Ukraine

Вопросы, связанные с аппаратным обеспечением

В: У меня есть локальная сеть с компьютерами. Могу ли я запустить THINK на всех, не устанавливая программное обеспечение на каждом из компьютеров?

О: Да. Установите Find-a-Drug на компьютере, который подключен к Internet. Сделайте общей папку, куда установлено программное обеспечение с полными правами на запись. Для компьютера с именем PC121 и стандартным именем папки (find-a-drug), программное обеспечение можно запустить для каждого компьютера, подключенного к локальной сети, используя команду \\PC121\find-a-drug\loader.exe. Для автоматической загрузки ПО сделайте соответствующий ярлык в папке Автозагрузка. (Для клиентов Windows NT/2000/XP - из группы All Users).

В: Могу ли я использовать общий сетевой диск вместо общей папки?

О: Это поддерживается в 1.21a и следующих версиях. Компьютеры, подключенные к локальной сети всё ещё должны иметь полные права на запись, но они не все должны ссылаться на папку, используя одну и ту же букву диска.

В: Может ли THINK использовать многопроцессорность?

О: Многопроцессорность будет использоваться по умолчанию, если у вас многопроцессорный компьютер и если вы не установили или не ограничили количество копий в Options панели управления Find-a-Drug. Попытка запустить большее количество копий THINK, чем количество процессоров, приведёт к ошибке.

В: Могу ли я запустить THINK на Windows 95?

О: Установка на Windows 95 в настоящий момент не поддерживается, но некоторые участники используют ПО THINK на Windows 95. Если вы знаете про WINSOCK и он у вас установлен (он требуется для большинства проектов распределённых вычислений), программное обеспечение должно работать.

В: Какие минимальные требования для запуска THINK?

О: Компьютер с хотя бы 128 MB памяти, 10 MB свободного дискового пространства и подключением к Internet (таким, как dial-up).

В: Будет ли THINK увеличивать количество используемого дискового пространства?

О: Да. THINK сохраняет локально файлы с белками (*.pdb), которые он загрузил, чтобы избежать повторной необязательной загрузки их в будущем. Файлы с молекулами (m*.smi) сохраняются для использования в будущем в поддиректории cache. Файлы с результатами удаляются после использования в случае, если не была обнаружена ошибка.

В: Могу ли я запустить THINK под Linux?

О: Да, используя интерфейс командной строки. Поддержка графики в настоящий момент не осуществлена.

В: Могу ли я запустить THINK на Macintosh?

О: В настоящий момент - нет.

Вопросы, связанные с подключением

В: Какие наиболее обычные проблемы, связанные с подключением?

О: Конфигурация firewall'а, препятствующая fadsetup и server доступ в Internet, Internet Explorer, сконфигурированный для off-line использования, вопросы, связанные с настройкой прокси.

В: Будет ли firewall препятствовать нормальной работе панели управления Find-a-Drug (fadsetup) и think?

О: Возможно. Панель управления Find-a-Drug (fadsetup) и менеджер очереди задач (server) используют протокол HTTP для обмена информацией с сервером из списка Find-a-Drug. Вам, возможно, потребуется изменить конфигурацию firewall, чтобы дать возможность этим программам отсылать и получать данные с серверов, перечисленных в http.lis и cgi.lis.

В: Скрин-сейвер сообщает, что THINK простаивает или только показывает картинку с академической шапочкой.

О: Это означает, что больше заданий нужно загрузить с сервера Find-a-Drug и в течении 2-х минут является нормальной ситуацией, когда программное обеспечение установлено в первый раз.

В: Несмотря на простой, не делаются подключения к серверу Find-a-Drug.

О: Проверьте, что процесс server запущен. Если он не запущен, выйдите из системы, зайдите и проверьте ещё раз. Если проблема осталась, проверьте, что файл think.lgo находится в соответствующей папке запуска и что тип файла lgo зарегистрирован для запуска загрузчика THINK (используя Windows Explorer, щёлкните на Folder Options, Tools Menu и затем File Types). Также возможна ситуация, когда ПО было установлено Администратором, а запускается с правами непривилегированного пользователя. В этом случае нужно установить на папку (как правило, c:\Program Files\Find-a-Drug) соответствующие права доступа.

В: Процесс server запущен и пытается связаться с сервером, но THINK продолжает простаивать.

О: Это ожидаемая ситуация, если для любого из проектов, которые вы отметили, нет заданий. Проверьте сообщения в server.log и попробуйте загрузить задачи для другого проекта.

В: Сообщение об ошибке "(10522) Connection failure" возвращается сервером очереди задач?

О: Если это сообщение появляется во время регистрации и/или когда сервер очереди задач пытается загрузить задания в первый раз, обычная причина - это конфигурация firewall, которая препятствует fadsetup.exe и/или server.exe доступ к Internet серверам Find-a-Drug. Очевидно, если вы позже изменили конфигурацию firewall, эта проблема может снова появиться. URL'ы серверов описаны в файлах http.lis и cgi.lis.

Мы также наблюдали, что в некоторых случаях Windows может запомнить, что сервер был недоступен при последней попытке и выдать ошибку без повторной проверки! При этих обстоятельствах проблема исчезает, если повторить подключение к Internet, перегрузить сервер очереди задач или компьютер.

В: Поддерживаются ли в настоящий момент соединения через прокси-сервер?

О: Под Windows ПО автоматически использует установки прокси, сохранённые в Internet Explorer. (В момент перевода материала уже доступна бета-версия THINK 1.30, которая поддерживает установку настроек прокси отдельно от Internet Explorer, в том числе и прокси с авторизацией).
Под Linux вам нужно вставить следующие переменные окружения, отредактировав файл think.env:

THINK_PROXY_HOST=proxy_server
THINK_PROXY_PORT=port
THINK_PROXY_USER=user
THINK_PROXY_PASSWORD=password

Порт по умолчанию - 8080, и, если пользователь и пароль не указаны, тогда считается, что они отсутствуют.

В: Насколько часто THINK подключается к Internet?

О: Вы можете контролировать частоту запланированных подключений в контрольной панели Find-a-Drug. Если THINK завершит все задачи, находящиеся в очереди, тогда произойдёт незапланированное подключение, если нет файлов молекул от предыдущих белковых целей, которые могут быть использованы повторно для текущей цели. Если вы выберете "When On-line", тогда не будет предприниматься попыток осуществить dial-up подключение. Установка "None" должна использоваться, если вы хотите загружать задачи и отсылать результаты вручную.

В: Сколько времени уходит у THINK на выполнение задачи?

О: Это зависит от скорости вашего компьютера и от того, насколько быстро он обрабатывает каждую порцию молекул запроса. Большинство средних задач отнимают несколько часов на среднем компьютере. (Вероятно, это старые расчёты, т.к. в данный момент считается, что на среднем компьютере задача выполняется за 10 часов). Страницы со статистикой проектов обеспечивают некоторый анализ затраченного времени, количества хитов, избыточности и т.д. для каждой белковой цели.

В: Могу я отключить автоматическое dial-up подключение к Internet?

О: Да, используя панель управления Find-a-Drug (fadsetup.exe), установив Planned Connections в "After Confirmation". Вы можете также сконфигурировать ПО таким образом, чтобы отсылка результатов и загрузка заданий происходила только тогда, когда компьютер уже подключен к Internet, используя опцию "When On-line" в Planned Connections.

В: Я включил автоматическое dial-up подключение, но диалоговое окно подключения продолжает появляться.

О: Это стандартное диалоговое окно подключения Windows в случае, если ваш провайдер услуг Internet не установил замену. Стандартное диалоговое окно Windows (для большинства версий) содержит переключатель "Connect Automatically", но в диалоговых окнах провайдера услуг Internet этот переключатель часто спрятан в под-диалоговом окне. Если вы не можете найти переключатель в диалоговом окне, попробуйте другие диалоги для удалённого dial-up доступа к сети.

В: Мой компьютер не отсоединяется после подключения к Find-a-Drug серверу.

О: Обычные диалоги Windows содержат под-диалог с опцией "disconnection when idle" (отключение при простое). Точные детали диалога могут меняться, хотя некоторые производят отключение по "low traffic" (низкая активность), а не "zero traffic" (нулевая активность). Такая возможность является более предпочтительной, потому что были сообщения о других программах, опрашивающих Internet, сохраняя тем самым подключение. Известно, что диалоги AOL не содержат возможности автоматического отключения!

В: Мой компьютер отсоединяется, когда я выхожу из Outlook Express и загрузка Find-a-Drug преждевременно завершается.

О: В Outlook Express существует опция (Tools|Options|Connections) для отключения после отправки и получения электронных писем. Отключите эту опцию!

В: Какое количество данных передаётся?

О: Количество передаваемых данных изменяется. Минимальная загрузка составляет около 5 КБ, но когда необходима новая белковая цель, будут переданы 90 КБ. Это немного в сравнении с другими проектами распределённых вычислений и обычно передаётся менее чем за минуту. Однако, когда происходит обновление ПО, объём передаваемых данных составляет около 6 МБ. Но, как правило, если вы не тестируете бета-версии, это случается не часто.