Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Що таке Folding@home і навіщо воно мені, Інформація для тих, хто хоче приєднатись
romko
Oct 15 2005, 13:02
Пост #1


стааарий кранчер
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 538
З нами з: 30-September 05
З: далеко
Користувач №: 128
Стать: Чол
Парк машин:
1 Core i5-520M@2400 MHz, 2048 MB DDR3@667 MHz



Запрошую всіх небайдужих до розвитку науки і боротьби зі смертельними хворобами приєднуватися до проекту розподілених обчислень, що проводиться під егідою Стенфордського університету і носить назву Folding@home. Суть проекту полягає в моделюванні згортання білків з метою виявлення можливих проблем згортання, які призводять до хвороб Альцгеймера, Паркінсона, діабету типу II, коров'ячого сказу, склерозу і деяких типів раку. Поглиблене розуміння цих процесів допоможе з'ясувати точну картину виникнення захворювання і розробити методи продидії.

Подібно до інших відомих проектів (SETI@Home, distributed.net, Finad-a-Drug), в Folding@Home приймають участь сотні тисяч власників персональних комп'ютерів, на яких виконуються невеличкі порції-завдання. Обчислення проводяться в фоновому режимі з мінімальним приоритетом, тому не заважають нормальній роботі з комп'ютером. Інтернет потрібен лише для отримання завдань і відправки результатів в автоматичному режимі без участі користувача. Типові завдання мають розмір порядка 100 КБ, а результати - до 1 МБ на один білок, при тому, що на обрахування одного білка в Folding@Home йде від 2 до 10 робочих днів. Вимоги до ПК - Duron/Celeron або вище, 10-20 МБ пам'яті для роботи.

Ведеться статистика для кожного учасника. Учасники можуть об'єднуватися в команди за країнами, містами чи спільними уподобаннями. Команда України зараз (04.01.2006 13:00) посідає 388 місце з 42019: офіційна статистика або розширена статистика. Це не дуже престижне місце для країни, де сотні тисяч гігагерцових процесорів ганяє порожні цикли в офісах чи приватних помешканнях. sad.gif

Тому ласкаво прошу на http://folding.stanford.edu/, викачуйте клієнтське програмне забезпечення, читайте інструкції тут або на сайті проекту і записуйтесь в команду 2164. Зробіть свій посильний внесок в подолання хвороб! Якщо є якісь питання, можете їх задавати і консультуватись з учасниками команди України в цьому форумі.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
6 Сторінки V « < 3 4 5 6 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(60 - 74)
Rilian
Sep 5 2009, 23:45
Пост #61


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Если бы был единственный способ сворачивания, то проекта folding@home не понадобилось бы так как все всегда сворачивалось правильно


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Sep 6 2009, 00:01
Пост #62


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Не соглашусь, конкретный белок является таковым только потому, что сворачивается в строго определенную пространственную структуру и единственно возможным для данного набора факторов образом. Если же он начнет сворачиваться во что-то другое, то это уже будет "неправильный" белок, который накапливаясь вызовет серьезное заболевание. А начнет неправильно сворачиваться белок только в случае изменения каких-то определяющих факторов внешней среды или свойств аминокислот в цепочке.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Sep 6 2009, 00:06
Пост #63


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Логично. Получается, что главная причина неправильного сворачивания - либо среда либо то, что неправильно создало цепочку (кстати, как эти цепочки создаются, в 2 словах?)... Зачем тогда изучать сворачивание если, получается, оно уже предопределено?


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Sep 6 2009, 00:23
Пост #64


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Вся загвоздка в том, что это самое сворачивание пляшет от огромного числа переменных, подбором которых и занимаются в ФАХ, помимо всего прочего, чтобы адекватно воспроизводить картину сворачивания в модельных экспериментах с различными белками. Ну и самое главное, точно знать, какие параметры наиболее сильно влияют на фолдинг и могут повернуть его в неблагоприятную сторону, это даст ключ к лечению болезней, вызываемых неправильными белками. А ваще я ну ни разу не специалист в этих делах - надо бы поймать какую-нить панду профессора и припереть к стенке с этими вопросами. smile.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Jun 7 2010, 21:39
Пост #65


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Обстоятельнейшая статья о белках, фолдинге и etc: Тепловой шок и старение thumbsup.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Hogo Fogo
Jul 30 2011, 21:11
Пост #66


добрый линуксоид
***

Група: Validating
Повідомлень: 40
З нами з: 5-February 07
Користувач №: 425
Стать: Чол
Парк машин:




Не могу найти на официальных ресурсах подтверждения того, что Folding@home используется для исследований диабета 2 типа.
Данная информация для меня является принципиальной, если кто-то укажет источник - заранее благодарен.

P.S. Википедия как источник категорически не подходит.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
KING100N
Jul 30 2011, 22:34
Пост #67


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 788
З нами з: 17-October 08
Користувач №: 847
Стать: Чол



Hogo Fogo,
Напишу им на форум на этот счет
А если этим сейчас не занимаются, команда может потерять одного из лидеров?


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Salmonella
Jul 31 2011, 08:48
Пост #68


кранчер-новачок
***

Група: Trusted Members
Повідомлень: 39
З нами з: 10-June 10
Користувач №: 1 414
Стать: Чол



(Hogo Fogo @ Jul 30 2011, 21:11) *

Не могу найти на официальных ресурсах подтверждения того, что Folding@home используется для исследований диабета 2 типа.

А оно должно быть это подтверждение? На Саймапе кто-то задавал вопрос, нашли какое-то сообщение от Панде (2002 год) и всё.
Как посравнить, да посмотреть
Век нынешний и век минувший:
Свежо предание, а верится с трудом.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
KING100N
Jul 31 2011, 10:14
Пост #69


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 788
З нами з: 17-October 08
Користувач №: 847
Стать: Чол



Hogo Fogo,
http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=66&t=19140


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Hogo Fogo
Jul 31 2011, 10:55
Пост #70


добрый линуксоид
***

Група: Validating
Повідомлень: 40
З нами з: 5-February 07
Користувач №: 425
Стать: Чол
Парк машин:




(KING100N @ Jul 30 2011, 23:34) *

Hogo Fogo,
Напишу им на форум на этот счет
А если этим сейчас не занимаются, команда может потерять одного из лидеров?

Если это так, нужно как минимум исправить информацию у нас на форуме - она должна быть достоверной.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tyoma
Jul 31 2011, 11:21
Пост #71


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 823
З нами з: 9-June 04
З: Надвірна
Користувач №: 53
Стать: Чол



(KING100N @ Jul 31 2011, 11:14) *

Можете цитату привести? Там регаться нужно, а как то неохота.


--------------------
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
KING100N
Jul 31 2011, 11:28
Пост #72


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 788
З нами з: 17-October 08
Користувач №: 847
Стать: Чол



QUOTE
Two new beta projects (2974-2975) using the FahCore A4 v2.27 for simulate the hIAPP (human islet amyloid polypeptide, also called amylin). Around 95% of all patients with Type II diabetes have large deposits composed of the hIAPP. Experiments show that the formation of hIAPP aggregation can induce apoptotic cell-death in insulin-producing beta cells, an effect that may be relevant to the development of type 2 diabetes.We hope to understand the pathway of the aggregation of this protein so we can design drugs to prevent it.

You will get extra points by returning these WU ahead of the preferred time (timeout).

2974 p2974_hIAPP_300K
Points 895
timeout 13.3
deadline 22.17
k-factor 0.75

2975 p2975_hIAPP_350K
Points 895
timeout 13.3
deadline 22.17
k-factor 0.75


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tyoma
Jul 31 2011, 11:32
Пост #73


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 823
З нами з: 9-June 04
З: Надвірна
Користувач №: 53
Стать: Чол



Спасиб


--------------------
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Hogo Fogo
Aug 1 2011, 09:12
Пост #74


добрый линуксоид
***

Група: Validating
Повідомлень: 40
З нами з: 5-February 07
Користувач №: 425
Стать: Чол
Парк машин:




Спасибо. thumbsup.gif

P.S.
Вот нашел по номеру проекта:

Projects 2974-2975 study the hIAPP (human islet amyloid polypeptide, also called amylin) that is a misfolding peptide involved in Type II diabetes. Like other misfolding peptides, hIAPP is generally unstructured in water solution but adopts an alpha-helix structure when binds to the cellular membrane. Around 95% of patients with Type II diabetes exhibit large deposits of misfolded hIAPP (beta-sheet structure). Experiments show that hIAPP aggregation can induce apoptotic cell-death in insulin-producing beta cells, an effect that may be relevant to the development of type 2 diabetes. We aim to understand the pathway of hIAPP aggregation in order to design drugs to prevent it.

This project uses the GRO-A4 FAH core and is hosted by Folding@home server: folding3.ust.hk

This project is managed by Qin Qiao, Daniel-Adriano Silva and Prof. Xuhui Huang at the Hong Kong University of Science and Technology. The main goal of the Huang lab is to understand and manipulate fundamental biological processes associated with conformational changes by developing and applying novel computational tools which bridge the gap between experiments and simulations. Examples of our interested research areas include RNA folding, protein misfolding/aggregration, conformational changes in Transcription Elongation, and the development of Markov State Models for long timescale dynamics. We have set up a hub for Folding@Home in Asia.

http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/fahpro...bebanned?p=2974


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Hogo Fogo
Mar 18 2012, 00:10
Пост #75


добрый линуксоид
***

Група: Validating
Повідомлень: 40
З нами з: 5-February 07
Користувач №: 425
Стать: Чол
Парк машин:




Хорошая тематическая статья на Хабре: Введение в биовычисления по сворачиванию. От белков к РНК

P.S. ссылка на вторую часть: Мат. критерии

P.P.S. Понял далеко не всё... blush.gif


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

6 Сторінки V « < 3 4 5 6 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 19th September 2020 - 20:20

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.