Наша цель: понять сворачивание белков, агрегацию белков и связанные с ним болезни.
Люди со всего мира скачивают и запускают программу объединяясь и образуя один из крупнейших суперкомпьютеров в мире. Каждый новый компьютер приближает нас к цели. Folding@home использует новые компьютерные методы вместе с принципом распределенных вычислений для решения проблем, которые в миллионы раз сложнее тех, которые уже преодолены.
Проделываем установку клиента для консоли, как универсальный метод.
Установить клиент под Линукс не составляет никакого труда. Делаем раз - скачиваем сам Linux Console в папку, откуда и будем запускать клиента (пример, /home/user/folding@home).
$ wget http: //www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Linux.exe
Не смотрите, что расширение “ехе”. Это, видимо, юмор такой у разработчиков :). Далее устанавливаем права на запуск:
$ chmod 755 /home/user/folding@home/FAH504-Linux.exe
Запускаем сначала вручную, чтоб провести первоначальную настройку:
$ cd /home/user/folding@home
$ ./FAH504-Linux.exe
Вносим все данные, которые нас просят (ник, команда (Номер команды Украины - 2164), режим работы, etc) и видим как программа начинает работать. Но не хотим же мы видеть постоянно висящее окно терминала с процессом работы? Зачем оно нам надо, если есть прекрасная программа screen для фонового запуска процессов. Останавливаем работу клиента с помощью Ctrl+C и пишем простой скрипт:
#!/bin/bash
cd /home/user/folding@home
screen -d -m ./FAH504-Linux.exe
и сохраняем его в ту же папку, где и клиент с именем start.sh, ставим права запуска на него:
$ chmod 755 /home/user/folding@home/start.sh
Теперь запускаем с помощью этого скрипта клиент и можем проконтролировать работу используя команду:
$ screen -r
Мы подключимся в то “окно” консоли, где работает клиент folding@home. Для отключения от этого окна нажимаем Ctrl+A D. Ни в коем случае не Ctrl+C - это остановит работу клиента.
Теперь нам надо добавить в автозапуск этот скрипт. Для этого добавляем строку:
su -l user -c ‘/home/user/folding@home/start.sh’
в файл /etc/rc.local для Ubuntu или /etc/rc.d/rc.local для RedHat-like систем.
Внимательный читатель поймет, что везде “user” надо заменить на Ваше имя пользователя. ;)
Все, теперь мы помогаем расчитывать сворачивание белков.
Привязка к ядрам (Affinity) для платформы Linux.
Она необходима для повышения ППД системы. Оправданно использовать Affinity на 2-х и 4-х ядерных процессорах.
Устанавливаем пакет "sсhedutils":
- sudo apt-get install sсhedutils
- taskset -c 0 ./FAH6 -verbosity 9 -smp -forceasm
Вешать можно на любое количество ядер/процессоров, номера указываются через запятую (запись вида "0,1,2,3").
Привязка по ядрам должна быть 0,1 и 2,3.
Клиенты привязываются парами. По два на каждую пару ядер.
установив программу класса RMClock и изменять профиль работы в самой ОС.
Разное:
- При получении сообщения No such file or directory необходимо произвести установку библиотек. Выполняется командой:
Debian(и производные Ubuntu и т.д.): sudo apt-get install ia32-libs
Arch Linux: #pacman -Sy lib32-glibc
Fedora: #yum -y install compat-libstdc++-33
Gentoo: emul-linux-x86-sdl
- При получении сообщения Fatal error in MPI_Wait: Other MPI error, error stack:
проверьте, записано ли имя компьютера в строчке "127.0.0.1 localhost" в /etc/hosts
Ссылки:
- FoldingAtHome - обширнейшее описание установки folding@home на Ubuntu
- Folding@Home Wiki
- Linux 64 Bit SMP Client - обсуждение у нас на форуме
- Утилиты под Linux - обсуждение у нас на форуме
- Folding@Home Grapher
