Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 [intermittent], Поиска лекарств от лихорадки Денге и сопутствующих болезней
kornq
Feb 20 2010, 16:36
Пост #1


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 107
З нами з: 10-April 09
З: Киев
Користувач №: 991
Стать: Чол
Парк машин:
Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB



IPB Image (логотип не у нас!)

Поиск Лекарств от Лихорадки Денге, 2 фаза / Discovering Dengue Drugs - Together, Phase 2
17.02.2010

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gifО проекте

Организаторы системы распределенных вычислений World Community Grid объявили о начале проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2, в котором продолжится поиск новых лекарств от опасных заболеваний, вызываемых флавивирусами (Flaviviridae). Проект поддерживается Медицинским отделением Техасского университета (University of Texas Medical Branch, UTMB) в Галвестоне и Университетом Чикаго (University of Chicago) в Иллинойсе, США.

Проект призван обнаружить потенциальные лекарственные соединения, которые блокируют размножение в организме человека вирусов семейства Flaviviridae. К ним относятся вирусы, вызывающие такие опасные заболевания, как лихорадка Денге, желтая лихорадка, лихорадка Западного Нила, гепатит С и пр. Около 40% населения Земли проживают в регионах, где высока вероятность заразиться одним из перечисленных вирусов. Ежегодно более 1,5 млн людей лечат от лихорадки Денге. По некоторым оценкам, гепатитом С в мире заражено до 2% населения. Большой вред развивающимся странам наносят желтая лихорадка и лихорадка Западного Нила. К сожалению, эффективных препаратов для лечения этих заболеваний не существует, а паллиативная терапия обходится слишком дорого и при этом способна лишь ненамного снизить показатели летальности среди больных.

В рамках проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 ученые сделали ставку на поиск ингибиторов вирусной протеазы NS3.

QUOTE
Ингибиторами (лат. inhibere – сдерживать, останавливать) называют вещества, замедляющее или предотвращающее развитие какого-либо процесса или химической реакции.


Протеаза NS3 – фермент, играющий ключевую роль в репликации (размножении) вируса в организме человека. Последовательность аминокислот и атомная структура NS3 практически одинаковы для всех флавивирусов. К тому же строение протеазы прекрасно известно, поэтому исследователи надеются с помощью вычислительных методов найти эффективные лекарственные средства – химические соединения, блокирующие работу NS3.

Ученые из UTMB и Чикагского университета уже обнаружили вещества, замедляющие в клеточных культурах работу протеазы вирусов, вызывающих лихорадки Денге и Западного Нила. Однако необходим дополнительный поиск перспективных лекарственных средств, к которым флавивирусы имеют минимальную резистентность. В этом вопросе ученые активно сотрудничают с сообществом World Community Grid, многотысячная армия участников которого предоставляет вычислительные ресурсы своих компьютеров для проведения научных исследований.

В августе 2009 года закончилась первая фаза проекта. Вычисления производились с помощью специализированной программы для молекулярного докинга – AutoDock, разработанной доктором Олсоном (Olson) и его сотрудниками из Научно-исследовательского института Скриппса).

QUOTE
Молекулярный докинг (стыковка) – метод компьютерного моделирования, который позволяет предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и положение одной молекулы по отношению к другой, в т.ч. для комплексов низкомолекулярных соединений и активных центров белковых молекул.


В ходе вычислений было произведено моделирование взаимодействия с протеазой NS3 около 3 млн потенциально эффективных малых молекул, из которых было отобрано несколько тысяч самых перспективных.

К сожалению, чаще всего до 90-95% соединений, отобранных на первом этапе виртуального (”in silico”) скрининга веществ-кандидатов, оказываются бесполезными при лабораторных исследованиях. Поэтому до начала тестирования in vitro необходимо выбрать из найденных молекул наиболее эффективные. Для этого и предназначена вторая фаза проекта. (Впрочем, в UTMB уже приступили к «пробирочным» испытаниям некоторых из найденных веществ, показавших высокую активность в биохимических тестах.)

В ходе работы Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 планируется отсеять ложноположительные соединения, найденные в первой фазе проекта, с помощью еще одной программы для молекулярного докинга – CHARMM, разработанной Мартином Карплюсом (Martin Karplus) и его сотрудниками в Гарварде. По итогам вычислений будут отобраны молекулы, показывающие наибольшее сродство с протеазой флавивирусов. Именно по результатам второй фазы проекта в лабораторию UTMB попадут химические соединения, которым суждено со временем стать новыми лекарствами от смертельно опасных лихорадок.

Для контроля качества вычисленій будут проведены исследования на таких целях:
The naming conventions for our quality control systems are:
ts01 = HIV protease and its known binders/non-binders
ts02 = trypsin and its known binders/non-binders
ts03 = HIV reverse transcriptase and its known binders/non-binders
ts04 = influenza virus neuraminidase and its known binders/non-binders
ts05 = human estrogen receptor and its known binders/non-binders
ts06 = lysozyme and a small set of known binders/non-binders - Mar 22, 2010
(this is a control set to compare with some supercomputer runs)

Плюс еще будет 18 "реальных" целей проекта

Как получить больше рассчетных заданий

В проекте редко бывают задания и необходимо набирать их в кэш БОИНКа. как это сделать:

1) сделайте новый профиль тут в Device Profiles

2) Выберите DDDT2 и уберите галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."

3) Выставьте этот новый профиль для нужной машины открыв Device Manager, и выбрав там нужный хост.

4) Выставьте в БОИНК-менеджере на машине кэш на 9 дней.

Удачного улова и рассчетов smile.gif

Карта распространения болезней
IPB Image

Информация
В проекте надо посчитать 22,108,000 заданий (кворум 2), что примерно равно 6,500 процессорных лет!

График проекта
IPB Image

Скриншот проекта
IPB Image

Полезные ссылки
* Распределенные вычисления: поиск лекарств от лихорадки и гепатита

Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 12 2011, 17:36
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
6 Сторінки V « < 3 4 5 6 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(60 - 74)
Death
Mar 11 2011, 13:04
Пост #61


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 371
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



Обновление - март 2011

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread, 31014

Многие извинения за интервал между обновлениями. И, спасибо вам за ваше терпение и компьютер циклов как мы приближаемся к завершающей стадии этого сложного проекта.

Фаза 2 был полностью оптимизированы, проверены и запущен. Первые результаты нашей крупной свободной энергии связывания расчетов, запущенный в прошлом году на тест-системы, поддерживают наши ожидания, что эти расчеты будут обеспечивать улучшение обогащения ставки и уменьшение ложных срабатываний относительно виртуального скрининга, основанные на традиционных стыковки программ ( В этом случае, AutoDock). Более подробная информация будет представлена ​​ниже.

Хотя мы по-прежнему тест тесты (на основе систем, разработанных Shoichet и Ирвина лабораторий [http://dud.docking.org/]), чтобы лучше понять сильные и слабые стороны наших поэтапный подход, мы начали Фаза 2 производственный цикл для денге и Западом протеаз Нила, и готовятся вируса гепатита С протеазы для Фазы 2 бесплатно расчетов энергии. Каждый этап 2 производственного цикла как ожидается, примет ~ 4 месяца стене часы (по оборачиваемости раз мы видим, с тест-систем).

Для полноты картины, мы закончили лабораторный контроль (т.е. с использованием анализов протеазы торможения) ~ 50 соединений предсказать, исходя из фазы 1 моделирования для потенциальных ингибиторов денге и лихорадки Западного Нила протеаз. Не удивительно (на самом деле, вполне ожидаемо), ни один из испытания Фазы 1 "хиты" показал деятельности, которые были более перспективными, чем наши уже обнаружили денге и лихорадки Западного Нила ингибиторы протеазы (см., например, Томлинсон и Watowich, антрацен основе ингибиторов денге Вирус NS2B-NS3 протеазы. 2011 года. Противовирусные Рез. 89, 127-35). Это Фаза 2 симуляций, которые ожидали, что соединения, которые будут хорошими ингибиторами протеазы (и, таким образом, хорошие противовирусные препараты).

Для тех, кто заинтересован, вот некоторые подробности о первых испытаний, которые были сделаны для проверки наших текущих расчетов свободной энергии. Мелких виртуального эксперимента скрининга, используя коллекцию из 16 связующих и 14 без связующих для лизоцима белка, показали, что свободная энергия связывания расчеты могут точно различать связующих и без связующих. Успех темпы свободной энергии связывания прогнозы внимательно следил за идеальной кривой, и были отмечены улучшения по сравнению с прогнозами AutoDock. Эти результаты показали, что наши две фазы подход может уменьшить количество ложных срабатываний в виртуальных экспериментов скрининга.

Недавно завершила средних виртуального эксперимента скрининг (с помощью наших Фазы 1 и Фазы 2 стратегия) рассмотрел агонист рецептора эстрогена системы при помощи "Справочник Полезные Приманки" Shoichet и Ирвина (DUD). Этот тест системы, содержащихся ~ 70 известных малых связующих молекул и ~ 2300 химически подобных лигандов, которые считаются без связующих (например, ложные цели). С практической точки зрения, мы более всего заинтересованы в начале показатель успеха виртуальных расчетов скрининга, так как это будет определять наш успех на проверку предсказал ингибиторов в лаборатории. Из-за временных и бюджетных ограничений, это только практические для проверки нескольких десятков до нескольких сотен лучших прогнозов компьютера. Таким образом, важно, чтобы лучшие прогнозы компьютера сильно коррелируют с истинным связующих. Мы сравнивали ранние номера успех AutoDock и бесплатный расчет энергии. В среднем, наименьшую энергию AutoDock-предсказано "хиты" был успех скоростью ~ 15% в то время как низкий свободной энергии, предсказал "хиты" был успех скоростью ~ 40%. Успех варьировались в зависимости от числа топ предсказал "хитов", которые были рассмотрены, но, как правило бесплатно расчетов энергии определены ~ 3 раза больше, чем связующих расчетов AutoDock.

Мы изучаем методы для дальнейшего улучшения успеха свободных расчеты энергии, так как мы хотели бы рано ставки успех, который превышает 80%. Кроме того, мы завершаем этап 2 расчеты на дополнительные испытания системы DUD, чтобы определить, наблюдается свободная энергия основе улучшения успеха применимы к различным белков-мишеней. Это необходимо, так как виртуальные номера успех скрининга значительно варьироваться в зависимости от целевого белка. Если кто-то заинтересован, в рамках свободного виртуального портала скрининга, которые мы построили мы отправили результаты запуска нескольких виртуальных программ скрининга против 40 белковых мишеней (и библиотеки), которые являются частью базы данных DUD.

Наконец, мы имеем честь были удостоены гранта IBM Международный фонд для поддержки расширенного тестирования соединений предсказал мировым сообществом расчетов Grid. IBM Международный грант Фонда основано частично на денежные призы, полученные от последнего Jeopardy! победа Уотсон суперкомпьютер IBM.

Спасибо,
Стэн Watiwich
Против вируса гриппа поиска наркотиков и обнаружения наркотиков денге - Вместе ученый


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 12 2011, 22:47
Пост #62


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



заданий полно

перевел часть ядер на этот проект, попробую дотянуть до сапфира icon_trollface.png


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Salmonella
May 16 2011, 11:33
Пост #63


кранчер-новачок
***

Група: Trusted Members
Повідомлень: 38
З нами з: 10-June 10
Користувач №: 1 414
Стать: Чол



Пооффтоплю. smile.gif
Кому интересно, FDA разрешила первый препарат-ингибитор протеазы от хр. Гепатита С. Ещё один где-то болтается.
Дорог, много побочных эффектов, вызывает устойчивость вируса, поэтому требует приёма других старых, добрых препаратов. Из положительного - сокращает сроки лечения.
http://www.news-medical.net/news/20110516/7048/Russian.aspx
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Salmonella
Jul 25 2011, 09:45
Пост #64


кранчер-новачок
***

Група: Trusted Members
Повідомлень: 38
З нами з: 10-June 10
Користувач №: 1 414
Стать: Чол



Распространение лихорадки денге на планете.
http://www.google.org/denguetrends/
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Sep 22 2011, 14:09
Пост #65


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



С надеждой на спасение

Исследователи расширят клинические испытания новой вакцины от малярии, поскольку результаты предварительного тестирования в Буркина Фасо оказались очень многообещающими, сообщает BBC News. Вакцину тестировали на 45 детях. Целью испытаний было тестирование безопасности препарата, разработанного в институте Пастера (Pasteur Institute) в Париже, Франция. Однако ученые также обнаружили, что привитые дети имеют более высокий уровень защиты от недуга — они заболевали малярией в три-четыре раза реже прочих. Теперь вакцину испытают на 800 детях в Мали. Исследователи надеются, что препарат будет чрезвычайно дешев в производстве и поможет остановить распространение малярии.

Вакцина разработана на основе белка MSP3, который стимулирует выработку организмом антител, убивающих паразита плазмодия. Ученые говорят, что данный белок уникален — он не сильно меняется при различных штаммах паразита, так что есть все шансы создать очень эффективную вакцину.

link.gif


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Salmonella
Oct 23 2011, 08:14
Пост #66


кранчер-новачок
***

Група: Trusted Members
Повідомлень: 38
З нами з: 10-June 10
Користувач №: 1 414
Стать: Чол



Вот это да! РАЕН, Сколково, инновации. Будет интересно. smile.gif
Только что в клиниках Израиля завершились клинические испытания воздействия профеталя на больных "социальной" болезнью - гепатитом С.
- И была сделана совершенно случайная находка, - рассказал д.м.н. Сергей Родионов, член-корреспондент РАЕН. - Мы взяли нескольких пациентов с сочетанным поражением - гепатит С плюс СПИД, что часто встречается. Через месяц вируса иммунодефицита у них не было! Количество антител уменьшилось стократно.

http://www.rg.ru/printable/2011/10/21/reg-...stvo-anons.html
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 16 2012, 11:36
Пост #67


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Есть заданія! koc.gif


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 3 2012, 17:01
Пост #68


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Исследование истории малярии, проведенное по заказу фонда Гейтса и опубликованное в журнале Lancet, показало, что о многих жертвах болезни мир ничего не знает. Но пик глобальной эпидемии был пройден в 2004 году.

От малярии в мире умирают вдвое больше людей, чем указывает статистика Всемирной организации здравоохранения, говорится в исследовании, проведенном на деньги благотворительного фонда Билла и Мелинды Гейтс и опубликованном в британском медицинском журнале Lancet.

Болезнь, которую переносят комары, в 2010 году унесла 1,24 млн жизней, подсчитали эксперты. В то же время официальные данные ВОЗ за тот же год дают цифру в 655 тысяч.

Однако и новый доклад, и ВОЗ фиксируют, что в глобальном масштабе малярия идет на спад.

По заказу фонда, основанного бывшим главой Microsoft, была создана база данных об истории распространения малярии между 1980 и 2010 годами.

Специалисты использовали ранее не известную информацию и новые компьютерные модели подсчета заболеваемости малярией с учетом общей смертности в разных странах.

Оказалось, что число жертв малярии с 995 тыс. в 1980 году взлетело до 1,82 млн в 2004 году, а затем начало снижаться - в 2010-м от болезни умерли 1,24 млн человек.

То, что пик пришелся на 2004 год, эксперты объяснили ростом населения в подверженных эпидемии регионах мира.

Спад после 2004 года - результат мощной кампании по борьбе с малярией, развернувшейся в Африке при поддержке международных спонсоров.

От малярии погибают прежде всего грудные дети, больше всего – в Африке. Однако исследователи отметили, что и дети более старшего возраста, и взрослые умирают от нее чаще, чем оценивала ВОЗ.

В 2010 году взрослых и детей старше пяти лет умерло от малярии на 433 тыс. больше, чем утверждала официальная статистика.

"В мединститутах учат, что люди, соприкоснувшиеся с малярией в детстве, получают иммунитет и редко умирают от малярии в старшем возрасте", - говорит доктор Кристофер Мюррей из университета имени Вашингтона в Сиэтле, руководивший исследованием.

"Однако из больничных архивов, записей о смерти, результатов обследований и других источников мы увидели, что это абсолютно не так".

Еще один важный вывод исследования – победить малярию на земном шаре в бижайшем будущем не удастся.

"По нашим оценкам, если спад заболеваемости, идущий с 2004 года, будет продолжаться такими же темпами, смертность от малярии упадет ниже 100 тыс. в год только после 2020 года", - говорится в докладе.

Главный редактор журнала Lancet Ричард Хортон рассказал Би-би-си, что о жертвах болезни в самых подверженных ей частях мира известно далеко не все: "На самом деле надежной информации из первых рук из самых малярийных регионов сейчас нет, поэтому все цифры, которые у нас есть, основаны на оценках".

"В этом исследовании дан новый способ оценки смертности от малярии – с учетом новых массивов информации и улучшенных математических моделей", - отмечает Хортон.

Несмотря на печальные цифры, приведенные в докладе, руководитель авторитетного медицинского издания видит в нем оптимистическое послание – малярию можно контролировать, и это уже делается.

"Начиная с 2004 года, ежегодное число умерших стало меньше на треть, - говорит Хортон. – И это как раз то самое время, когда Глобальный фонд по борьбе со СПИДом, туберкулезом и малярией развернул активную работу".

"За десять лет вылечены 230 млн случаев малярии, и роздано столько же противомоскитных сеток в районах, подверженных риску. Результат мы видим – огромный спад смертности", - отметил редактор Lancet в интервью Би-би-си.


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Apr 16 2012, 21:23
Пост #69


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Updates for DDDT phase 2

Dear All,

We were in the process of optimizing the code and also implementing ways to make the Free Energy of Binding calculations efficient as well as scientifically robust as we had some issues due to the instability in the Molecular Dynamics Simulation while running the dengue and west nile re-scoring calculations.

Now we are in the process of submitting alpha test calculations and once they are in place, then we are planning to run the following calculations -
1. Re-scoring Free energy of binding calculations for first 2000 ligands from the results of the virtual screen with Autodock Vina and Maybridge and Chembridge Libraries (different than the phase 1 calculation because they used Autodock 4 and different library)
2. We also have put together another 600,000 compound library (with important libraries and drug like properties as criteria) that we are currently screening for dengue and westnile and we are planning to do 2000 re-scoring calculations from those results too.

Scientifically this is a very challenging and satisfying project and I appreciate all your contributions and I sincerely will try to do my best to make this project a huge success. Will keep updating my progress.

Thank you all,
Dr. Usha Viswanathan
Post-doctoral fellow
Prof. Stanley Watowich's lab
UTMB

Apr 11, 2012

link.gif


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 15 2012, 10:26
Пост #70


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Dear Volunteers,

I have submitted Type C units for dg05 groups c and d. If it goes through the internal test of the grid, it will be given soon.
I am preparing 500 work units from my Virtual screen of Dengue. It should be out in a couple of weeks.
I am also working on the work units with the new optimal code and the alpha test calculations of pre-runs are running fine.

Looking forward to a great summer with a lot of work done.
Dr. Usha Viswanathan


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 14 2012, 23:32
Пост #71


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Dear Members,

I have been in the process of validating the Free Energy of Binding code after solving the issues that came up with - the molecular dynamics software version, the parametrization of ligands code, etc. Now, I have given 8 co-crystal's alpha-test and after they are done, I will submit the 2000 ligand GSBP calculation for the pre-run calculation shortly.

I really appreciate all your help. I will also update about the paper that I am drafting currently on dengue virus and a portal that we have developed in collaboration with TACC soon.

-Usha.


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 24 2012, 12:45
Пост #72


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Right now, we are alpha testing some work units. If that goes perfectly, pre-run work units could be generated after alpha testing is completed. Once all of the pre-run work units are completed, type A work units would be generated and made available. Even under the best of circumstances, I would expect it to take at least two weeks before any type A work units would be available (and that's assuming everything goes flawlessly). A more likely estimate would be further out than that.

Seippel


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 28 2012, 20:30
Пост #73


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Discovering Dengue Drugs - Together project update, November 2012

Hello again to the members of World Community Grid. It has been a while since my last posting but we have been working hard at our end and I know you (and your computers) have been doing the same at your end. We are in the home stretch for our projects. So, a detailed update seems in order:

1) We officially moved the Phase 1 of “Discovering Dengue Drugs – Together” to a “completed” state. We had left this project open in case we had to dock our library against any additional structures, but this will not be needed since we have tested all dengue and West Nile protease structures that we believe are relevant for our drug discovery efforts. Moreover, the results we obtained from Phase 1 were important starting points for our Phase 2 efforts, so this part of the project has been deemed an unqualified success.

2) As noted above, the results from Phase 1 of “Discovering Dengue Drugs – Together” have moved into Phase 2 of “Discovering Dengue Drugs – Together”. All calculations for Phase 2 should be completed within the next few months, after which we will move this project to a “completed” state and post our results to the web. Encouragingly, even at this stage our calculations have identified several new dengue protease inhibitors that have been validated with biochemical and cell culture assays in our laboratory; these leads are entering crucial pre-clinical pharmacokinetic and efficacy studies. In addition, most of these lead compounds inhibit both dengue and West Nile virus proteases. Thus, The Phase 2 project has been very valuable in helping to identify some false positive hits, thus allowing us to concentrate our resources and time on the most promising hits.

3) We also officially moved the “Influenza Antiviral Drug Search” project to a “completed” state. As with the dengue Phase 1 project, we had left this project open in case we had to dock our library against any additional structures. However, this will not be necessary for the foreseeable future. The results of the Influenza project will be posted to the web. However, since there is no immediate threat from influenza pandemics, our limited resources will be directed at dengue drug development and thus we will not validate the anti-influenza hits at this time.

4) Finally, we recently focused some of our Phase 2 efforts on refining the free energy parameter sets in order to better discriminate between true binders and false positive binders identified in Phase 1. This work has shown that our current Phase 2 calculations are valuable at discriminating between true and false positive hits for some target proteins, but not for all systems. We will continue our efforts to develop robust free energy of binding calculations that can be applied to a larger set of target proteins. This basic research project will not require the massive computing resources of World Community Grid at this time.

As always, we appreciate the time, effort, and dedication of World Community Grid members. The advances we are making in drug discovery could not have been made without your efforts and your computer cycles.

All my best,
Stan

link.gif


--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 24 2013, 14:57
Пост #74


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 16 956
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Объявлено о завершении проекта

Discovering Dengue Drugs – Together, project update March 2013

Hello again to the members of World Community Grid. With this update, we announce that we are ready to call our projects completed. We thank World Community Grid, its member volunteers, and their computers for their help.

The major advanced from this project are as follows:

1) All calculations necessary to fully evaluate Phase 1 and Phase 2 of “Discovering Dengue Drugs – Together” have been completed. We are moving this project to a “completed” status and are assembling our results for posting on our web site. At this point, our calculations, which have used a combination of World Community Grid distributed computers and supercomputers from the Texas Advanced Computer Center (TACC; Austin, TX), have identified several new dengue protease inhibitors. These inhibitors have been validated in our laboratories using rigorous biochemical and cell culture assays. Most of these lead compounds inhibited both dengue and West Nile virus proteases. A handful of analogs developed from our initial computer-discovered dengue leads have entered crucial pre-clinical pharmacokinetic and efficacy studies. Thus, our World Community Grid project has been invaluable in helping identify dengue and West Nile protease inhibitors. We will be working over the next several years to turn these inhibitors into small molecules with properties suitable for human clinical trials.

2) Phase 2 of our project combined the computer resources of World Community Grid and TACC to provide unparalleled computing power to calculate the free energies of binding for several diverse proteins and a large number of potential ligands. We hypothesized that these extensive molecular dynamics calculations would provide statistical mechanical conformational ensembles from which we could accurately calculate free energies of binding. This was developed as a robust method to identify false-positive hits and more accurately discriminate between inhibitors and non-inhibitors. Unfortunately, calculations of the free energy of binding for a number of different protein:ligand systems did not match experimental measurements. Moreover, as we tested greater numbers of systems (facilitated by the combined computer resources of World Community Grid and TACC), we observed that an unacceptably large number of free energy calculations incorrectly predicted that known non-inhibitors would bind to a protein target. Thus, we conclude that the current state of free energy of binding calculations are not yet able to discriminate between binders and non-binders for every protein system However, as we reported earlier, there are some systems (e.g., lysozyme) where the free energy of binding calculations provided excellent discrimination between binders and non-binders. This work has shown that our current Phase 2 calculations are valuable at discriminating between true and false-positive hits for some target proteins, but not for all systems. We will continue our efforts to develop robust free energy of binding calculations that can be applied to a larger set of target proteins. This basic research project will not require the massive computing resources of World Community Grid at this time.

As always, we appreciate the time, effort, and dedication of World Community Grid members. The advances we are making in better understanding drug discovery software and its current limitations could not have been made without your efforts and your computer cycles.

Sincerely,
Stan

======================================

Основные успехи проекта:

QUOTE
1) Все расчеты, необходимые, чтобы полностью оценить Фазу 1 и Фазу 2 "Discovering Dengue Drugs – Together" были завершены. На данный момент, наши расчеты, которые использовали комбинацию World Community Grid и суперкомпьютеры от вычислительного центра Texas Advanced (TACC, Остин, Техас), выявили несколько новых ингибиторов протеазы денге. Эти ингибиторы были проверены в наших лабораториях с использованием строгих биохимических и клеточных анализов культур. Большинство из этих отобранных соединений ингибируют как протеазу лихорадки Денге, так и Западный Нильский вирус. Несколько аналогов, разработанных с нашей первоначальной компьютерной симуляцией, перешли в фазу доклинических фармакокинетических и эффективностных исследований. Таким образом, наш проект на World Community Grid был неоценим в содействии выявлению ингибиторов протеазы Денге и Лихорадки Западного Нила. Мы будем работать в течение следующих нескольких лет, чтобы превратить эти ингибиторы в небольшие молекулы со свойствами, подходящими для клинических испытаний на человеке.


link.gif



--------------------
(Show/Hide)


IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Dec 9 2014, 01:14
Пост #75


Штандартенкранчер
*********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 2 647
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Проект выдал отличнейшую новость - найдено очень перспективное лекарство от лихорадки денге! yahoo.gif drinks2.gif koc.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

6 Сторінки V « < 3 4 5 6 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 9th May 2024 - 22:15