Poem@home, Моделирование структуры белка |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Poem@home, Моделирование структуры белка |
nikelong |
Dec 25 2007, 18:59
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Проект "Poem@home" ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Официальный сайт Статистика по команде "Ukraine" Статистика на фришниках Статистика на фришниках по команде "Ukraine" ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Описание проекта: Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков. Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?" (Show/Hide) Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок (не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?" (Show/Hide) Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить? (Show/Hide) Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток, а также для того, чтобы проектировать новые белки. (Show/Hide) Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17 |
x3mEn |
Nov 20 2011, 13:06
Пост
#61
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
16 Nov 2011
GPU app infos The GPU parts of POEM++ are mostly finished, we are now working on packaging everything to send it out. However there were many small issues due to the fact, that the OpenCL libraries cannot be statically linked. We think these are sorted out now. This pushed us back by about 1 week in our schedule. We are now estimating Thursday in one week (24.11) as the release date of the first OpenCL linux app. Thanks for waiting. -------------------- (Show/Hide) |
x3mEn |
Dec 16 2011, 22:55
Пост
#62
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
16 Dec 2011
GPU app release Alright, the first linux OpenCL application is out. If you want to use it, you should use the latest BOINC prerelease (the non-stable releases are usually here: http://boinc.berkeley.edu/dl/ ). All the versions below showed some bugs, we could not workaround on the server. You should then check that your BOINC client reports an OpenCL capable card (AMD needs OpenCL 1.0, Nvidia 1.1). -------------------- (Show/Hide) |
Rilian |
Dec 16 2011, 23:28
Пост
#63
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 930 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Tue Dec 13 21:51:10 2011 | | NVIDIA GPU 0: GeForce 9400M (driver version 196881, CUDA version 3010, compute capability 1.1, 254MB, 35 GFLOPS peak)
это поддерживает openCL ? (macbook 5.1) -------------------- |
x3mEn |
Dec 16 2011, 23:41
Пост
#64
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Rilian, в будь-якому випадку треба ставити boinc 7.0.x, який підтримує OpenCL ідентифікацію. Він тобі і напише, чи карта OpenCL-capable or not.
В мене, наприклад, пише таке: 16/12/2011 23:39:58 | | OpenCL: NVIDIA GPU 0: GeForce GTX 460 (driver version 285.62, device version OpenCL 1.1 CUDA, 1024MB) 16/12/2011 23:39:58 | | OpenCL: ATI GPU 0: ATI RV770 (driver version CAL 1.4.1589, device version OpenCL 1.0 AMD-APP-SDK-v2.5 (775.2), 1024MB) 16/12/2011 23:39:58 | | NVIDIA GPU is OpenCL-capable 16/12/2011 23:39:58 | | ATI GPU is OpenCL-capable -------------------- (Show/Hide) |
Death |
Dec 17 2011, 00:10
Пост
#65
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
7.0.3 чтоли?
-------------------- |
x3mEn |
Dec 17 2011, 00:15
Пост
#66
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Death, під лінупс 7.0.2
-------------------- (Show/Hide) |
x3mEn |
Jan 3 2012, 09:40
Пост
#67
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
23 Dec 2011
GPU app release windows The windows GPU app has released. Edit: The AMD/ATI version is released now. The nvidia version still has some problems initializing. -------------------- (Show/Hide) |
Khvastov Maxim |
Jan 3 2012, 12:31
Пост
#68
|
Система раннього сповiщення Група: Trusted Members Повідомлень: 1 008 З нами з: 29-January 09 З: Донецьк Користувач №: 915 Стать: Чол |
О, то, что нужно! Спасибо за новость, попробуем-с
update а заданий на ATI не дают |
Bel |
Jan 3 2012, 23:40
Пост
#69
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
21.085 TeraFLOPS - мощность проекта сейчас. Интересно глянуть насколько вырастет мощность с вливанием видях.
Ну и для статистки и личного интереса: Docking = 13.844 TeraFLOPS Malariacontrol = 13.229 TeraFLOPS Lattice Project = 0.392 TeraFLOPS Simap = 5.565 TeraFLOPS GPUGRID = 382.575 TeraFLOPS WCG = 296.027 TeraFLOPS |
Death |
Jan 4 2012, 00:46
Пост
#70
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
обрезал лого в шапке. скол задолбал
-------------------- |
x3mEn |
Jan 4 2012, 08:18
Пост
#71
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
О, то, что нужно! Спасибо за новость, попробуем-с update а заданий на ATI не дают угу, "не дають". ти подивись на мій прогрес в проекті... -------------------- (Show/Hide) |
Khvastov Maxim |
Jan 4 2012, 08:27
Пост
#72
|
Система раннього сповiщення Група: Trusted Members Повідомлень: 1 008 З нами з: 29-January 09 З: Донецьк Користувач №: 915 Стать: Чол |
x3mEn, ну делааа...а у меня
ср, 04-січ-2012 08:25:39 +0200 | Poem@Home | Requesting new tasks for ATI GPU ср, 04-січ-2012 08:25:45 +0200 | Poem@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks ср, 04-січ-2012 08:25:45 +0200 | Poem@Home | No tasks sent и так со вчерашнего дня |
gow |
Jan 4 2012, 10:53
Пост
#73
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 241 З нами з: 6-May 07 З: Киев Користувач №: 515 Стать: Чол |
x3mEn, ну делааа...а у меня ср, 04-січ-2012 08:25:39 +0200 | Poem@Home | Requesting new tasks for ATI GPU ср, 04-січ-2012 08:25:45 +0200 | Poem@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks ср, 04-січ-2012 08:25:45 +0200 | Poem@Home | No tasks sent и так со вчерашнего дня Поставь боинк версии 7 и выше |
KING100N |
Jan 4 2012, 13:08
Пост
#74
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 747 З нами з: 17-October 08 Користувач №: 847 Стать: Чол |
gow,
сколько одновременно заданий считаешь? и сколько загрузка видео с одним таском? varador`a бы сюда с его фермой радеонов -------------------- |
x3mEn |
Jan 4 2012, 15:30
Пост
#75
|
snow catcher Група: Trusted Members Повідомлень: 2 213 З нами з: 4-August 07 Користувач №: 563 Стать: Чол Free-DC_CPID |
KING100N, 1 WU = ~ 0.45 HD4890 + 0.30 CPU E8400@3.0
Пробував 3 WU в паралелі, виграшу ніякого не отримав. Без app_info клієнт у мене забирає 0.95 CPU + 1.00 AMD На Е8400 два ядра. Якщо дозволити ще рахувати завдання на CPU, вони віджирають CPU time і для GPU завдання залишається дуже мало. Через це з включеними 2-ма CPU завданнями GPU завдання виконується дуууже довго. Тому я включив <ncpus>1</ncpus> і почуваю себе досить комфортно. Одне ядро віджирає CPU завдання, іншого ядра вистачає і для GPU і для системи. -------------------- (Show/Hide) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 29th April 2024 - 15:49 |