Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак) Налаштування

[Rilian]

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Help Fight Childhood Cancer - статья у нас на сайте
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта
• обзор проекта на английском
• Официальный сайт Университета Чиба (новости на сайте)
• Видео, составленное командой NMG-NETWORK

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Скриншот графического клиента

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"

* "Розовые семена"

* "Упражнения по радио"


График производительности проекта:


Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20

[KING100N]

следующая - за 2 года счета - сапфировая, синего цвета.
Неплохо под конец проект разогнался. На графике за последние два месяца мощности выросли почти вдвое
Должен успеть получить рубиновый баджик - осталось 4 дня расчетов

[Rilian]

Rilian,
Я так понял, это первая фаза проекта скоро закончится?
А следующая когда?

На первой фазе они уже отобрали нужные молекулы (выше по топику были новости). На следующей фазе, возможно, они будут изучать что-то другое. Пока что про вторую фазу на оф форуме не было ни слова.

[Rilian]

заданий осталось на 7 дней

[Brodyaga]

Rilian, а где можно посмотреть на сколько дней осталось заданий по проектам?

[Rilian]

Rilian, а где можно посмотреть на сколько дней осталось заданий по проектам?

CODE

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,28975_lastpage,yes#279369

[tiss]

Rilian, а где можно посмотреть на сколько дней осталось заданий по проектам?

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,28975_lastpage,yes#279369

Т.е. нигде. Разве что проджект администратор напишет на форуме...

[Brodyaga]

Rilian, а где можно посмотреть на сколько дней осталось заданий по проектам?

CODE

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,28975_lastpage,yes#279369

Т.е. нигде. Разве что проджект администратор напишет на форуме...

Так и понял .

[Rilian]

Rilian, а где можно посмотреть на сколько дней осталось заданий по проектам?

CODE

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,28975_lastpage,yes#279369

Т.е. нигде. Разве что проджект администратор напишет на форуме...

Как вариант, можно посмотреть на график производительности, почитать о кол-ве воркюнитов и кворуме в описании проекта, добавить процент ошибочных ВЮ, посчитать прирост производительности по дням, а также приставить своего человека в лабораторию, который будет следить за кол-вом ВЮ, которые присылаются в ВЦГ, а также кол-вом результатов, которые забираются из ВЦГ, и посчитать дни самостоятельно.

Или следить за графиками, которые генерирует кранчер Sekerob:

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad?thread=18277
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad?thread=26012

[Khvastov Maxim]

думаю успеешь

Таки успел

[tiss]

Оу! А я рубиновый беджик успел получить!

[SlavaAltus]

Да ребята - вы не то что бы монстры - вы реальные динозавры... ПОЗДРАВЛЯЮ

[Rilian]

Еще 2 дня будут задания, потом будем ждать пока все досчитают медленные компьютеры и кранчеры с большим запасом.

По моим расчетам это будет где-то до 30 мая, и до этого времени на "надежных" компьютерах (которые вернули последние несколько десятков ВЮ быстрее чем за 2 дня) есть шанс еще поймать ВЮ

[Rilian]

официальные новости

Проект считался очень быстро последнее время и мы завершим рассчеты трех первых целей приблизительно 20 мая 2010. Это означает что после 20го числа не будет новых заданий для рассчетов.

Однако, ученые идентифицировали две дополнительных цели, которые они хотят посчитать на WCG. Поэтому, после подсчета первых заданий, проект приостановится до тех пор пока ученые не подготовят новые исходные данные для рассчетов. Это займет примерно 2 месяца. Более подробно о новых рассчетах будет написано через несколько дней.

Мы хотим поблагодарить всех участников за огромный вклад и за то что удалось рассчитать данные даже быстрее чем предполагалось!

The project has been running very fast lately and we will be done processing the first three target compunds approximately on May 20, 2010. This means that there will not be new work units sent out after that time. However, the scientists have identified two additional targets they would like to screen using World Community Grid. Thus, after these last work units are processed, this project will be paused until the scientists can get the input data ready for further processing on World Community Grid. This is expected to take about two months. The scientists will be posting more details about this future work in a few days.

We would like to thank the membership for their generous contribution of computer power to this project thus far. The scientists are very delighted that so much processing was accomplished ahead of our estimated schedule.

--
Viktors
World Community Grid Tech

[Brodyaga]

Вот и закончились задания...

21.05.2010 05:33:24 World Community Grid Message from server: No work can be sent for the applications you have selected
21.05.2010 05:33:24 World Community Grid Message from server: You have selected to receive work from other applications if no work is available for the applications you selected
21.05.2010 05:33:24 World Community Grid Message from server: Sending work from other applications

[re_SET]

У меня тоже сапфировый баджик