. Хотя вижу Rilian уже выдает там на орехи всем.
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=794 |
x3mEn |
Aug 14 2012, 18:57
Пост
#276
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
В принципі все як завжди.
Всі проекти, що дають багато очок - або математичні - або криптографічні - або рахують біткоїни - або нібито медичні, але в дійсності рахують біткоїни - або нібито космічні, але в дійсності шукають, хто б ще міг порахувати біткоїни - або AI (non-CPU intensive). Але в дійсності слідкують за тим, чи ви рахуєте біткоїни -------------------- (Show/Hide) |
TyphooNick |
Aug 14 2012, 20:32
Пост
#277
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 297 З нами з: 9-October 09 Користувач №: 1 178 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ASUS M IX Code + Core i7-7700K @ 5.00GHz + 16GB DDR4 3733MHz CL17 + Castom Liquid Cooling Pentium G2020 @ 2.90GHz |
Извините, парни, но я завтра приостановлюсь маленько. Снова считать начну в пятницу вечером. Причина: смена видеокарты. Уже заказал MSI R7950 Twin Frozr 3GD5/OC (880/5200). Поиграю маленько с разгоном и буду считать.
-------------------- (Show/Hide) |
netphil |
Aug 14 2012, 20:48
Пост
#278
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 110 З нами з: 7-April 12 Користувач №: 2 992 Стать: Чол |
TyphooNick,
судя по форуму ПОЕМ есть проблемы с загрузкой на 90% ГПУ. я максимум достиг 76%.... |
x3mEn |
Aug 14 2012, 21:51
Пост
#279
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Миші плакали, кололись... і продовжували кранчити РОЕМ )))
-------------------- (Show/Hide) |
mysterix |
Aug 14 2012, 23:42
Пост
#280
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 52 З нами з: 12-July 07 З: Кривой Рог Користувач №: 555 Стать: Чол Парк машин: PIV 3ГГц (630), 3ГБ ОЗУ DDR2, ATI HD5450 512МБ DDR2 |
видимо, это от сбалансированности связки проц-память-гпу ещё зависит.У меня 5450 на P4
|
TyphooNick |
Aug 17 2012, 22:29
Пост
#281
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 297 З нами з: 9-October 09 Користувач №: 1 178 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ASUS M IX Code + Core i7-7700K @ 5.00GHz + 16GB DDR4 3733MHz CL17 + Castom Liquid Cooling Pentium G2020 @ 2.90GHz |
я максимум достиг 76%.... ...я тоже... Одним словом, парни, прикупил я карточку на 7950 граф. процессоре, но не MSI R7950 Twin Frozr 3GD5/OC, а MSI R7950 Twin Frozr 3GD5 V2/OC. Долго искал в сети, в чем же отличия второй версии от первой... Ничего не нашел. Даже сайт MSI такой не знает) Пришлось самому искать отличия. Короче так... Во-первых, частота ядра и там и там 880 мегагерц, во-вторых, память во второй версии не 5200, а 5000 мегагерц (не критично, так как при такой частоте и шине 384 бита, лишние 200 мегагерц - "до печки дверца"), третье - напряжение на граф. чипе не 1093 миливольта, а 1031, и последнее это то, что инженеры Микростара наконец то оптимизировали скорость вращения вентиляторов (немного снизили обороты без ущерба для температурного режима). Вот и все. Разогнал до 1060 мег при дефолтном напряжении - полная стабильность, после займусь более тонким оверклокингом. Температура в простое 36 град., в нагрузке выше 62 не видел. В Боинке - 58 град. при 76%))) загрузке. Считаю в 6 потоков (параметр=1,666). Шесть заданий на 1050 мегагерцах считает за 34 с половиной минуты. В результате за сутки теоретически должна выдать "на гора" 732 тысячи Боинко-попугаев. Думаю, что даже при 76% загрузки - результат более чем достойный. Тем более, что MSI R7950 Twin Frozr 3GD5/OC заганяют в обзорах до 1250 мегагерц на стоковом охлаждении. Ошибок нет)... Да, еще, использую новый ATI Catalist 12.8... netphil Если у тебя получилось раскрутить чип на 100%, подскажи, пожалуйста, как... -------------------- (Show/Hide) |
Rilian |
Aug 17 2012, 23:04
Пост
#282
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 963 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Короче на видяхах по ходу кранчятся какие-то углеводороды для ОЛЕД экранов. Никакой биологии тут нет
Подумайте нужно ли вам оно, помогать выпускать экраны для новых телефонов http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=794 -------------------- |
TyphooNick |
Aug 17 2012, 23:19
Пост
#283
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 297 З нами з: 9-October 09 Користувач №: 1 178 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ASUS M IX Code + Core i7-7700K @ 5.00GHz + 16GB DDR4 3733MHz CL17 + Castom Liquid Cooling Pentium G2020 @ 2.90GHz |
Rilian,
От нового телефона с хорошим экраном я бы не отказался) -------------------- (Show/Hide) |
netphil |
Aug 17 2012, 23:22
Пост
#284
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 110 З нами з: 7-April 12 Користувач №: 2 992 Стать: Чол |
Rilian,
да не очень поступают....если не определится ситуация я сваливаю. TyphooNick, недобился загрузки более 76%-77% поставил как у тебя 6 заданий посмотрим на утро как будет. (перед этим ставил 9 заданий) было около 50 мин/задание |
netphil |
Aug 18 2012, 11:17
Пост
#285
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 110 З нами з: 7-April 12 Користувач №: 2 992 Стать: Чол |
x3mEn,
Думаю врядли биткоины считают, т.к. такие задачи супер распаралеливаются, а тут......загрузка ГПУ не высокая та топовых картах..... Я пробывал ради интереса посчитать биткоины на своей 7970 - 100% загрузка ГПУ. |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 14th May 2024 - 07:09 |