RNA World (beta), исследование РНК оргинизмов: от простейших до РНК человека |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
RNA World (beta), исследование РНК оргинизмов: от простейших до РНК человека |
nikelong |
Jan 2 2010, 02:07
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Проект "RNA World (beta)"
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 03.01.2010 Капитан - distributed.org.ua ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://www.rnaworld.de/rnaworld/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine. Нажмите Join чтобы вступить в команду. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Новичкам: статья со скриншотами, как поставить и настроить BOINC-менеджер ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же Именем и EMAIL. если при регистрации в проекте указать другой e-mail , BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! В этом случае рекомендуется зайти во все ваши аккаунты и во все проекты и где надо поменять емейл на нужный. Через некоторое время ваши аккаунты сольются в один с одним cross-project-id. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте - общая информация (на английском): RNA World занимается исследованием РНК разных оргинизмов: от простейших, до РНК человека (Show/Hide) Подпроекты: (ссылка на официальную страницу) Project: CRISPR (Show/Hide) Project: GEMM (Show/Hide) Project: 6S (Show/Hide) Project: Thermo (Show/Hide) Project: Mtb, Myctu, Mycle & Myc - изучает РНК туберкулезных палочек (Show/Hide) Project: sRib (Show/Hide) Project: tRNA & tRNA-like (Show/Hide) Project: T-box (Show/Hide) Project: GA (Show/Hide) ------------------------- Ссылки по теме:
(Show/Hide) Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 18 2010, 20:35 |
Rilian |
Mar 7 2010, 01:59
Пост
#31
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Оптимизировали сервер и приоритеты подпроектов
QUOTE 2010-02-21: We have tweaked a bit server-side on the application priorities such that CMC WUs will go out preferentially compared to CMS WUs. This should help to avoid displacing CMC WUs that are already in progress by CMS WUs which have much shorter deadlines. Moreover, it should help those of you running many machines that differ in OS to make sure all systems are being served without having to disable the one or the other application manually anymore (as e.g. CMS on Linux x64). Additionally, it should reduce the need for setting up complex profiles for individual machines. Please note that CMC WU completion always is of major importance to us since this process represents the bottle neck for all of our current downstream analyses. Also, due to the floods of rather short WUs our server is having a hard time on the MySQL side. In response to this, we have altered the scheme by which work is fed into the RNA World system such that in the future the run time distribution can be controlled much better. At present, the server has some sort of a protection setting that simply reduces the server responsiveness if too many clients ask for communication in a very short period of time. At your end it might therefore look as if no work was there or as if the server is down. But be assured, both should not be the case, so just keep on crunching. Michael. -------------------- |
Rilian |
Mar 8 2010, 22:54
Пост
#32
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Варнинг, ВЮ идут реально жирные, в требованиях от 950МБ памяти на ВЮ, но они могут сами увеличиваться до 2.8 Гиг (и это все на 1 ядро!)
замечено на заданиях с типами horse (лошадки), human (хумансы) и cattle (крупный рогатый скот) -------------------- |
Rilian |
Mar 9 2010, 15:29
Пост
#33
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: No work sent
3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: cmsearch needs 1907.35 MB RAM but only 511.48 MB is available for use. 3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer. -------------------- |
Rilian |
Mar 10 2010, 01:11
Пост
#34
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
В RNA World щяс идет пачка очень требовательных к памяти заданий проекта CMSearch, причем в них нету чекпоинтов (сохраняться нельзя). Замечены экземпляры до 7ГБ!
Проблема с памятью известна, админы занимаются, дальнейшее тестирование в данный момент пока не нужно, поэтому рекомендую временно отключить проект на машинах с памятью меньше 4ГБ во избежание потери очков. На машинах с 2ГБ ВЮ вылетают довольно часто -------------------- |
Rilian |
Mar 10 2010, 03:22
Пост
#35
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
В RNA World щяс идет пачка очень требовательных к памяти заданий проекта CMSearch, причем в них нету чекпоинтов (сохраняться нельзя). Замечены экземпляры до 7ГБ! Собственно, на сервере уже предприняты меры по недопущению машин с малым кол-вом памяти к рассчетам. QUOTE 3/10/2010 2:50:40 AM RNA World Message from server: No work sent 3/10/2010 2:50:40 AM RNA World Message from server: cmsearch needs 953.67 MB RAM but only 511.48 MB is available for use. 3/10/2010 2:50:40 AM RNA World Message from server: cmsearch needs 1907.35 MB RAM but only 511.48 MB is available for use. 3/10/2010 2:50:40 AM RNA World Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer. -------------------- |
Rilian |
Mar 10 2010, 13:07
Пост
#36
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Координатор проекта рассказывает о себе, о проекте, о том как устроена их работа итд. Довольно интересно
Just a few things for clarification (I always try to take comments serious although, sadly, sometimes people make it really very hard by the style they do communicate). RNA World is a bioinformatics project, so we do not need a lab at all. A few computers and a good webserver is sufficient. Still, as you can see from our cooperation partner list, we do clearly have the capabilities of performing lab experiments to validate our computational results. In fact, I work in an RNA lab every day with more than 10 years of practical experience in a diverse set of scientific fields. And yes, we do outsource server hosting to professionals while we keep server administration in house. This, to our experience, is the best and most economic way to do it. And we do indeed have at least some experience since we operate in DC for more than 10 years now. First we "only" participated in DC projects. Then we started the Yoyo@home project to help scientists not too firm with BOINC to acquire more volunteer support for their projects. We achieved that by wrapping a set of clients of non-BOINC projects we liked into the BOINC infrastructure and, apart from your crediting concerns, I think we did a nice job (and Yoyo is the driving force here). This scenario allowed us to gain a lot of practical experience over many years in this "business" (yeah, I hate that word in this context); also in terms of user requirements and support. And now, we are implementing our own scientific project in which we use established software plus own software developments to put into practice our own research ideas. You can say that we have evolved from a DC community to DC project developers. So, what is bad about that? Finally, concerning myself (since you addressed this issue), maybe you have overlooked that I am not a Ph.D. student; I am holding a doc degree in natural sciences (Dr. rer. nat., chemistry) for quite some time now and I am the principal investigator at Rechenkraft.net you were seemingly looking for (and yes, I do not get paid for doing that like nobody at Rechenkraft.net gets paid for anything; it is just our spare-time interest but that has lasted in a sustained manner over a decade). That said, I would like to say that - as we witness in DC every day - volunteers can contribute significant efforts towards achieving meaningful scientific results. Hence, I do not give much on degrees (although from your writing it appeared to me that it seems important to you). Rather, a nice style of cooperative working together is what I have in mind where everybody can input small ideas. That, taken together, will ultimately give a nice overall picture. I believe, DC is not at all about competition as always claimed. If you look a bit beyond competition in terms of who has the fastest machine, you will find that a bigger goal is achieved COOPERATIVELY. And that, to date, to my opinion, is the most powerful principle in nature - not competition. But maybe let us better keep that aside for now. So to say as a philosophical side remark... Michael. пост: http://www.free-dc.org/forum/showpost.php?...34&postcount=38 весь топик: http://www.free-dc.org/forum/showthread.php?p=142234 -------------------- |
Rilian |
Mar 12 2010, 11:57
Пост
#37
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
QUOTE I think we found a solution for the RAM issue. But this might take some time to implement. Michael. QUOTE Я думаю мы нашли решение проблемы с нехваткой оперативной памяти при рассчетах. Но это займет некоторое время, чтобы реализовать Миша -------------------- |
Rilian |
Mar 12 2010, 19:40
Пост
#38
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
SlavaAltus |
Mar 13 2010, 11:12
Пост
#39
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 389 З нами з: 9-February 10 З: Украина, Киев Користувач №: 1 302 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 8-10 cores 24/7 (up to 30-40 cores some times) |
-------------------- (Show/Hide) Водку на работе пить не дают!, дома не дают драть обои... чё за фигня ваще((.. ?! |
Rilian |
Mar 14 2010, 20:10
Пост
#40
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
3/14/2010 7:57:47 PM RNA World Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 511.48 MB is available for use.
геномы у млекопитающих беспощадны к оперативке -------------------- |
tiss |
Mar 14 2010, 20:41
Пост
#41
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 640 З нами з: 28-February 09 Користувач №: 952 Стать: Чол Free-DC_CPID |
3/14/2010 7:57:47 PM RNA World Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 511.48 MB is available for use. геномы у млекопитающих беспощадны к оперативке ппц. они там не охренели??? -------------------- |
Rilian |
Mar 14 2010, 20:51
Пост
#42
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
tiss, если на компе есть свободная оперативка, то почему бы и нет? если нет оперативки - не считайте
если данные такие большие, и задача не распараллеливается (на данный момент), то что делать? -------------------- |
tiss |
Mar 14 2010, 21:13
Пост
#43
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 640 З нами з: 28-February 09 Користувач №: 952 Стать: Чол Free-DC_CPID |
tiss, если на компе есть свободная оперативка, то почему бы и нет? если нет оперативки - не считайте если данные такие большие, и задача не распараллеливается (на данный момент), то что делать? Память есть. Но если запущу, то тогда не смогу в даймсе отжигать. -------------------- |
Rilian |
Mar 14 2010, 21:18
Пост
#44
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Ну, я говорю в общем случае (если память есть, бла бла ...)
RNA находится в стадии beta-тестирования, поэтому особой срочности в ресурсах нет -------------------- |
Rilian |
Mar 17 2010, 03:28
Пост
#45
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
QUOTE We have a solution in place, which will be active for the next wu batch which is generated when the number of unsent wus goes below 1000. But I think this will be only the first step in tweaking and tuning the RAM stuff. yoyo через несколько дней, когда кол-во неотправленных ВЮ снизится до 1000 (сейчас их - 2500), админы RNA обновят сервер и приложения чтобы временно исправить проблемы с очень большой прожорливостью ВЮ (по отношению к памяти) Пока что, если у вас есть 3ГБ памяти на ядро, ваши компы могут помочь ускорить наступление этого счастливого момента для обычных кранчеров -------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 26th September 2024 - 12:34 |