Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Poem@home, Моделирование структуры белка
nikelong
Dec 25 2007, 18:59
Пост #1


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол





Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"
(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков



Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"


(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."



Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."


Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.


(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."


Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
23 Сторінки V < 1 2 3 4 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(15 - 29)
Rilian
Jan 27 2009, 22:18
Пост #16


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(Death @ Jan 24 2009, 16:11) *

Jan 24 , 2009 -
From 24.01 to 08.02 a Benefiz Crunching project will be held on our project. During this timeframe we wanted to crunch a project, which can be finished during the timeframe of the benefiz. More information about this project will be released on monday, so stay tuned. Workunits connected to this project will be running under the Peptide_ name.
Although we were warned, we were overwhelmed by the support everybody is offering for the Benefiz-Crunching on our project. The shortage of workunits in the starting stages of the Benefiz Crunching should be over very soon as 80.000 workunits are in the generation queue at the moment. Thanks for your support!

Уже несколько таких посчитал.

На ВЮ на core 2 duo 2.1Ghz уходит до полутора часов thumbsup.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 27 2009, 22:28
Пост #17


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Подробнее о проекте 384

(кстати, на оф сайте оч интересная инфа о всех подпроектах - во первых есть рисунок белка, во вторых есть таблица по юзерам и командам кто предсказал лучшую структуру)

Peptideanalysis 384

We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability.

Изучаются белки которые могут проникать в мембраны клеток (например для доставки лекарств) а также немного измененные белки, которые не могут проникать сквозь мембрану. Цель этого подпроекта 384 - выяснить почему вторые не могут проникать в клетку и какие именно последовательности этому мешают

http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section...age&project=384

имхо проект = ФАХ2


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Jan 27 2009, 23:08
Пост #18


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



QUOTE
есть рисунок белка

это не рисунок, а полноценная 3D модель с Zoom и вращением
да Poem изначально рулил и все больше и больше продолжает рулить

да не зря ж сюда вгатили топовые команды стока мощностей и продолжают отжигать

к тому же уних есть оптимистичный раздел: Results

им осталось расширить количество платформ + х64 + CUDA )
QUOTE
имхо проект = ФАХ2

ему бы такую спонсорскую поддержку

а ну и формальность, что бы boincsynergy.com не считали его Beta Projects


и я уже начинаю его ревновать к Розетте ))))))


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Tamagoch
Feb 12 2009, 09:43
Пост #19


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 737
З нами з: 27-September 03
З: Бровари
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
AMD x5 + Intel x2



ПОЕМ подтверждает теорию о том, что юзера дня дают чтобы вернуть человека в проект smile.gif
позавчера переключил машину на магнетизм...


--------------------
Кор2дуо не мой, я просто разместил там BOINC :)
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Mar 10 2009, 12:25
Пост #20


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



добавлен новый проект "Peptideanalysis 387"

We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability.

To the right you will find the best energy structure (to date) of the first sequence. Below is a table of all the best energy structures and the people who have discovered them. This table will be updated once per day. To check out the other structures just click on the structure ID in the first column of the table. If you cannot see the Java applet on the right, please check your Java install.


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
May 15 2009, 18:12
Пост #21


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



В проекте начато исследование системы секреции третьего типа у патогенных бактерий (Type III Secretion System Project, project 412). Эта система, подобно троянскому коню, позволяет бактериям заражать ежегодно сотни миллионов человек, вызывая тяжелые инфекционные заболевания.

Система секреции третьего типа (Type three secretion system, TTSS или T3SS) является одной из основных причин вирулентности таких бактерий как:
  • Шигеллы (Shigella) — попадают в организм человека с пищей и вызывают, в частности, бактериальную дизентерию (Shigella dysenteriae) — тяжелую кишечную инфекцию. Ежегодно от шигеллы страдает свыше 165 млн. человек, из которых более 1 млн. погибают.
  • Кишечные палочки (E. coli) вызывают пищевые отравления и расстройства кишечника. Только один вид E. coli заражает каждый год 200 млн. людей (380 тысяч случаев смерти), преимущественно в развивающихся странах.
  • Сальмонеллы (Salmonella) — возбудители брюшного тифа и паратифа, на долю которых приходится 30 млн. заболеваний и 250 тысяч смертей ежегодно.
  • Чумная палочка (Yersinia pestis) — инфекционный агент, вызывающий чуму, например, такую, от которой в 1300-х годах в Европе погибло 30% населения.
  • Синегнойная палочка (Pseudomonas aeruginosa) — "больничная" инфекция, поражающая людей с ослабленным иммунитетом; очень опасный возбудитель, устойчивый к антибиотикам.
  • Хламидии (Chlamydia) — возбудители большого числа венерических заболеваний, а также основная причина инфекционной слепоты во всем мире.
Система секреции третьего типа — биомолекулярная "машина", которая внедряет содействующие заражению специфические белки (так называемые эффекторы) в клетки организма. Например, сальмонеллы с помощью системы секреции третьего типа изменяют структуру мембраны эпителиальных клеток и легко проникают в них.

Особый интерес для исследователей из POEM@HOME представляет сигнал, запускающий механизм секреции белков третьего типа. Это ключевое событие в процессе инфицирования клетки и его нарушение (ингибирование) предположительно может лишить бактерии возможности заражать здоровые клетки. Характер сигнала секреции до настоящего времени неизвестен. Поэтому любое продвижение в данном направлении может стать основой для разработки антибиотиков нового типа, которые смогут значительно снижать вирулентность патогенных бактерий. В отличие от существующих антибиотиков, которые подавляют жизнеспособность размножающихся бактерий и вызывают массу побочных эффектов, новый тип препарата будет только ограничивать инфекционные возможности бактерий, не нанося непоправимого урона полезной микрофлоре человеческого организма.

Патогенные бактерии, использующие систему секреции третьего типа — настоящий бич для развивающихся стран. Особенно часто от вызываемых ими инфекций страдают дети и люди с ослабленной иммунной системой, в частности, больные СПИДом. Постоянный рост резистентности (устойчивости) к антибиотикам бактерий вызывает острую необходимость в разработке новых методов борьбы с ними. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила кишечные инфекции одной из основных проблем в области глобального здравоохранения, и призывает к активным научным работам по данной проблематике. Будем надеяться, что результаты исследования системы секреции третьего типа, начатые проектом POEM@HOME, подарят нам надежду на появление новых антибиотиков.

Интернет-журнал "Распределенные вычисления" shuffle.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
YuRi
May 15 2009, 18:29
Пост #22


BOINC-одессит
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 680
З нами з: 6-May 06
З: Odessa
Користувач №: 211
Стать: Чол
Парк машин:
25, від P-III/650 до C2D E4400@3GHz, переважна більшість Celeron 430@2.025GHz



(Arbalet @ May 15 2009, 19:12) *
Патогенные бактерии, использующие систему секреции третьего типа — настоящий бич для развивающихся стран. Особенно часто от вызываемых ими инфекций страдают дети и люди с ослабленной иммунной системой, в частности, больные СПИДом. Постоянный рост резистентности (устойчивости) к антибиотикам бактерий вызывает острую необходимость в разработке новых методов борьбы с ними. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила кишечные инфекции одной из основных проблем в области глобального здравоохранения, и призывает к активным научным работам по данной проблематике. Будем надеяться, что результаты исследования системы секреции третьего типа, начатые проектом POEM@HOME, подарят нам надежду на появление новых антибиотиков.
Блин, они что, действительно не понимают, что это замкнутый круг?
Или они серьезно надеются побороть естественный отбор?
Для борьбы с подобными "напастями" пока еще вполне достаточно привития народу элементарных гигиенических навыков.
ИМХО в своей гонке за "новыми антибиотиками" они скорее добьются выведения таких штаммов бактерий, которым будет не страшен и ядренный взрыв.
"Вот тогда мы похохочем" © sad.gif


--------------------
Гармонично недоразвитая личность
(Show/Hide)




















User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
May 18 2009, 11:32
Пост #23


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



YuRi, евгенику зобанели. социал-дарвинизм непопулярен.

что делать?


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
May 22 2009, 11:37
Пост #24


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



пофиксил инфу о команде


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
cosmo_vk
Jun 25 2009, 07:22
Пост #25


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 86
З нами з: 19-September 08
З: Ковров
Користувач №: 828
Стать: НеСкажу
Парк машин:
всего по немногу



чего-то команда Украины совсем не считает в проекте... sad.gif


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Jun 25 2009, 09:30
Пост #26


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



та тяжелые времена ( + лето жара
+ ушли силы на наполнение таблички в подписи) (но эта работа почти выполнена на базовом этапе (по крайней меря для меня)))
а теперь понемногу вернемся привычному ритму



--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
cosmo_vk
Jun 25 2009, 10:59
Пост #27


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 86
З нами з: 19-September 08
З: Ковров
Користувач №: 828
Стать: НеСкажу
Парк машин:
всего по немногу



у нас пока жары нету, так что щелкаем вушки как орехи. smile.gif

Давайте начинайте считать, а то скоро вас догонят другие команды(типа University of British Columbia, они правда и нас(Russia) относительно скоро достанут). Так что усе на поднятие своего рейтинга!

http://ru.boincstats.com/stats/overtake_st...ect=team&id=191


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
May 21 2010, 09:51
Пост #28


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



May 20 , 2010 -

After modeling the three helix bundle of Target 517 in Job CASP 439, CASP 440 relaxes the whole model now to pick out the energetically best.

May 17 , 2010 -

Also in 2010 POEM@HOME will participate in CASP 9. The first CASP workunits are from Target T517, where we try to fold a part of the protein (a three helix bundle) with POEM@HOME and merge it with another part created using homology information. The first week of CASP had only easy targets. The next weeks (especially June/July will bring more difficult targets according to the CASP commitee. CASP information link


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
Jun 7 2010, 11:25
Пост #29


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



June 02 , 2010 - CASP 9 T531 news, T540 and T544

The modeling of T531 can be considered a success. We found in total three dominant folds, which were all quite stable in the POEM forcefield, but only one had the disulfide bridges all developed. We will submit all three folds to CASP with the first one being the one with all disulfide brigdes developed - expect pictures on tuesday. Following will be a very short relaxation of T540 as job CASP442 and a longer relaxation of T544 as job 443. Job 445 will be a regular data job simulating the docking of Antithrombin with some protein ligands.

May 28 , 2010 - CASP 9 T531

The results of the model for T517 look like a success. If our predictions are correct will only be known after CASP of course. The next job, which should go online today at night or early tomorrow will be the first real hard target T531. We generated models locally for this and they will now be relaxed in job CASP 441 to determine which is the most energetically feasible model.


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Gelo
Jun 8 2010, 21:02
Пост #30


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 205
З нами з: 17-July 09
З: Дніпропетровськ
Користувач №: 1 114
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты.



June 02 , 2010 - CASP 9 T531 resultpage

The modeling results of Target T531 are now visible on the 6e047365df22.gif resultpage . Thanks to everybody giving a helping hand here! koc.gif


--------------------
(Show/Hide)



User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

23 Сторінки V < 1 2 3 4 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 29th November 2021 - 04:59

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.