Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак) Налаштування

[Rilian]

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Help Fight Childhood Cancer - статья у нас на сайте
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта
• обзор проекта на английском
• Официальный сайт Университета Чиба (новости на сайте)
• Видео, составленное командой NMG-NETWORK

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Скриншот графического клиента

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"

* "Розовые семена"

* "Упражнения по радио"


График производительности проекта:


Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20

[Rilian]

Один из приемных серверов в университете Чиба не работает, пожтому в ВЦГ понизили приоритет HFCC при выдаче новых ВЮ. Для тех у кого это единственный включенный проект, никаких изменений видно не быдет и ВЮ будут выдаваться. Для тех кто считает несколько проектов, будет заметно уменьшение раздачи ВЮ HFCC

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,30760

Тем временем уже считается пачка заданий номер 278xxxx, осталось 9 пачек до 287xxxx, а потом 2879999 ВЮ типа L4 до конца этой фазы проекта!

[Bel]

У меня заметно, раньше выдавалось по 8-10 проектов за раз, сейчас по 3-4. Кранчу пока HFCC, хочу успеть добыть золотую медальку

[Rilian]

я уже 3 года тут накранчил. Надеюсь успею до 5 лет дойти

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,30705

Q: Do we know how many tasks in total L4 is going to have?

A: The same library, the same number of batches, cut the same way... each compound docking is split over 2 tasks, so 2854000 * 2 * error factor (Uplinger posted the exact calculation somewhere July / August of 2010 ).

[cosmo_vk]

тоже переключил все свои мощности на проект. добъем его быстрее.

[Rilian]

Уже кранчится L3 281xxxx

[cosmo_vk]

L3 282-е пошли в обработку

[Rilian]

HFCC has now been restored to it's original feeder priority.

Seippel
World Community Grid Tech

ПС: считается L3 283xxxx

[Rilian]

Да, реально ускорилась выдача заданий, уже L3 284хххх почти раздалось!

[Brodyaga]

Начали раздавать задания L4

[Rilian]

Уже L4 002xxxx

[Rilian]

Новый график by Sekerob! (смотреть также в шапке топика)

Overhauled the top post chart, now showing the full time of crunching rather than the last 3 months and put the target references in the chart near their respective start dates (thanks to gb009761 for digging them out here).

Also added the cumulative CPU years crunched, we just passed 30,000 last week. Interesting from this to derive the growing power of the grid: Did we need 20,000 years for the first 3 targets, will we need just over 15,000 years to do the second 3.

Crunch On

Sekerob пишет:

Подкрутил график работы проекта, сейчас показывает полное время работы, а не только последний 3 месяца. Также поставил метки на начало вычислений каждой из целей проекта. (спасибо кранчеру gb009761 за выкапывание инфы

Также добавил накопленное процессорное время, кстати мы недавно накранчили 30000 процессорных лет! Интересно отметить постоянное возрастание мощности WCG: для первой тройки целейнам понадобилось 20000 лет, и при текущей скорости нам понадобится около 15000 лет (из них 10000 уже потрачено на 4 и 5 цели) для второй тройки!

Приятного кранченья

--------

Кстати при текущей скорости проекта нам осталось меньше 50 дней до завершения!

[vitalidze1]

Переводжу всі потужності на HFCC

[Rilian]

уже выдаются ВЮ L4 016xxxx

осталось 2710000

[Rilian]

84%

предлагаю всем переключиться эксклюзивно на этот проект и сделать его!

( а также не забываем выставить Beta , все проекты из Intermittent и также DDDT2 )

уже выдается L4 024хххх, осталось 287 - 24 = 263хххх

[Rilian]

Выдаются задания L4 00 36x xxx - осталось 2 510 000