Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Docking@home, Изучаем механизм взаемодействия лиганда с белком
nikelong
Aug 9 2007, 21:42
Пост #1


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол





Проект "Docking@home"

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 30.06.2008 Капитан - (_KoDAk_)
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://docking.cis.udel.edu/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:
Docking@home - совместный проект, который стремится решить проблемы как информатики, так и биологической науки. С точки зрения биологической науки, целью проекта является дальнейшее расширение знаний об атомных деталях взаимодействий лиганда белка и, изучая это, возможные поиски и открытие новых фармацевтических препаратов. С точки зрения информатики, этот проект стремится расширить круг добровольных вычислений, чтобы помочь адаптивному моделированию мультимасштабных приложений: различные модели, которые представляют природные явления с различным уровнем точности и требований к ресурсам, будут выбраны для выполнения, основанного на результатах, разработанных пока для характеристик комплекса лиганда белка. Docking@home вовлекает сотрудничество среди Университета Техаса - Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии - Беркли и включен BOINC. Docking@home - часть проекта DAPLDS (или Динамически Адаптивный проект Системы Стыковки Лиганда белка) и поддержан Национальным Фондом Науки (национальный научный фонд).



Docking@Home привлекает к сотрудничеству Университет Техаса – Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии – Беркли и использует для вычислений программное обеспечение с открытым исходным кодом – BOINC. Docking@Home – часть проекта DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project или Динамически Адаптивный проект Системы Взаимодействия Белок-Лиганд) и поддержан Национальным Научным Фондом США (National Science Foundation).

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://www.boinc-af.org/content/view/245/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Dockingathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Docking%40home/en


http://www.polarseti.ru/page.php?23

http://distributed.ru/wiki/pro:docking

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 18 2010, 19:59
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
6 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(30 - 44)
(_KoDAk_)
Feb 18 2009, 21:33
Пост #31


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



February 17, 2009 10:26 EST

This week we will resume some short tests with trypsin. We will test: 1c1r, 1c2d, 1c5t, and 1ce5. The model has been changed and the workunits should be more stable.


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Mar 15 2009, 12:04
Пост #32


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



March 13, 2009 18:42 EST

We are ready to distribute new computation with a new, more accurate model of the docking process. More about the new model can be found in the forum.

QUOTE

Dear D@H Volunteers,

We are ready to submit new docking simulations with a new computation model (i.e., algorithm for the simulation of the docking process). This time we have improved the way we represent the effect of the solvent in the docking process. We know that ligands and proteins interact immersed in a solvent (water) and the solvent can affect the docking process.

This new model should be more accurate because the solvent representation and its effect on the docking process are more accurately represented. Unfortunately the model is also more time demanding. So for example, given a job comprising a protein and a ligand, in preliminary tests 40 docking attempts take approximately:

- 2.3 to 2.6 hrs - GenuineIntel Intel® Core 2 Extreme CPU Q6800 @ 2.93GHz

- 3.0 to 3.5 hrs - GenuineIntel Intel® Core 2 CPU 6600 @ 2.40GHz

- 7.0 to 7.2 hrs - GenuineIntel Intel® Pentium 4 CPU @ 3.00GHz

We tested the model extensively in the past two weeks but, as usual, testing is never enough. Please help us to tune the new model and address any issue. The distribution will start next week.

The jobs will have the tag "mod0014" in the name. We will also post further news before to start distributing.

Thanks,

Michela


Новая модель в бОльшей степени учитывает влияние внешней среды (воды) при докинге 2 молекул. Также новый алгоритм требует бОльших вычислений, и это примерно составит

- 2.3 до 2.6 часов - GenuineIntel Intel® Core 2 Extreme CPU Q6800 @ 2.93GHz

- 3.0 до 3.5 часов - GenuineIntel Intel® Core 2 CPU 6600 @ 2.40GHz

- 7.0 до 7.2 часов - GenuineIntel Intel® Pentium 4 CPU @ 3.00GHz

Разработчики просят обо всех ошибках и замечаниях сообщать на форуме. ВЮ с новой моделью называются mod0014_*

Це повідомлення відредагував Rilian: Mar 15 2009, 12:33


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Mar 18 2009, 01:06
Пост #33


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



вот ток а меня настораживает лимит в 72 результата вдень(
это даунизм какой-то


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Mar 21 2009, 23:36
Пост #34


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



ладно задания пошли толстые 140 минут на 3300Mhz квада
так что заданий на день хватает сголовой тепере
так что пока буду кочегарить


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Apr 19 2009, 19:48
Пост #35


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



50к рубеж взять

команда 215к
41 место


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
May 1 2009, 19:21
Пост #36


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



Dear Volunteers,

There is a problem with the workunits currently distributed. Please abort ALL 1hpv workunits you might have received. Those workunits were sent with a corrupted input file which is preventing the timely execution of them.

We are really sorry for the inconvenience. Thank you for your understanding.


The Docking@Home Team

To opt out of future emails from Docking@Home, please edit your project preferences at http://docking.cis.udel.edu/prefs.php?subset=project


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Jun 24 2009, 18:37
Пост #37


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



В научной базе Newswis опубликована статья о проекте Docking@home

Аннотация:
Знаете ли вы о том, что сегодня можно предоставить свободные вычислительные ресурсы своего компьютера для помощи ультрасовременному биомедицинскому научно-исследовательскому проекту, нацеленному на обнаружение лекарств от ВИЧ, болезни Паркинсона, артрита и рака молочной железы. Этим занимаются специалисты из Университета Делавэра в рамках проекта распределенных вычислений Docking@Home, который получил поддержку Национального научного фонда США. Более 6 тысяч добровольцев во всем мире с азартом участвуют в этом проекте, ускоряя научные вычислительные эксперименты, способные сделать прорыв в лечении тяжелых заболеваний.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Jun 24 2009, 21:32
Пост #38


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



а что дает поддержка Национального научного фонда США ?


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Aug 8 2009, 09:39
Пост #39


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



обновились расчетные модули)


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Aug 26 2009, 23:17
Пост #40


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



D@H third phase
August 26, 2009 11:58 EST
Since we started tesing HIV1 we expect that the workunits will be shorter than our previous batch. We have also detected download errors in some machines, we are investigating if this issue has something to do with the new complexes or are more a BOINC-related issue.

D@H third phase
August 26, 2009 11:45 EST
Today D@H starts its 3rd phase of validation. This time we will dock HIV1 protease, Trypsin, and P38alpha proteins using ligands with very different initial conformations than those in the crystal complexes. With these experiments we expect to prove that by combining our prostprocessing with our sampling capabilities, D@H is able to find near-native structures even if the initial conditions are not favorable.


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Oct 20 2009, 02:01
Пост #41


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



D@H third phase: Trypsin
October 19, 2009 18:07 EST
We are starting the distribution of trypsin complexes using initial configurations that are at least 5A away from the crystal structure. With this set of experiments we expect to prove that our preprocessing algorithm can find native-like docking structures despite the initial conditions of the docking.


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
pavlan
Jan 27 2010, 21:05
Пост #42


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 4
З нами з: 24-January 10
Користувач №: 1 277
Стать: Чол
Парк машин:
1 штука) DC E5300@3.7GHZ 3GB озу 4850 1гб видюшка Ж.Д. 500гб



нмогу зарегениться((

после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данныеexcl.gif! что за дела!?
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 27 2010, 23:53
Пост #43


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(pavlan @ Jan 27 2010, 21:05) *

нмогу зарегениться((

после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данныеexcl.gif! что за дела!?

попробуй через BOINC

там добавишь проект (URL) и выберешь "новый юзер"

А дальше оно само тебя зарегистрирует. Останется только зайти в аккаунт, вступить в команду Ukraine cool2.gif и настроить все под себя rilian.gif

Если выкидывает со страницы выбора никнейма, то попробуй в другом браузере. Может у тебя какие-то левые плагины стоят?


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
Jan 28 2010, 11:52
Пост #44


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите. idontno.gif


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 28 2010, 12:32
Пост #45


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 342
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(corsar83 @ Jan 28 2010, 11:52) *

Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите. idontno.gif

Привет. судя по статусу серверов там все ОК

http://docking.cis.udel.edu/status/

А что конкретно пишет BOINC? Можешь скопировать и вставить сюда текст из Messages?


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

6 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 24th October 2021 - 15:10

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.