Ukraine

Питання, пов'язані з апаратним забезпеченням

П: В мене є локальна мережа з комп'ютерами. Чи можу я запустити THINK на всіх, не встановлюючи програмне забезпечення на кожному з комп'ютерів?

В: Так. Встановіть Find-a-Drug на комп'ютері, який підключений до Internet. Зробіть спільною папку, куди встановлене програмне забезпечення з повними правами на запис. Для комп'ютера з ім'ям PC121 і стандартним ім'ям папки (find-a-drug), програмне забезпечення можна запустити для кожного комп'ютера, підключеного до локальної мережі, використовуючи команду \\PC121\find-a-drug\loader.exe. Для автоматичного завантаження ПЗ зробіть відповідний ярлик в папці Автозагрузка. (Для клієнтів Windows NT/2000/XP - із групи All Users).

П: Чи можу я використовувати спільний мережевий диск замість спільної папки?

О: Це підтримується в 1.21a і наступних версіях. Комп'ютери, підключені до локальної мережі все ще повинні мати повні права на запис, але вони не всі повинні посилатися на папку, використовуючи одну й ту ж літеру диска.

П: Чи може THINK використовувати багатопроцесорність?

В: Багатопроцесорність буде задіяна за умовчанням, якщо у вас багатопроцесорний комп'ютер і якщо ви не встановили або не обмежили кількість копій в Options панелі керування Find-a-Drug. Спроба запустити більшу кількість копій THINK, ніж кількість процесорів, призведе до помилки.

П: Чи можу я запустити THINK на Windows 95?

В: Установка на Windows 95 на цей час не підтримується, але деякі учасники використовують ПЗ THINK на Windows 95. Якщо ви знаєте про WINSOCK і він у вас встановлений (його потребують більшість проектів розподілених обчислень), програмне забезпечення повинно працювати.

П: Які мінімальні вимоги для запуску THINK?

В: Комп'ютер з хоча б 128 MB пам'яті, 10 MB вільного дискового простору і підключенням до Internet (таким, як dial-up).

П: Чи буде THINK збільшувати кількість дискового простору, який використовується?

В: Так. THINK зберігає локально файли з білками (*.pdb), які він завантажив, щоб уникнути повторного необов'язкового завантаження їх в майбутньому. Файли з молекулами (m*.smi) зберігаються для використання в майбутньому в піддиректорії cache. Файли з результатами видаляються після використання в випадку, якщо не була виявлена помилка.

П: Чи можу я запустити THINK під Linux?

В: Так, використовуючи інтерфейс командного рядка. Підтримка графіки на цей час не здійснена.

П: Чи можу я запустити THINK на Macintosh?

В: В цей момент - ні.

Питання, пов'язані з підключенням

П: Які найбільш звичайні проблеми, пов'язані з підключенням?

В: Конфігурація firewall'а, яка перешкоджає fadsetup і server доступ в Internet, Internet Explorer, зконфігурований для off-line використання, питання, пов'язані з настройкою проксі.

П: Чи буде firewall перешкоджати нормальній роботі панелі керування Find-a-Drug (fadsetup) і think?

В: Можливо. Панель керування Find-a-Drug (fadsetup) і менеджер черги завдань (server) використовують протокол HTTP для обміну інформацією з сервером зі списку Find-a-Drug. Вам, можливо, прийдеться змінити конфігурацію firewall, щоб дати можливість цим програмам відсилати та отримувати дані з серверів, що перераховані в http.lis і cgi.lis.

П: Скрін-сейвер сповіщає, що THINK простоює або тільки показує картинку з академічною шапочкою.

В: Це означає, що більше завдань треба завантажити з сервера Find-a-Drug і впродовж 2-х хвилин є нормальною ситуацією, коли програмне забезпечення встановлене в перший раз.

П: Не дивлячись на простій, не робляться підключення до сервера Find-a-Drug.

В: Перевірте, що процес server запущений. Якщо він не запущений, вийдіть із системи, зайдіть і перевірте ще раз. Якщо проблема залишилась, перевірте, що файл think.lgo знаходиться в відповідній папці запуску і що тип файла lgo зареєстрований для запуску завантажувача THINK (використовуючи Windows Explorer, клацніть на Folder Options, Tools Menu і далі File Types). Також можлива ситуація, коли ПЗ було встановлене Адміністратором, а запускається з правами непривілейованого користувача. В цьому разі треба встановити на папку (як правило, c:\Program Files\Find-a-Drug) відповідні права доступу.

П: Процес server запущений і намагається з'єднатися з сервером, але THINK продовжує простоювати.

В: Це очікувана ситуація, якщо для будь-якого з проектів, які ви відмітили, нема завдань. Перевірте повідомлення в server.log і спробуйте завантажити завдання для іншого проекта.

П: Повідомлення про помилку "(10522) Connection failure" повертається сервером черги завдань?

В: Якщо це повідомлення з'являється під час реєстрації і/або коли сервер черги завдань намагається завантажити завдання в перший раз, звичайна причина - це конфігурація firewall, яка перешкоджає fadsetup.exe і/або server.exe доступ до Internet серверів Find-a-Drug. Очевидно, якщо ви пізніше змінили конфігурацію firewall, ця проблема може знову з'явитися. URL'и серверів описані в файлах http.lis і cgi.lis.

Ми також спостерігали, що в деяких випадках Windows може запам'ятати, що сервер був недоступний при останній спробі і видати помилку без повторної перевірки! За цих обставин проблема щезає, якщо повторити підключення до Internet, перезавантажити сервер черги завдань або комп'ютер.

П: Чи підтримуються в даний момент підключення через проксі-сервер?

В: Під Windows ПЗ автоматично використовує установки проксі, збережені в Internet Explorer. (В момент перекладу матеріала вже доступна бета-версія THINK 1.30, яка підтримує установку настройок проксі окремо від Internet Explorer, в тому числі і проксі з авторизацією).
Під Linux вам треба вставити наступні змінні оточення, відредагувавши файл think.env:

THINK_PROXY_HOST=proxy_server
THINK_PROXY_PORT=port
THINK_PROXY_USER=user
THINK_PROXY_PASSWORD=password

Порт за умовчанням - 8080, і, якщо користувач і пароль не зазначені, тоді вважається, що вони відсутні.

П: Наскільки часто THINK підключається до Internet?

В: Ви можете контролювати частоту запланованих підключень в панелі керування Find-a-Drug. Якщо THINK завершить всі завдання, які знаходяться в черзі, тоді відбудеться незаплановане підключення, якщо нема файлів молекул від попередніх білкових цілей, які можуть бути задіяні повторно для поточної цілі. Якщо ви оберете "When On-line", тоді не будуть розпочинатися спроби здійснити dial-up підключення. Установка "None" повинна використовуватись, якщо ви бажаєте завантажувати завдання і відсилати результати вручну.

П: Скільки часу витрачає THINK на виконання завдання?

В: Це залежить від швидкості вашого комп'ютера і від того, наскільки швидко він обробляє кожну порцію молекул запита. Більшість середніх завдань віднімають декілька годин на середньому комп'ютері. (Певно, це старі розрахунки, так як в даний момент вважається, що на середньому комп'ютері завдання виконується за 10 годин). Сторінки зі статистикою проектів забезпечують деякий аналіз витраченого комп'ютерного часу, кількості хітів, надмірності і т.д. для кожної білкової цілі.

П: Я можу вимкнути автоматичне dial-up підключення до Internet?

В: Так, використовуючи панель керування Find-a-Drug (fadsetup.exe), встановивши Planned Connections в "After Confirmation". Ви можете також зконфігурувати ПЗ таким чином, щоб відсилання результатів і завантаження завдань проходило тільки тоді, коли комп'ютер вже під'єднаний до Internet, використовуючи опцію "When On-line" в Planned Connections.

П: Я ввімкнув автоматичне dial-up підключення, але діалогове вікно підключення продовжує з'являтися.

В: Це стандартне діалогове вікно підключення Windows в випадку, якщо ваш провайдер послуг Internet не встановив заміну. Стандартне діалогове вікно Windows (для більшості версій) має перемикач "Connect Automatically", але в діалогових вікнах провайдера послуг Internet цей перемикач часто схований в під-діалоговому вікні. Якщо ви не можете знайти перемикач в діалоговому вікні, спробуйте інші діалоги для віддаленого dial-up доступа до мережі.

П: Мій комп'ютер не від'єднується після підключення до Find-a-Drug сервера.

В: Звичайні діалоги Windows мають під-діалог з опцією "disconnection when idle" (від'єднання при простої). Точні деталі діалогу можуть змінюватись, хоча деякі від'єднуються за "low traffic" (низькою активністю), а не "zero traffic" (нульовою активністю). Така можливість є більш переважною, тому що були повідомлення про інші програми, які опитують Internet, зберігаючи тим самим підключення. Відомо, що діалоги AOL не містять можливості автоматичного від'єднання!

П: Мій комп'ютер від'єднується, коли я виходжу з Outlook Express і завантаження Find-a-Drug передчасно завершується.

В: В Outlook Express існує опція (Tools|Options|Connections) для від'єднання після відправки та отримання електронних листів. Вимкніть цю опцію!

П: Яка кількість даних передається?

В: Кількість даних, що передаються, змінюється. Мінімальне завантаження складає близько 5 КБ, але коли необхідна нова білкова ціль, будуть передані 90 КБ. Це небагато порівняно з іншими проектами розподілених обчислень і звичайно передається менше, ніж за хвилину. Однак, коли проходить оновлення ПЗ, об'єм даних, що передається, складає біля 6 МБ. Але, як правило, якщо ви не тестуєте бета-версії, це трапляється не часто.