FightMalaria@Home |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
FightMalaria@Home |
nikelong |
Jul 28 2011, 17:21
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 19 Июля 2012 Капитан - Rilian -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.ucd.ie/fmah/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: FightMalaria@Home Цель: Открытие новых соединений для противомалярийных препаратов. К сведению: Каждые 45 секунд от малярии, в мире умирает один ребенок. Это заболевание наиболее распространено в бедных странах, где оно заражает 216 миллионов людей и убивает 650 тысяч каждый год, в основном африканских детей в возрасте до 5 лет. Малярия и дальше продолжает развивать устойчивость к доступным медикаментам. Поэтому нам нужно срочное открытие новых препаратов, для замены существующих. Важно, что эти новые лекарства должны быть ориентированы на новые белки у паразита. Проект FightMalaria@Home направлен на поиск новых соединений. Возможности: Геном малярии был упорядочен, в следствии чего была выявлена протеома. Экспрессия белка была подтверждена на различных этапах жизненного цикла этой структуры. Многочисленные кристаллические структуры целевых белков также доступны, а остаток был смоделирован, используя доступные структурные шаблоны. Большие научно-исследовательские организации GSK, Novartis уже опробовали миллионы соединений и обнаружили около 19 000 хитов(кандидатов), которые выглядят многообещающе в перспективности лечения малярии. Но они не знают, какой целевой белок ингибирует эти соединения. Изучение и разработка новых лекарств будут существенно ускоренны, зная целевой белок для каждого из этих хитов. Проблема: Мы планируем закрепить каждую из 18924 хитов в структуры каждой из 5363 белков малярийного паразита. Вычислительная мощность, необходима огромная. Решение: Мы стремимся использовать добровольно пожертвованные вычислительные мощности персональных компьютеров в мире. Большинство компьютеров используют только малую часть доступной мощности процессора для ежедневной работы. Мы запустили сервер BOINC, который позволяет распределять задания между волонтерами. Обработка заданий будет осуществляться в фоновом режиме. При подключении 1000 компьютеров таким образом, мы сможем достичь мощности эквивалентной суперкомпьютерам. Различия между проектами GO Fight Against Malaria(WCG) и FightMalaria@Home Проект GO Fight Against Malaria во главе с Алексом Перрименом(Alex Perryman) из института Скриппса, направлен на поиск новых низкомолекулярных ингибиторов известных белковых соединений. Их замысел состоит в том, чтобы сосредоточиться на мутациях, которые были уже найдены в установленных соединениях для препаратов от малярии. Для этого проекта GFAM необходимо закрепить миллионы мелких молекул в нескольких белковых структурах рецептора. Мы делаем нечто совсем другое. Мы берем небольшие составные хиты соединения, которые уже были найдены и которые могут убить малярию, и пытаемся выяснить, с какими белками эти соединения нужно связывать. Крупные фармацевтические компании обработали более 3 млн. соединений и обнаружили 18924(хитов) которые эффективны против малярии. Но выяснить, где эти соединения связываются с паразитом или как они работают, будет сложно. Мы надеемся сделать это, состыковывая каждый хит(18924) с каждой структурой белка(5363). Главное преимущество, которое мы имеем перед проекту GFAM, состоит в том, что мы ЗНАЕМ, что соединения которые мы используем, уже работают против малярии. Если мы выясним, какой белок они подавляют, то это откроет целую область исследований: - что белок делает (биохимия)? - на что это похоже (кристаллография рентгена)? - мы можем найти лучшие ингибиторы (лекарственная химия)? - или одного лидерство достаточно, что бы вылечить болезнь(клиническая фармакология)? Основным недостатком является то, что мы никогда не сможем охватить весь протеом. Некоторые белки естественно не упорядочены и останутся непрозрачными к кристаллографии или моделированию. Но мы постараемся сделать лучшую попытку. У нас уже есть структуры(рентгеновские или моделированные) для 1426 из 5363 белков (26%), и мы будем продолжать делать моделирования более сложных белков. Если бы мы пробовали это только с одной частью соединений(1426), то мы имели бы шансы на успех 1:4. Но поскольку мы попробуем это почти 19 000 раз, у нас должны быть довольно хорошие шансы на успех. Я был бы рад, если бы нам удалось найти хотя бы одну новую цель в борьбе с малярией, так как это может быть Ахиллесова пята для болезни и путем её излечения. Новые препараты, разработанные из этого проекта открытой науки, будут направлены на новые цели, для того что бы у паразита не было возможности адаптироваться к препаратам. Как и все лекарства, они также в конечном счете потерпят неудачу, но по крайней мере мы попытаемся найти новые препараты быстрее, чем паразит сможет развить сопротивление. Борьба продолжается... Промежуточные результаты (Show/Hide) -------------------- |
Bel |
Jul 28 2012, 11:13
Пост
#16
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Test experiment A is finished!
"We have the first set of 144000 data points to sift through from our 'control' experiment. The system seems to be working well. The next batch of 1.2 million docking calculations is in the queue and ready to go. " |
Rilian |
Jul 28 2012, 15:59
Пост
#17
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Sat Jul 28 16:54:41 2012 | fightmalaria@home | Computation for task vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0 finished
Sat Jul 28 16:54:41 2012 | fightmalaria@home | Starting task vina_20373_1343480244.719091-1127-PFB0660w_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0 using vina version 200 in slot 1 Sat Jul 28 16:54:42 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 Sat Jul 28 16:54:43 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 Sat Jul 28 16:54:43 2012 | fightmalaria@home | Started upload of vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0_0 Sat Jul 28 16:54:44 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 Sat Jul 28 16:54:45 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 Sat Jul 28 16:54:46 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 Sat Jul 28 16:54:46 2012 | fightmalaria@home | Finished upload of vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0_0 Sat Jul 28 16:54:47 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 Sat Jul 28 16:54:48 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 Sat Jul 28 16:54:49 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 Sat Jul 28 16:54:50 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364 -------------------- |
Death |
Jul 29 2012, 01:40
Пост
#18
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
в десьять раз больше ву.
и даунлоад лежит -------------------- |
Rilian |
Jul 30 2012, 13:02
Пост
#19
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Валидатор выключен
-------------------- |
Bel |
Aug 13 2012, 17:22
Пост
#20
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Server down
The BOINC server will be down for maintenance for a while. We're installing new apps for all OSs, and new shorter work units. ------------ Отакої. Кстати, малярия у всех нормально работает или с глюками? У меня к примеру выдает ошибки на 7-8 секунде расчета. Надеюсь после этого апдейта заработает как надо. |
Bel |
Aug 18 2012, 10:27
Пост
#21
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Hi everyone,
We're still having problems with the server. However, the good news is research IT have agreed to provide us with two far better servers. We hope to move the project to these over the weekend but it will likely be Wednesday before we are back up and running. We will not be sending new workunits until then. Thanks for you patience, Kevin |
Bel |
Aug 20 2012, 11:44
Пост
#22
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Bel - какие есть предложения? Да нет. Я просто узнавал Здесь каждый считает что хочет) Я к примеру буду переходить на FightMalaria@Home когда проект заработает уже стабильно. Считать нужно будет немного меньше чем в WCG-GFAM, ну и по идеи проект должен будет дать уже результат, судя по описанию принципов работы проекта на офф-сайте. ИМХО. Не агитирую. |
Rilian |
Aug 20 2012, 12:33
Пост
#23
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Bel, откуда информация что этот проект будет успешнее WCG GFAM ?
2) прдлагаю тебе оформить шапку проекта в fm@h -------------------- |
Bel |
Aug 20 2012, 15:22
Пост
#24
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
|
LSA |
Aug 22 2012, 10:11
Пост
#25
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 623 З нами з: 7-October 07 З: Kyiv Користувач №: 596 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Й9450 8G DDR2 QA90 16G DDR3 GTX 482 |
В мене на калькуляторах XP SP2 (x32) були глюки Error while computing.
Встановив FrameWork 3.5 - запрацювало. -------------------- (Show/Hide) |
Bel |
Aug 25 2012, 10:16
Пост
#26
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Сервер уже работает, обновление прошло успешно. Админы подготовили 1.5 млн заданий к отправке. Время на выполнение около минуты, глюки исправили. В течении следующей недели еще немного оптимизируют проект. Можно кранчить!
|
Bel |
Aug 27 2012, 19:21
Пост
#27
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Еще одна новость: показатель процента завершения проекта прикручен не будет, как к примеру в SIMAP. Но админы будут сообщать о завершении этапов, которых насчитывается 30. К всему этому, будут опубликованы новости о результатах этапов - какие задачи считаются, хиты и т.д.
ЗЫ: LSA, на чем малярию кранчиш, а то смотрю газу не плохо поддал? |
LSA |
Aug 27 2012, 19:37
Пост
#28
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 623 З нами з: 7-October 07 З: Kyiv Користувач №: 596 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Й9450 8G DDR2 QA90 16G DDR3 GTX 482 |
QA90 інженерник. 8 ядер + HT
-------------------- (Show/Hide) |
Bel |
Sep 17 2012, 17:10
Пост
#29
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Сегодня команда поднялась на 20 место! Впереди еще 8 команд, которые можем спокойно сейчас обходить. Лучший ппд по 50тыс. у Team Musketeers и SETI.Germany. У нас пока 7-8к. в день и кранчат только 3 человека. Собственно предложение: так как проект только запустили и у конкурентов не так много человек в команде, может залупиться и вытянуть команду на 1 место?! Хоть в одном проекте будем первые! К примеру как TSC! Russia в Rosetta@Home.
Понимаю, что формат суперкомпьютера может кому поднадоел, но если сделать рывок - можно спокойно догнать 2 лидеров проекта. Тем более на поддержание ппд на уровне топов на данный момент, нужно человек 10-15. |
Rilian |
Sep 17 2012, 21:12
Пост
#30
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Сегодня команда поднялась на 20 место! Впереди еще 8 команд, которые можем спокойно сейчас обходить. Лучший ппд по 50тыс. у Team Musketeers и SETI.Germany. У нас пока 7-8к. в день и кранчат только 3 человека. Собственно предложение: так как проект только запустили и у конкурентов не так много человек в команде, может залупиться и вытянуть команду на 1 место?! Хоть в одном проекте будем первые! К примеру как TSC! Russia в Rosetta@Home. Понимаю, что формат суперкомпьютера может кому поднадоел, но если сделать рывок - можно спокойно догнать 2 лидеров проекта. Тем более на поддержание ппд на уровне топов на данный момент, нужно человек 10-15. ну проголосуем через полмесяца. я лично с малярией борюсь в ВЦГ. там более надежно в плане того что результаты будут изучены и выложены куда следует -------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 19th October 2024 - 17:10 |