|  ГОЛОВНА

ПРО ПРОЕКТ  |  ПРО КОМАНДУ  |  СТАТИСТИКА  |  ФОРУМ  |  ЛІНКИ  |  ПРИЄДНАТИСЯ!  | | ПО-РУССКИ >

THINK - ОПИС АГЕНТУ UD

1. THINK (To Have Information aNd Knowledge - Володіти інформацією і знанням). THINK - це програма по моделюванню лікарських засобів. Вона аналізує кожну з сотень мільйонів молекул, щоб визначити ти з них, які зможуть взаємодіяти з цільовим протеїном. THINK обчислює і вивчає всі форми або варіанти конформаційної структури, які може приймати молекула для того, щоб взаємодіяти з протеїном. Цей процес називається віртуальним відбором молекул.

2. Конформаційні варіанти структури (Conformers). THINK досліджує тривимірні форми, які може приймати молекула. Кожна нова форма молекули може допомогти потрібним частинам молекули досягти взаємодії з цільовим протеїном. THINK робить це дуже швидко - так швидко, що Ваш монітор не може показати кожну молекулу або кожен варіант структури. От чому числа варіантів структури так швидко змінюються. Загальна кількість варіантів змінюється від молекули до молекули. Деякі молекули можуть мати більше число зв'язків або мати більшу гнучкість, тому і варіантів структури в них буде більше.

3. Поточна молекула (Current Molecule). Тривимірні картинки ліворуч є представленням реальних молекул. Молекули складаються з різних атомів і зв'язків, що зображені як кольорові кульки, з'єднані прутиками. Прутики зображують зв'язку між атомами. Кульки зображують різні атоми, що складають молекулу, різний колір кульок віжповідає різним хімічним елементам.

4. Найменування молекули (Molecular name). У цьому проекті аналізуються сотні мільйонів молекул. Їх так багато, що для того, щоб розрізняти їх, використовуються ідентифікатори, а не імена. Символи, що випливають за словами "current molecule" визначають молекулу, яку в даний момент аналізує THINK.

5. Поточна протеїнова ціль (Current Protein Target). Зображення в правій частині екрана являє собою протеїн, з яким може взаємодіяти досліджувана молекула. Цей протеїн уже був визначений у попередніх дослідженнях як придатна ціль для атаки при лікуванні раку. Він є одним з кількох протеїнів, взаємодія з якими у цьому проекті досліджується в сотень мільйонів молекул, так що той самий протеїн буде показуватися в Агенті досить довго.

6. Легенда атомів (Atomic legend). Які елементи складають кожну молекулу? Ви можете визначити хімічні елементи використовуючи легенду, що представляє колірне кодування атомів. Існує кілька основних атомів, що складають органічні молекули, їх Ви можете визначити використовуючи легенду в агенті: вуглець, кисень, водород, азот і сірка.

7. Гетеро-атоми (Hetero Atoms). "Гетеро" - означає "різний". Кілька основних атомів складають більшість елементів в органічних молекулах, але іноді молекула також містить атоми, що не входять у звичайний перелік. Гетеро-атом означає будь-який інший атом, що не входить у список атомів, представлених у легенді. Наприклад, це може бути хлор, чи інший елемент. Тобто, "гетеро-атом", означає будь-який інший атом, що не входить у перелік звичайних п'яти атомів, які складають більшість живого.

8. Влучення (Hits). Якщо відбулося з'єднання молекули з протеїном і це дало початок взаємодії, то реєструється "влучення". Влучення мають різну силу взаємодії, але кожне з них може, в остаточному підсумку, привести до створення ліків. Усі влучення реєструються, ранжуються за силою взаємодії і зберігаються для наступної стадії проекту.

9. Структури de novo (De novo structures). Іноді, якщо молекулу трохи змінити, те вона може одержати додаткові можливості для взаємодії з протеїном. У цьому випадку THINK може розглянути невеликі зміни або заміни атомів, щоб збільшити кількість молекул, що досліджуються. Нові структури, отримані з оригінальної молекули, називаються "de novo" похідними, кількість яких також показується в Агенті.

10. Індикатор прогресу (Progress bar). Шкала під зображенням молекули показує наскільки просунувся Ваш комп'ютер в обробці блоку молекул. Кожен блок складається зі ста молекул. Молекули можуть сильно розрізнятися як по розмірах, так і по кількості варіантів структури, при цьому більш гнучкі молекули вимагають більшого часу на їхній аналіз. Ці відмінності між молекулами і пояснюють різницю в часі, витраченому на обробку різних блоків.

11. Кнопки (Buttons). Кнопки дозволяють подивитися додаткову інформацію про проект і завдання, яке у даний момент виконує Ваш комп'ютер. Також, можна порівняти Ваш комп'ютер з іншими, подивитися Ваші настройки Агента і т.п.

12. Версія THINK. Показує версію програми THINK.

  Зроблено в perelom.com © 2001 | Головна | Про проект | Про команду | Статистика | Форум | Лінки | Приєднатися! |