Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> FightAIDS@home, поиск лекарств от ВИЧ и СПИДа
Rilian
Jun 18 2007, 16:31
Пост #1


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



IPB Image

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* Официальный сайт
* Прогресс и статус исследований на официальном сайте

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gif

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

QUOTE
What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.


IPB Image

График проекта
IPB Image

Ссылки

ВИЧ 3D

Це повідомлення відредагував Rilian: Sep 8 2010, 11:49
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
15 Сторінки V < 1 2 3 4 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(15 - 29)
Abbath
Jul 2 2007, 21:12
Пост #16


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Есть ли тут какой-нибудь кеш заданий? Тоесть возможнось закачать штук 20, а потом считать по очереди. А то сегодня оставил комп с двумя заданиями в процессе и одним в очереди. Прихожу - всё посчитано, отправлено, 1 новое загружено и всё, пауза. wacko.gif Часа 3 точно нифига не считал. Стартую - качает еще два и в итоге опять 2 в процессе и одно в очереди. Места на диске свободного гига 3, в настройках "Leave at least: 0.5 Gigabytes of disk space free" так что должно хватать.


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jul 2 2007, 21:24
Пост #17


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Да, вроде есть. у меня все время в кэше лежит штук по 6 заданий. Зайди в настройки проекта и выставь время соединения с сервером максимальное.. Например у меня сейчас стоит 0.5 дней и с тех пор как я перешел с 0.1 кол-во заданий в кэше увеличилось

зы: УКРАИНА на 862м месте ! smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jul 2 2007, 21:37
Пост #18


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Оооо, то что надо, после обновления сразу пару заданий подгрузил. Спс за подсказку smile.gif Как раз мне 4-5 задания на полдня )


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jul 5 2007, 10:58
Пост #19


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Команда Украины уже на 858 месте!

drinks2.gif prapor.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jul 10 2007, 14:03
Пост #20


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Уже 845-е! new_russian.gif biggrin.gif prapor.gif


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jul 14 2007, 10:01
Пост #21


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



833 место


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jul 15 2007, 15:52
Пост #22


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Как-то быстро прыгнули - сегодня уже 825-е. smile.gif И у меня за день получилось больше 5000, подозрительно много )) Хотя всеравно пока сидим в ж... sad.gif


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jul 17 2007, 17:32
Пост #23


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Шагаем широким шагом biggrin.gif 812-е место.

З.Ы. Давайте проведем рекламную кампанию по форумам что б побольше людей подключилось, drinks2.gif а то так к первой сотне долго будем идти...


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Oleg82
Jul 19 2007, 08:04
Пост #24


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 321
З нами з: 26-October 06
Користувач №: 308
Стать: Чол
Парк машин:
Quad Q6600 2.4GHz/3Gb



а где вы смотрите передвижение команды? look.gif

adit: нашол, вы за два дня прыгнули на 530е место, а почему в стате показивает что вы поднялись за неделю на 19 мест ph34r2.gif


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jul 19 2007, 08:37
Пост #25


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



530 ?


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Oleg82
Jul 19 2007, 09:10
Пост #26


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 321
З нами з: 26-October 06
Користувач №: 308
Стать: Чол
Парк машин:
Quad Q6600 2.4GHz/3Gb



народ от чего такая мутка что в статистике free-dc и боинк вы на 530м месте и у вас 23 участнега а оф сайте вас 62 и вы на 800м ? idontno.gif


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
nikelong
Jul 19 2007, 09:17
Пост #27


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол



Наверно потому что я в фридц забил не ту команду.

Люди, скиньте действительно ту ссылку по которой вы смотрите стат (!)


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Oleg82
Jul 19 2007, 09:43
Пост #28


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 321
З нами з: 26-October 06
Користувач №: 308
Стать: Чол
Парк машин:
Quad Q6600 2.4GHz/3Gb



(nikelong @ Jul 19 2007, 03:17 AM) *

Наверно потому что я в фридц забил не ту команд


но boinc статистика такая же как и free-dc , и в обоих есть rilian и Abbath wacko.gif


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vlad_k
Jul 19 2007, 10:15
Пост #29


мрію про ферму...
*****

Група: New Members
Повідомлень: 163
З нами з: 29-August 06
З: г. Севастополь
Користувач №: 259
Стать: Чол
Парк машин:
Athlon 64 X2 5600+@2,9ГГц Athlon 64 X2 4000+@2,3ГГц



Мне кажется разница заключается в том, что в Boinc показывается статистика всего проекта World Community Grid, а Fightaids является только одним из подроектов. Всего там 7 подпроектов: FightAIDS@Home, Human Proteome Folding 2, Beta Testing, Genome Comparison Completed, Help Defeat Cancer, Human Proteome Folding, Help Cure Muscular Dystrophy

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/vie...tShortName=faah


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jul 19 2007, 23:00
Пост #30


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



(Vlad_k @ Jul 19 2007, 11:15 AM) *

в Boinc показывается статистика всего проекта World Community Grid, а Fightaids является только одним из подроектов. Всего там 7 подпроектов...

Да... похоже что так и есть. 6000 с чем-то кредитов, как у меня сейчас, это мои баллы в общем рейтинге с учётом того что я участвую только в одном из 7-ми проектов World Community Grid. В Fightaids у меня вообще загадочная цифра 40,721 smile.gif Как они внутри проекта начисляют баллы хз...
Статистику смотрю через клиент, так удобней- выбрал "My Grid", а он сам уже законнектится куда надо )) ну или можно за ней приглядывать тут:
http://www.worldcommunitygrid.org/team/vie...amId=J8H4J4QPN1
вот это как бы "основная" команда UA, почти официальная smile.gif


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

15 Сторінки V < 1 2 3 4 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 16th May 2022 - 07:40

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.