Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> FightAIDS@home, поиск лекарств от ВИЧ и СПИДа
Rilian
Jun 18 2007, 16:31
Пост #1


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



IPB Image

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* Официальный сайт
* Прогресс и статус исследований на официальном сайте

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gif

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

QUOTE
What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.


IPB Image

График проекта
IPB Image

Ссылки

ВИЧ 3D

Це повідомлення відредагував Rilian: Sep 8 2010, 11:49
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
15 Сторінки V  1 2 3 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(1 - 14)
YuRi
Jun 18 2007, 19:47
Пост #2


BOINC-одессит
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 680
З нами з: 6-May 06
З: Odessa
Користувач №: 211
Стать: Чол
Парк машин:
25, від P-III/650 до C2D E4400@3GHz, переважна більшість Celeron 430@2.025GHz



В первую очередь статистика обновится в твоем клиенте, как только будут начислены очки и он свяжется с сервером проекта.
Но очки будут начислены только тогда, когда задание посчитают еще несколько человек (для проверки). Если кто-то считает на медленной машине, то начисление очков может отсрочиться до дедлайна задания, а то и позже, если задание не будет посчитано вовремя и будет выдано новому клиенту.
Состояние задания можно посмотреть через страницу твоей учетной записи в проекте. Там есть ссылки "Pending credit" (неначисленные очки), "Computers on this account" (можно посмотреть, какие задания считались или считаются на каждой твоей машине и какова их судьба) и "Results" (полученные от тебя результаты).


--------------------
Гармонично недоразвитая личность
(Show/Hide)




















User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 19 2007, 22:57
Пост #3


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Все ок, 1 задание засчиталось!


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jun 27 2007, 11:34
Пост #4


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



И тут несколько команд, непонятно какая основная blink.gif Есть просто UA - 23 юзера, есть UKRAINE - 53, UaTeam - 4, + команды одного человека UA Force и Ukrain biggrin.gif Что подскажете?


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 27 2007, 11:39
Пост #5


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



UKRAINE

еще есть


L'viv, Ukraine 30
BOINC@Ukraine 2
IBM Ukraine 7
National technical university of Ukraine "KPI" 2
Rootofme Ukraine 1
UKRAINE 53
Ukraine Lugansk Team 1
Ukraine Lviv Team 9
Ukraine United Team 2
Ukraine WCG Team 42
Ukraine_Overclockers_Te@m 1


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jun 27 2007, 11:58
Пост #6


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Ага, уже вижу всю эту толпу )) Ну что ж, буду сейчас подключаться, только вот ник мой кто-то занял sad.gif


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 27 2007, 12:09
Пост #7


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Abbath, можно добавить _UA ......

Я посчитал несколько заданий. На одну ВЮ уходит примерно 6 часов процессорного времени. Пока что полностью перешел на розетту


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jun 27 2007, 12:16
Пост #8


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Да, ник немного подправим, не проблема. Сейчас главное придумать как грамотно разделить 3 проекта на 2 компа smile.gif


(Rilian @ Jun 27 2007, 01:09 PM) *

Пока что полностью перешел на розетту

Бросил фолдинг? Что ж так?


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 27 2007, 12:21
Пост #9


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Были некоторые причины из-за неуспевания в дедлайн СМП. Переходить обратно на консоли смысла не было.. Пока посчитаю розетту smile.gif

в БОИНГе можно выставить процентное соотношение времени, выделяемому проекту. Например, если считаешь 2 проекта, то им можно поставить 50\50 (само переключается через каждые несколько часов) или другое отношение.

Также в БОИНГе можно выставить время выполнения клиента, например с 0 утра до 12, или как хочешь, чтобы разделить нагрузку


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Jun 27 2007, 12:26
Пост #10


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Ага, оч. удобный клиент придумали. Тоже считаю через BOINC розетту и вот этот проект сейчас подключу. Пока думаю пусть это крутится на рабочем селероне, всеравно в фолдинге с него толку мало.


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 28 2007, 13:34
Пост #11


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Я в шоке... Команда UKRAINE на 876м месте!!

Общими усилиями надо подняться хотябы в первую сотню!!
За день на CoreDuo 1.83GHz можно сделать 1500 очков... Сейчас у команды всего 2000000...........

http://www.worldcommunitygrid.org/team/vie...amId=J8H4J4QPN1

к слову, команда Ukraine WCG Team на 409м месте

http://www.worldcommunitygrid.org/team/vie...mId=WB5RSMBR9N1

Надо связаться с их капитаном Alexei Bugai и объединить команды под общим именем UKRAINE


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 28 2007, 14:31
Пост #12


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера





Для клиента проекта нужно установить клиент БОИНК

1. Качаем клиент БОИНК отсюда http://boinc.berkeley.edu/download.php (8.36 МБайт)
2. Устанавливаем БОИНК в папку C:\BOINC\ выбирая тип установки только для вашего юзера на компьютере (1-й радиобатон в списке)
3. Запускаем БОИНК Менеджер
4. В фаерволе разрешаем выполнять любые действия.

5. После того как он инициализируется, нажимаем Advanced View
6. Выбираем в Меню - Сервис - Добавить Проект
7. Вводим УРЛ проекта http://www.worldcommunitygrid.org/
8. Регистрируемся в проекте.

9. Заходим на http://www.worldcommunitygrid.org/ms/viewMyMemberPage.do
10. вводим логин и пароль сверху
11. В настройках профиля default http://www.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewProfiles.do указываем участвовать только в проекте FightAIDS@Home (там 4 проекта)
12. Там же в настройках http://www.worldcommunitygrid.org/ms/team/viewMyTeam.do жмем Join Team , ищем команду UKRAINE и присоединяемся к ней
13. Менеджер БОИНК рекомендуется повесить в автозагрузку при старте Windows

Вместе найдем лекарства от СПИДа и ВИЧ ! look.gif thumbsup.gif


Чтобы отдать максимум проекту, нужно разрешить клиенту выжимать все соки из машины:

Логинимся на сайт, заходим в Device Manager -> Device Profiles -> Profile Name (Default).

Ставим галочку на "Custom Profile" -> в разделе "Processor Usage" выставляем самое главное:

Use no more than: 100 % of processor time
Use no more than: 100 % of total memory

В "Disk and Memory Usage" выставляем:

Use no more than: сколько не жалко Gigabytes of disk space

Нажимаем "Save". В клиенте жмем "Update". Наслаждаемся графиком загрузки CPU в task manager smile.gif

Це повідомлення відредагував nikelong: May 18 2008, 23:25


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 29 2007, 15:17
Пост #13


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



опустились на 877е место


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
madwolfa
Jun 29 2007, 19:10
Пост #14


Трохи обжився
**

Група: Trusted Members
Повідомлень: 16
З нами з: 26-June 07
З: Сумы, Украина
Користувач №: 544
Стать: Чол
Парк машин:
Intel Core 2 Duo E6600 @ 3.01GHz (333x9), 2x1024MB DDR2-800 (@ 1000MHz)



Чтобы отдать максимум проекту, нужно разрешить клиенту выжимать все соки из машины:

Логинимся на сайт, заходим в Device Manager -> Device Profiles -> Profile Name (Default).

Ставим галочку на "Custom Profile" -> в разделе "Processor Usage" выставляем самое главное:

Use no more than: 100 % of processor time
Use no more than: 100 % of total memory

В "Disk and Memory Usage" выставляем:

Use no more than: сколько не жалко Gigabytes of disk space

Нажимаем "Save". В клиенте жмем "Update". Наслаждаемся графиком загрузки CPU в task manager smile.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 30 2007, 10:50
Пост #15


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



За ночь поднялись на 5 позиция - 872 место!


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

15 Сторінки V  1 2 3 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th April 2017 - 15:59

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.