 |
 |
 |
 | ||||
|
|
 |
|
|
|
|
ПРО ПРОЕКТ |
ПРО КОМАНДУ |
СТАТИСТИКА |
ФОРУМ |
ЛІНКИ |
ПРИЄДНАТИСЯ! |
|
|
|
|
|
|
|
|
| | ||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||||||||
|
|
|
Це дослідження має декілька складових. Вони включають кілька протеїнів, сотні мільйонів молекул, програмне забезпечення, що аналізує хімічні реакції і програмну платформу, що дозволяє здійснювати розподілені обчислення. Далі приведений огляд цих компонентів і коротко описана їхня взаємодія. Цілі: Протеїни Основою даного проекту є пошук. Він концентрується на декількох протеїнах, що у попередніх дослідженнях були визначені як потенційна ціль для атаки при лікуванні раку. Ці протеїни мають специфічні зони або "цільові ділянки" у їхній структурній будівлі, на яких молекула лікарського засобу може з'єднатися з протеїном для створення бажаної взаємодії. Нижче перераховані деякі цільові протеїни, відібрані для цього дослідження. Якщо процесом, у якому беруть участь ці протеїни, можна керувати, то, імовірно, і самим розвитком раку можна керувати. Інші протеїни можуть бути включені до аналізу в процесі розвитку дослідження. Це буде залежати від числа учасників, які, у кінцевому рахунку, нададуть свої ПК для здійснення цього проекту.
Для створення лікарського засобу науково-дослідна організація повинна знайти, дослідити і відтворити молекулу, що вступає в бажану фармацевтичну взаємодію. Знаходження молекули, що взаємодіє з цільовим протеїном (чи іншим елементом, що сприяє розвитку процесу хвороби) змінюючи цей процес, тобто, взаємодіє з лікарським ефектом, є ключовим у процесі відкриття успішних ліків. Саме величезна кількість молекул, яку необхідно дослідити, і робить процес відкриття таким захоплюючим. Існують мільярди і мільярди молекул, які можуть потенційно мати властивості ліків. Ті, котрі розглядаються в даному дослідженні, відбираються з "каталогу" молекул, що були попередньо визначені як ті, що, можливо, володіють необхідними характеристиками. Кожна молекула пройде через процес віртуального відбору з використанням програми THINK. Будуть створені віртуальні модифікації цих молекул для того, щоб підвищити імовірність взаємодії молекул з активними зонами протеїну. Ці маніпуляції над молекулами дають дослідникам ще кілька можливих "варіантів" структури кожної окремої молекули. Нові структури, отримані з оригінальної молекули, називаються "de novo" похідними. Програма відкриття ліків: THINK THINK - це комп'ютерна програма відкриття ліків, розроблена одним з ведучих фармацевтичних експертів Кеитом Девісом (Keith Davies) з "Тревенер Консалтантс". THINK - це програма, яку учасники проекту можуть бачити на екранах своїх комп'ютерів, у той час коли вона досліджує можливість молекул взаємодіяти з одним із протеїнів. THINK оцінює властивості молекул, щоб визначити, чи можлива їхня взаємодія з цільовим протеїном. Це не так просто зробити. Досить важко досліджувати структуру молекули і визначати її потенціал, оскільки вона є тривимірним об'єктом і може приймати безліч форм. Тому THINK має конформаційний блок, що розраховує і вивчає всі можливі варіанти зміни форми молекули, що можуть допомогти їй взаємодіяти чи "зістикуватися" із протеїном. У деяких положеннях взаємодія між молекулами може і не відбутися. Наприклад, два атоми, що разом можуть взаємодіяти з протеїном, можуть не знаходиться поруч друг із другом у даному варіанті структури. Тому молекула піддається конформуванню щоб визначити, чи не будуть в іншому варіанті структури необхідні елементи знаходитися поруч для утворення взаємодії. Більш того, THINK досліджує молекули, щоб дізнатися, чи не можна внести в них невеликі зміни (de novo похідні), з метою підвищення шансів молекули на хімічну взаємодію. Це дозволяє дослідникам проаналізувати ще декілька варіантів для кожної молекули. Далі THINK використовує функцію оцінки, що дозволяє оцінити будь-яку взаємодію, щоб визначити, який вид взаємодії і які молекули мають кращі шанси стати ліками. У середньому, оцінка кожної молекули для кожного протеїну на комп'ютері 750МГц повинна займати 1-2 хвилини, але деякі молекули можуть мати більш складну структуру, можуть мати більше варіантів структури або de novo похідних, що може значно збільшити час аналізу. Розподілені обчислення: мета-процесорна технологія Мета-процесорна технологія United Devices - це програмна платформа розподілених обчислень, що дозволяє персональним комп'ютерам окремих осіб разом працювати над цим дослідженням. Одним з компонентів цієї платформи є UD Agent, програма яку запускають на своїх комп'ютерах учасники дослідження щоб взяти участь у проекті. UD Agent отримує з мета-процесорних серверів, що знаходяться в United Devices блоки даних, використовує вільний процесорний час для аналізу молекул і протеїнів, і після цього передає результати назад мета-процесорним серверам. Чим більше людей запустять UD Agent і будуть використовувати свої ПК, тим більше потужностей буде для просування проекту уперед. |
|
||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||||||||
)
)
)
)
| |
|
 |