ua     ru    Sitemap   Sitemap     | Пошук... |       Сайт відкрито 14.12.2005

Ukraine - Distributed Computing Team

 

 » Навігація 
  Новини
  Новини (Архів)
  Описи проектів
  Опитування
  Архіви

  Форум
  Форум (PDA)

 » Статті 


       Описи проектів 
Начало раздела >

Folding@Home и Linux



версія українською

Автор - Silver Ghost; сбор дополнительной информации - nikelong


 

 

Проект folding@Home и Linux

 



Этот материал - "зеркало" статьи, опубликованой здесь.


Folding@home - это проект распределённых вычислений, который занимается расчетом сворачивания белков. Как написано на сайте:

Наша цель: понять сворачивание белков, агрегацию белков и связанные с ним болезни.

Люди со всего мира скачивают и запускают программу объединяясь и образуя один из крупнейших суперкомпьютеров в мире. Каждый новый компьютер приближает нас к цели. Folding@home использует новые компьютерные методы вместе с принципом распределенных вычислений для решения проблем, которые в миллионы раз сложнее тех, которые уже преодолены.

Проделываем установку клиента для консоли, как универсальный метод.

Установить клиент под Линукс не составляет никакого труда. Делаем раз - скачиваем сам Linux Console клиент с офсайта в папку, откуда и будем запускать клиента (пример, /home/user/folding@home).

$ wget http: //www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Linux.exe

Не смотрите, что расширение “ехе”. Это, видимо, юмор такой у разработчиков :). Далее устанавливаем права на запуск:

$ chmod 755 /home/user/folding@home/FAH504-Linux.exe

Запускаем сначала вручную, чтоб провести первоначальную настройку:

$ cd /home/user/folding@home
$ ./FAH504-Linux.exe

Вносим все данные, которые нас просят (ник, команда (Номер команды Украины - 2164), режим работы, etc) и видим как программа начинает работать. Но не хотим же мы видеть постоянно висящее окно терминала с процессом работы? Зачем оно нам надо, если есть прекрасная программа screen для фонового запуска процессов. Останавливаем работу клиента с помощью Ctrl+C и пишем простой скрипт:

#!/bin/bash
cd /home/user/folding@home
screen -d -m ./FAH504-Linux.exe

и сохраняем его в ту же папку, где и клиент с именем start.sh, ставим права запуска на него:

$ chmod 755 /home/user/folding@home/start.sh

Теперь запускаем с помощью этого скрипта клиент и можем проконтролировать работу используя команду:

$ screen -r

Мы подключимся в то “окно” консоли, где работает клиент folding@home. Для отключения от этого окна нажимаем Ctrl+A D. Ни в коем случае не Ctrl+C - это остановит работу клиента.

Теперь нам надо добавить в автозапуск этот скрипт. Для этого добавляем строку:

su -l user -c ‘/home/user/folding@home/start.sh’

в файл /etc/rc.local для Ubuntu или /etc/rc.d/rc.local для RedHat-like систем.

Внимательный читатель поймет, что везде “user” надо заменить на Ваше имя пользователя. ;)

Все, теперь мы помогаем расчитывать сворачивание белков.




Привязка к ядрам (Affinity) для платформы Linux.

Она необходима для повышения ППД системы. Оправданно использовать Affinity на 2-х и 4-х ядерных процессорах.

Устанавливаем пакет "sсhedutils":
  • sudo apt-get install sсhedutils

В консоли или в скрипте запускаем клиента строкой вида:
  •  taskset -c 0 ./FAH6 -verbosity 9 -smp -forceasm
Жирным шрифтом выделен номер ядра/процессора в системе.
Вешать можно на любое количество ядер/процессоров, номера указываются через запятую (запись вида "0,1,2,3").
Привязка по ядрам должна быть 0,1 и 2,3.
Клиенты привязываются парами. По два на каждую пару ядер.
установив программу класса RMClock и изменять профиль работы в самой ОС.



Разное:
  • При получении сообщения No such file or directory необходимо произвести установку библиотек. Выполняется командой:
    Debian(и производные Ubuntu и т.д.): sudo apt-get install ia32-libs
    Arch Linux: #pacman -Sy lib32-glibc
    Fedora: #yum -y install compat-libstdc++-33
    Gentoo: emul-linux-x86-sdl

  • При получении сообщения Fatal error in MPI_Wait: Other MPI error, error stack:
     проверьте, записано ли имя компьютера в строчке "127.0.0.1 localhost" в /etc/hosts


Ссылки:



Дата: Четвер, 22 Листопад 2007
Прочитана: 16990 раз

Распечатать Распечатать    Переслать Переслать    В избранное В избранное

Повернутися назад

 » Положення команди 
Медико-біологічні
Correlizer
47
DrugDiscovery@Home
9
Fightaids@Home
40
Folding@Home
56
Gpugrid.net
50
Help Cure Muscular Dystrophy
40
Help Conquer Cancer
40
Help Fight Childhood Cancer
40
Human Proteome Folding (Phase 2)
40
Lattice Project
20
Malariacontrol.net
47
NRG@home (Najmanovich Research Group)
26
Poem@Home
32
Ps3grid.net
50
RNA World
47
Rosetta@Home
27
World Community Grid
40
Математика
Abc@Home
13
Collatz Conjecture
75
EulerNet
10
Gimps (Great Internet Mersenne Prime Search)
29
Mersenne@home
78
NFS@Home (Number Field Sieve)
55
OGR-27
11
OPTIMA@HOME
35
primaboinca
44
Primegrid
40
Seventeen Or Bust
16
Seventeen Or Bust-Sieve
17
WEP-M+2 Project (Wanless)
40
Криптографія
DistrRTgen
68
Enigma@Home
52
RC5-72
22
Фізика
Einstein@Home
49
IBERCIVIS
1
Leiden Classical
61
Lhc@Home
33
Magnetism@Home
2
Muon1-DPAD
31
Spinhenge@Home
39
Хімія
QMC@Home
44
Kосмос
Constellation@home
51
Cosmology@Home
44
Milkyway@Home
48
Orbit@Home
27
SETI@Home
90
Планета земля
Climate Prediction
43
La Red de Atrapa Sismos
7
Quake Catcher Network
64
Radioactive@Home
12
Virtual Prairie (ViP)
24
Штучний інтелект
FreeHAL@Home
24
Neurona@Home
21
Інтернет
Majestic-12
4
Рендеринг
Burp
34
Luxrenderfarm@home
0
ORE (Open Rendering Environment)
40
Ігрові проекти
Chess960@Home
95
sudoku@vtaiwan
16
Клікери і трекери
Marmot Project
239
Whatpulse
83
Мікс
AlmereGrid
24
Pirates@Home
9
Sztaki Desktop Grid
58
Yoyo@Home
37