Poem@home, Моделирование структуры белка Налаштування

[nikelong]

Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"

(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков

Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"

(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."

Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."

Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.

(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."

Ссылки по теме:

• боинк.ру
• настройка APP_INFO для POEM, Два GPU-задания одновременно

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17

[mysterix]

можно попробовать добавить что-нибудь типа gpu-grid, я на этом проекте 9600 спалил, причём чужую, причём на первом же задании; а мог бы на Poem поставить - уже тогда Nvidia нормально на нём шла...

[Bel]

News:
Hi again, just to avoid misunderstandings:
As I said, the current simulations of Pentacene are useful for OLED development. These simulations are almost done now. The Gpucrystal application however was designed for multiple purposes, including biomechanical systems, for example Amyloid Fibrils.
I can't give you a fixed date for such simulations, as this is a work in progress, but there will be GPU jobs with a medical background in the future.

Additionally our CPU jobs are all protein simulations which benefit medical researches. Unfortunately the system sizes of these jobs are in a range where GPU porting is not worthwhile.

Best regards
Thomas
---------------------
В двух словах о том, что сейчас считается на GPU. Конечно когда узнал, был немного удивлен
Сейчас идет процесс моделирование кристаллизации Пентацена, который имеет неплохие шансы в будущем использоваться в OLED-дисплеях. Это моделирование почти завершено.
Без указания точной даты сообщают, что в стадии разработки уже находятся проекты медицинского уклона на GPU. Ну а пока что только цпу занимаются предсказанием структуры белка.

[netphil]

Bel,

откуда инфа?
офигеть медицинский проект.....
тобиш все что мы считаем это для ТВ и смартфонов....нет слов.

Надо перебиратся на другой проект.

[Rilian]

Bel, ссылку на новость укажи. не могу найти

[Bel]

Вот топик форума. Хотя вижу Rilian уже выдает там на орехи всем.
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=794

[x3mEn]

В принципі все як завжди.
Всі проекти, що дають багато очок
- або математичні
- або криптографічні
- або рахують біткоїни
- або нібито медичні, але в дійсності рахують біткоїни
- або нібито космічні, але в дійсності шукають, хто б ще міг порахувати біткоїни
- або AI (non-CPU intensive). Але в дійсності слідкують за тим, чи ви рахуєте біткоїни

[TyphooNick]

Извините, парни, но я завтра приостановлюсь маленько. Снова считать начну в пятницу вечером. Причина: смена видеокарты. Уже заказал MSI R7950 Twin Frozr 3GD5/OC (880/5200). Поиграю маленько с разгоном и буду считать.

[netphil]

TyphooNick,
судя по форуму ПОЕМ есть проблемы с загрузкой на 90% ГПУ.

я максимум достиг 76%....

[x3mEn]

Миші плакали, кололись... і продовжували кранчити РОЕМ )))

[mysterix]

видимо, это от сбалансированности связки проц-память-гпу ещё зависит.У меня 5450 на P4

[TyphooNick]

я максимум достиг 76%....

...я тоже...

Одним словом, парни, прикупил я карточку на 7950 граф. процессоре, но не MSI R7950 Twin Frozr 3GD5/OC, а MSI R7950 Twin Frozr 3GD5 V2/OC. Долго искал в сети, в чем же отличия второй версии от первой... Ничего не нашел. Даже сайт MSI такой не знает) Пришлось самому искать отличия. Короче так... Во-первых, частота ядра и там и там 880 мегагерц, во-вторых, память во второй версии не 5200, а 5000 мегагерц (не критично, так как при такой частоте и шине 384 бита, лишние 200 мегагерц - "до печки дверца"), третье - напряжение на граф. чипе не 1093 миливольта, а 1031, и последнее это то, что инженеры Микростара наконец то оптимизировали скорость вращения вентиляторов (немного снизили обороты без ущерба для температурного режима). Вот и все. Разогнал до 1060 мег при дефолтном напряжении - полная стабильность, после займусь более тонким оверклокингом. Температура в простое 36 град., в нагрузке выше 62 не видел. В Боинке - 58 град. при 76%))) загрузке. Считаю в 6 потоков (параметр=1,666). Шесть заданий на 1050 мегагерцах считает за 34 с половиной минуты. В результате за сутки теоретически должна выдать "на гора" 732 тысячи Боинко-попугаев. Думаю, что даже при 76% загрузки - результат более чем достойный. Тем более, что MSI R7950 Twin Frozr 3GD5/OC заганяют в обзорах до 1250 мегагерц на стоковом охлаждении. Ошибок нет)... Да, еще, использую новый ATI Catalist 12.8...

netphil
Если у тебя получилось раскрутить чип на 100%, подскажи, пожалуйста, как...

[Rilian]

Короче на видяхах по ходу кранчятся какие-то углеводороды для ОЛЕД экранов. Никакой биологии тут нет

Подумайте нужно ли вам оно, помогать выпускать экраны для новых телефонов

http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=794

[TyphooNick]

Rilian,
От нового телефона с хорошим экраном я бы не отказался)

[netphil]

Rilian,

да не очень поступают....если не определится ситуация я сваливаю.

TyphooNick,
недобился загрузки более 76%-77%
поставил как у тебя 6 заданий посмотрим на утро как будет.
(перед этим ставил 9 заданий) было около 50 мин/задание

[netphil]

x3mEn,

Думаю врядли биткоины считают, т.к. такие задачи супер распаралеливаются, а тут......загрузка ГПУ не высокая та топовых картах.....
Я пробывал ради интереса посчитать биткоины на своей 7970 - 100% загрузка ГПУ.