RNA World (beta), исследование РНК оргинизмов: от простейших до РНК человека |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
RNA World (beta), исследование РНК оргинизмов: от простейших до РНК человека |
nikelong |
Jan 2 2010, 02:07
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Проект "RNA World (beta)"
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 03.01.2010 Капитан - distributed.org.ua ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://www.rnaworld.de/rnaworld/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine. Нажмите Join чтобы вступить в команду. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Новичкам: статья со скриншотами, как поставить и настроить BOINC-менеджер ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же Именем и EMAIL. если при регистрации в проекте указать другой e-mail , BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! В этом случае рекомендуется зайти во все ваши аккаунты и во все проекты и где надо поменять емейл на нужный. Через некоторое время ваши аккаунты сольются в один с одним cross-project-id. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте - общая информация (на английском): RNA World занимается исследованием РНК разных оргинизмов: от простейших, до РНК человека (Show/Hide) Подпроекты: (ссылка на официальную страницу) Project: CRISPR (Show/Hide) Project: GEMM (Show/Hide) Project: 6S (Show/Hide) Project: Thermo (Show/Hide) Project: Mtb, Myctu, Mycle & Myc - изучает РНК туберкулезных палочек (Show/Hide) Project: sRib (Show/Hide) Project: tRNA & tRNA-like (Show/Hide) Project: T-box (Show/Hide) Project: GA (Show/Hide) ------------------------- Ссылки по теме:
(Show/Hide) Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 18 2010, 20:35 |
Rilian |
Apr 18 2010, 14:06
Пост
#91
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
в подпроекте MucTu ВЮ идут на 1-2 часа
в Muc Tu -p идут на 15 часов в Muc - на пару минут -------------------- |
Rilian |
Apr 19 2010, 10:51
Пост
#92
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Database/file status
State # Results ready to send - 6,532 -------------------- |
Rilian |
Apr 22 2010, 11:14
Пост
#93
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Есть ВЮ проекта GA
-------------------- |
corsar83 |
Apr 23 2010, 10:20
Пост
#94
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Столько заданий уже. Пора выходить из беты и народ набирать
-------------------- |
Rilian |
Apr 23 2010, 21:13
Пост
#95
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Есть 16-часовые ВЮ cms_GA[ECOLI-lin64s]
за каждую дают Це повідомлення відредагував nikelong: Apr 23 2010, 22:02 -------------------- |
Rilian |
Apr 26 2010, 12:15
Пост
#96
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
2010-04-26: As you may have seen, in parallel to the tuberculosis project, we have also initiated the systematic genome annotation analyses (GA projects) in order to globally map the presence of non-coding RNAs.
Michael. Как вы уже видели, параллельно с проектом по изучению туберкулеза, мы также начали систематические анализы аннотаций генома (genome annotation analyses) чтобы выявить глобальное распределение не-кодирующих РНК. -------------------- |
Rilian |
Apr 27 2010, 01:06
Пост
#97
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
Rilian |
Apr 28 2010, 09:03
Пост
#98
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Выдача ВЮ временно приостановлена
в проекте попадаются очень маленькие ВЮ (на 1-2 минуты) и их очень много. Чтобы не нагружать сеть частыми запросами, они будут считать такие ВЮ у себя на сервере, и сейчас переделывают инфраструктуру под это. 2010-04-28: ...due to improvements we are currently working on to process the tiny WUs on the server in the future. The background of this is that batches of very short WUs cause severe server stress regarding the number of connections and MySQL requests despite our good server hardware specifications. Since these small WUs will re-occurr in future projects as well, we need to do something about this. At present, we have implemented a server response delay which is causing many machines to sit idle exclusively once these small WU batches enter the system. These are usually consisting of plasmids or phages with very short DNA sequences and are consequently processed within just a few minutes - sometimes even shorter depending on your hardware - and therefore the server contact frequencies are massively increased. We could solve the issue by just adding a couple of additional servers as put into practice by some of the bigger other DC projects. Unfortunately, our current project budget does not allow for such a solution, so we decided to process these small WUs on one or two of the server cores in the future. Michael. -------------------- |
Death |
Apr 28 2010, 10:41
Пост
#99
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
мускул дохнет на 5-10 запросах в секунду.
разнесли бы базы по рейдам, фигли. или назначили бы в боинке раздавать такие ву тачкам с самыми слабыми процами. -------------------- |
Rilian |
Apr 28 2010, 10:50
Пост
#100
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Death, там на сайте кнопочка Donation есть, можешь профинансировать новый сервер.
Проблема с маленькими ВЮ заключается в том что по ВЮ трудно точно предсказать сколько она будет считаться -------------------- |
Rilian |
Apr 28 2010, 16:14
Пост
#101
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
думаю для Украины тоже актуально:
Группа ученых под руководством Нималана Аринаминпати (Nimalan Arinaminpathy) из Оксфордского университета (Oxford University), Великобритания, провела исследование, в результате которого пришла к выводу, что из-за кризиса странам Балтии угрожает эпидемия туберкулеза, сообщает Reuters. В особенной опасности, по мнению ученых, находится Латвия. Туберкулез является одной из трех основных болезней, связанных с бедностью. Другими двумя являются СПИД и малярия. Ученые создали модель, базируясь на экономических данных и данных о заболеваниях туберкулезом, и на основании этой модели предсказали увеличение количества туберкулезных больных в Латвии, Эстонии и Литве в ближайшие годы. Если говорить о деталях исследования, то было изучено влияние ситуации 1990-х годов, после развала Советского Союза, на рост заболеваемости инфекционными болезнями. Эпидемиологи обнаружили, что между этими явлениями есть связь. Отсюда они выводят вероятность того, что после нынешнего финансового кризиса история может повториться. Как заметил доктор Аринаминпати, основной причиной увеличения количества заболеваний туберкулезом стало значительное уменьшение средств, тратящихся на здравоохранение. -------------------- |
Rilian |
Apr 28 2010, 23:42
Пост
#102
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Cейчас пошли ВЮ на 1-2 часа
-------------------- |
Rilian |
Apr 28 2010, 23:47
Пост
#103
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 928 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
btw
I'm currently improving the wu-generator to run short workunits localy. Therefore the wu-generator is currently stopped. yoyo -------------------- |
Salmonella |
Jun 15 2010, 03:39
Пост
#104
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 38 З нами з: 10-June 10 Користувач №: 1 414 Стать: Чол |
Всем привет! Я из конкурирующей организации, сильно не колотите. У вас тут ветка хорошая. Решил писнуть эссе о том чего считаем тодэй. Интересно же, в конце концов, стало.
Agrobacterium vitis, Agrobacterium tumefaciens- возбудители "бактериального рака" растений и оппортунистических инфекций у человека, Второй используется в генной инженерии для трансформации растений (привет, ГМО), Agrobacterium radiobacter K84 - пестицид, контролирует рост второго как ни странно; Anaeromyxobacter dehalogenans - может переводить растворимые соли урана в нерастворимую форму, снижая тем самым риск радиационного заражения почвенных вод; Acinetobacter baumannii - устойчивый ко всем антибиотикам злой бактер: http://www.antibiotic.ru/index.php?article=1307; Acidovorax citrulli - бактериальная пятнистость плодов растений; Acidithiobacillus ferrooxidans - экстремальный ацидофил (способны выживать и размножаться при понижении pH раствора вплоть до 2), способны выдерживать высокие концентрации тяжёлых металлов и окислять металлическое и двухвалентное железо и выщелачивать тяжёлые металлы из руд; Acholeplasma laidlawii - живучая микоплазма, возбудитель болезней растений, животных, человека, клетки A.laidlawii способны переносить высокие концентрации тетрациклина, сохраняя при этом свою жизнеспособность, и даже могут делиться при критических концентрациях антибиотика. Aggregatibacter actinomycetemcomitans - капнофил, один из возбудителей периодонтита (Atopobium parvulum туда же). И куча других экстремофилов и археев (тысячи их ); Aeromonas salmonicida, Aliivibrio salmonicida - возбудители серьёзных бактер. инфекций промысловых рыб. Actinosynnema mirum - продуцент нокардициновых антибиотиков; Azotobacter vinelandii - кладезь ферментов (фунгициды, полисахарид для вытеснении нефти из истощенных скважин) и большая радость для геномики. http://www.azotobacter.org/ Azoarcus - просто интересная бактерия; Acaryochloris marina - "инфракрасная бактерия" - http://www.izvestia.ru/news/news162757 (снова привет ГМО ); Anaplasma phagocytophilum - возбудитель гранулоцитарного анаплазмоза (эрлихиоза) http://encephalitis.ru/index.php?newsid=122.; Actinobacillus succinogenes - продуцент янтарной кислоты (химическое производство токсично и взрывоопасно, для пищевой промышленности и медицины её получают из природ. янтаря, на её основе, например, изготавливаются биодеградируемые полимеры и пр.). Биосинтез рулит. Arthrobacter chlorophenolicus А6 - интересна для биоремедиации т.к. перерабатывает такую дрянь как дву-замещенные фенолы - 4-хлорфенол и 4-нитрофенол (диоксины) и способна к выживанию в суровых условиях, таких, как низкие температуры и отсутствия питания в почве. Arcobacter butzleri - патогенная для человека палочка, обнаружена их взаимосвязь с хроническими заболеваниями кишечника с последующим развитием злок. новообразований, прежде всего кишечной лимфомы. Arthrobacter aurescens - используется для биосинтеза, например, никотиновой кислоты и ее амида (витамин РР или Вб); Anaplasma marginale - возб. анаплазмоза крупного и мелкого рогатого скота; Actinobacillus pleuropneumoniae serovar-3,7 - возбудители болезней ВДП свинок. Вот такие задания идут сейчас. |
re_SET |
Jun 15 2010, 07:11
Пост
#105
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Привет! За инфу спасибо. Народ хоть знать будет, что считает.
-------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 28th April 2024 - 14:41 |