DrugDiscovery@Home alpha, российский биомедицинский проект Налаштування

[ReMMeR]

Проект "DrugDiscovery@Home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальный сайт проекта
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.04.2009 Капитан - ReMMeR
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.drugdiscoveryathome.com/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Новичкам: статья со скриншотами, как поставить и настроить BOINC-менеджер
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же Именем и EMAIL. если при регистрации в проекте указать другой e-mail , BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! В этом случае рекомендуется зайти во все ваши аккаунты и во все проекты и где надо поменять емейл на нужный. Через некоторое время ваши аккаунты сольются в один с одним cross-project-id.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:

Drug Discovery at Home (в пер. с англ., найди лекарство дома) — российский биомедицинский проект распределенных вычислений, основанный на платформе BOINC. Научные цели проекта DrugDiscovery@Home (DD@Home) связаны с исследованиями фолдинга белков, рака, старения, стволовых клеток, а также с поиском новых лекарственных средств от ряда заболеваний. Проект пока не имеет формальных отношений ни с одной фармацевтической компанией или академическим учреждением, а развивается на энтузиазме и за счет смешанной российско-американской группы разработчиков.

В настоящий момент проводится предварительное альфа-тестирование серверной части проекта и расчетного клиента DrugDiscovery@Home, основанного на таких известных пакетах специализированного ПО как GROMACS (симуляция молекулярной динамики биологических молекул) и Autodock (молекулярный докинг). Желающие принять участие в альфа-тестировании или помочь в техническом развитии проекта, могут обратиться лично к Андрею Воронкову — научному сотруднику МГУ и главному куратору DrugDiscovery@Home.

Ссылки по теме:

Текст взят из : Вики © Arbalet

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 12 2010, 20:53

[Rilian]

У меня грузят и на win32 и на mac

[Tamagoch]

у меня так сразу было... 2-3 минуты что-то делает какими-то своими утилитами (распаковывает что ли) и не грузит проц, потом запускается автодок и минут 20-25 считает

[T0lsty]

как раз в момент распаковки проц не юзается почти , но комп тупит огого...
а когда куча мелких заданий - это ппц .

[(_KoDAk_)]

а вот теперь задания по 8 и больше часов и ктому же все с ошибками

[Rilian]

2009-08-26: Our project is back online. We now have a workflow to further analyze docking results using molecular dynamics. We are also on the verge of providing GPU support. Our project needs its volunteers to come back. Your credits can be restored. Just provide us your username, authenticator and email address. We also have acocunt creation temporarily enabled so you can register. -Jack

Пишут, что открыли рекистрацию и проекту нужно больше компьютеров

[T0lsty]

Кодаг - Пользователь Дня

[Rilian]

2009-10-05: We are improving the progress bar for our apps. This is especially important for mdrun where we want to run simulations for several days. With a progress bar that updates every 100 steps of a 5 million step simulation, a cruncher should be more confident that the simulation is running properly if they see th progress bar updating over the course of 5 days. In addition, checkpointing is already a feature native to this app, so if you pause, you should be able to return to the same point in the simulation. -Jack

пишут что ВЮ будут по 5 дней

[T0lsty]

у них крайности ..
то 9-10 сек .. то 5 дней ..
нах такое нада

[(_KoDAk_)]

не дружественный проект однозначно
T0lsty, прав крайностей им не занимать

[Rilian]

это альфа проект, ошибки или не стабильне время ВЮ могут быть.

[Rilian]

початился с админом проекта. позже напишу новости

и да если у когото есть вопросы - задавайте, я форвардю

[Rilian]

Проект переезжает на более мощный сервер (на тот же хостинг что и проект Hydrogen@home)

Те длинные 5-дневные задания использовались для тестирования, в том числе и возможности разбивать большие задания на более мелкие. В будущем задания будут меньшего размера.

John Shultz: I agree I sent out a couple long ones just as a test to figure out if my estimates are adequate, there is a way I could reduce size of individual workunits for longer simulations. The strategy would be to report a days worth of simulation back to the server, I run a script that parses the workunit name and figures out that we need to send another increment

Также в проекте пока много проблем с программой mdrun (MD = molecular dynamics)

Также ведутся работы над более точным прогрессбаром в MGL Tools/ Autodock

Также ведутся работы над исследовательской стратегией проекта (то есть что считать).

John Shultz: I've been neglecting that project, hoping Andrey can collaborate with me on that as well. I need another mind to develop a research strategy

Также возможно через какое-то время будут какието публикации о прогрессе проекта DD@H.

[Peret]

Открыта регистрация в проекте.
Только ведет он себя, мягко говоря, странно.
загрузил 450 заданий дедлейн до 19 числа пришлось все отменять.

[Rilian]

Jack Shultz:

I am kind of focused more on DD@H, I wish I had a research partner interested in enzyme research...I need some help with some of the theoretical work involved. However, working with Andrey on DD@H is providing more experience that could prove useful in enzyme studies and maybe down the road he would like to help collaborate on that project more. It is a little more advanced and unproven. So I hope to use H2@H as a test bed in the short term and long term apply more advanced research tools

I could talk a little more in specifics but to be brief, there are topics that I have a hard time understanding and I need more help from theoretical chemists.

Right now I'm developing a reverse screening workflow. Our collaborator at the University of Oslo has a set of compounds he does not know what they are good for, so we want to go through all know protein structures to find what are good scores.

[Rilian]

MDRUN app is working very well on Windows and 64-bit Linux. There is a little problem on startup for 32-bit Linux where the wrapper fails to execute. It should be fixed in a few days. Otherwise the project is looking spectacular!